Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019521.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19554, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 335 Copynumber: 4.5 Consensus size: 333
* *
1 TCCTTAAATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTAGGCGC
1 TCCTTAAATCTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGC
* *
66 CAAAAATCGTGCAAAACTGAGACGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATTA
66 CAAAAATCGTGAAAAACTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATG-TTA
* *
131 GTACACGATTTAAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAA--AATTTCTCCTCAATTTCTGGC
130 GTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCC-GAAGGAATTTCTCCTCAATTTCTGGC
* ** * * *
194 CACTATAAACATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCCTCTCACGTTTCTAA
194 CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGG-CTCTCACGCTTCTAA
* * * ** * * *
259 TATTGTTTTTTCTCAATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTT
258 TATCGTTTTTTCTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAGGATTCAGATGCTC
324 GTAAAAACAAA
323 GTAAAAACAAA
* * * * ** * **
335 CCCTTAAATCCT-ATGTGGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCATTGAGTTTTGGCG
1 TCCTTAAAT-CTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCG
* * * *
399 CCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGAC-CCGGAGCGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGT
65 CCAAAAATCGTGAAAAACTGAGCCGGGG-CTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GT
* *
463 TAGTACACCGATTTTGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGGAATTT-TCCTCAATTTTTG
128 TAGTACA-CGATTTTAGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGGAATTTCTCCTCAATTTCTG
* *
527 GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAGAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCT
192 GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCT-CTCACGCTTCT
* * * *
592 AATATCG-TTTTTC-CTATTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTGAACCGAAACATGATTCATATGC
256 AATATCGTTTTTTCTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAGGATTCAGATGC
655 TCGTAAAAACAAA
321 TCGTAAAAACAAA
* * *
668 TCCTTAAATCTAATCTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTAGGCGT
1 TCCTTAAATCTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGC
* * * * * *
733 CAAAAAGCGTGCAAAACTGAGCTGGGGCTCTAGAATGCGTTTTTAGTCAAAAACCATGATGGTTA
66 CAAAAATCGTGAAAAACTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GTTA
* * *
798 GTACACGATTTTACCTAAAATTTTGCAAAAATTAGACCCG-AGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGC
130 GTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGAAAAAATT-GACCCGAAGGAATTTCTCCTCAATTTCTGGC
* * * * * *
862 CACTATATTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAATGACCTCTCACGTTTCTAA
194 CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAG-GCTCTCACGCTTCTAA
* * ** * *
927 TATTGTTTTTTCTCTATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCAT
258 TATCGTTTTTTCTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAGGATTCAGATGC-T
*
992 -GTAAAAATAAA
322 CGTAAAAACAAA
* * * ** * **
1003 TCCTTAAATCCT-ATGTGGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCATTGAGTTTTGGCG
1 TCCTTAAAT-CTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCG
* * *
1067 CCAAAAATAC-AGAAAAACTGAGCCGGGGAC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC-----G-
65 CCAAAAAT-CGTGAAAAACTGAGCCGGGG-CTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGT
* * * *
1124 TA-CAC-CGATTTTGGCTAAAATTTT-AAAAAATTGACCCGGAGGAATTT-TCCTCAATTTTTGG
128 TAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGGAATTTCTCCTCAATTTCTGG
* *
1185 CCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAGAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTA
193 CCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCT-CTCACGCTTCTA
* * * * *
1250 ATATCG--TTTTCCCTATTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTGAACCGAAACATGATTCATATGCT
257 ATATCGTTTTTTCTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAGGATTCAGATGCT
*
1313 CGTAAAAAAAAAA
322 CGT-AAAAACAAA
1326 TCCTTAAATCTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGC
1 TCCTTAAATCTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGC
*
1391 CAAAAATCGTGGAAAACTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTA
66 CAAAAATCGTGAAAAACTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGAT-GTTA
* *
1456 GTACACGGTTTCAGCTAAAATTTTGA
130 GTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGA
1482 GCCAATGTTG
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 149, Indels: 71
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 52 0.05
323 111 0.12
324 78 0.08
325 14 0.01
326 17 0.02
327 2 0.00
328 2 0.00
329 2 0.00
330 2 0.00
331 2 0.00
332 51 0.05
333 238 0.25
334 131 0.14
335 250 0.26
336 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (333 bp):
TCCTTAAATCTAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGC
CAAAAATCGTGAAAAACTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGTTAG
TACACGATTTTAGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGGAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCA
CGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCTCTCACGCTTCTAATAT
CGTTTTTTCTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAGGATTCAGATGCTCGTA
AAAACAAA
Found at i:2947 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 2168--4974 Score: 2841
Period size: 334 Copynumber: 8.4 Consensus size: 333
2158 CGATCAAACG
* * * *
2168 CCAAAAAGATCGAAAGGCTTCTCACGTTTCTAATATTGTTTTTTTCAATATTTTTTCTGAATTAA
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTC--TATTTTTTCCGAATTAA
* *
2233 TTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTATGGCT
64 TTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
** *
2298 GAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAACTGA
129 GAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* ** *
2363 GCCGGGGAC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-C---A--G-T-GTAAACCGATTTTGGATAA
194 GCC-GGG-CTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTAA
* * * *
2419 AATTTTGAAAAAATTGACCCGA-ACGAATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACGATACTAATAAAAAA
257 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAGA--AATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCATAAAAAA
*
2482 TATATAATTCAAAA
320 TATATAATTCAACA
* **
2496 CCAAGAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCTATTTTTTCCGAATTAAT
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCT-TCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAAT
* * * * ** * * *
2559 TTTTATTTGAACCGAAACATGATTGATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTA
65 TTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * ** *
2624 AGATTTGGTTAAATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAG
130 AGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * ** * * *
2689 CCGGGCTCCAGAACACGTTTTTAGTTAAAAACCGTGATGGTTAGTATA-CGATTTAAGCTAAATT
195 CCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTAAAAT
* * *
2753 TTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTACTCAATTTCTGGCCACTATATTCATAAAAAAATATT
260 TTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCAT-AAAAAATATA
2818 TAATTCAACA
324 TAATTCAACA
* * * * *
2828 CCAAAAAGATCGAAGGGCTTCTCACGTTTCTAATATAGTTATTTTTATATTTTTTCCGAATTAAT
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTT-TTTTTCTATTTTTTCCGAATTAAT
* * * * *
2893 TTCTACTTAAATCGAAACCGGGTTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTTTGGCTC
65 TTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* ** *
2958 AGATTTCGTTAGAAAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAACTGAG
130 AGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
** * *
3023 CCGGGGAGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGTACACCGATTTCGGATTAGTACA-CGAG
195 CC-GGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC--CGT-----GA--T-GG-TTAGTACACCGAT
* ** * *
3087 TTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTCTTTTAAATTTCTGGCCACTATATTCA
248 TTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCA
* * *
3152 TAAAAAATATATAGTTCAGCG
313 TAAAAAATATATAATTCAACA
* *
3173 CCAAAAAGAATG-AAGAGCATCTCACGCTTCTAATA---------T-T-TTTTTT--GAATTAAT
1 CCAAAAAGATTGAAAG-GCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAAT
* * * * * * *
3224 TTCTAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTTGTAAAAATAAACCCCTAAATCCTATGTAGCTG
65 TTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
* * * * *
3289 AGATTTCTTTAGATAAATATAGATATTTCATTGA-ATTTTGGCGTCAAAAATCATGAAAAACTGA
130 AGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGA-CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* *
3353 GCCGGGGACT-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTACACCGATTT-TGCCTA
194 GCC-GGG-CTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAG-CTA
* ** * ***
3416 AAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGGTATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACGATACGAATAAAAAA
256 AAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCAT-AAAAA
3480 ATATATAATTCAACA
319 ATATATAATTCAACA
* * *
3495 CCAAGAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAAT
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCT-TCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAAT
* *
3558 TTCTAATTGAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGCTG
65 TTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
** * *
3623 AGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAA
130 AGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * *
3688 CTGCGGC-CGCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACCGATTTCGGCTAAA
195 CCG-GGCTC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTAAA
* ** * * * * *
3752 ATTTTGTAAAAATTGACTTGA-AAGTGTTTTCCTCAATTT-TTGCCTACGATACTCATAGAAAAT
258 ATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAAT-TTCTCCTCAATTTCTGGCC-ACGATATTCATAAAAAAT
*
3815 ATATAATTCAGCA
321 ATATAATTCAACA
*
3828 CCAAAAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAA
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCT-TCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTCTA-TTTTTTCCGAATTAA
* ** * * *
3891 TTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCATATGCT--TATAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGG
64 TTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * ** * * * *
3954 TAAGCA-TTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACTTTGCGCCAAAAATCGTGCAAACCT
128 TGAG-ATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* *** ** * * ** *
4018 GAGACGGGGCTCTAAAACGCGTTTTTAGTAAAAAACTGCGATGGTTAGTACA-TAATTTCAGATA
192 GAG-CCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTA
** * *
4082 AAATTTTGCAAAAATTTTCCCGAGAAAATTTCTCCTCAATTTC-CGCCAACCATATTCATAAAAA
256 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAG-AAATTTCTCCTCAATTTCTGGCC-ACGATATTCATAAAAA
* *
4146 ATATATAATACAACG
319 ATATATAATTCAACA
* * * *
4161 CAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCAGAATTAA
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCG--TTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAA
* * *
4226 TTTCTAATTAAATCGAAATCGGATTGTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTAAAATCCAATGTGGCT
64 TTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* * * *
4291 GAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCACTTAGTCTTGGCGACAAAAATCATGCAAAACTGA
129 GAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * * *
4356 GTCGGGGAC-CCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAGTTATTACACCGATTTCGGCTAA
194 G-CCGGG-CTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTAA
* * * *
4420 AATTTTGAAAAAAATTGACCCGAAAGAATTT-TCCTCAATTTTTGTCCACGATATTCATAAAAAA
257 AATTTTG-CAAAAATTGACCCGAGA-AATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCATAAAAAA
4484 TATATAATTCAACA
320 TATATAATTCAACA
* *
4498 CCATAAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAA-
1 CCAAAAAGATTGAAAGGCT-TCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAAT
* * *** * ** *
4560 TTCTTAATTGAACCGAAACATTATTCATTTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGT
65 TTC-TAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* ** *** * * * * *
4625 AAGATTTAATTAGACGGATATAGATATTTCAATCAGACGTGGC-TCAGAAATTCTTGCAAAACTG
129 GAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCA-AAAATCATGCAAAACTG
* * * * * **
4689 AACTGAGACTTCAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACC--G-T-G-T-GTACA-CGATTTCAGCTAA
193 AGCCG-GGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTAA
* * * ** * *
4747 AATTTTGCAAAAATTGACCCGCGAAGTTTCTCCTAAATTTCCAGCCACCATATCCATAAAAAATA
257 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCATAAAAAATA
*
4812 TATAATTCAACG
322 TATAATTCAACA
* * *
4824 CCAAAAAAGATTGAAGGGATTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTA
1 CC-AAAAAGATTGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCG--TTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTA
* *
4889 ATTTCTAATTAAAGCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
63 ATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
*
4954 TGAGATTTCATTAGATAAATA
128 TGAGATTTCGTTAGATAAATA
Statistics
Matches: 2047, Mismatches: 343, Indels: 176
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 9 0.00
321 49 0.02
322 49 0.02
323 5 0.00
324 25 0.01
325 135 0.07
326 56 0.03
327 54 0.03
328 37 0.02
329 4 0.00
330 96 0.05
331 209 0.10
332 91 0.04
333 274 0.13
334 533 0.26
335 67 0.03
336 122 0.06
337 92 0.04
338 20 0.01
342 2 0.00
344 3 0.00
345 45 0.02
346 70 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
CCAAAAAGATTGAAAGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
GATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
CGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCAGCTAAAATT
TTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCTGGCCACGATATTCATAAAAAATATATA
ATTCAACA
Found at i:4300 original size:669 final size:666
Alignment explanation
Indices: 2164--4974 Score: 3301
Period size: 665 Copynumber: 4.2 Consensus size: 666
2154 GACTCGATCA
* * * *** *
2164 AACGCCAAAAAGATCGAAAGGCTTCTCACGTTTCTAATATTGTTTTTTTCAATATTTTTTCTGAA
1 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAA
* *
2229 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTAT
66 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
*
2294 GGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAA
131 GGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCACCAAAAATCATGAAAAA
* * * *
2359 CTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-C---A--G-T-GTAAACCGATTTTGGA
196 CTGAACCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCGGC
* *
2416 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAACGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTAATAAAAA
261 TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTT-GCCACGATACTCATAAAAA
* * *
2481 ATATATAATTCAAAACCAAGAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTT
325 ATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT
** * * *
2546 TTTCCGAATTAATTTTTATTTGAACCGAAACATGATTGATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
390 TTTCCGAATTAATTCCTAATTAAACCGAAACATGATTCATATGCTC-TAAAAACAAATCCTTAAA
* * * *
2611 TCCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAAATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCCAAAAATC
454 TCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACTTTGCGCCAAAAATC
* * * * * *
2676 GTGCAAAACTGAG-CCGGGCTCCAGAACACGTTTTTAGTTAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGA
519 GTGCAAAACTGAGACGGGGCTCTAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACCGCGATGGTTAGTACACGA
* * * * *
2740 TTTAAGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTACTCAATTTCTGGCCACTATATTC
584 TTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTC-CGCCACCATATTC
*
2805 ATAAAAAAATATTTAATTC
648 ATAAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
2824 AACACCAAAAAGATCGAAGGGCTTCTCACGTTTCTAATATAG-TTATTTTTATATTTTTTCCGAA
1 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAA
* * * *
2888 TTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGGTTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTTT
66 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * *
2953 GGCTCAGATTTCGTTAGAAAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAA
131 GGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCACCAAAAATCATGAAAAA
* * *
3018 CTGAGCCGGGGAGCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGTACACCGATTTCGGATTAGTACA
196 CTGAACCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC--CGT-----GA--T-GG-TTAGTACA
* * * ** * * *
3083 -CGAGTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-AATTTCTTTTAAATTTCTGGCCACTA
250 CCGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGAATTT-TCCTCAATTT-TTGCCACGA
* * * * *
3146 TATTCATAAAAAATATATAGTTCAGCGCCAAAAAGAATG-AAGAGC-ATCTCACGCTTCTAATA-
313 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAG-GCTAT-TCACGCTTCTAATAT
* ** ** * * *
3208 ------T--T-TTTTTT--GAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTTGTAAA
376 CGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAACCGAAACATGATTCATATGC-TCTAAA
* * * * * * * ** ** * *
3262 AATAAACCCCTAAATCCTATGTAGCTGAGATTTCTTTAGATAAATATAGATATTTCATTG-AATT
440 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACT
* * * * * ** *
3326 TTGGCGTCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGACTC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
505 TT-GCGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGACGGGG-CTCTAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACCGC
* * * **
3390 GATTGTTAGTACACCGATTT-TGCCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAGGTATTT-TCCTCA
568 GATGGTTAGTACA-CGATTTCAG-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AGAAATTTCTCCTCA
** * ***
3453 ATTTTTGGCCACGATACGAATAAAAAAATATATAATTC
630 A-TTTCCGCCACCATATTCATAAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
3491 AACACCAAGAAGATTGAAAGGCTAT-TCACGCTTCTAATATCG---TTTTTCCTATTTTTTCTGA
1 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCT-TCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGA
* *
3552 ATTAATTTCTAATTGAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATG
65 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
*
3617 TGGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCACCAAAAATCATGCAAA
130 TGGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCACCAAAAATCATGAAAA
* * *
3682 ACTGAACTGCGG-CCGCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACCGATTTCG
195 ACTGAACCGGGGACC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCG
* ** ** *
3746 GCTAAAATTTTGTAAAAATTGACTTGAAAGTGTTTTCCTCAATTTTTGCCTACGATACTCATAGA
259 GCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGCC-ACGATACTCATAAA
*
3811 AAATATATAATTCAGCACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
323 AAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-
*
3876 TTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAATCGAAACATGATTCATATGCT-TATAAAACAAATCCTT
387 TTTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAACCGAAACATGATTCATATGCTCTA-AAAACAAATCCTT
3940 AAATCCAATGTGGGTAAGCA-TTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACTTTGCGCCAAA
451 AAATCCAATGTGGGTAAG-ATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACTTTGCGCCAAA
* * *
4004 AATCGTGCAAACCTGAGACGGGGCTCTAAAACGCGTTTTTAGTAAAAAACTGCGATGGTTAGTAC
515 AATCGTGCAAAACTGAGACGGGGCTCTAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACCGCGATGGTTAGTAC
** * **
4069 ATAATTTCAGATAAAATTTTGCAAAAATTTTCCCGAGAAAATTTCTCCTCAATTTCCGCCAACCA
580 ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAG-AAATTTCTCCTCAATTTCCGCC-ACCA
*
4134 TATTCAT-AAAAAATATATAATAC
643 TATTCATAAAAAAATATATAATTC
* *
4157 AACGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCAGAA
1 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAA
* * *
4222 TTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGATTGTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTAAAATCCAATGT
66 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * * *
4287 GGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCACTTAGTCTTGGCGA-CAAAAATCATGCAAA
131 GGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGC-ACCAAAAATCATGAAAA
** * * *
4351 ACTGAGTCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAGTTATTACACCGATTTCGG
195 ACTGAACCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCGG
*
4416 CTAAAATTTTGAAAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGTCCACGATATTCATAAA
260 CTAAAATTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTG-CCACGATACTCATAAA
*
4481 AAATATATAATTCAACACCATAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
323 AAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
* * * *
4546 TTTTTCCGAATTAATTCTTAATTGAACCGAAACATTATTCATTTGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
388 TTTTTCCGAATTAATTCCTAATTAAACCGAAACATGATTCATATGCTC-TAAAAACAAATCCTTA
** * * * *
4611 AATCCAATGTGGGTAAGATTTAATTAGACGGATATAGATATTTCAATCAGAC-GTG-GCTCAGAA
452 AATCCAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACTTTGCGC-CA-AA
* * * *
4674 ATTCTTGCAAAACTGA-ACTGAGACT-TCAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAA-C-CG-T-G-T-GT
515 AATCGTGCAAAACTGAGAC-GGGGCTCT-AGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACCGCGATGGTTAGT
* * *
4731 ACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGCGAAGTTTCTCCTAAATTTCCAGCCACC
578 ACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCC-GCCACC
*
4796 ATATCCAT-AAAAAATATATAATTC
642 ATATTCATAAAAAAATATATAATTC
*
4820 AACGCCAAAAAAGATTGAAGGGATTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGA
1 AACGCC-AAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGA
* *
4885 ATTAATTTCTAATTAAAGCGAAATCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
65 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
*
4950 TGGCTGAGATTTCATTAGATAAATA
130 TGGCTGAGATTTCGTTAGATAAATA
Statistics
Matches: 1837, Mismatches: 238, Indels: 148
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
654 11 0.01
655 94 0.05
656 9 0.00
658 2 0.00
659 179 0.10
660 39 0.02
662 1 0.00
663 49 0.03
664 185 0.10
665 276 0.15
666 136 0.07
667 229 0.12
668 54 0.03
669 253 0.14
670 208 0.11
671 4 0.00
675 1 0.00
676 10 0.01
677 92 0.05
678 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (666 bp):
AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATTGTTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAA
TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
GGCTGAGATTTCGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCACCAAAAATCATGAAAAA
CTGAACCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACCGATTTCGGC
TAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGCCACGATACTCATAAAAAA
TATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCTATTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTT
TTCCGAATTAATTCCTAATTAAACCGAAACATGATTCATATGCTCTAAAAACAAATCCTTAAATC
CAATGTGGGTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATGAAACTTTGCGCCAAAAATCGT
GCAAAACTGAGACGGGGCTCTAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACCGCGATGGTTAGTACACGATT
TCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAGAAATTTCTCCTCAATTTCCGCCACCATATTCATA
AAAAAATATATAATTC
Done.