Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019644.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19677, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 76293
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Found at i:5641 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5622--5651 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
5612 TTTGATGTAC
5622 AAATTGAAT-TACAG
1 AAATTGAATATACAG
5636 AAATTGAATATACAG
1 AAATTGAATATACAG
5651 A
1 A
5652 TCAAATTCCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.60
15 6 0.40
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
AAATTGAATATACAG
Found at i:8333 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8307--8346 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
8297 ACTCCTATAG
*
8307 AAATAGCATAAATGACCAAAA
1 AAATAGCATAAATAACCAAAA
*
8328 AAATAGCATGAATAACCAA
1 AAATAGCATAAATAACCAA
8347 CAACGTCACC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.15, G:0.10, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
AAATAGCATAAATAACCAAAA
Found at i:8536 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 8507--8653 Score: 276
Period size: 26 Copynumber: 5.7 Consensus size: 26
8497 ATTAAGGCCT
*
8507 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
8533 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
*
8559 TACTGAATATGCAACTAAATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
8585 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
8611 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
8637 TACTGAATATGCAACTA
1 TACTGAATATGCAACTA
8654 TTGAATATGC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 118 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.15, T:0.24
Consensus pattern (26 bp):
TACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
Found at i:8585 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 8507--11017 Score: 3678
Period size: 52 Copynumber: 48.9 Consensus size: 52
8497 ATTAAGGCCT
*
8507 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
8559 TACTGAATATGCAACTAAATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
8611 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAAC----T-A----
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
8654 T--TGAATATGCAACTATATAAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
8704 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATAT-AGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
8755 TACTGATTATGCAACTATATG-GCCCTACAGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
8806 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAACCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* * *
8858 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCTTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* * *
8910 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATAAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
8962 TAC------TG--A--ATATGA-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
9003 TACTGAATATGCAACTATATG-GGCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* * *
9054 TACTGAATATGCAACAACATGAG-CCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* * * *
9105 TACCGAATATGCAACAACATGAGCCCTAAC-GAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCT-ACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
9157 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTAAATATACAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
9209 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAATATATGGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
9261 TACTGAATATGCAACTATGTG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
9312 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
9364 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
9416 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
9467 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCCTACTGAATATGCAACTATAT--GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
9516 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-CCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* * **
9568 TACTGAACATGCAACTATAT-CGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCC
* *
9620 TACTGAATATGCAACTACATG-GCCCTACTGAATATGCAACTACATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
9670 TACCGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCC
* *
9722 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCC
* * *
9776 TACTGAAAATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATGTGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCC
* * *
9828 TACTGAATATGGAACTATATG-TCCCTACTGAATATGCAACTACATG-GCCGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCC-C
9879 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
9930 TACTGAATATGCAACTATATG-GCTCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGC-CCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* * * *
9982 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCTTACTGAATATGCCACTATATGATTATAACTC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-----AGCCC
10038 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATG-----AGCCC
* *
10095 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGACCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10147 TACTGAATATGCCACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAATTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
10199 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCATACTGAATATGCAACTATATG-GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
10249 TACTGAATATGCAACTATATG-GTCGCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
10301 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10352 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10404 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10456 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCTTACTGAATATGCAACTATATG-GTCGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCC
10508 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
10559 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GCTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGC-CC
*
10610 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
10662 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
10714 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-TCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10765 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10817 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10869 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGGCGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
* *
10921 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATAAGACC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
*
10972 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGC-ACTACATGA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
11018 TGCAGATGAC
Statistics
Matches: 2275, Mismatches: 120, Indels: 130
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 67 0.03
42 5 0.00
43 1 0.00
44 1 0.00
45 1 0.00
46 3 0.00
47 3 0.00
48 1 0.00
49 27 0.01
50 131 0.06
51 685 0.30
52 1196 0.53
53 5 0.00
54 50 0.02
56 24 0.01
57 74 0.03
58 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (52 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC
Found at i:8636 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 8507--11017 Score: 3678
Period size: 77 Copynumber: 32.6 Consensus size: 78
8497 ATTAAGGCCT
*
8507 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
8572 ACTAAATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
8585 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
8650 AC----T-A----
66 ACTATATGAGCCC
* *
8654 T--TGAATATGCAACTATATAAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
8717 ACTACATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
8730 TACTGAATATGCAACTATAT-AGCCCTACTGATTATGCAACTATATG-GCCCTACAGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
8793 ACTATATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
8806 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAACCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
* *
8871 ACTACATGAGCCT
66 ACTATATGAGCCC
* *
8884 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
* *
8949 ACTACATAAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
*
8962 TAC------TG--A--ATATGA-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
9016 ACTATATG-GGCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
9028 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACAACATGAG-CCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
9092 ACTACATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* * * *
9105 TACCGAATATGCAACAACATGAGCCCTAAC-GAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCT-ACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGC
9169 AACTATATGAGCCC
65 AACTATATGAGCCC
* *
9183 TACTAAATATACAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
* *
9248 AATATATGGGCCC
66 ACTATATGAGCCC
*
9261 TACTGAATATGCAACTATGTG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
9325 ACTATATG-GCCCC
66 ACTATATGAG-CCC
* *
9338 TACTGAATATGCAACTATATGAGCGCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
9403 ACTACATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
*
9416 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
9480 ACTATATGA-CCC
66 ACTATATGAGCCC
*
9492 TACTGAATATGCAACTATAT--GCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATGC
9555 AACTATATGA-CCC
65 AACTATATGAGCCC
* * **
9568 TACTGAACATGCAACTATAT-CGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTTCCTACTGAATATGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATGC
*
9632 AACTACATG-GCCC
65 AACTATATGAGCCC
* *
9645 TACTGAATATGCAACTACATG-GCCCTACCGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
9708 ACTATATGATTCCC
66 ACTATATGA-GCCC
* * *
9722 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAAATG
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATG
9787 CAACTATATG-GCCC
64 CAACTATATGAGCCC
* * * *
9801 TACTGAATGTGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGGAACTATATG-TCCCTACTGAATATGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGC
*
9865 AACTACATG-GCCGC
65 AACTATATGAGCC-C
9879 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
9943 ACTATATG-GCTCC
66 ACTATATGAGC-CC
* *
9956 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-CCTTACTGAATATGCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
* *
10020 ACTATATGATTATAACTC
66 ACTATATG-----AGCCC
10038 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATAGCCCTACTGAA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATG-----AGCCCTACTGAA
10102 TATGCAACTATATGAGCCC
60 TATGCAACTATATGAGCCC
* * *
10121 TACTGAATATGCAACTACATGACCCCTACTGAATATGCCACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
10186 ATTATATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
*
10199 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCATACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
10262 ACTATATG-GTCGC
66 ACTATATGAG-CCC
10275 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-CCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
10339 ACTACATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
10352 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
10417 ACTACATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
10430 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCTTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
10495 ACTATATG-GTCGC
66 ACTATATGAG-CCC
10508 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
10572 ACTATATG-GCCC
66 ACTATATGAGCCC
10584 TACTGAATATGCAACTATATG-GCTCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGC-CCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGC
*
10648 AACTACATGAGCCC
65 AACTATATGAGCCC
*
10662 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
10727 ACTATATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
10740 TACTGAATATGCAACTATATG-TCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
*
10804 ACTACATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
10817 TACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
10882 ACTATATGAGCCC
66 ACTATATGAGCCC
* *
10895 TACTGAATATGCAACTATATGGGCGCTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGCA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
* *
10959 ACTATATAAGACC
66 ACTATATGAGCCC
*
10972 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCTACTGAATATGC-ACTACATGA
1 TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
11018 TGCAGATGAC
Statistics
Matches: 2241, Mismatches: 122, Indels: 142
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
66 6 0.00
67 110 0.05
68 5 0.00
69 1 0.00
70 1 0.00
71 1 0.00
72 5 0.00
73 1 0.00
74 2 0.00
75 55 0.02
76 258 0.12
77 795 0.35
78 786 0.35
79 75 0.03
81 24 0.01
82 46 0.02
83 47 0.02
87 1 0.00
88 22 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (78 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCA
ACTATATGAGCCC
Found at i:8660 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8640--8669 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
8630 TGAGCCCTAC
8640 TGAATATGCAACTAT
1 TGAATATGCAACTAT
8655 TGAATATGCAACTAT
1 TGAATATGCAACTAT
8670 ATAAGCCCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
TGAATATGCAACTAT
Found at i:8979 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8959--8987 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
8949 ACTACATAAG
8959 CCCTACTGAATATGA
1 CCCTACTGAATATGA
8974 CCCTACTGAATATG
1 CCCTACTGAATATG
8988 CAACTACATG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
CCCTACTGAATATGA
Found at i:8979 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 8655--8972 Score: 523
Period size: 26 Copynumber: 12.3 Consensus size: 26
8645 ATGCAACTAT
* *
8655 TGAATATGCAACTATATAAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
8681 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
8707 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
*
8733 TGAATATGCAACTATAT-AGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
* *
8758 TGATTATGCAACTATATG-GCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
* *
8783 AGAATATGCAACTATATGAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
*
8809 TGAATATGCAACTATATGAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
*
8835 TGAATATGCAACTACATGAACCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
*
8861 TGAATATGCAACTACATGAGCCTTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
8887 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
8913 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
*
8939 TGAATATGCAACTACATAAGCCCTAC
1 TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
8965 TGAATATG
1 TGAATATG
8973 ACCCTACTGA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 13, Indels: 4
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
25 47 0.17
26 230 0.83
ACGTcount: A:0.36, C:0.25, G:0.14, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
TGAATATGCAACTACATGAGCCCTAC
Found at i:9003 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 8968--11017 Score: 3070
Period size: 26 Copynumber: 79.2 Consensus size: 26
8958 GCCCTACTGA
8968 ATATGA-CCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
8993 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9019 ATATG-GGCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9044 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACA
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9070 ACATGAG-CCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* * *
9095 ACATGAGCCCTACCGAATATGCAACA
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9121 ACATGAGCCCTAAC-GAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCT-ACTGAATATGCAACT
*
9147 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
9173 ATATGAGCCCTACTAAATATACAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9199 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9225 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAAAT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9251 ATATGGGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9277 ATGTG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9302 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9328 ATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACT
*
9354 ATATGAGCGCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9380 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9406 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9432 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9457 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9483 ATATGA-CCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9508 ATAT--GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9532 ATATGATTCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACT
*
9559 ATATGA-CCCTACTGAACATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9584 ATAT-CGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
**
9609 ATATGATTTCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACT
*
9636 ACATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
9661 ACATG-GCCCTACCGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9686 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9711 ATATGATTCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACT
*
9738 ATATGATTCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACT
* *
9765 ATATGATTCCCTACTGAAAATGCAACT
1 ATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACT
*
9792 ATATG-GCCCTACTGAATGTGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
9817 ATATGATTCCCTACTGAATATGGAACT
1 ATATGA-GCCCTACTGAATATGCAACT
*
9844 ATATG-TCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
9869 ACATG-GCCGCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCC-CTACTGAATATGCAACT
9895 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9920 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
9946 ATATG-GCTCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGC-CCTACTGAATATGCAACT
9972 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
9998 ATATGA-CCTTACTGAATATGCCACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
10023 ATATGATTATAACTCTACTGAATATGCAACT
1 ATATG-----AGCCCTACTGAATATGCAACT
10054 ATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACT
10080 ATATGATTATAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATG-----AGCCCTACTGAATATGCAACT
10111 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* * *
10137 ACATGACCCCTACTGAATATGCCACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10163 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAATT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10189 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10215 ATATG-GCCATACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10240 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10265 ATATG-GTCGCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACT
10291 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10317 ATATGA-CCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10342 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10368 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10394 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10420 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10446 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10472 ATATGAGCCTTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10498 ATATG-GTCGCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACT
10524 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10549 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10575 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10600 ATATG-GCTCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGC-CCTACTGAATATGCAACT
10626 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10652 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10678 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10704 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10730 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10756 ATATG-TCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10781 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10807 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10833 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
10859 ACATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10885 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
10911 ATATGGGCGCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10937 ATATG-GCCCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
* *
10962 ATATAAGACCTACTGAATATGCAACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
10988 ATATG-GCCCTACTGAATATGC-ACT
1 ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
*
11012 ACATGA
1 ATATGA
11018 TGCAGATGAC
Statistics
Matches: 1888, Mismatches: 90, Indels: 94
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 30 0.02
25 519 0.27
26 1138 0.60
27 154 0.08
30 1 0.00
31 45 0.02
32 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACT
Found at i:13234 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13196--13268 Score: 137
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
13186 ACAACTGCCA
*
13196 TTGTGGCCCAAGTGAAGTTGCACTAGTGCTC
1 TTGTGGCCCAAGTGAAGTTGCACTAATGCTC
13227 TTGTGGCCCAAGTGAAGTTGCACTAATGCTC
1 TTGTGGCCCAAGTGAAGTTGCACTAATGCTC
13258 TTGTGGCCCAA
1 TTGTGGCCCAA
13269 CTTCCTTCGG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 41 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.27, T:0.29
Consensus pattern (31 bp):
TTGTGGCCCAAGTGAAGTTGCACTAATGCTC
Found at i:22179 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22152--22188 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
22142 ATATTTATCC
22152 TTTAATGGGTAG-TTTTA
1 TTTAATGGGTAGTTTTTA
22169 TTTAA-GGGTAGTTTTTA
1 TTTAATGGGTAGTTTTTA
22186 TTT
1 TTT
22189 TGTTTTGAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.32
17 13 0.68
ACGTcount: A:0.22, C:0.00, G:0.22, T:0.57
Consensus pattern (18 bp):
TTTAATGGGTAGTTTTTA
Found at i:34014 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 33978--34030 Score: 106
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
33968 GCTCTCCCAA
33978 CAATGATTTTCTTTATTCACAAGACT
1 CAATGATTTTCTTTATTCACAAGACT
34004 CAATGATTTTCTTTATTCACAAGACT
1 CAATGATTTTCTTTATTCACAAGACT
34030 C
1 C
34031 GAACCTGAGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
CAATGATTTTCTTTATTCACAAGACT
Found at i:39398 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 39337--39429 Score: 177
Period size: 43 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
39327 CGTAGGGAAA
*
39337 ATTTCTTCTTATTTAAAGTCCAAGTCTAGCTATTGGAGCTCAG
1 ATTTCTTCTTATTTAAAGTCCAAGTCTAGCTATTCGAGCTCAG
39380 ATTTCTTCTTATTTAAAGTCCAAGTCTAGCTATTCGAGCTCAG
1 ATTTCTTCTTATTTAAAGTCCAAGTCTAGCTATTCGAGCTCAG
39423 ATTTCTT
1 ATTTCTT
39430 TTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 49 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (43 bp):
ATTTCTTCTTATTTAAAGTCCAAGTCTAGCTATTCGAGCTCAG
Found at i:45231 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 45209--45244 Score: 72
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
45199 CCGCTTTTGC
45209 AGTTCTTGAGTATGCAA
1 AGTTCTTGAGTATGCAA
45226 AGTTCTTGAGTATGCAA
1 AGTTCTTGAGTATGCAA
45243 AG
1 AG
45245 AGAAGTATCT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 19 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
AGTTCTTGAGTATGCAA
Found at i:55345 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 55303--55407 Score: 192
Period size: 38 Copynumber: 2.8 Consensus size: 38
55293 TAACAAAGGT
55303 AAAAGCCATTGTTTGCATGTTTGCTTTTACAAAACAAG
1 AAAAGCCATTGTTTGCATGTTTGCTTTTACAAAACAAG
55341 AAAAGCCATTGTTTGCATGTTTGCTTTTACAAAACAAG
1 AAAAGCCATTGTTTGCATGTTTGCTTTTACAAAACAAG
* *
55379 AAAAGCCATTGTTTGCATGATTGGTTTTA
1 AAAAGCCATTGTTTGCATGTTTGCTTTTA
55408 AAGCCTTTGA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 65 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (38 bp):
AAAAGCCATTGTTTGCATGTTTGCTTTTACAAAACAAG
Found at i:56570 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 56529--56600 Score: 135
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
56519 CGTATTAATT
*
56529 ATAAATTATACTTGTTACCAATTTTGTATTAAAAA
1 ATAAATTATACTTGTTACCAATTTTATATTAAAAA
56564 ATAAATTATACTTGTTACCAATTTTATATTAAAAA
1 ATAAATTATACTTGTTACCAATTTTATATTAAAAA
56599 AT
1 AT
56601 TATAAGGATG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (35 bp):
ATAAATTATACTTGTTACCAATTTTATATTAAAAA
Found at i:58941 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 58797--58949 Score: 270
Period size: 83 Copynumber: 1.8 Consensus size: 83
58787 AAGTAAATTC
* *
58797 TGGTGGTAACGATTATGAAGTGCTATTTCAATCACCAACACTACTTTCTGCTACTGGATTATTGT
1 TGGTGGCAACGATTATGAAGTGCTATTTCAATCACCAACACTACTTTCTGCTACTGAATTATTGT
58862 ATTTTATTCTAGTAGAAT
66 ATTTTATTCTAGTAGAAT
* *
58880 TGGTGGCATCGATTATGAAGTGCTATTTCAATCACCAACGCTACTTTCTGCTACTGAATTATTGT
1 TGGTGGCAACGATTATGAAGTGCTATTTCAATCACCAACACTACTTTCTGCTACTGAATTATTGT
58945 ATTTT
66 ATTTT
58950 GTATGGTTGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
83 66 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (83 bp):
TGGTGGCAACGATTATGAAGTGCTATTTCAATCACCAACACTACTTTCTGCTACTGAATTATTGT
ATTTTATTCTAGTAGAAT
Found at i:62104 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 61995--62199 Score: 392
Period size: 68 Copynumber: 3.0 Consensus size: 68
61985 CCTTACTTAT
*
61995 ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATACAAGAAAAGTAGTTCACTACTTCATTAAGCATCATT
1 ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATATAAGAAAAGTAGTTCACTACTTCATTAAGCATCATT
62060 TGA
66 TGA
*
62063 ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATATAAGAAAAGTAGTTCACTACTTTATTAAGCATCATT
1 ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATATAAGAAAAGTAGTTCACTACTTCATTAAGCATCATT
62128 TGA
66 TGA
62131 ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATATAAGAAAAGTAGTTCACTACTTCATTAAGCATCATT
1 ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATATAAGAAAAGTAGTTCACTACTTCATTAAGCATCATT
62196 TGA
66 TGA
62199 A
1 A
62200 TAAGAATTTC
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 3, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
68 134 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (68 bp):
ACAATCAAATTAAAGTGTTTTCCCCTATATAAGAAAAGTAGTTCACTACTTCATTAAGCATCATT
TGA
Found at i:64786 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 64761--64810 Score: 91
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
64751 TTCAATCCCT
64761 TATCAATTTTCCCAGTATCCAG
1 TATCAATTTTCCCAGTATCCAG
*
64783 TATCGATTTTCCCAGTATCCAG
1 TATCAATTTTCCCAGTATCCAG
64805 TATCAA
1 TATCAA
64811 GAGTTTTGCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 26 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TATCAATTTTCCCAGTATCCAG
Found at i:75824 original size:39 final size:41
Alignment explanation
Indices: 75781--75875 Score: 149
Period size: 39 Copynumber: 2.3 Consensus size: 41
75771 TCAATATATC
*
75781 AATTTACAATATATCAAACAACTAACAAAAT-C-ATATAAT
1 AATTTACAATATATCAAACAACTAACAAAATCCTAGATAAT
*
75820 AATTTACAATATATCAAACAACTAATAAAATCCTTAGATAAT
1 AATTTACAATATATCAAACAACTAACAAAATCC-TAGATAAT
75862 AATTTACAATATAT
1 AATTTACAATATAT
75876 ATCAATTTTG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 2, Indels: 3
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 30 0.59
40 1 0.02
42 20 0.39
ACGTcount: A:0.54, C:0.14, G:0.01, T:0.32
Consensus pattern (41 bp):
AATTTACAATATATCAAACAACTAACAAAATCCTAGATAAT
Done.