Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019668.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19701, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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11 TTTGGCCTCA
21 GGTTACT-GACGTTCTGGGTCATTCG
1 GGTTACTCG-CGTTCTGGGTCATTCG
*
46 GGTTACTCGGGTTCTGGGTCATT
1 GGTTACTCGCGTTCTGGGTCATT
69 TCAGGTTTAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.95
26 1 0.05
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GGTTACTCGCGTTCTGGGTCATTCG
Found at i:223 original size:21 final size:22
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Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
189 GTTTATAATA
*
199 TTCTTGGGTCA-TCAGGTTATC
1 TTCTCGGGTCATTCAGGTTATC
*
220 TTCTCGGGTTATTCAGGTTA
1 TTCTCGGGTCATTCAGGTTA
240 CGAGTTTGTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.53
22 8 0.47
ACGTcount: A:0.15, C:0.17, G:0.24, T:0.44
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TTCTCGGGTCATTCAGGTTATC
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Indices: 2750--6664 Score: 6284
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2740 TATGAAGAAT
* * *
2750 TGTGGCTGACATTAGGTTTGATGAATAAAGATATTAT-AAGGAGTCTTTGTGCCAAAGGTCCTGC
1 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATT-TCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCTGC
* * * *
2814 AAAATTGAGCCGGCACTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGTTTAGTACACGATTTC
65 AAAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTC
* * *
2879 GGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCAGAATACTCAGA
130 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAG-
*
2943 AAAAAATATGTAATTCAATGCCAAAAAAA-TGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCC
194 AAAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCC
* *
3007 -TTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAAACCATGATGAGTAAAT
259 TTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAAC
* *
3071 GATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTTCCACAATTCATTTCCAAAA
324 GATTTCGACTAAAATTTTGC-AAAAAAAGACCCGAAA-TTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAA
* *
3136 TATTCAGAAAAAATATATAATTCGAAGCCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGT
387 TACTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGT
*
3201 TTTTCTTTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
452 TTTTC-CTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
3266 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGA
516 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGA
* * *
3331 GTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAATCTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTATAACCGAAAACC
581 GTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAAACC
* * * * *
3396 GTAATGGTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACCGACTCGAAAAGTTTTCACTCAATTTTTTGTGAA
646 GTGATGGTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAATGTTTTCACACAATTTTTTGTGAA
*
3461 ATATTTAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
711 ATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * *
3526 GTTTTTCCATTTGTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAAATGCTCGCAAAA
776 GTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGCAAAA
3591 ACAAATCCTTATATCCAA
841 ACAAATCCTTATATCCAA
* *
3609 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATTAATATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCTGCA
1 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCTGCA
** *
3674 AAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTTCCCAAAAACCGTCATGGTTAGTACACGATCTCG
66 AAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCG
*
3739 GCCAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAA-TTTTTGCCATAATACTCAGAA
131 GCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAGAA
3803 AAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCCTT
196 AAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCCTT
*
3868 TTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACTATG-TTCAGAAAACCATGATGAGTAAACG
261 TTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAAC-AAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAACG
** * *
3932 ATTTTTACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCAGAAATTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCGAAATAC
325 ATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATAC
*
3997 TCAGAAAAAATATATAATTCGACGTCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTT
390 TCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTT
4062 TCCTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
455 TCCTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
4127 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
520 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* *
4192 TTCTGCCAAAAATCATGCAAATCTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAAACCGTGA
585 TTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAAACCGTGA
* * *
4257 TGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACTCGAAAAT-TTTTCACTCAATTTTTTGTGGAAT
650 TGG-TAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCG-AAATGTTTTCACACAATTTTTTGTGAAAT
* *
4321 ATTTAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGT
713 ATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
* *
4386 TTTTCCATATGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAAC
778 TTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGCAAAAAC
*
4451 AAATCCTTATATTCAA
843 AAATCCTTATATCCAA
* *
4467 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGAAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCAGCA
1 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCTGCA
* * * * *
4532 AAATTGAGTCGGCCCTCCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-C-TG-T-G--A-TGCACGATCTCG
66 AAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCG
* * * *
4590 GCTAAAATTTTGCATCAAAA-GACCCGAAAATATTTTTCCTCAATTTTTTGCCAGAATACTAAGA
131 GCTAAAATTTTGCA-AAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAGA
* * *
4654 AAAAATATGTAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTATTATCGTGTTT-CC
195 AAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGT-TTTCCC
*
4717 TTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGAAAACCATGATGAGTAAAC
259 TTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAAC
* ** * *
4782 GATTTCGACTAAAATTTTGCAAACACTGACCCG-AATTATTTTTCCTCAATTCATTGCCACAATA
324 GATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATA
* * * * *
4846 CTCAGGAAAAATATATAACTAGACGCCAAAAAAATTGATGGGTTTTTTCACACTTCTAATATCGT
389 CTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCC-GAAAAATTGACGGG-TTTTTCACACTTCTAATATCGT
*
4911 TTTTCCTTTTCTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
452 TTTTCC-TTT-TTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
*
4976 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATACATATTTCAAGG
515 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGG
* *
5041 AGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTCAGCCGAAAAC
580 AGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAAAC
* * *
5106 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAATTTACCCGAAATGTTTTTACACAATTTTTCTGT
645 CGTGATGG-TAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAATGTTTTCACACAATTTTT-TGT
*
5171 GAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
708 GAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* *
5236 ATCATTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAAAAAGATTGAGATGCTC-CT
773 ATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGC-
5300 AAAAACAAATCCTTATATCCAA
837 AAAAACAAATCCTTATATCCAA
* *
5322 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAATATATTTCAAGGAGTATTTTGTGCCAAAAGTCCTGC
1 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGT-CTTTGTGCCAAAAGTCCTGC
*
5387 AAAATTGAGCTGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTC
65 AAAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTC
* * * *
5452 GGCTAAAATTTTGCATAAAATGACCCGAAAATTTATTTACTCAATTTTTTGCCATAATACTGAG-
130 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAGA
5516 AAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCCT
195 AAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCCT
* *
5581 TTTTTTCCCCGAATTTATTTTTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAACG
260 TTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAACG
*
5646 ATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGGAATGTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATA
325 ATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAAT-TTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATA
*
5711 CTCAGAAAAAATATATAATTCGACGTCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
389 CTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
5776 TTCCTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
454 TTCCTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* *
5841 AAACAAATCCTTAAATCCATTGTGCCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGATTC
519 AAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* *
5906 TTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGAGGCCCCGAAACGCG-TTTTAAGGCGAAAACCGT
584 TTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAA-CCGAAAACCGT
** * *
5970 -AACGTA-T--ACGATTTCCGCTAAAAAATGACCCGAAATGTTTGT-ACACACTTTTTTTGTGAA
648 GATGGTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAATGTTT-TCACACA-ATTTTTTGTGAA
*
6030 ATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
711 ATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
*
6095 G-TTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAA
776 GTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGCAAAA
*
6159 ACAAATCCTTATATACAA
841 ACAAATCCTTATATCCAA
*
6177 TGTGTCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGTGCCAAAAGTCCTGC
1 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTC-TTTGTGCCAAAAGTCCTGC
*
6242 AAAATTGAGCCGGAACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTC
65 AAAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTC
* *
6307 GGCTAAAACTTTGCAAAAAATGATCCGAAAATTTTTTTCCTCAA-TTTTTGCCATAATACTCAGA
130 GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAGA
* * *
6371 TAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATCGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTCTCCCT
195 AAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCCT
6436 TTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAACG
260 TTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAACG
6501 ATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATA
325 ATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAA-TTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATA
* * * * ** *
6566 CTAAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTGTTATCGTGT
389 CTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTT
* * *
6631 TTCCTTTTTTTTCCCTGGATTTATTTCTAATTAA
454 TTCCTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAA
6665 ATCGAAAGAA
Statistics
Matches: 2841, Mismatches: 177, Indels: 80
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
850 53 0.02
851 180 0.06
852 75 0.03
853 7 0.00
854 248 0.09
855 702 0.25
856 163 0.06
857 201 0.07
858 410 0.14
859 217 0.08
860 95 0.03
861 176 0.06
862 32 0.01
863 218 0.08
864 15 0.01
865 49 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (858 bp):
TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCTGCA
AAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCG
GCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATACTCAGAA
AAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAGTATCGTTTTCCCTT
TTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATGATGAGTAAACGA
TTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTCCTCAATTCATTGCCAAAATACT
CAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGACGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTT
CCTTTTTTTTCCCCGAATTTATTTATAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
TCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAAACCGTGAT
GGTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAATGTTTTCACACAATTTTTTGTGAAATATT
TAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
TCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGCAAAAACAAA
TCCTTATATCCAA
Found at i:6670 original size:201 final size:198
Alignment explanation
Indices: 6294--6839 Score: 749
Period size: 201 Copynumber: 2.7 Consensus size: 198
6284 CGTGATGGTT
* * * * * * *
6294 AGTACACGATCTCGGCTAAAACTTTGCAAAAAATGATCCGAAAATTTTTTTCCTCAATT-TTTGC
1 AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCG-AAATTTTTTTCCTCAATTCATTGC
* * * * * *
6358 CATAATACTCAGATAAAATATGTAATTCAACGCCAAAAAAATCGAAGGGTTTTTCACGGTTCTAG
65 CAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAG
6423 TATCGTTCTCCCTTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCA
129 TATCGTTCTCCCTTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCA
6488 TGATG
194 TGATG
6493 AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTTCCTCAATTCATTG
1 AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAA--TTTTTTTCCTCAATTCATTG
* * *
6558 CCAAAATACTAAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTT-TTG
64 CCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAG
* * * * *
6622 TTATCGTGTTTCCTTTTTTTTCCCTGGATTTATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTCAGAAAAC
129 -TATCGT-TCTCCCTTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAAC
6687 CATGATG
192 CATGATG
6694 AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCG-AATTTTTTTCCTCAATTCATTGCC
1 AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTCATTGCC
* * * ** *
6758 AAAATACTCAGAAAAATTATATAATTCGATGCCAAAAAATTGACGGG-TTTTCACAATTCTAATA
66 AAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAGTA
*
6822 TCGTTTTTCCCTTTTTTT
131 TCG-TTCTCCCTTTTTTT
6840 GAATTTTTTT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 31, Indels: 16
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
197 26 0.08
198 69 0.22
199 36 0.12
200 46 0.15
201 132 0.43
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTCCTCAATTCATTGCC
AAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAGTA
TCGTTCTCCCTTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACCATG
ATG
Found at i:7871 original size:857 final size:852
Alignment explanation
Indices: 6493--8222 Score: 2880
Period size: 857 Copynumber: 2.0 Consensus size: 852
6483 AACCATGATG
* * * * * *
6493 AGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAAATTTTTTTTTCCTCAATTCATTG
1 AGTACACGATCTCGGCTAAAATGTTGCAAAAAAAGACCCGAAATATTTTTTCCCTCAATTCATTG
* * *
6558 CCAAAATACTAAGAAAAAATATATAATTCGACGCCGAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTGT
66 CCAAAATACTAAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTGT
* * * *
6623 TATCGTGTTTCCTTTTTTTTCCCTGGATTTATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTCAGAAAACC
131 TATAGTGTTTCCCTTTTTTTCCCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACC
6688 ATGATGAGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAATTTTTTTCCTCAATTCA
196 ATGATGAGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAATTTTTTTCCTCAATTCA
*
6753 TTGCCAAAATACTCAGAAAAATTATATAATTCGATGCCAAAAAATTGACGGGTTTTCACAATTCT
261 TTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCGATGCCAAAAAATTGACGGGTTTTCACAATTCT
* *
6818 AATATCGTTTTTCCCTTTTTTTGAATTTTTTTCTAATTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGC
326 AATATCGTTTTTCCCTTTTTTTGAATTTATTTCTAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* *
6883 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGGTTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAA
391 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAA
* **
6948 GGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTATCGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTAGGCGAAA
456 GGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAA
7013 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTTTG
521 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTTTG
* *
7078 TGAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAGATTGACGGGTTTTTCATGCTTCTAA
586 TGAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAA
*
7143 TATCGTTTTCCATTTGTTTCCGAATTCATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTA
651 TATCGTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTA
*
7208 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAATATATTTCAAAGAGT
716 AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAAGAGT
* *
7273 CTTTGTGCCAAAAGTCCAGCAAAATTGAGTCAGCCCTCCAAAACGCGTTTTTAGCCAAACACCGT
781 CTTTGTGCCAAAAGTCCAGCAAAATTGAGCCAGCCCTCCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
7338 GATGGTT
846 GATGGTT
* * **
7345 AGTACACGATCTCGGCTAAAATGTTGCAAAAAATGACTCGAAA-ATTTTTTCCCTCAATTTTTTG
1 AGTACACGATCTCGGCTAAAATGTTGCAAAAAAAGACCCGAAATATTTTTTCCCTCAATTCATTG
* * * *
7409 CCAGAATACTCAGAAAAAATATGTAATTCAACACCAAATAAAATTGAAGGGTTTTTCACGGTTCT
66 CCAAAATACTAAGAAAAAATATATAATTCAACACC-AA-AAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTT-T
7474 T-TTATAGT-TTTCCCTTTTTTT-CC-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAA
128 TGTTATAGTGTTTCCCTTTTTTTCCCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAA
**
7535 ACCATGATGAGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAATTTTTTTTCCTCAA
193 ACCATGATGAGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAA-TTTTTTTCCTCAA
* * *
7600 TTCATTGCCACAATACTCTAGAAAAAATATATAATTTGATGCCAAAAAAATTGATGGGTTTTTCA
257 TTCATTGCCAAAATACTC-AGAAAAAATATATAATTCGATGCC-AAAAAATTGACGGG-TTTTCA
*
7665 CACTTCTAATATCGTTTTT-CCTTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAATTAAATCGAAACAA
319 CAATTCTAATATCGTTTTTCCCTTTTTTT----GAATTTATTTCTAATTAATTAAATCGAAACAA
*
7729 GATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATAT
380 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATAT
*
7794 AGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAATCTG-AGTCGGGGCCCCGAAACGCGT
445 AGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTA-TCGGGGCCCCGAAACGCGT
*
7858 TTTTAACCGAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTA
509 TTTTAACCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTA
7923 CTCAATTTTTTGTGAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAGATTGACGGGCTTT
574 CTCAATTTTTTGTGAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAGATTGACGGGCTTT
7988 TCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATT
639 TCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATT
8053 GAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGAT
704 GAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGAT
* *
8118 ATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCAGCAAAATTGAGCCAGCCCTCCAAAACGTGTTTTTA
769 ATTTCAAAGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCCAGCAAAATTGAGCCAGCCCTCCAAAACGCGTTTTTA
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*
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Statistics
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Consensus pattern (852 bp):
AGTACACGATCTCGGCTAAAATGTTGCAAAAAAAGACCCGAAATATTTTTTCCCTCAATTCATTG
CCAAAATACTAAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTGT
TATAGTGTTTCCCTTTTTTTCCCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAAACC
ATGATGAGTAAACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAAGACCCGAATTTTTTTCCTCAATTCA
TTGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCGATGCCAAAAAATTGACGGGTTTTCACAATTCT
AATATCGTTTTTCCCTTTTTTTGAATTTATTTCTAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAA
GGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTATCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCGAAA
ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTTTG
TGAAATATTTAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAA
TATCGTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTA
AAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAAGAGT
CTTTGTGCCAAAAGTCCAGCAAAATTGAGCCAGCCCTCCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
GATGGTT
Found at i:8206 original size:320 final size:319
Alignment explanation
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Period size: 320 Copynumber: 2.9 Consensus size: 319
7608 CACAATACTC
** * * * * * *
7618 TAGAAAAAATATATAATTTGATGCCAAAAAAATTGATGGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTT
1 TAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAAATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTT
* * * *
7683 TCC-TTTTTTTCCCCGAATTTATTTCTAATTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
65 TCCATTTGTTT--CCGAATTAATTTC----TAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAA
* * * * * *
7747 ATCAAATCCTTAAAT-CAATTGTGGCTTAGATTTGGTTAATTGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
124 AACAAATCCTTATATCCAA-TGTGGCTGACATTTGGTTGA-TGAATAAAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * * * *
7811 TTTCTGCCAAAAAT-CATGC-AAATCTGAGTCGGGGCC-CCGAAACGCGTTTTTAACCGAAAACT
187 TTTGTGCCAAAAGTCCA-GCAAAAT-TGAG-CCGGCCCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* *
7873 GTGATGGTTAGTACACGATTTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTTTGTGA
249 GTGATGGTTAGTACACGATCTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTATGTGA
7938 AATATT
314 AATATT
*
7944 TAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
1 TAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAAATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
8009 CCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
66 CCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
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131 CCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTT-GATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCC
* * *
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195 AAAAGTCCAGCAAAATTGAGCCGGCCCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
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260 TACACGATCTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTATGTGAAATATT
*
8264 TAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAATATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
1 TAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAAATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
8329 CCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
66 CCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* *
8394 CCTTATATCAAATGTGGCTGACATTTGGTTTGATGAATAAATATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCC
131 CCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGG-TTGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCC
* * *
8459 AAAAGTCCTGCAAAATTGAGCCGGCACTTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
195 AAAAGTCCAGCAAAATTGAGCCGGCCCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
*
8524 TACACGATCTCGGCTAAAA
260 TACACGATCTCCGCTAAAA
8543 CTATCTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (319 bp):
TAGAAAAAATATATAATTCAACGTCGAAAAAATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
CCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
CCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCA
AAAGTCCAGCAAAATTGAGCCGGCCCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACACGATCTCCGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTACTCAATTTTATGTGAAATATT
Found at i:9457 original size:197 final size:200
Alignment explanation
Indices: 9120--9512 Score: 548
Period size: 197 Copynumber: 2.0 Consensus size: 200
9110 AACAATTCTA
* * *
9120 ACTCTCACAAATTTAAGGACTAATTGAAAAGTACTACAAATCATTTGTATAGAGTATTAATGAGT
1 ACTCTCACAAATTTAAGGACTAATAGAAAAGTACTACAAAACATTTGTATAAAGTATTAATGAGT
*
9185 AAAAATAATAAAACAATAAAAGTTAAAGAAATTTTAAAAACGGACTAAATTGTGTAAAATAAAAA
66 AAAAATAATAAAACAATAAAAGTTAAAGAAATTTTAAAAACGGACTAAATTGTATAAAATAAAAA
* * *
9250 GCTTGAGGACTAAATTGCATTAAA-TATCAATGTTTGAGGGCTTCAATGTAAATTAA-TGAAGTT
131 GCTTGAGGACTAAATTGCA-TAAAGGATCAATGTGTGAGGGCTTCAATGTAAAATAAGTGAAGTT
9313 GATCCC
195 GATCCC
* * *
9319 ACTCTCACAAATTTAAGGAGTAATAGAAAAGTATTACAAAACATTT-TTTAAAGTATTAATGAGT
1 ACTCTCACAAATTTAAGGACTAATAGAAAAGTACTACAAAACATTTGTATAAAGTATTAATGAGT
* * *
9383 AAAATTAAT-AAA-AGTCAAAAGTTAAAGAAATAATTT-TAAA-GGACTAAATTGTATAAAATAA
66 AAAAATAATAAAACAAT-AAAAGTTAAAGAAAT--TTTAAAAACGGACTAAATTGTATAAAATAA
* * * *
9444 AAAGCTTGAGGACTAAATTGCATAAAGGATTAATGTGTGGGGGCTTTAATGTAAAATAAGTTAAG
128 AAAGCTTGAGGACTAAATTGCATAAAGGATCAATGTGTGAGGGCTTCAATGTAAAATAAGTGAAG
9509 TTGA
193 TTGA
9513 ATGACTGATA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 17, Indels: 11
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
196 6 0.03
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Consensus pattern (200 bp):
ACTCTCACAAATTTAAGGACTAATAGAAAAGTACTACAAAACATTTGTATAAAGTATTAATGAGT
AAAAATAATAAAACAATAAAAGTTAAAGAAATTTTAAAAACGGACTAAATTGTATAAAATAAAAA
GCTTGAGGACTAAATTGCATAAAGGATCAATGTGTGAGGGCTTCAATGTAAAATAAGTGAAGTTG
ATCCC
Found at i:10412 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 10382--10436 Score: 110
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
10372 TGATAATTAT
10382 AATTTTTAGATTCTTATATATTTATGG
1 AATTTTTAGATTCTTATATATTTATGG
10409 AATTTTTAGATTCTTATATATTTATGG
1 AATTTTTAGATTCTTATATATTTATGG
10436 A
1 A
10437 CATGTGGTGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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AATTTTTAGATTCTTATATATTTATGG
Found at i:10497 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10467--10507 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
10457 CCTTTTATTT
10467 AATTTAACTGAAA-TGAA
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10484 AATTTAA-TGTAAATTGAA
1 AATTTAACTG-AAATTGAA
*
10502 ATTTTA
1 AATTTA
10508 CTTGAGGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
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AATTTAACTGAAATTGAA
Found at i:11070 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11050--11086 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
11040 TGTTCTCCAT
11050 GGAGAGTCATT-TCAA
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*
11065 GGAGAGTGATTCTCAA
1 GGAGAGTCATTCTCAA
11081 -GAGAGT
1 GGAGAGT
11087 ACTTTCTATG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
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GGAGAGTCATTCTCAA
Found at i:20432 original size:25 final size:25
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Indices: 20399--20451 Score: 106
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
20389 TTAGTTTCTT
20399 ATATATTAATATTTCTTACATTTGG
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1 ATA
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Statistics
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ATATATTAATATTTCTTACATTTGG
Done.