Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019672.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19705, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 20--4312 Score: 4179
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10 CTCCACTCAG
* * * *
20 TTTTGCATGGTTTTTGGCATACAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTAACCAAATCTCA-GC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC
* *
84 GACATTGGATTTAAAGA-TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAAAAGTAA
66 -ACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAA
* * *
148 ATTCAG-AAAAAAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGGAT
130 ATTCAGAAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
212 TATATATTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCATTTTTTTGC
195 TATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCA-TTTTTTGC
* *
277 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAGCG-GTTCCGGAGTCA
258 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCA
* *
341 CGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATACAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACTGATCCAAA
323 CGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACTGAACCAAA
*** *
406 TCTCAGCCACATTGGA-TTATTCATTTGTTTTTACGAGCTTCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTA
388 TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTA
* * ** * * *
470 GAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAATACCGATATTAGTA-GCCCGGAAAGCCCGTCAATTTTTTT
453 GAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGGCGCGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT
* * * *
534 GGCGTCGAATTATATATTTTTTA--CG-A----G--------TTGAGAAAAAAATTTTCGGGTTA
518 GGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTAA
* *
584 GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCAGTTC
583 GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCAGCTC
* * *
649 AGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGAATCCTTGAAATATCTAAATTCATCTAACCAAATCTCAG
648 AATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
714 CTACATTGGATTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATA
713 CTACATTGGATTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATA
*** *
779 AATTCGGAAAATAAATGGAAAAACGATATTAGAAGTATG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
778 AATTC-GAAAA-AAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTT
* * *
843 GAATTATTATTTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAAATTTTTCGTGTCAGATTT
841 GAATTA-TA--TATTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAATT-AGGAAAAA-TTTTCGGGTCAG-TTT
* ** * *
908 TAGCCGAAATCATTTACT-AACCA-T-CAC----TGTTTTGGGCTTAAAAACGTGTTATGGAACC
899 T--TCGAAA--ATTTACTGAAATAGTGCACGTTTTGTTTTTGGC-TAAAAACGTGTTATGG-GCC
966 TCC-ACTCTG-
958 -CCGACTC-GA
* * * * * * *
975 TTTTGCATGGTTTTTGGCATACAGAATCCTTAAAATATCTATATTCATGTAACCAAATCTCAGTC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC
* *
1040 ACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGCTTT-GATTTTATTAAAAATAA
66 ACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAAAAATAA
* * *
1104 ATCCAG-AAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTCAAT
130 ATTCAGAAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAT
*
1168 TATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTTTAC
195 TATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTC-A-TTTTTTGC
*
1233 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGTCA
258 AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCA
* *
1298 CGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCGTAAAGATTCCTTGAAATATCTATATTCA-TCGAACCAA
323 CGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACT-GAACCAA
**
1362 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTTTCTGAATTTTGTTTCGATTTAATT
387 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATT
*
1427 AGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAACCGATATTAAAAGGC-CGAAAAGCCCGTCAATCTTTT
452 AGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGGCGCGAAAAGCCCGTCAATC-TTT
* *
1491 TTGGCATTGAATTATATATTCTATATGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG
516 TTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT-TGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG
* * *
1555 -ATAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTCGGACCCCG
580 TA-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCA
* * * *
1619 GTTCAATTTGGAATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCTAATC
644 GCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * *
1684 TCAGCTACATTTGATTCACGGATTTGTTTTTACAAGCACCAAAATCTTGTTTCGATTTAACTAGA
709 TCAGCTACATTGGATTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * **
1749 AATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAATGATATTTGAAACGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTGAT
774 AATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGC
* * *
1814 TTTGAGTTATATAAATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAGATTGAGGTAAAACTTTTCGGGGCAGTT
838 TTTGAATTATAT--ATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAA-ATT-AGG-AAAAATTTTCGGGTCAGTT
* *
1879 TTTCGAAAATTTAACTGAAATAGTGCACGTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGTGTT-TCGGGCCCC
898 TTTCGAAAATTT-ACTGAAATAGTGCACG-TTTTGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTAT-GGGCCCC
*
1943 GGCTCGA
960 GACTCGA
* ** * * ** *
1950 TTTTGCATGATTTTAGATAGAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATTAATTCTCAGGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC
2015 ACATTGGATTT-AAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-TATTAATTAAAAATA
66 ACATTGGATTTAAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT-TTAATTAAAAATA
* *
2078 AATTC-GAAAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAGCGTCAAAATCCCTTCAATTTTTTTTGGCGTT
129 AATTCAG-AAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTT
* * * * * *
2142 GAATTATTTATTTTTCCTGAGTATTCTGGCAAGAAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTT
191 GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCATTTTTT
*
2207 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGT
256 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGT
* * * *
2272 GC-CGGCTCAATTTTACAAGATTTTTGCCACAAAGACTCCTTGAAAAATATCTATATTCACTGAA
321 -CACGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTG--AAATATCTATATTCACTGAA
* * * * *
2336 CCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTT
383 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTT
* * * * * *
2401 AATTAGGAATTAA-TTCGAAAACAAATGGAAAAATGATATTAGAA-GCGTGAAAAACCCGTCAAT
448 AATTAGAAATTAATTTGGAAAA-AAATGGAAAAACGATATTAAAAGGCGCGAAAAGCCCGTCAAT
* * * * *
2464 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTC
512 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTC
* ** ** * *
2529 GGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT--AC-TAAC-CATCATGACTAAAAACGCGTTCCGGGGCC
577 GGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCC
* * * * * * *
2590 CCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCACCAAA-ACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCA
641 CCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCA-GAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* * * * ** *
2654 AATATCAGCTACAATGGATTTAAC-GATTTGTTTTTACGATCATCGGAATATTGTTTCGATTTAA
705 AATCTCAGCTACATTGGA-TTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAA
* * ** * ** * * *
2718 ATAGAAATTAATTCG-GGAAAATTGAAAAATTATATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTT
769 TTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATTTTTT
* * *
2782 TGGCTTTGAATTATATATTTTACACGAGTATTGCGGTTAAAAATTAGGAAAAATCTTTCGGGTCA
834 TGGCTTTGAATTATATATTTT-C-TGAGTATTGTGG-CAAAAATTAGGAAAAAT-TTTCGGGTCA
* * * * * **
2847 GTTTTT-GAAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACGTTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTT
895 GTTTTTCG--AAAA-TTTACTGAAATAGTGCACGTT---T---TGTTTTTGGCTAAAAACGTGTT
* *
2911 CTGGGGCCCTGACTC-A
951 AT-GGGCCCCGACTCGA
* * * * *
2927 GTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-ATCTGAAATCTCAG
1 -TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-CAAATCTCAG
* * * * *
2991 CCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTCCAATTTAATTAACTAGA
64 GCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT-A--A-A
* * * *
3056 AATAAATTCGAAAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCTGTCAATTTTTTT
125 AATAAATTC----AGAAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCT-TCAATTTTTTT
* * * * ** *
3121 GGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCATAGAATTGAGAGAAAAAAAAATTTCAGG
185 GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-G--AAAAACTTTTCGGG
** * * * * *
3186 TC-GGTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATGGTTTACT---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTG
247 TCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
* * * * * * * * *
3247 TTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
312 TTCCGGAGTCACGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * ** * ** *
3312 ATTGAACTAAATCCCAGCCACATTGGATTTAACTAATTACTTTTACGAGAATCTG-ATTCTTGTT
377 ACTGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATT-TTGTT
* * ** * * *
3376 TCGAGTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAACAAAAATATT-AGAGACGTGAAAA-C
441 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG-AAAAAAATGGAAA-AACGATATTAAAAGGCGCGAAAAGC
* * *
3439 CCTTCAATCTTTTAGGCATTGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAAATGAGAA
504 CCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATT-TGGCAAAAAAATTGAG--
* * * * * * *
3504 AAAAAAAATTTCGGGTCAGGTTTTAACCGAAATCATGTACATCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAA
565 AAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACA-CGTTACGG-TTTTTGGCTAAAAA
* * * * * * * * * * *
3569 CGCGTTTTGGGGTCACAACTAAATTTTGCATGGTTTTTGTCATACAGACTCCTTGAAATATATAT
628 CGCG-TTTCGGGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTAT
* * * * *
3634 ATTCATCTAACCTAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
692 ATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACATTGGATTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTT
* * * *
3699 ATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGTAAAAAATGGAAAAACGATATTCGAATCGTGAAAAAAC
757 GTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTG-AAAAAC
* * * * *
3764 CCTTCAA-TTTTTTGGCATTAAACTATATATTTTTTCTGA-TCATTATGGCAAAAAAATTAAGAA
821 CCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAA-T-TATATATTTTCTGAGT-ATTGTGGC--AAAAATT-AGGA
* ** *
3827 AAAACTTTTCGGGTCAGTTTTT-GCAAAATTTTAGCCGATGTACTG-A--TTTAAAATCGGTTTT
880 AAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTCG-AAAA-TTTA-CTGAAATAGTGCACGTTT----T--GTTTT
* ** * *
3888 TCGCTAAAAACGCAT-TTCGGGGACCC-ACCTCAA
935 TGGCTAAAAACG--TGTTATGGGCCCCGA-CTCGA
* ** * * * *
3921 TTTTGCATGATTTTTGACACCGAGACTACTTGAAATATCTATACTCATCAAACCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC
** * * * ** *
3986 ACAACGGATATAAGGATTCGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTAGATAAT-A
66 ACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAAATAA
* ** * *
4050 ATTCAGAAAAAAAATAACGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGGGCCGTCAATATTTTTGGCG
130 ATTCAG---AAAAA-AA-GGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAA-ACCCTTCAATTTTTTTGGCG
* * * * *
4115 ATGAATTATATA-TTTTTCTGAAT-TTTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTC--G------
189 TTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTCATTT
* ** * * *
4170 --TGTAAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTAC--A--ATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
253 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
* * * *** * * * *
4229 GGCCCCGACTTTGTTTTGCATGATTTCTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCT-A
318 AGTCACGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-CTGA
4293 ACCAAATCTCAGCCACATTG
382 ACCAAATCTCAGCCACATTG
4313 TGGCAAAAAA
Statistics
Matches: 2803, Mismatches: 398, Indels: 253
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
955 124 0.04
956 166 0.06
957 89 0.03
958 95 0.03
959 26 0.01
961 1 0.00
962 1 0.00
967 1 0.00
968 4 0.00
969 3 0.00
970 19 0.01
971 23 0.01
972 80 0.03
973 109 0.04
974 356 0.13
975 121 0.04
976 249 0.09
977 142 0.05
978 295 0.11
979 5 0.00
981 3 0.00
982 88 0.03
983 43 0.02
984 96 0.03
985 64 0.02
986 44 0.02
987 59 0.02
988 32 0.01
989 17 0.01
990 54 0.02
991 7 0.00
992 7 0.00
993 260 0.09
994 49 0.02
995 30 0.01
996 40 0.01
997 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (966 bp):
TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC
ACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAA
TTCAGAAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
ATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAA
ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCACGA
CTCAATTTTACATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCACTGAACCAAATCT
CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGGCGCGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGC
ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAGTT
TTTAGCCGAAATCGTGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCAGCTCAAT
TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTA
CATTGGATTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAT
TCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATT
ATATATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAATTAGGAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAATTTA
CTGAAATAGTGCACGTTTTGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTATGGGCCCCGACTCGA
Found at i:2090 original size:325 final size:325
Alignment explanation
Indices: 611--4312 Score: 2617
Period size: 325 Copynumber: 11.3 Consensus size: 325
601 TGTACACGTT
* * * * *
611 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA
* * *
676 ATCCTTGAAATATCTAAATTCATCTAACCAAATCTCA-GCTACATTGGATTCACGGATTTGTTTT
66 ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC-ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* *
740 TACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAATAAATGGAAAAACGA
130 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTC-GAAAA-AAATGGAAAAACGA
** **
805 TATTAGAAGTATG-AAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTATTATTTTTTTTCTGAGTAT
193 TATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTA-TATAATTTTTCTGAGTAT
* * * * *
868 TGTGGCAAAAAATTAAGAAAAAATTTTTCGTGTCAGATTTTAGCCGAAATCATTT-A-C----TA
257 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAG-TTTT--TCGAAA--ATTTAACCGAAATA
*
927 --AC-CATC
317 GTGCACATC
* * * * * ** * *
933 ACTGTTTTGGGCTTAAAAACGTGTTAT-GGAACCTCC-ACTCTGTTTTGCATGGTTTTTGGCATA
1 ACGGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTT-TCGG-GCC-CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* * * * *
996 CAGAATCCTTAAAATATCTATATTCATGTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGT
62 AAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * *
1061 TTTTACAAGCATCTGAATCTTGCTTT-GATTTTATTAAAAATAAA-TCCAGAAAAAA-GGAAAAA
127 TTTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGA-AAAAAATGGAAAAA
* * * *
1123 CAATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAA-TATTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTTCTGAGT
190 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGT
* *
1186 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTTTAC-AAAATTTTAGCCGAAAT
255 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTC-A-GTTTTT-CGAAAA-TTTAACCGAAAT
*
1250 CGTGTACTAACCATC
316 AGTG--C--A-CATC
* * * * * *
1265 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGTCACGACTCAATTTTACATGATTTTTGGC-GTAAA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAA
* * *
1329 GATTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
64 GAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
** * * * * *
1394 TTACGAGTTTCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAACCGA
129 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGA
* * * * * * * *
1459 TATTAAAAG-GCCGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTTGGCATTGAATTATAT-ATTCTATATGAGTA
193 TATTAGAAGCG-TGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATT-TTTCTGAGTA
* * * *
1522 TTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGAT-AG---TT------TTTAGCCGAAATCGTG
256 TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGG-TCAGTTTTTCGAAAATTTAACCGAAATAGTG
* *
1577 TACACGTT
320 --CACATC
* * * * *
1585 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTCGGACCCCGGTTCAATTTGGAATGATTTTTGGCAGAAAGA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA
* * * *
1650 ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCTAATCTCA-GCTACATTTGATTCACGGATTTGTTTT
66 ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC-ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * ** * * *
1714 TACAAGCACCAAAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAATGATA
130 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATA
* * * *** * *
1779 TTTGAAACGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTGATTTTGAGTTATATAAATTTTCTGAGTATTGT
195 TTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGT
* * * * *
1844 GGCAAAAGATTGAGGTAAAACTTTTCGGGGCAGTTTTTCGAAAATTTAACTGAAATAGTGCACGT
260 GGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAATTTAACCGAAATAGTGCACAT
*
1909 T
325 C
**** * * * * **
1910 TTTTTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGGCCCCGGCTCGATTTTGCATGATTTTAGATAGAAAGA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA
* * ** * *
1975 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATTAATTCTCAGGCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTT
66 ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
** *
2040 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-TATTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAAAAGAAAAACAATA
131 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT-TTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATA
* * * *
2104 TTAGAAGCGTCAAAATCCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTAT-TTATTTTTCCTGAGTATTC
195 TTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTT-CTGAGTATTG
* * * * *
2168 TGGCAAGAAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
259 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCG-AAAA-TTTAACCGAAATAGTG--
2232 CTAACCATC
320 C--A-CATC
* * ** * * * *
2241 ACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGTGCCGGCTCAATTTTACAAGATTTTTGCCACAAAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAG
* * * *
2306 ACTCCTTGAAAAATATCTATATTCA-CTGAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGT
65 AATCCTTG--AAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* * ** * *
2370 TTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTTAATTAGGAATTAATTCGAAAACAAATGGAAAAAT
127 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAA-AAATGGAAAAAC
* * * * * *
2435 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCAA-TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATA
191 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGTA
* * * * *
2499 TT-TTGCAAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTAAG---TT------TTTAGCCGAAATCGTG
256 TTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAATTTAACCGAAATAGTG
* *
2554 TAC-TA
320 CACATC
** ** * * * * *
2559 AC-CATCATGACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCACCAAA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCA-GAAA
* * * * * *
2623 -ACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATATCA-GCTACAATGGATTTAACGATTTGTT
64 GAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC-ACATTGGATTTAAGGATTTGTT
* * * * * * ** * **
2686 TTTACGATCATCGGAATATTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCG-GGAAAATTGAAAAATTA
128 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGA
* * * * * * *
2750 TATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAA-TCTTTTTGGCTTTGAATTATAT-ATTTTACACGAGTAT
193 TATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTC-TGAGTAT
* ** ** *
2813 TGCGGTTAAAAATT-AGGAAAAA-TCTTTCGGGTCAGTTTTT-GAAAAAATTTTGCCGAAATCGT
257 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACT-TTTCGGGTCAGTTTTTCG--AAAATTTAACCGAAATAGT
2875 GTACGTTACATC
319 G--C---ACATC
* * * * * **
2887 ACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCTGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-TCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAG
* * * * * * *
2952 ACTCATTGAAATATCTATATTAATC-ATCTGAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTT
65 AATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-CAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
* * *
3016 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTCCAATTTAATTAACTAGAAATAAATTCGAAAAAAAAAAAAGGA
129 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT-A--A-AAATAAATTCG----AAAAAAATGGA
* * *
3081 AAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAA-CCTGTCAA-TTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTC
186 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTC
* * * ** * * * **
3144 TAAGTATTGTGGCATAGAATTGAGAGAAAAAAAAATTTCAGGTCGGTTTTGC-AAAATTTTAGTC
250 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-G--AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAA-TTTAACC
* * * *
3208 AAAATGGTTTACTCATC
311 GAAATAG--TGCACATC
* * * * *
3225 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGAC-GTAAA
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAA
* * * * ** * **
3289 GACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-TGAACTAAATCCCAGCCACATTGGATTTAACTAATTACT
64 GAATCCTTGAAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTT
* * * * *
3353 TTTACGAGAATCTGATTCTTGTTTCGAGTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAACAA
128 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAA-TAAATTCG-AAAAAAATGGAAA-AA
** * * * * *
3418 AAATATTAG-AGACGTG-AAAACCCTTCAA-TCTTTTAGGCATTGAATTATATATTTTTTTATGA
190 CGATATTAGAAG-CGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTCTGA
* * ** *
3480 GTATTGTGGCAAAAAAAATGAGAAAAAAAAAATTTCGGGTCAG------G---TTTTAACCGAAA
253 GTATTGTGGC-AAAAAATTGAG--GAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAATTTAACCGAAA
*
3536 TCATGTACATCATC
315 T-A-GTGCA-CATC
* * * ** * * * * *
3550 ACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGTCACAACTAAATTTTGCATGGTTTTTGTCATACA
1 ACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCG-TTTCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA
* * * *
3615 GACTCCTTGAAATATATATATTCATCTAACCTAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
64 GAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
* * *
3680 TTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGTAAAAAATGGAAAAACGAT
129 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGAT
* * * * * *
3745 ATTCGAATCGTGAAAAAACCCTTCAA--TTTTTTGGCATTAAACTATATATTTTTTCTGA-TCAT
194 ATTAGAAGCGTG-AAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGT-AT
* * * * ** *
3807 TATGGCAAAAAAATTAAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTT-GCAAAATTTTAGCCGATGTACT
257 TGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCG-AAAA-TTTAACCGAAATAGT
* **
3871 G-ATTTAAA
319 GCA--CATC
* * * ** * ***
3879 ATCGGTTTTTCGCTAAAAACGCATTTCGGGGACCCACCTCAATTTTGCATGATTTTTGACACCGA
1 A-CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA
* * * * * ** * *
3944 GACTACTTGAAATATCTATACTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAACGGATATAAGGATTCGTTT
64 GAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
** *
4009 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTAGATAAT-AATTCAGAAAAAAAATAACGGAAA
129 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAAATAAATTC-G-AAAAAAAT---GGAAA
*** * * *
4073 AACGATATTAGAAGCGTGAAAGGGCCGTCAA-TATTTTTGGCGATGAATTATAT-ATTTTTCTGA
188 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGA
* * * * * * * * *
4136 AT-TTTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGTGTAAG---TT------TTTAGCTGAAATC
253 GTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAATTTAACCGAAATA
*
4191 GTGTACAATC
317 GTGCAC-ATC
* * *** *
4201 ACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTTGTTTTGCATGATTTCTGGCAGAAAG
1 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAG
* * *
4266 ACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
65 AATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTG
4313 TGGCAAAAAA
Statistics
Matches: 2687, Mismatches: 528, Indels: 331
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
311 1 0.00
312 22 0.01
313 67 0.02
314 3 0.00
315 86 0.03
316 2 0.00
317 49 0.02
318 111 0.04
319 114 0.04
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322 43 0.02
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330 17 0.01
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Consensus pattern (325 bp):
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA
ATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATAT
TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTG
GCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTCGAAAATTTAACCGAAATAGTGCACATC
Found at i:4149 original size:655 final size:646
Alignment explanation
Indices: 15--5705 Score: 3875
Period size: 655 Copynumber: 8.7 Consensus size: 646
5 GGAGCCTCCA
* * * * * *
15 CTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCATACAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATGTAACCAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
80 CAGCGACATTGGATTTAAAGA-TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTA-AA
66 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
143 AGTAAATTC-AGAAAAAA-GAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGC
131 A-TTAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGC
* * * * *
205 GTTGGATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCATT
195 GATGAATTATATA--TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCA--
* * * **
270 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAGCG-GTTCC
256 -----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTT
* * * * * *
334 GGAGTCACGACTCAATTTTACATGATTTTTGGCATACAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-CT
310 GGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* *** * *
398 GATCCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTATTCATTTGTTTTTACGAGCTTCTGAATTTTGTTTCGA
375 -AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
* * * * * ** * * *
462 TTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGGAATACCGATATTAGTAGCCCGGAAAGCCCGTCAA
439 TTTAATTAGAAA-TAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
* *
527 TTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTTTTAC-GAG---T-T-G------A--GA-AAAAAA-TTT
503 -TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTT
* * *
576 TCGGGTTAG----T------TTTTAGCCGAAAT-C-G-TGTACACGTTACGGTTTTTGGCTAAAA
566 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATACTGATTTA-AC-AT-CGGTTTTTGGCTAAAA
*
628 ACGCGTTTCGGGG-CCCAG
628 ACGCGTTCCGGGGCCCCAG
* * ** * * *
646 TTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGAATCCTTGAAATATCTAAATTCATCTAACCAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * *
711 CAGCTACATTGGATTCACGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * **
776 ATAAATTCGGAAAATAAATGGAAAAACGATATTAGAAGTATGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGC
131 ATTAATTC-GAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGC
* * * * * * *
840 GTTGAATTATTATTTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAAATTTTTCGTGTCAGA
195 GATGAATTA-TA-TATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGT
* * * * * * **
905 TTTTAGCCGAAATCATTTACTAACCATCACTGTTTTGGGCTTAAAAACGTGTTATGGAACCTCC-
258 TTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AA-CATCACGGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTTTTGGGGCC-CCG
** * * * * * *
969 ACTCTGTTTTGCATGGTTTTTGGCATACAGAATCCTTAAAATATCTATATTCATGTAACCAAATC
319 ACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * *
1034 TCAGTCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGCTTT-GATTTTATTAA
384 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAG
* *
1098 AAATAAA-TCCAGAAAAAA-GGAAAAACAATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAATATTTTTGG
448 AAATAAATTCGA-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT-TTTTTGG
* * *
1160 CGTTCAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAAT
511 CATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTC-A-
* * *
1225 TTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAAT-CGTG-TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
574 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATAC-TGAT-TTAA-CAT--CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
** * *
1288 TCCGTAGTCAC-G
634 TCCGGGGCCCCAG
* * ** * *
1300 ACTCAATTTTACATGATTTTTGGCGTAAAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATC
1 -CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
** *
1365 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTTTCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
65 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * * * *
1430 AATTAATTTGGAAAAAAATGGAAAACCGATATTAAAAG-GCCGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTTG
130 AATTAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCG-TGAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTTG
* * *
1494 GC-ATTGAATTATATATTCTATATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGAT-
193 GCGA-TGAATTATATATT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGG-TC
* * * * * *
1557 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-ACGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGAG-TTTCGGACCCCGG
255 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGA
* * * * *
1620 TTCAATTTGGAATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCTAATCT
320 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * * ** *
1685 CAGCTACATTTGATTCACGGATTTGTTTTTACAAGCACCAAAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAA
385 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * *
1750 ATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAATGATATTTGAAACGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTG-AT
450 ATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTGGCA-
* ** * ** *
1814 TTTGAGTTATATAAATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAGATTGAGGTAAAACTTTTCGGGGCAGTT
513 -TTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTT
* * * ** * * *
1879 TTT-CGAAAA-TTTAACTGAAATAGTGCACGTTT----T-TTTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTC-
577 TTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATACTG-A--TTTAACATCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG
*
1936 GGGCCCCGG
638 GGGCCCCAG
* * * * * ** *
1945 CTCGATTTTGCATGATTTTAGATAGAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATTAATTCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
2010 CAGGCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-TATTAATTAAA
66 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT-TTAATTAGA
* * * * *
2074 AATAAATTCGAAAAAAAA-AGAAAAACAATATTAGAAGCGTCAAAATCCCTTCAATTTTTTTTGG
130 AATTAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA-TTTTTTTGG
* * * * * * * *
2138 CGTTGAATTATTTATTTTTCCTGAGTATTCTGGCAAGAAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAAT
194 CGATGAATTATATATTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTC-A-
* * **
2203 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCG
256 ----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTG
* ** * * * * *
2268 GAGTGCCGGCTCAATTTTACAAGATTTTTGCCACAAAGACTCCTTGAAAAATATCTATATTCA-C
311 GGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTG--AAATATCTATATTCATC
* * * *
2332 TGAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTG
374 T-AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * * *
2397 ATTTAATTAGGAATTAATTCGAAAACAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCA
438 ATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAA-AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* * *
2462 ATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGCAAAAAAATTGAGAAAAAACTT
502 AT-TTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAAACTT
* * * *
2526 TTCGGGTAAG----T------TTTTAGCCGAAAT-CGTG-TACTAACCATC-----ATGACTAAA
565 TTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATAC-TGAT-TTAA-CATCGGTTTTTGGCTAAA
*
2574 AACGCGTTCCGGGGCCCCGG
627 AACGCGTTCCGGGGCCCCAG
* * * * * *
2594 CTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCACCAAA-ACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACA-CAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * * * *
2658 TCAGCTACAATGGATTTAACGATTTGTTTTTACGATCATCGGAATATTGTTTCGATTTAAATAGA
65 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
** * ** * * *
2723 AATTAATTCG--GGAAAATTGAAAAATTATATTAGAAACGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
130 AATTAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGC
** * * * ** * *
2786 TTTGAATTATATATTTTACACGAGTATTGCGG-TTAAAAATTAG-GAAAAATCTTTCGGGTCAGT
195 GATGAATTATATATTTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAAT-TTTCGGGTCAGT
* * *
2849 TTTTGAAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACGTTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCTG
258 TTTT------A----GCCGAAATCGTGTAC--AACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTG
* * ** * *
2914 GGGCCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-A
311 GGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * * * *
2978 TCTGAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTCCAAT
376 AC-CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
* *
3043 TTAATTAACTAGAAATAAATTCGAAAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAA-C
440 TTAA-T---TAGAAATAAATTCG----AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACC
* * *
3107 CTGTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCATAGAATTGAGAGAA
497 CT-TCAA-TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT--GAG-A
** * * * * *
3172 AAAAAAATTTCAGGTC-GGTTTTGCAAAATTTTAGTC-AAA-A-TGGTTTACTCATCACGGTTTT
557 AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATACTGATTTA-ACAT--CGGTTTT
* *
3233 TGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGG
619 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAG
* * ** *
3261 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-TGAACTAAATC
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT-AACCAAATC
* ** * ** * * * *
3325 CCAGCCACATTGGATTTAACTAATTACTTTTACGAGAATCTGATTCTTGTTTCGAGTTAATTAAA
65 TCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* ** * *
3390 AATTAATTTGGAAAAAAAATGGAAACAAAAATATTAG-AGACGTGAAAA-CCCTTCAATCTTTTA
130 AATTAA-TTCGAAAAAAAATGGAAA-AACGATATTAGAAG-CGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTT
* *
3453 GGC-ATTGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAAATGAGAAAAAAAAAATTTCG
192 GGCGA-TGAATTATATA--TTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAAATGAG--AAAAAAATTTTCG
* * * * *
3517 GGTCAGGTTTTAACCGAAATCATGTACATCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGT
251 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACAACATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGC
* * * * * * * * *
3582 CACAACTAAATTTTGCATGGTTTTTGTCATACAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCTAACCT
315 CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
*
3647 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAAT
380 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * *
3712 TAGAAATAAATTCGTAAAAAATGGAAAAACGATATTCGAATCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTT
445 TAGAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAACCCTTCAATTTTTT
* * * *
3777 GGCATTAAACTATATATTTTTTCTGA-TCATTATGGCAAAAAAATTAAGAAAAAACTTTTCGGGT
509 GGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGT-ATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT
** * * * *
3841 CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGATGTACTGATTTAAAATCGGTTTTTCGCTAAAAACGCATTTC
572 CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATACTGATTTAACATCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* *
3906 GGGGACCCAC
637 GGGGCCCCAG
** * * *
3916 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACCGAGACTACTTGAAATATCTATACTCATCAAACCAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
** * * **
3981 CAGCCACAACGGATATAAGGATTCGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTAGAT
66 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA-
* * * *
4046 AA-TAATTCAGAAAAAAAATAACGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGGGCCGTCAATATTTT
130 AATTAATTC-GAAAAAAAAT---GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTT
* * * * * *
4110 TGGCGATGAATTATATATTTTTCTGAAT-TTTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGTGTA
191 TGGCGATGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAA-TTTTCGGGTC
* * *
4174 AGTTTTTAGCTGAAATCGTGTAC-A-ATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGA
255 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGA
*** * *
4237 CTTTGTTTTGCATGATTTCTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCT
320 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
** * ** * * * ** * *
4302 CAGCCACATT-G-TGGCAA-AAAAT-TATAT-CTA-CA--T---TC--G----GA-AAAAAT-GG
385 CAGCCACATTGGAT-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * * * ** *
4348 AA-AAA--CG---ATATTGG--AATCG----T-GAA-----AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCAT
449 AATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTGGCAT
* * * * *
4395 TAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTTTGGTAAAAAATTGAGGAAAAAC-TTTCGGGTCAATTTT
514 TGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTT
* *
4459 TGCAAAATTTTAGTCAAAATGGTGTACTTTTTTATTGGCCAACGAAATCGTGTACTAACCATCAC
579 TGCAAAATTTTAGCCGAAA-----TAC--------T-------G--A---T-T--TAA-CAT--C
* * * * * * *
4524 GGTTTTTTGCCTAAAAAGGCGTTCTGGAGTCTCGG
613 GG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAG
* ** * * *
4559 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCAAATCAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * ******
4624 CAGCCACATTGTATATAA--AAAAAAATTT-CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * ** * *
4686 ATTAATTCGATAAAAAATAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGGACGTCAATCTTTTTG
131 ATTAATTCG--AAAAAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTG
* * * * * *
4751 GCGATGAATTATATATATATATATATATATATATATGAATATTTTGCAAAAAATTGAG-AAAAAC
193 GCGATGAATTATATAT-T-T-T-TCT-GA-GTAT-TG------TGGCAAAAAAATGAGAAAAAAA
* * * *
4815 TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAATCGAGT
245 TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTAC-AA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
*** * * * * * *
4880 TTCATGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGACTTTTGGCAGAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCA
307 TTTGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * *
4945 TCTAATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCAT-TCGAATCTTTGTT
372 TCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT-GAATC-TTGTT
* *
5009 TTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAATGGAAAAACAATATT-GAAAGCGTG-AAAAC
435 TCGATTTAATTAGAAATAAATTC-G--AAAAAAATGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAAC
* *
5072 CCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGTC-AAAAATTGAG-GAA
496 CCTTCAA-TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAA
* * *
5135 AACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAACGTGTACTTTTTTTTGTCAACGAAAT
560 AACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC-GAAA----TAC---------T----G--A-
* * ** * * *
5200 CGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGAC-AAAACCGCGTTATGGAGTCCCGG
604 --T-T--TAAC-AT--CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAG
**** * *
5250 CTCAATTTTGCATGA-TTTTGGTGTAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * * * *
5314 CAGTCACATTGTATATAAGGAATTATTTTAACGAGCATCCGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * * *
5379 ATTAATTTG--GAAAAATGGATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGTG
131 ATTAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCG
* * * * * * *
5442 TTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TTGCAAAAAATTGAG-AAAAACTTTTTGGGTTAGTTT
196 ATGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTT
* * *** ** * *
5505 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGACTAAAAACGCG-TACCGGATCTCGGCTC
260 TTAGCCGAAATCGTGTAC-AA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTC
* ** * *
5569 ATTTTTAAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAG
323 AATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
* * * *
5634 CCACAATGGATTT-AGGAATTTGTTTTAACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTTGAAA
388 CCACATTGGATTTAAGG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAA
5698 TAAATTCG
451 TAAATTCG
5706 GGGAAAAAAA
Statistics
Matches: 4053, Mismatches: 703, Indels: 567
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
611 29 0.01
612 16 0.00
613 45 0.01
614 1 0.00
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619 3 0.00
620 1 0.00
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629 3 0.00
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636 7 0.00
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649 126 0.03
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653 125 0.03
654 105 0.03
655 361 0.09
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658 49 0.01
659 140 0.03
660 65 0.02
661 4 0.00
662 5 0.00
663 16 0.00
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673 137 0.03
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678 1 0.00
679 1 0.00
682 1 0.00
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695 51 0.01
696 49 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (646 bp):
CTCAATTTTGCATGATTTTTGACACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATTAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCG
ATGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTT
TAGCCGAAATCGTGTACAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAAT
TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAT
TCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTGGCATTGAATTA
TATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA
TTTTAGCCGAAATACTGATTTAACATCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAG
Found at i:4767 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 4760--4786 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
4750 GGCGATGAAT
4760 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
4787 GAATATTTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:5691 original size:673 final size:695
Alignment explanation
Indices: 4339--5725 Score: 1927
Period size: 673 Copynumber: 2.0 Consensus size: 695
4329 CTACATTCGG
* * *
4339 AAAAAATGGAAAAACGATATTGGAATCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATTATA
1 AAAAAATGGAAAAACAATATTGAAAGCGTG-AAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATTATA
* *
4404 TATTTTTTCTGAGTATTTTGGTAAAAAATTGAGGAAAAACTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
65 TATTTTTTCTGAGTATTGTGGTAAAAAATTGAGGAAAAACTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* ** *
4469 TAGTCAAAATGGTGTACTTTTTTATTGGCCAACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGC
130 TAGCCAAAAACGTGTACTTTTTTATTGGCCAACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGA
* * * *
4534 CTAAAAAGGCGTTCTGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCTTTGAAA
195 CTAAAAACGCGTTATGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTGAAA
* *
4599 TATCTATATTCATCAAATCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAAAAAAAATTTCGAGCATCTGAA
260 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAAAAAAAATTTCGAGCATCCGAA
*
4664 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGATAAAAAATAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGT
325 TCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT--ATAAAAAATAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* *
4729 CAAAAGGACGTCAATCTTTTTGGCGATGAATTATATATATATATATATATATATATATGAATATT
388 CAAAAGCACGTCAATCTTTTTGGCGATG-ATTAGATATATATATATATATATATATATGAATATT
4794 TTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCATGTACTAACCATCAC
452 TTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCATGTACTAACCATCAC
* * * * * * * * *
4859 GGTTTTTGGCTGAAATCGAGTTTCATGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGACTTTTGGCAGAAATAC
517 GATTTTTGACTAAAAACGAGTTACACGGATCCGGCTCAGTTTTAAATGACTTTTGGCAGAAAGAC
* *
4924 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
582 TCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTAA
*
4989 CAAGCATTCGAATCTTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAA
647 CAAGCATTCGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAA
*
5037 AAAAAATGGAAAAACAATATTGAAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATAT
1 AAAAAATGGAAAAACAATATTGAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATTATAT
*
5101 ATTTTTTCTGAGTATTGT-GTCAAAAATTGAGG-AAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTT
66 ATTTTTTCTGAGTATTGTGGTAAAAAATTGAGGAAAAAC-TTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* *
5164 TAGCCAAAAACGTGTACTTTTTT-TT-GTCAACGAAATCGTGTACTAACTATCACGG-TTTTTGA
130 TAGCCAAAAACGTGTACTTTTTTATTGGCCAACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGA
* *
5226 C-AAAACCGCGTTATGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTGGTGTAAAGACTCATTGAAA
195 CTAAAAACGCGTTATGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTGAAA
* * * ** *
5289 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACATTGTATATAAGGAATTATTTTAACGAGCATCC
260 TATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAA-AAAAAAATTT--CGAGCATCC
** * *
5354 GAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-T-GGAAA-AATGGATAAACGATATTAGAAGCG
322 GAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTATAAAAAATAATAGAAAAACGATATTAGAAGCG
* * *
5416 TGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT-G-G-TG-TT-GA-AT-TATATAT-T-T-T-T-TCTGAATATT
387 TCAAAAGCACGTCAATCTTTTTGGCGATGATTAGATATATATATATATATATATATATGAATATT
* * *
5469 TTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTTGGGTTAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCAC
452 TTGCAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCATGTACTAACCATCAC
* * *
5533 GATTTTTGACTAAAAACGCG-TAC-CGGATCTCGGCTCATTTTTAAATGATTTTTGGCAGAAAGA
517 GATTTTTGACTAAAAACGAGTTACACGGATC-CGGCTCAGTTTTAAATGACTTTTGGCAGAAAGA
5596 CTCATTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCAGCCACAATGGATTT-AGGAATTTGTTT
581 CTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATC-AAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGG-ATTTGTTT
* *
5659 TAACGAGCATCTC-AATCTTTGTTTCGATTTAATTTGAAATAAATTCGGGGAAA
644 TAACAAGCAT-TCGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGGAAA
5712 AAAAAA-GGAAAAAC
1 AAAAAATGGAAAAAC
5726 GA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 57, Indels: 44
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
672 8 0.01
673 126 0.20
674 45 0.07
675 61 0.10
676 1 0.00
677 1 0.00
678 1 0.00
679 1 0.00
680 7 0.01
681 2 0.00
682 1 0.00
683 2 0.00
685 2 0.00
686 1 0.00
687 1 0.00
688 41 0.07
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696 50 0.08
698 27 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (695 bp):
AAAAAATGGAAAAACAATATTGAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATTATAT
ATTTTTTCTGAGTATTGTGGTAAAAAATTGAGGAAAAACTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
AGCCAAAAACGTGTACTTTTTTATTGGCCAACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGAC
TAAAAACGCGTTATGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCATTGAAAT
ATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAAAAAAAATTTCGAGCATCCGAAT
CTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTATAAAAAATAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAA
AAGCACGTCAATCTTTTTGGCGATGATTAGATATATATATATATATATATATATGAATATTTTGC
AAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCATGTACTAACCATCACGATT
TTTGACTAAAAACGAGTTACACGGATCCGGCTCAGTTTTAAATGACTTTTGGCAGAAAGACTCAT
TGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTAACAAG
CATTCGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAA
Done.