Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019678.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19711, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*
1 AAATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * *
66 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTTTGCCAAAAACTATACAAAACTTAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* ** * * * * **
131 TTTTTGATAAAAACCATGATTA-TTAGTATACAATTTCCGCTAAAAACTT-ACCCGAAATTTTTT
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGA-TAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCGAAAAGTTTT
* * ** * *
194 TTCTCAATTTGTT-TGCAGAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGG-
194 TCCTCAATTT-TTGT-CACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGT
* * * * *
257 CTTTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTAATTTTTTTTCGAAATAATTTAC-AATTAAGT-GAAA-
257 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-AA-ATTTTTTCGAATTAATTT-CTAATTAAATCGAAAT
319 A
319 A
* * * * * * * *
320 CAATATTTAGATGCTCATTAAAATAAATCCTTATATCTAATGTGGCTGTGATTTGGTTCA-ATGA
1 -AA-ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTT-AGATGA
* ** ** * * * * * *
384 ATATAA-ATATTTGAAGGAGGATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAG-CTG-GGACTCCGGA
63 ATA-AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGAC-GAGG-CCCCGAA
* * * * * * * *
446 ACGCGTTTTCAGTCAAAAACCGAGATGGTTTGTACAGGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAAGTG
125 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAATTG
* * *
511 ACCCGAAAAGTTTTTCTTCAATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
180 ACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTT-GTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * *
576 AAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTACCGAATTTATTTCTAAT
244 AAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTT-TCGAATTAATTTCTAAT
*
640 TAAATCGAAACAA
308 TAAATCGAAA-TA
* *
653 AAATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGACGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* *
718 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAAACGAGGCCCCGAAACGCGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
** * *
783 TTTTAGCCAAAAACAATGATAGTTAATACACGATTTCGGTTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
* * *
848 CTCAATTTGTTCTTCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTAAAGGGTTT
196 CTCAATTT-TT-GTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTT
* *
913 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATA
259 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATA
* * * * ** * *
974 AGATTCAGATGCACGTAAAAGCAAATCCTTGAATTTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * *
1039 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCTTGCAAAACTAAGAAGAGGCCCCGAAACGCGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* * *
1104 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAACA-TCTTTT
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGT-TTTT
* * *
1168 CCTAAATTTATTATCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCT
195 CCTCAATTT-TTGTCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTT
* * * * *
1233 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTC-CATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAA
258 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTT-TCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-TA
** * * * *
1296 AAATTCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTTAATCCAATATGGCTAAGATTTAGTTTGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * * *
1361 TAGATATTTTAAGGAGTTTTTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGACCCCGAAACGCGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* * * *
1426 TTTTTGCTAAAAACCGTGATTA-TTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTT
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGA-TAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
* * * ** * * *
1490 TCTCATTTTGCTTG-CAAAATTTTCAGAAAAACATATAATTCAACGACAAAAAGATTGACA-GG-
195 CCTCAATTT--TTGTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGA-AGGGT
* * *
1552 CTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAATTTATTTTTCGAAATAATTT-TGAATTAAATC-AAA
257 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-AA-AT-TTTTTCGAATTAATTTCT-AATTAAATCGAAA
1615 TTA
318 -TA
* * * * * *
1618 ATATTAAGATGCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAG-TGAAT
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAAT
* * ** * * * * * * *
1682 ATAA-ATATTT-TAGGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCCG-GGACTCCGGAACG
65 A-AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGG-CCCCGAAACG
* * * * *
1744 CGTTTTCAGTCAAAAACCGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAACTGACC
128 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAATTGACC
* * * *
1809 CGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTTAACGCCCAAAAA
183 CGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTT-GTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAA
* * * *
1874 ATTAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAA
247 ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTT-TCGAATTAATTTCTAATTAA
*
1938 ATCGAAACA
311 ATCGAAATA
* *
1947 AAATTCAGATGCTCGCAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* *
2012 TATATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* *
2077 TTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCAAAAAGTTTTTC
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
* * * * *
2142 CTCAATTTATCGCCACAATA-TGCTGAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTTAAGGGTTT
196 CTCAATTT-TTGTCACAATACT-CAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTT
* * * * * *
2206 TTCACACTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTGAATCGAAACAA
259 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTT-TCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-TA
* * *
2268 AAATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTCGGTTAGATGATTA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * *
2333 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTTTGCCAAAAACTATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* ** * * * *
2398 TTTTTGATAAAAACCGTGATTA-TTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACACGACAAAATTTT
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGA-TAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCG--AAAAGTTT
* * ** * * * *
2462 TTTCTCAATTTGTT-TGCAAAATTTTCAGAGAAATAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGG
193 TTCCTCAATTT-TTGT-CACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG
* * * *
2526 -CTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTCTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCAAAAC
256 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAA-TTT-TTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAT
2590 A
319 A
* * * * * * * ** *
2591 ATATTTAGATACTCGTAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGCCTGATTTTTTGTTTA-ATGAAT
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGA-GATTTGGTTAGATGAAT
* * ** * * * * * * *
2655 ATAA-ATATTTGAAGGAGTATTTGCGCCTAAAATCTTGCAAAATTGAGCCG-GGACTCCGGAACG
65 A-AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGG-CCCCGAAACG
* * * * *
2718 CGTTTTCTAG-TAAAATATCGGGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
128 CGTTTT-TAGCCAAAA-ACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAATTGA
* * * ** *
2782 CCCAAAAAGTTTTTCGTCAATTTTTCGCCACAATACTTTGAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
181 CCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTT-GTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
2847 AAATTGAAGGTTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATATTTTTCGTATTAAATTCTAATT
245 AAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAAT-TTTTTCGAATTAATTTCTAATT
*
2912 AAATCGAACTA
309 AAATCGAAATA
* * * * * *
2923 AGATTCAGATGCGCGTAAAAGCAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
*
2988 AAGA-AGTTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACACG
66 AAGATA-TTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCG
*
3052 TTTTTAGCCAAAATCCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
130 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
*
3117 CCTCAATTTCTTGTCACAATACGCAGAAAAATTATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTT
195 CCTCAATTT-TTGTCACAATACTCAGAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTT
* * ** * *
3181 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAGTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAA
258 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-TA
**
3244 AAATTCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * *
3309 TAGATATTTTAAGGAGTCATTT-TGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACACG
66 AAGATATTTCAAGGAGTC-TTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCG
* * *
3373 TTTTTTGCTAAAAACCGTGATTA-TTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGAAAAGTTT
130 TTTTTAGCCAAAAACCGTGA-TAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCGAAAAGTTT
* * ** * * ** *
3436 TTTCTCAATTTGTT-TGCAAAATTTTCAAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGGTTGACGGG
193 TTCCTCAATTT-TTGT-CACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG
* * * * *
3500 -CTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAATTTTTTTTTCGAGTTAATTTCCAATTAAATCAAAA
256 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-AA--ATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
*
3564 CA
318 TA
* * * * * * *
3566 ATATTTAGATGCTCATTAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCA-ATGAAT
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAA-
* * ** * * * * * * *
3630 TAATATAAATATTT---GGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAG-CTAGGACACCGGA
64 T-A-A-AGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGG-CCCCGAA
* * * * *
3691 ACGCGTTTTCAGTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAACTGA
125 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC--------T-AAAAATTGA
** * * *
3756 CCCGAAAAGTTTTTCCAAAATTTATCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
181 CCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTT-TTGTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * * * *
3821 AAATTGAAGGATTTTTCACGCTTTTATTATCGTTTTTCATATTTTTTTTGAATTAAATTCTAATT
245 AAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCA-AATTTTTTCGAATTAATTTCTAATT
3886 AAATCGAAATA
309 AAATCGAAATA
* * ** * * *
3897 AGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * *
3962 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCCAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACTCTT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* * **
4027 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTTGTACATGATTTCAACTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
* * *
4092 CTCAATTTTTGTCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCGAAAAAATTGGAGGGTTTT
196 CTCAATTTTTGTCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
* * * *
4157 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTACCGAATTTATTTCTAAGTAAATCGAAATA
260 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTT-TCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATA
* * * * * *
4217 TAATTCAGATGCACGTAAAAACAAA-CTTTAAATTCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATA
1 AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * *
4281 AAGATATTTTAAGGAATCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGATGAGGCACCGAAACACGT
66 AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
* * * *
4346 TTTTAACCAAAAACAGTGATAGTT-G-ATTACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAATTTTT
131 TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTA-CACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTT
* *
4409 CCTCAATTTTTTGTCATAATACTCAAAAAAAATATATAA
195 CCTCAA-TTTTTGTCACAATACTC-AGAAAAATATATAA
4448 AGCTCATTGT
Statistics
Matches: 3405, Mismatches: 574, Indels: 297
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
317 1 0.00
318 38 0.01
319 148 0.04
320 312 0.09
321 1060 0.31
322 459 0.13
323 283 0.08
324 62 0.02
325 2 0.00
326 7 0.00
327 7 0.00
328 8 0.00
329 92 0.03
330 174 0.05
331 388 0.11
332 297 0.09
333 56 0.02
334 11 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (319 bp):
AAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
AAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGT
TTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
CTCAATTTTTGTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTT
CACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATA
Found at i:4081 original size:974 final size:970
Alignment explanation
Indices: 3--4421 Score: 5668
Period size: 974 Copynumber: 4.5 Consensus size: 970
1 AA
* * * * * *
3 ATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
* * * *
68 GATATTTCAAGGAGTCTTTTTGCCAAAAACTATACAAAACTTAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
* ** * * * * ** *
133 TTTGATAAAAACCATGATTA-TTAGTATACAATTTCCGCTAAAAACTT-ACCCGAAATTTTTTTT
131 TTAGCCAAAAACCGTGA-TAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCGAAAAGTTTTTC
* * ** * * *
196 CTCAATTTGTT-TGCAGAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGG-CT
194 CTCAATTTATTGT-CACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTT
* * ** * * *
259 TTCACGCTTCTAATATCGTTATTCTAATTTTTTTTCGAAATAATTTAC-AATTAAGT-GAAA-AC
258 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CA-TTTTTACCGAATTTATTT-CTAATTAAATCGAAACA-
* * *** * * * * *
321 AATATTTAGATGCTCATTAAAATAAATCCTTATATCTAATGTGGCTGTGATTTGGTTCA-ATGAA
319 AAAATTCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAA
* * * * * * * * * * *
385 TATAAATATTTGAAGGAG-GATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAG-CTG-GGACTCCGGAA
383 TATAGATATTTTAAGGAGTCATTT-TGCCAAAAACCATACAAAACTGAGAC-GAGG-CCCCGAAA
** * ** * * * * *
447 CGCGTTTTCAG-TCAAAAACCGAGATGGTTTGTACAGGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAAGTG
445 CGCGTTTTTTGCT-AAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGC--------T--AAAAACTG
* * ** *
511 ACCCGAAAAG-TTTTTCTTCAATTT-TTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCA
499 ACCCGAAAAGTTTTTTC-TCAATTTGTTTG-CAAAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCA
* * * * ** * *
574 AAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA--TTTTTACCGAATTTATTTCT
562 AAAAGATTGACGGG-CTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTTCGAATTAATTTCC
* * * ** * * *
637 AATTAAATCGAAACAAAAATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGA
626 AATTAAATCAAAAC-AATATTTAGATGCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGA
* * * ** * * * * * *
702 TTTGGTTAGACGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAAACG
690 TTTGGTTAGATGAATATAAATATTT--AGGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTG-AGCC
* * * * * * *
767 AGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAATGATAGTTAATACACGATTTCGG--------T
752 AGGACTCCGGAACGCGTTTTCAGTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
* **
823 T-AAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTGTTCTTCACAATACTCTGAAAAATATATAAT
817 TGAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTT-TTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAAT
*
887 TCAACGCCAAAAAAATTAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTTTT-GAAT
881 TCAACGCCAAAAAAATTAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCGAAT
951 TAAATTCTAATTAAATCGAAATAAG
946 TAAATTCTAATTAAATCGAAATAAG
* * *
976 ATTCAGATGCACGTAAAAGCAAATCCTTGAATTTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
1 ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
* * *
1041 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCTTGCAAAACTAAGAAGAGGCCCCGAAACGCGTTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
* * *
1106 TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAATACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAACA-TCTTTTCC
131 TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGT-TTTTCC
* * *
1170 TAAATTTATTATCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTT
195 TCAATTTATTGTCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
*
1235 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAAT
259 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAAT
* * * *
1300 TCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTTAATCCAATATGGCTAAGATTTAGTTTGATGAATATAGA
324 TCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
** *
1365 TATTTTAAGGAGTTTTTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGACCCCGAAACGCGTTTTT
389 TATTTTAAGGAGTCATTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTTTT
1430 TGCTAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
454 TGCTAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
* * * * *
1495 TTTTGCTTGCAAAATTTTCAGAAAAACATATAATTCAACGACAAAAAGATTGACAGGCTTTCACG
519 ATTTGTTTGCAAAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTCACG
* * ** ** *
1560 CTTCTAATATCGTTTTTCTAATTTATTTTTCGAAATAATTTTGAATTAAATCAAATTAATATTAA
584 CTTCTAATATCGTTTTTC-AATTTTTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCAAAACAATATTTA
1625 GATGCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAG-TGAATATAAATA
648 GATGCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-AGATGAATATAAATA
*
1689 TTTTAGGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGGAACGCGTTTTCAGT
712 -TTTAGGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCCAGGACTCCGGAACGCGTTTTCAGT
* *
1754 CAAAAACCGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
776 CAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-GAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
* *
1819 TTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTTAACGCCCAAAAAATTAAAGGGT
840 TTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTAAAGGGT
* ** * * *
1884 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAA
905 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATAA
*
1948 A
970 G
* * * * * * *
1949 ATTCAGATGCTCGCAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
1 ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
*
2014 TATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
* *
2079 TTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCAAAAAGTTTTTCCT
131 TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCT
* * * * *
2144 CAATTTATCGCCACAATA-TGCTGAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAAATTTAAGGGTTTTT
196 CAATTTATTGTCACAATACT-CAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTT
* *
2208 CACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTGAATCGAAACAAAAATT
260 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAATT
* * *
2273 CAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTCGGTTAGATGATTATAGAT
325 CAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * *
2338 ATTTCAAGGAGTCTTTTTGCCAAAAACTATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTT
390 ATTTTAAGGAGTCATTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTT
* * *
2403 GATAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACACGACAAAATTTTTTTCTC
455 GCTAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCG--AAAAGTTTTTTCTC
* *
2468 AATTTGTTTGCAAAATTTTCAGAGAAATAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTCAC
518 AATTTGTTTGCAAAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTCAC
* *
2533 GCTTCTAATATCGTTTTTCAAATTTTCTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCAAAACAATATTTA
583 GCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCAAAACAATATTTA
* * * ** *
2598 GATACTCGTAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGCCTGATTTTTTGTTTA-ATGAATATAAATA
648 GATGCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGA-GATTTGGTTAGATGAATATAAATA
* *
2662 TTTGAAGGAGTATTTGCGCCTAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGGACTCCGGAACGCGTTTTCTA
712 TTT--AGGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCCAGGACTCCGGAACGCGTTTTC-A
* ** *
2727 GT-AAAATATCGGGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAAG
774 GTCAAAA-ACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAACTGACCCGAAAAG
* * * *
2791 TTTTTCGTCAATTTTTCGCCACAATACTTTGAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAAATTGAAG
837 TTTTTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTAAAG
* * * *
2856 GTTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATATTTTTCGTATTAAATTCTAATTAAATCGAAC
902 GGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAA
2921 TAAG
967 TAAG
* *
2925 ATTCAGATGCGCGTAAAAGCAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
1 ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
*
2990 GA-AGTTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACACGTT
66 GATA-TTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTT
*
3054 TTTAGCCAAAATCCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCC
130 TTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCC
* *
3119 TCAATTTCTTGTCACAATACGCAGAAAAATTATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTT
195 TCAATTTATTGTCACAATACTCAGAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
*
3183 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAGTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAAT
259 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAAT
3248 TCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
324 TCAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
*
3313 TATTTTAAGGAGTCATTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACACGTTTTT
389 TATTTTAAGGAGTCATTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTTTT
*
3378 TGCTAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
454 TGCTAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
* * *
3443 ATTTGTTTGCAAAATTTTCAAAAAAATATATAATTCAAGGCCAAAAAGGTTGACGGGCTTTCACG
519 ATTTGTTTGCAAAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTCACG
*
3508 CTTCTAATATCGTTTTTCTAATTTTTTTTTCGAGTTAATTTCCAATTAAATCAAAACAATATTTA
584 CTTCTAATATCGTTTTTC-AATTTTTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCAAAACAATATTTA
* *
3573 GATGCTCATTAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCAATGAATTAATATAA
648 GATGCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT--A-G-ATGAATATAA
* *
3638 ATATTT-GGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCTAGGACACCGGAACGCGTTTTCA
709 ATATTTAGGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCCAGGACTCCGGAACGCGTTTTCA
3702 GTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAACTGACCCGAAAAGTT
774 GTCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAACTGACCCGAAAAGTT
** * * *
3767 TTTCCAAAATTTATCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGA
839 TTTCCTCAATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTAAAGGG
* * *
3832 TTTTTCACGCTTTTATTATCGTTTTTCATATTTTTTTTGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATA
904 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATA
3897 AG
969 AG
* *
3899 ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTGAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATAAA
1 ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
* * *
3964 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCCAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACTCTTTT
66 GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
* * **
4029 TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTTGTACATGATTTCAACTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCT
131 TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCT
* * *
4094 CAATTT-TTGTCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCGAAAAAATTGGAGGGTTTTT
196 CAATTTATTGTCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTT
* * *
4158 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAAGTAAATCGAAA-TATAATT
260 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAATT
* ** * * * * *
4222 CAGATGCACGTAAAAACAAA-CTTTAAATTCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATAAAGAT
325 CAGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * * * *
4286 ATTTTAAGGAATC-TTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGATGAGGCACCGAAACACGTTTTT
390 ATTTTAAGGAGTCATTT-TGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTTTT
** * * * * *
4350 AACCAAAAACAGTGA-TAGTT-G-ATTACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCT
454 TGCTAAAAACCGTGATTA-TTAGTA-TACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCT
4412 CAATTT-TTTG
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Statistics
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Consensus pattern (970 bp):
ATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAA
GATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTT
TTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCT
CAATTTATTGTCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTC
ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTACCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAATTC
AGATGCTCCCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
TTTTAAGGAGTCATTTTGCCAAAAACCATACAAAACTGAGACGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTTG
CTAAAAACCGTGATTATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAAT
TTGTTTGCAAAATTTTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTCACGCT
TCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCAAAACAATATTTAGAT
GCTCATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTA
GGAGTATTTGCGCCCAAAATCTTGCAAAATTGAGCCAGGACTCCGGAACGCGTTTTCAGTCAAAA
ACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTC
AATTTTTCGCCACAATACTCTGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTAAAGGGTTTTTCA
CGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATAAG
Found at i:5313 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5274--5347 Score: 114
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
5264 TGGTAAGCGG
*
5274 CTTGTTACAGCTTAAGC-AAGTTTCAGGTTCGAGAC
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*
5309 CTTGTTACAGCTTAACTAGGTTTCAGGTTCAAGAC
1 CTTGTTACAGCTTAACTAAGTTTCAGGTTCAAGAC
5344 CTTG
1 CTTG
5348 CGTACGCAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (35 bp):
CTTGTTACAGCTTAACTAAGTTTCAGGTTCAAGAC
Found at i:11033 original size:83 final size:83
Alignment explanation
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* *
10902 AATCTATGAGCTAACAAACAAACCCCTTCCCTAGCAAGTACAATTAAAATCTCATAACACCTGCT
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*
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*
11068 AAACTAT
1 AATCTAT
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Statistics
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AATCTATGAGCCAACAAACAAACCCCTTCCCCAGCAAGTACAATTAAAATCTCATAACACCTGCT
CTTAAACTTAGAAACTGA
Found at i:11136 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 11029--11182 Score: 281
Period size: 77 Copynumber: 2.0 Consensus size: 77
11019 CAAGTACAAT
*
11029 TAAAATCTCATAACACCTGCTCTTAAACTTAGAAACTGAAAACTATACCTACGTGCAAACCAAAT
1 TAAAATCTCATAACACCTGCTCTTAAACTTAGAAACTGAAAACTATACCTACCTGCAAACCAAAT
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66 AAACAAACAAAC
*
11106 TAAAATCTCATAACACCTGCTCTTGAACTTAGAAACTGAAAACTATACCTACCTGCAAACCAAAT
1 TAAAATCTCATAACACCTGCTCTTAAACTTAGAAACTGAAAACTATACCTACCTGCAAACCAAAT
*
11171 AAATAAACAAAC
66 AAACAAACAAAC
11183 AAATTACAAA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
77 74 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.25, G:0.06, T:0.21
Consensus pattern (77 bp):
TAAAATCTCATAACACCTGCTCTTAAACTTAGAAACTGAAAACTATACCTACCTGCAAACCAAAT
AAACAAACAAAC
Done.