Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019682.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19715, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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4738 GACAGTTTAG
*
4748 TATATATTATTTTTAGTGACTATGAAAATTACTTAAGGCTAAATAC
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1 TATATATTATTTTTAGTGACTATAAAAATTACTTAAGGCTAAAT
4838 TGAGGATTAA
Statistics
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TATATATTATTTTTAGTGACTATAAAAATTACTTAAGGCTAAATAC
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7710 AACCATGACT
* * * * * *
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*** * * * * *
7783 CAATGTCAAAAAGATTGTAGGACTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTT-C-ATTGTTTTCTAAAT
65 CAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTTCTGAAT
* *
7846 TAATTTCTAATT-AATCGAAACAAGATCCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
129 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
** * * * *
7910 GCTGAGATTCGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAAGAGTCTCGGCGTCAAAAATCATGCAAAAC
194 GCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * * *
7975 AGAGCTGTGG-CCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTCCGGCT
259 TGAGCCG-GGCCCCAG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
8039 AAAATTTTGC
322 AAAATTTTGC
* * * * * * *
8049 AAAAGTTGTCACAAAATATATTTGCTCAATTTTTGGTTAAAATACTCAT--AAAGTATATAATTC
1 AAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTC
* * * * * * * * *
8112 GACATCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTC
66 AACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTA
* * *
8177 ATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGC
131 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * * * * * *
8242 TGAGATTTTTTTAGATGAATATTGATATTTTAAGGATTCTTGACACCAAAAATCAAGCACAACT-
196 TGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* ** * *
8306 AACCTAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAAACTGTGAT-G-T--TACACGATTTCA
261 AGCC--GGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCC-----AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
8367 GCTATAATTTTGC
319 GCTAAAATTTTGC
* ** * *
8380 AAAAAATGACTTGAAAAAAT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATGCTCATAATATAA--ATATAA
1 AAAAATTGAC-CCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAA-A-AATTATATAA
* * * * * *
8442 TAT-AACGCCAAAAATA-T-CAGTGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCA
63 T-TCAACACCAAAAAGATTGAAG-GG-CTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCT
* * * *
8503 GAATTAATTTTTAATTAAATCGAGACAAGATTCCGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAA
125 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * * * * *
8568 CGTAGCTGAGATTTTATCATATGAATATGGAGATCTCAAAGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
190 TGTGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * *
8633 AAACAT-AGCCGGGCCCCATAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTAAATACACGATTTTG
255 AAAC-TGAGCCGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
8697 GCTAAAATTTTGC
319 GCTAAAATTTTGC
* * * * *
8710 AAAAATTGACCCAAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAATTATAT-AGTC
1 AAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTC
* * * * *
8774 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATACGTCTAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCTTAATT
66 AACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTTCTGAATT
* * * * *** *
8839 AATTTCTAATTAAATTGAAACATGATTTAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGA
130 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * *
8903 CTGAGATTTTTGCTTTGATGAATATAGATA-TTCAAGGAGTC-TGGCACCAAAAATCCTGCAACA
195 CTGAGA-TTTT-ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * *
8966 CTGAACCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGACTAACGTACACGATTT
258 CTGAGCC-GGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA--T-G-GTTA-GTACACGATTT
* *
9031 CGCCTAATATTTTGC
317 CGGCTAAAATTTTGC
* * * *
9046 AAAAACTT-A-CCAGAA-ATATTTTCCCTCAATTTTTGTCTAAAATACTCAT-AAAATATACAAA
1 AAAAA-TTGACCCAAAAGATA-TTT-CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAT-TATATA
* * * * *
9107 ATTCAACTCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT-C-ATATTTTCT-A
62 ATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGA
* *
9169 GATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
127 -ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* *** * *
9234 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAACACCAAAAATCATACA
190 TGTGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA
* * * * *
9299 AAACTGAGTCGGGGACCC-GAAACACGTTTTTTAGCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTT
255 AAACTGAG-CCGGGCCCCAG-AACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
9363 CGGCTAAAATTTTGC
317 CGGCTAAAATTTTGC
* * * * *
9378 AAAAAAAAAATGACCCTAAAA-AT-TGTCCTTATGTTTTTGGCTAAAATACTCAT-GAAATATAT
1 ----AAAAATTGACCC-AAAAGATATTTCCTCA-ATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAT-TAT
* * * * * *
9440 ATAATTTAACACCAATAATG-TTGGAGGACTTTTCACACTTTTCATATC-TTTTCTCATATTTTT
59 ATAATTCAACACCAA-AAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTT-TCCTATTTTT
* * * * *
9503 TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCATTAAATG
122 TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
* * *
9568 CAATGTGGCTGAGATTTGATTACATGAATAT-GAATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
187 CAATGTGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
* * * * * * * * *
9632 TACAAAACCGACCCGGGGCCCTGAAACGCGTTTTTTAGCCAAAAACCTTGCTGATTATTACACGA
251 TGCAAAACTGAGCCGGGCCCCAG-AACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
*
9697 TTTCGACTAAAATTTTGC
314 TTTCGGCTAAAATTTTGC
* *
9715 AAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGACTAAAATACTCATATAAAA-TATATAATT
1 AAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATA-AAAATTATATAATT
* * * * * * * *
9779 TAACCCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTTTTGTGAATT
65 CAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATT
* * * *
9844 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGT-AAAA-AAATCTTTAAATCTAATGTGG
130 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * *
9907 ATGAGATTTGATTAGATTAATATAGATATTTCAAGGATTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT
195 CTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * * * *
9972 GACCCAGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAATCGTGATATGATTATTACACGGTTT-
260 GAGCC-GGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGC----CAAAAACCGTG--ATGGTTAGTACACGATTTC
10036 GAGCTAAAATTTTGC
318 G-GCTAAAATTTTGC
* * * * * * * *
10051 AAAAACTGTCCCAAAAGATATCTCCTCATTTTTTAGCCACAATACTCATCTAAAA-TATATAATT
1 AAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-AAAAATTATATAATT
* ** * * *
10115 CAACTCCAAAAAGATTGAACAGCTTTTCACACGTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATT
65 CAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATT
* * * * * * *
10180 AATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCATAAATGCTATGTCG
130 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
** * * * * *
10245 CTTTGATTTTATTAGTTGAAGATAGAAATTTCAAGGAGACTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACT
195 CTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * * * * * * *
10310 GAGCTGGGGCACCAAAACGAGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTCGTAAATGATTTTGGCTAA
260 GAGC-CGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
10375 AATTTTGC
324 AATTTTGC
* *** * *
10383 AAAAAATGAGATGAAAA-AT-TTGTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCCT-AAAATT-TATAAT
1 AAAAATTGA-CCCAAAAGATATT-TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
* * * * * * *
10444 TTAAAACCAAAAATATTTG-AGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAA
64 TCAACACCAAAAAGA-TTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAA
* * **
10508 TTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATTTTTAAATCCAATGT
128 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* *
10573 GGCTGAGATTTTATTAGATGAATATTA-ATATCTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAA
193 GGCTGAGATTTTATTAGATGAATA-TAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * * *
10637 ACTGAGTCGGGGCCTCAGAACACTTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGAC
257 ACTGAG-CCGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
10702 TAAAATTTTGT
321 TAAAATTTTGC
* * * *
10713 AAAAACTGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAA-TATATATTTC
1 AAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATTC
* * * *
10777 AACACCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTGA-AGTTTCCAATATCGTTTTTCCTAATTTTTT-TCGAA
66 AACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTT-TAATATCGTTTTTCCT-ATTTTTTCT-GAA
* * * *
10840 TTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAGTTCTTAAAAATCCAAT
128 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT--AAATCCAAT
* * * *
10905 GTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGT-TTCGGAGCCAAAATTCATGCA
191 GTGGCTGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GGCGCCAAAAATCATGCA
* * *** *** * *
10969 AAATTGAGGCAATCCTTGGAACGCGTTTGTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTAGTACATGATT
255 AAACTGAGCCGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTTAGTACACGATT
*
11034 GCGGCTAAAATTTTGC
316 TCGGCTAAAATTTTGC
* *
11050 AAAAATTGACACGAAAGAT-TTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAA-TATATAATT
1 AAAAATTGACCCAAAAGATATT-TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATAATT
** * * * ** * *
11113 CAATGCCAAAAATATTGGAGGGATTTTCATGCTTTTAATATCGTATTTCTTACTTTTTTCT-AAT
65 CAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCTGAA-
* * * *
11177 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCGGATACTCGGAAAA
128 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
11221 TCACCAATTA
Statistics
Matches: 2590, Mismatches: 465, Indels: 226
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 11 0.00
327 1 0.00
328 52 0.02
329 103 0.04
330 517 0.20
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
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AACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTA
ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
TGAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG
AGCCGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
TTTTGC
Found at i:9932 original size:668 final size:653
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Indices: 7739--11220 Score: 3281
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7729 CCAAAAATAT
* * * * *
7739 TTTTCCTCAATTTTTGGA--AAAATAATCATAAAATGTATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGTA
1 TTTTCCTCAATTTTT-GACTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA
* *
7802 GGACTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTTCAT-TGTTTTCTAAATTAATTTCTAATT-AATCGAA
64 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
7865 ACAAGATCCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTCGATTAGATGA
128 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* * * * * * *
7930 ATAAAGATATTTCAAAGAGTCTCGGCGTCAAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGTAACG
193 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-GGGGCCC-GAAACG
* * * ** *
7995 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGTCA
256 CGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAC-
* * * * * *
8060 CAAAATATATTTGCTCAATTTTTGGTTAAAATACTCATAAAGTATATAATTCGACATCAGAAAGA
320 CCAAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAATATATAATTCAACACCA-AAAGA
* * * * * *
8125 TTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTCATTTCTAATTAAA
383 TTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * **
8190 TCAAAACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTTTTTA
448 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* * * * * * * **
8255 GATGAATATTG-ATATTTTAAGGATTCTTGACACCAAAAATCAAGCACAACTAACCTAGGGCCCT
513 GATGAATA-TGAATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCT
* * *
8319 GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAAAC-TGTGA-T-GTTACACGATTTC-AGCTATAATTTTGC
577 GAAACGCGTTTTTAGCC----AAAAACCTTGTGATTAG-TACACGATTTCGA-CTAAAATTTTGC
* ** *
8380 AAAAAATGACTTGAAAAAA
636 AAAAATTGACACG-AAAGA
* * * **
8399 TTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATGCTCATAATATAA-ATATAATAT-AACGCCAAAAATATCAG
1 TTTTCCTCAATTTTTGACTAAAATACTCATAA-A-AATATATAAT-TCAACGCCAAAAAGATTGG
* * * *
8462 TGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTTTAATTAAATCGAG
63 AGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * *
8527 ACAAGATTCCGATGCTCGTAAAAACAAAT-TCTTAAATCCAACGTAGCTGAGATTTTATCATATG
128 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCT-TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
* * * * * * *
8591 AATATGGAGATCTCAAAGAATCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAT-AGCCGGGCCCCATAAC
192 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC-TGAGCGGGGCCCGA-AAC
* * *
8655 GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTAAATACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
255 GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAC
* * * * *
8720 CCAAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAA-ATTATATAGTCAACGCCAAAA
320 CCAAAA--TATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAATA-TATA-ATTCAACACC-AAA
* * * *
8784 AGATTGAAGGGCTTTTCATACGTCTAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCTTAATTAATTTCTAAT
380 AGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATT-TTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * *** * *
8849 TAAATTGAAACATGATTTAGATGCTTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTT
444 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTGGCTGAGA--TT
* * * * * *
8913 TGCTTTGATGAATAT-AGATA-TTCAAGGAGTC-TGGCACCAAAAATCCTGCAACACTGAACCGG
507 TGATTAGATGAATATGA-ATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACCCGG
* * * * *
8975 GGCCC-CAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGACTAACGTACACGATTTCGCCTAAT
571 GGCCCTGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACC-T--TGT-GA-TTA-GTACACGATTTCGACTAAA
*
9039 ATTTTGCAAAAACTT-AC-CAGAAATA
629 ATTTTGCAAAAA-TTGACAC-GAAAGA
* * * *
9064 TTTTCCCTCAATTTTTGTCTAAAATACTCATAAAATATACAAAATTCAACTCCAAAAAGATTGGA
1 TTTT-CCTCAATTTTTGACTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA
9129 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTCT-AGATTAATTTCTAATTAAATCGAA
64 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * *
9192 ACAAGATTCAGATGCTCATAAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
128 ACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG
*** * *
9257 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAACACCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGGACCCGAAAC
192 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGG-CCCGAAAC
* * *
9322 ACGTTTTTTAGCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAAAA
255 GCG-TTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC----AAAAA
* * * *
9387 ATGACCCTAAAA-ATTGTCCTTATGTTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACA
315 CTGACCC-AAAATATT-TCCTCA-ATTTTTGGCTAAAATACTCAT-AAA-ATATATAATTCAACA
* * * *
9451 CCAATAATG-TTGGAGGACTTTTCACACTTTTCATATC-TTTTCTCATATTTTTTCTGAATTAAT
375 CCAA-AA-GATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTT-TCCTATTTTTTCTGAATTAAT
* * * *
9514 TTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCATTAAATGCAATGTGGCTG
437 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTGGCTG
* * * *
9579 AGATTTGATTACATGAATATGAATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACCGAC
502 AGATTTGATTAGATGAATATGAATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAC
*
9644 CCGGGGCCCTGAAACGCGTTTTTTAGCCAAAAACCTTGCTGATTATTACACGATTTCGACTAAAA
567 CCGGGGCCCTGAAACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCTTG-TGATTAGTACACGATTTCGACTAAAA
*
9709 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA
630 TTTTGCAAAAATTGACACGAAAGA
* * *
9733 TATTTCCTCAATTTTTGACTAAAATACTCATATAAAATATATAATTTAACCCCAAAAAGATTGAA
1 T-TTTCCTCAATTTTTGACTAAAATACTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA
** * * * *
9798 GGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTTTTGTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
64 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * *
9863 ACAAGATTTAAATGCTCGT-AAAA-AAATCTTTAAATCTAATGTGGATGAGATTTGATTAGATTA
128 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* * * * *
9926 ATATAGATATTTCAAGGATTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGACCCAGGGTCCCGGAACG
193 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-GC-GGGGCCCGAAACG
* * * *
9991 CGTTTTTAGCAAAAAAAAAATCGTGATATGATTATTACACGGTTT-GAGCTAAAATTTTGCAAAA
256 CGTTTTTAGC----AAAAAACCGTG--ATGGTTAATACACGATTTCG-GCTAAAATTTTGCAAAA
* * * * * * *
10055 ACTGTCCCAAAAGATATCTCCTCATTTTTTAGCCACAATACTCATCTAAAATATATAATTCAACT
314 ACTGACCC-AAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCA--TAAAATATATAATTCAACA
** * * *
10120 CCAAAAAGATTGAACAGCTTTTCACACGTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATTAATTT
375 CC-AAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTT
* * * * * * **
10185 TTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTTGTAAAAACAAATCCA-TAAATGCTATGTCGCTTT
439 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CATTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * * * *
10249 GATTTTATTAGTTGAAGATAGAA-ATTTCAAGGAGACTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGAG
503 GATTTGATTAGATGAATAT-GAATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAC
* * * * * * * * * *
10313 CTGGGGCACC-AAAACGAGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTCGTAAATGATTTTGGCTAAAA
567 CCGGGGC-CCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCTTG-TGATTAGTACACGATTTCGACTAAAA
* * * *
10377 TTTTGCAAAAAATGAGATGAAAAA
630 TTTTGCAAAAATTGACACGAAAGA
* * * ** * *
10401 TTTGTCCTCAATTTTTGGA-TAAAATACTCCT-AAAATTTATAATTTAAAACCAAAAATATTTGA
1 TTT-TCCTCAATTTTT-GACTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA
* *
10464 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAA
64 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * *
10529 ACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATTTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTATTAGATGA
128 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
* *
10594 ATATTA-ATATCTCAAGGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTC-AGAA
193 ATA-TAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGCC-CGA-AA
* * * * * *
10657 CACTTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAACTGA
254 CGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
* *
10722 CTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATATTTCAACACCAGAA
319 C-CCAAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-AAAATATATAATTCAACACCA-AA
* * *
10787 AGATTGAAGGGCTTTTGA-AGTTTCCAATATCGTTTTTCCTAATTTTTT-TCGAATTAATTTCTA
380 AGATTGAAGGGCTTTTCACACTTT-TAATATCGTTTTTCCT-ATTTTTTCT-GAATTAATTTCTA
* * *
10850 ATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAGTTC-TTAAAAATCCAATGTGGCTGAG
442 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA-ATCATT--AAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * * *
10914 ATTTAATTAGATGAATAT-AGATATTTCAAGCAGT-TTCGGAGCCAAAATTCATGCAAAATTGAG
504 ATTTGATTAGATGAATATGA-ATATTTCAAGGAGTCTT-GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAC
* *** * * * * * * *
10977 GC-AATCCTTGGAACGCGTTTGTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTAGTACATGATTGCGGCTA
567 CCGGGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC-T--T-GTGA-TTAGTACACGATTTCGACTA
11041 AAATTTTGCAAAAATTGACACGAAAGA
627 AAATTTTGCAAAAATTGACACGAAAGA
* * *
11068 TTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGAG
1 TTT-TCCTCAATTTTTGACTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGA-
* * *
11133 GGA-TTTTCATGCTTTTAATATCGTATTTCTTACTTTTTTCT-AATTTAATTTCTAATTAAATCG
64 GGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA--TTTTTCTGAA-TTAATTTCTAATTAAATCG
* * * *
11196 AAACAAAATTCGGATACTCGGAAAA
126 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
11221 TCACCAATTA
Statistics
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TAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCGGGGCCCGAAACGCGTTT
TTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAA
TATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAATATATAATTCAACACCAAAAGATTGAAGGG
CTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA
TGAATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACCCGGGGCCCTGAAACGCGT
TTTTAGCCAAAAACCTTGTGATTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACACGAA
AGA
Found at i:23924 original size:331 final size:328
Alignment explanation
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20810 TCGTGCCATT
* * * * *
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* * * * * * ** **
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* * * * * *
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125 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* ** * * * *
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* * * * * * *
21078 TTTCAATCTTTTTTGTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTCTCCAAAAATTGAGGAAAT
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* *
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315 ATCTTTTGGGTCAA
* ** * * * *
21157 TTTTTACAAAATTTTAGCATAAATCATGTGATAACCATCACAG-TTTTGGATAAAAAAAAAAAGC
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* * * **
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* ** * * *
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* * *
21349 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATACAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCC
188 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * *
21414 TCCAATCTTTTTGCCATTAAATCATATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAA
253 TCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTT-GCCAAAAATTGAGG-AAAA
* *
21479 AT-TTTCGGGTCAT
315 ATCTTTTGGGTCAA
** * * *
21492 TTTTTGCAAAATTTTTAAACAAAATCGTG--T-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGAGTTTC
1 TTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
* * * * * * ** * *
21553 -AGAGCACCAGCTCAATTTTGCATGAGTTTTGACGCCGACACTCCTTGAAATAACTATATT-ATT
65 GAG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-T
* * * ** * * *
21616 CTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGTTTTTTTTTTTACGAGCATCTGCATCATGTTTCG
128 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * * * *
21681 ATTTAATTAGTAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCTTCAA
193 ATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA
* * * * * * *
21746 TATTTTTGGAGTTGAATTATATATTTCTTATAAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAAATATCTTT
258 TCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTT-TTATGAGTATT-TTGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT
*
21811 CGGGTCAA
321 TGGGTCAA
* * * * * *
21819 TTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGATGTTTGGCTAAAAATGC-ATTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT-ATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
** * *** * * ** *
21883 TTGGACCCATTTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCT
65 GAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * * * *
21948 AAGCAAATCTCAG-C-C-----A-TT---G--TT-TTTATA--AACATCTGAATCATGTTTCGTT
130 AATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
* * * * * *
21997 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCA
195 TTAATTAGAAATTAATTC---AAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCA
* * * * * * *
22062 ATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTATGATTATTGTGCCTAAAAATTTAGGAAATAT-A
257 ATCTTTTTGGCGTTAAATTATATA--TTTTTATGAGTATTTTGCC-AAAAATTGAGGAAAAATCT
*
22126 TCTGAGGTC-A
319 TTTG-GGTCAA
* * * * *** * *
22136 TTTTTAACAAAATATTAGCCGAAATCGTGTA-ACATCATGATTTTTTTTTTTGCTAAAAACACGT
1 TTTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATA-ACCATCA--CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* * * * * * * * *
22200 TCCG-GGACCCCGGGTCTGTATTGCAT-ATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAACTATCTATATTG
62 TTCGAGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* * *
22263 ATCTAATCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTT
126 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* * * * * * ** *
22328 CGATTTAATTAGAATTTAATTCGGAAAAAGTAGGGAAAACGATATTAGAAGCGT-AAAAAACCTT
191 CGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTC
* * * **
22392 CAAT-ATTTTGGC-ATAGAATTATATATTTTTTAATGA-TAATTTAG-CATAAAATTGAGGAATC
255 CAATCTTTTTGGCGTTA-AATTATATA-TTTTT-ATGAGT-ATTTTGCCA-AAAATTGAGGAAAA
**
22453 ATCTTTCCGGTCAA
315 ATCTTTTGGGTCAA
* * * * *
22467 TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAAAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCATTTC-
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG
* * * * *
22531 AGGGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-GCTAAGACTACTTGAGATATCCATATTCATCT
66 A-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * * * * * *
22595 AATCAAATCTCAACCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATATAAATCTTATTTTGAT
130 AATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
* * * * *
22660 TTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAATATGAAAAATGATATGAAAAGTGTGAAAAGTCCTCCAATC
195 TTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATC
* * * **
22725 TTTTTGGCGTTATATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTC
260 TTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTT-GCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTT-
* *
22790 TGGTCAT
322 GGGTCAA
* *
22797 TTTTTGCAAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTATTTT-ACTAAAAACGCGTTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGT-TTTTGGCTAAAAACGCGTTT
* * * *
22861 C-AGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATCATTTTTGGCA-TCGAGACTCCTTGATATATATATATATT
64 CGA-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACT-AAGACTCCTTGA-A-ATATCTATATT
* * * * ** *
22924 CATCTTATCAGATCTCAGCCACATTGCATTTAAAGATTTGGATTTATGAGCATCTGAATCTTGTT
125 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * * *
22989 TTGAATTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAACTAAAA
190 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-------AAA
* * * * * * *
23054 AGTCCTTCAATATTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTTTATGATTATTTTAGACAAAATTTGAGGA
248 AGTCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTTT-GCCAAAAATTGAGGA
* *
23118 AAACTATTTCT-GGTCAA
312 AAAATCTTT-TGGGTCAA
* * *
23135 TTTTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTATATTAGTCGAAATCACGGTTTTTTGCTAAAAACG
1 -TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATA--A--C--CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
* * ** * *
23200 CGTTCCG-GGGCCCGTTTCAGTGTTGCATGATTTTTTTGGC-C-AAGACTCGTTGAAATATCTAT
59 CGTTTCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA--TTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * * ** * *
23262 ATTAATCTAACCAAATCTCATCCATAATGGATTTAAGGATTTG-TTAAACAAGCATCTGAATCAT
122 ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * *
23326 GTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAATAATAGGAAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAA
187 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-AAAA-AATATG-AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
* * * * * * * *
23391 G-CATTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTAAGG
249 GTC-CTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATAT-ATTTTTATGAGTATT-TTGCCAAAAATTGAGG
* * *
23455 AAAGAA-CTTTCGAGTCCAT
311 AAA-AATCTTTTGGGT-CAA
* *
23474 TTTTTTCAAAATTCTAGCCGAAATCGTGTAAATAACCATCACGGTGTTTT-GCTAAAAACGCGTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT--ATAACCATCACGGT-TTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * * * *
23538 TCGCGGCCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCTTTGAAATATCGATATTCAT
63 TCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * *
23603 CTAATCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGAATTTGCTTTTAACGAGAATCTGAATCTTGTTTA
128 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC
*
23668 AATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCA
192 GATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCA
* *
23733 ATCTTTTTGGCGTTAAATTATATA-TATTATGAGTATTTATGCCAAAAATTGGTGGAAAAAAT-T
257 ATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTT-TGCCAAAAATT-GAGG-AAAAATCT
*
23796 TTTGGGTCAT
319 TTTGGGTCAA
* *
23806 TTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
** * * * * *
23871 GAAACCCCAGC-CTACTTTTGCATGATTTTTGCCACTGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATC
65 GAGGCCCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * *
23935 TAATCAAATCTCAGCTACATT-TACTATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATC---TTT-G
129 TAATCAAATCTCAGCCACATTGGA-TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * *
23995 ATTCAATTAGAAATTAATTCTAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAGAGTCCTCCAA
193 ATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA
* * * * * * * *
24060 TCTTTTTGGCTTTTAATTATATATATTCTATGAGTATTGTGGC-TAAA-T-----ATAA--TTTC
258 TCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTT
24116 GGGTCAA
322 GGGTCAA
* * * *
24123 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG--T-ACCATCACGGTTTTTTTGTTAAAAACGCAATAT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGC-GTTT
* * * *
24185 -GTGGCCCCGGGTCAGATTTT---T-A---GTGG--C-AACACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
64 CGAGGCCCCGGCTCAG-TTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * *
24239 CTAATCAAATCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCATGTTTCA
128 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * * * * * *
24304 ATTTAATTAAAAATTAATTTGAAAAAGATAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAG-CCTTTC
193 ATTTAATTAGAAATTAA-TTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCC
* * * * *
24368 AATCTTTTGGGCATTGAATTATATATCTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTGA-GAAAAATAT
256 AATCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTT-GCCAAAAATTGAGGAAAAATCT
*
24432 TGTGGGTCAA
319 TTTGGGTCAA
* * * * *
24442 TTTTTGCAAAAATTTAGCCGAAAT--TGTGT-ACCAGCATGGTTTTTTTTGGCTAAAAACACGTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGG---TTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * ** *
24504 CCGAGGATCTAGG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGAC-AAGATTCCTTAAAATGAATATAGGG
63 TCGAGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-ACTAAGACTCC-T----TGAA-ATA---
* * * * *
24567 TTTATATAT-ATATATATAACTAAATCTCAGTCACATTGTG-TTTAAGGATTTGTTTGTACGAGT
117 TCTATAT-TCATCTA-AT--C-AAATCTCAGCCACATTG-GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* ** * * * * *
24630 TTCCAAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTTGAAATAAAATAGGAAAAACAATATTAG
176 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA--TTCAAA-AAAATATGAAAAACGATATTAA
* * * *
24695 AAGCGTGAAAAAAGGCTTCCAAT-TTTTCTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTTG
238 AAGCGTG--AAAAGTCCTCCAATCTTTT-TGGCGTTAAATTATATA-TTTTTATGAGTA-TTTTG
* * * * *
24759 CTAGATATCGAGGAAAAATCTTTTAGGTCAA
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* ** * * *
24790 TTTTTGTAAAA-TTTAGTTGAAATCGTGTAT----GTTACGGTTTTCGGCTAAAAACGCG-TTCG
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG
* **
24849 AGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-TGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
66 AGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACT-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
** *
24913 -ATCCAAATCTCAGCCACATTATATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGA
130 AAT-CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
* * * * * *
24977 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGCT-AAAAGCCCTTCA
194 TTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCG-TGAAAAGTCCTCCA
* **** * * *
25041 ATTTTTTTTATATCAAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGGAAATATCTT
257 ATCTTTTTGGCGTTAAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTT-GCCAAAAATTGAGGAAAAATCTT
*
25106 TTGGGTTAA
320 TTGGGTCAA
* * *
25115 TTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGGTTTTT-GCTAAAAACGAGTTA
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
* * * * * *
25179 C-AGGGCCACGACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAA-ACTCCTTGAAATATCTTTATTCA
64 CGA-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-ACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * * * * * *
25242 TCTAATCAAATCCCAACCACACTGGATTTAAGGATTT-TTTTTATGTGCATATGAATTTTGTTTC
127 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC
* *
25306 GATTTAATCAGAAATTAATTCAGAAAAAATATG-AAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCC
192 GATTTAATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCC
* * *
25370 AATCTTTTTTGGCGTTGAATTTTATATATTTTTTTGAGTATTTTTACCAAAAATTGAGGAAAAAT
256 AATC-TTTTTGGCGTT-AA-ATTATATATTTTTATGAGTA-TTTTGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
*
25435 CTTTCGGGTC-A
317 CTTTTGGGTCAA
25446 TTTTT
1 TTTTT
25451 ACCATCATGG
Statistics
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG
AGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
ATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
TAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCT
TTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTTTGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTTGGGT
CAA
Found at i:25732 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 25714--25745 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 12
25704 TAATCTTTTC
25714 AATATTAACATT
1 AATATTAACATT
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1 -AATATTAACATT
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1 AATATTA
25746 TATTGCAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (12 bp):
AATATTAACATT
Found at i:29077 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 29073--29099 Score: 54
Period size: 1 Copynumber: 27.0 Consensus size: 1
29063 CACTAGAATT
29073 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
29100 GCAATGATGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 26 1.00
ACGTcount: A:1.00, C:0.00, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Done.