Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019696.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19729, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15475
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Found at i:501 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 403--512 Score: 159
Period size: 58 Copynumber: 1.9 Consensus size: 58
393 ATCATGCATC
* *
403 GGTCCTAAAACGTCTTTTTTAGGCATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATAAGCCTT
1 GGTCCGAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATAAGCCTT
* * *
461 GGTCCGAAAACGTCTTTTTTTATACATCTAAT-AAAGAACATGTCACTTGATA
1 GGTCCGAAAACGTC-TTTTTTAGACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATA
513 TCTCATTAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 31 0.67
59 15 0.33
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGTCCGAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATAAGCCTT
Found at i:8959 original size:661 final size:655
Alignment explanation
Indices: 7474--8943 Score: 1630
Period size: 661 Copynumber: 2.2 Consensus size: 655
7464 ATATATATAT
* *
7474 ATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGGAGGACCTTTCATGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTTTTATGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
* *
7539 TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAA
66 TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAA
** *
7604 TCCAATGTCGGTGAGATTTGATTAGAAGAATAAAAATATTTCAAGGAGTCTCAGCACCAAAAATC
131 TCCAATGTCACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAAATATTTCAAGGAGTCTCAGCACCAAAAATC
* * * * * *** * *
7669 ATGCAAAACAGAGTCGTGGCCCTGTAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGA
196 ATGCAAAACAGACTAGTGGCCCCGAAACACATTTTTAGCCAAAAATCACCATGGATAGTACACGA
* * * *
7734 TTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACACGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTC
261 TTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAATTGACACAAAAGATATTTCCTCAATTTATAGCCAAAATACTC
* * *
7799 ATAAAAATATATAATTCGACATAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTC
325 ATAAAAATATATAA-TAGACA-AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGCTTTTC
* * *
7864 ATATTTTTTTTCTGAATTATTTTGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
388 ATATTTTTTTTC-GAATTATTTTGAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAAC
* * * * * *
7929 CCTTAAATCTAATGTGGTTCAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTGGCACC
452 CCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTGTTGCCACA
* ** **
7994 AAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGT
517 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCTAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG-T-GT
* * * *
8059 ATACGATTTCGGCTAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAAT
580 ACACGATTACGGCTAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTCTCCTCGATTTCTAGCGAAAAT
8124 ACTCACAAAAA
645 ACTCACAAAAA
* * * * ** * *
8135 ATATATAATTCAACGTCAAAAAAATTGAAAGCCTTTTCCATATGCTTCCAATATCGTTTTTCCTA
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTTT---TATGCTTTTAATATCATTTTTCATA
* * ** *
8200 TTTTATT-TCAATATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATT-TGAAAACTCGTAAAAACAAAT
63 TTTT-TTCT-AA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG-ATGCACGTAAAAACAAAT
* * * *
8263 CCTTAAATACAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATATAAATATTTTAAGGAGTCT-TGCT
124 CCTTAAATCCAATGTCACTGAGATTTGATTAGATGAATA-A-AAATATTTCAAGGAGTCTCAGC-
** * * *
8327 GTCAAAAATCATGCAAAACTGACCTAG-GGCCCCGAAATACGTTTTTAGCCAAAAA-CAAACCAT
186 ACCAAAAATCATGCAAAACAGA-CTAGTGGCCCCGAAACACATTTTTAGCCAAAAATC--ACCAT
* * * * * * *
8390 -GATGGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAATTGTCCCAAAATATTTTTTTTCTCCATTTA
248 GGATAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAATTGACACAAAAGA--TATTTCCTCAATTTA
* * *
8453 TAGCCACAATACTCATAAAAA-ATA-AA-AGTC-AAAAAA-ATTGAAGGG-TTTCTCACGCTTCT
311 TAGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATAGACAAAAAAAGATTGAAGGGCTTT-TAACGCTTCT
* * * ** *
8512 AATATCGCTTTTCCTATTTTTTTTC-AATTTAATTTCT-AATTAAATTGAAATATTATTTAAATG
375 AATATCGCTTTTCATATTTTTTTTCGAA-TT-ATTT-TGAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATG
* **
8575 CTTATAAAGTCAAACCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCA
437 CTCATAAAAACAAACCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCA
* *
8640 AGGAGTGTTGCCACAAAAAATCTTGCAAAACTGA-TATGGGTCCC-AAAACGCGTTTTTAGCTAA
502 AGGAGTGTTGCCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGT-CGGG-CCCTAAAACGCGTTTTTAGC-AA
*
8703 AAAACCGTGAT-G-GTACACGATTACGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATTTCTCC
564 AAAACCGTGATGGTGTACACGATTACGGCT--AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTCTCC
* * * *
8766 TCGATTTTTGGCTAAAATACTCA-TAAAA
627 TCGATTTCTAGCGAAAATACTCACAAAAA
* * * * *
8794 ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCATATTTCTTATTT
1 ATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTTTTATGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
* * *
8859 TTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATTCTTAAA
66 TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAA
* *
8924 TCCAATGTTATTGAGATTTG
131 TCCAATGTCACTGAGATTTG
8944 TCATTTGGTT
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 111, Indels: 59
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
654 66 0.10
655 5 0.01
656 24 0.04
658 14 0.02
659 38 0.06
660 56 0.08
661 200 0.30
662 21 0.03
664 27 0.04
665 4 0.01
666 91 0.14
667 7 0.01
668 115 0.17
669 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (655 bp):
ATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGGAGGACTTTTTATGCTTTTAATATCATTTTTCATATTT
TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAA
TCCAATGTCACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAAATATTTCAAGGAGTCTCAGCACCAAAAATC
ATGCAAAACAGACTAGTGGCCCCGAAACACATTTTTAGCCAAAAATCACCATGGATAGTACACGA
TTTCAGCTAAAATTTTGCAAAATTGACACAAAAGATATTTCCTCAATTTATAGCCAAAATACTCA
TAAAAATATATAATAGACAAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGCTTTTCATA
TTTTTTTTCGAATTATTTTGAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAAACAAACCCTT
AAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTGTTGCCACAAAAA
ATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCTAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTGTACACGA
TTACGGCTAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTCTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACTCAC
AAAAA
Found at i:14739 original size:650 final size:647
Alignment explanation
Indices: 13381--15184 Score: 2074
Period size: 650 Copynumber: 2.8 Consensus size: 647
13371 AATCGTGTTG
*
13381 TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAATAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-C
1 TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC-GAAAA-AAA-TGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* ** * *
13445 CCTTCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
63 CCGTCAAT-TTTTTGGCATTGAATTATATATTTTT-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
* * * *
13510 ATTTTTAGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGTTTTTGGGTAAAAACGCG
126 AATTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
* * * * * * * * * * *
13575 TTCCGAGGCTCC-ACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCATACATAATTCTTTAAATATCTAGACTC
190 TTTCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTC
* * * *
13639 ATGTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTATTT
254 ATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
* ** *
13704 TGATTTTATTAGAAAT-AATTTCAGAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAA
319 TGATTTAATTAGAAATAAATTT--G--AGGAAAAA-AAAAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAA
* * * *
13768 ACCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTGTATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
379 AACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGG
* * * * *
13833 AAAAACTTTTCGGGTCAGTTCTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATTGTGTACTAACTATCACGGTT
444 AAAAACTTTTCGGGTCA-AT-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-TATCACAGTT
* *
13898 TTTCGCCAAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAATTTTACATGATTTTGGGCGCAAAAACTCCT
505 TTTCGCCAAAAACGCGTTCCGGGGTCACGGCTCAATTTTACAGGATTTTGGGCACAAAAACTCCT
* * *
13963 TGAAATATCTATATTAATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
570 TGAAATATCTATATTAATCGAACCAAATCTCAACCACATTGGATATAAGGACTTGTTTTTACGAG
* ** *
14028 CTTCTAAATTTTG
635 CATCTAAATCGTA
* * * **
14041 TTTCGATTTAATTAGAAATTACTTTGGAAAAAAATGGAAAACCGATATTAGAAGCCCGAAAAGCC
1 TTTCGATTTAATTAAAAATTA-ATTCGAAAAAAATGGAAAA-CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
* *
14106 CGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAATAAGTTGAGAAAAA
64 CGTCAAT-TTTTTGGCATTGAATTATAT-ATTTTT-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
* ** * *
14171 AATTTTCGGGTTTGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA-AA-CGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
126 AATTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
*
14234 TTCGCGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCA
191 TTCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCA
* ** * * * * *
14299 TCTAACCAAATCTCAGCTGCATTAGATTCACGGATATGTTTTTACGAGCGTCTGAATCTTGTTTT
255 TCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTT
* * *
14364 GATTTAATTA-AAATAAATTTGGGGAAAAAAAAAGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAATCCT
320 GATTTAATTAGAAATAAATTTGAGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCT
* * * *
14428 TCAATTTTTTTGGCGTTGAATAATATATTTTTTCTAAATATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
385 TCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
* * *
14493 TTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACGT-TATCACAGTTTTT-GACTA
450 TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TATATCACAGTTTTTCG-CCA
* * *
14556 AAAACGCGTTCCGGAGAG-C-CGGCTCAATTTTGCAGGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAAT
513 AAAACGCGTTCCGG-G-GTCACGGCTCAATTTTACAGGATTTTGGGCACAAAAACTCCTTGAAAT
* * ** *
14619 ATCTATATTCATCGAACCAAATGTCAACCACATTGGATATAAGGACTTGTTTTTATTAGCATCTC
576 ATCTATATTAATCGAACCAAATCTCAACCACATTGGATATAAGGACTTGTTTTTACGAGCATCTA
*
14684 GATCGTA
641 AATCGTA
* * * * *
14691 TTTTGATTTAATTACAAATTAATTCGAAAACAAATGGGAAAACGATATTATATGGGTGAAAAGCC
1 TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAA-AAAT-GGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
* * * * ** *
14756 TGTTAATTTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTCAAATATT-TCGTAAAAAAAATGAGAAAAA
64 CGTCAATTTTTT-GGCATTGAATTATATATTTTTT-GAGTATTGT-GGCAAAAAATTGAGAAAAA
* * *
14820 AAATTTCGTGTCACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCG
126 AATTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
** ** *
14885 TTTCGGATCCCGGCTCAGTTTTAAATGA-TTTTGGCAG-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
190 TTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCA
* * * * *
14948 TCTAACAAAATTTTAGCCACAATGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTT
255 TCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTT
* * * * **
15013 CGATTTAATTAGAAATAAA-TT-CGG-AAAAAAATGAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCC
319 TGATTTAATTAGAAATAAATTTGAGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCC
* * * * *
15075 TTCAAATTTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATAGAAGAAAAA
384 TTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
* *
15140 CTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACT
449 CTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
15185 TTTTTTTGTC
Statistics
Matches: 969, Mismatches: 155, Indels: 53
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
647 1 0.00
648 130 0.13
649 139 0.14
650 214 0.22
651 35 0.04
652 55 0.06
653 2 0.00
654 100 0.10
655 5 0.01
657 1 0.00
658 41 0.04
659 133 0.14
660 50 0.05
661 63 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (647 bp):
TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCG
TCAATTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTT
TCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
CAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTA
ATTAGAAATAAATTTGAGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCTTCAATT
TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCG
GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATATCACAGTTTTTCGCCAAAAACGCG
TTCCGGGGTCACGGCTCAATTTTACAGGATTTTGGGCACAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTA
ATCGAACCAAATCTCAACCACATTGGATATAAGGACTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCGTA
Done.