Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019714.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19747, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4627
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.31
Found at i:645 original size:318 final size:320
Alignment explanation
Indices: 1--882 Score: 1100
Period size: 322 Copynumber: 2.7 Consensus size: 320
* *
1 TTCAGGCGTCTAATATAATTTTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAT
1 TTCAAGCGTCTAATATCA-TTTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAT
* *
66 GATTCAGATTCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTAGGGATGATG-AGTA
65 GATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAAG-A
* *
130 TAGATATTTCAATCAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGGCCCAAGATCGCGT
129 TAGATATTTGAATCAGTCTTGGCGC-CAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGGCCCAAGATCGCGT
* * *
195 TTTTAGCCAAAAACAGTGA-TGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTC
193 TTTTAGCCAAAAACCGTGATTGGTCAATAAAC-ATTTC-GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTC
* *
259 ATCAATTTTGAACCGAAATACTCGTAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGTGCTT
256 ATCAATTTTGAACCGAAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGTGCTT
* * * * ** * * *
324 TTCACGCTTCTAATATCATTT-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACAA
1 TTCAAGCGTCTAATATCATTTCTTTCAATT-TTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAT
* * * * * *
388 GATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAAGAT
65 GATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAAGAT
* * * ** *
453 AGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCACAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTT
130 AGATATTTGAATCAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGGCCCAAGATCGCGTTT
*
518 TTAGCCAAAAACCGTGATTTCGG-CAA-AAAC-TTT-GCAAAAATTGACCCGAAA-ATTTTTTCC
195 TTAGCCAAAAACCGTGA-TT-GGTCAATAAACATTTCGCAAAAATTGACCCGAAAGA-TTTTTCA
* * * * *
578 TTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGGCAGAAAGATTGAAGTTCTT
257 TCAATTTTGAACCGAAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGTGCTT
* * *
642 TTCAAGCGTCTAATATCATTCTCTTTCTATTTTTTTCGTATTAATTTCCGTTTAAATCGAAACAT
1 TTCAAGCGTCTAATATCATT-TCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACAT
*
707 GATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATAT
65 GATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAAGAT
** * * * *
772 AGATATTTCG-ATCAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACTTACCCGAGGCCCTAGCTCGCGT
130 AGATATTT-GAATCAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGGCCCAAGATCGCGT
* * * *
836 TTTTAGCAAAAAACCGTGA-TGATTAATACACGATTTCGGCAAAAATT
193 TTTTAGCCAAAAACCGTGATTGGTCAATAAAC-ATTTC-GCAAAAATT
883 TTGCAAAAAA
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 71, Indels: 32
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 2 0.00
318 102 0.22
319 107 0.23
320 59 0.12
321 62 0.13
322 109 0.23
323 29 0.06
324 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (320 bp):
TTCAAGCGTCTAATATCATTTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATG
ATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAAGATA
GATATTTGAATCAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGGCCCAAGATCGCGTTTT
TAGCCAAAAACCGTGATTGGTCAATAAACATTTCGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCATCAA
TTTTGAACCGAAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGTGCTT
Found at i:1460 original size:605 final size:591
Alignment explanation
Indices: 322--1496 Score: 1784
Period size: 605 Copynumber: 2.0 Consensus size: 591
312 ATTGACGTGC
322 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
387 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAAGA
66 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAAGA
* *
452 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCACAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTT
131 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTT
517 TTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTTAA
196 TTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTTAA
**
582 TTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGGCAGAAAGATTGAAGTTCTTTTCAA
261 TTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCAA
* * *
647 GCGTCTAATATCATTCTCTTTCTATTTTTTTCGTATTAATTTCCGTTTAAATCGAAACATGATTC
326 GCGTCTAATATCATTCTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTC
* *
712 AGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATATAGATA
391 AGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGGATGATGAATACAGATA
* * * * **
777 TTTCGATCAGTCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACTTACCCGAGGCCCTAGCTCGCGTTTTTAG
456 TTCCAATCAGGCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACTTACCCGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAG
*
842 CAAAAAACCGTGATGATTA-ATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAAACCGTGATGGTTAA
521 CAAAAAACCGTGATGATTAGA-ACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAAACCGTGATGGTTAA
906 TACACGA
585 TACACGA
913 TTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
* *
977 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
66 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAAGA
*
1042 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCTCGGAACGCGT
131 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGT
*
1107 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAATTTGA-CCGA
195 TTTTAGCCAAAAACC----------GT----GATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGA
* *
1171 AAGA-TTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAACAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGA
246 AA-ATTTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGGCAGAAAGA
* * * *
1235 TTGAAGGGCTTTTTAGGCGTCTAATGTCATTTTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCCGATT
310 TTGAAGGGCTTTTCAAGCGTCTAATATCATTCTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTT-CCGATT
* * * *
1300 AAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTATATCCAATGTTACTGAGATTTGG
374 AAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGG
* ** * * *
1365 GATGATGAATACAGATATTCCAATGAGGCTTGGCGCTAAAAATCATGCAAAAC-TAGGCCGGGGC
439 GATGATGAATACAGATATTCCAATCAGGCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACTTA-CCCGAGGC
* * * *
1429 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAATCCGTGATGGTTAGAACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAA
503 CCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTAGAACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAA
1494 AAA
568 AAA
1497 TTGACCCGAA
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 40, Indels: 24
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
590 133 0.25
591 70 0.13
601 2 0.00
604 116 0.22
605 203 0.39
606 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (591 bp):
TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAAGA
TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTT
TTTAGCCAAAAACCGTGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTTAA
TTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCAA
GCGTCTAATATCATTCTCTTTCAATTTTTTCCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTC
AGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGGATGATGAATACAGATA
TTCCAATCAGGCTTGAAGCCAAAAATCATGCAAAACTTACCCGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAG
CAAAAAACCGTGATGATTAGAACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAAACCGTGATGGTTAAT
ACACGA
Found at i:2366 original size:667 final size:664
Alignment explanation
Indices: 913--4455 Score: 4647
Period size: 667 Copynumber: 5.3 Consensus size: 664
903 TAATACACGA
*
913 TTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
*
977 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
66 AGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* * *
1042 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCTCGGAACGCGT
131 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
*
1107 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAATTTGA-CCGA
196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAA-TTGACCCGA
* * * * * *
1171 AAGATTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAACAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGAT
260 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAA-AAAAATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* * * * * * **
1236 TGAAGGGCTTTTTAGGCGTCTAATGTCATTTTCTTTCAATT-TTTTCCGTATTAATTTCCCGATT
324 TGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTT-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTT-CTAATT
* * * * * * * **
1300 AAATCGAAACATGATT-TAGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTATATCCAATGTTACTGAGATTTG
386 AAATCGAAACAAGATTCT-GATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTG
* ** * *
1364 GGATGATGAATACAGATATTCCAATGAGGCTTGGCGCTAAAAATCATGCAAAACT-AGGCCGGGG
450 GGATGATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-GCCGGGG
* *
1428 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAATCCGTGATGGTTAGAACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCA
514 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCA
1493 AAAATTGACCCG-AAATATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAAATATATAAT
579 AAAATTGACCCGAAAAT-TTTTTCCTT-AATTTTGAACCGCAATACTCGT-AAAAAATATATAAT
* *
1557 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGA
641 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
*
1581 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
** * * *
1646 AGATTTTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAGATCCATTGTGGATGAGATTTGGGATGATTAATA
66 AGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* * * *
1711 TTGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGTAACGCGT
131 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
* *
1776 TTTTAGCCAAAAACTGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAATATTGACCCGA
196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAA-ATTGACCCGA
*
1841 AAGATTTTTCATCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
260 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
* * *
1906 GACGGGCTTTACACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATT
325 GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
*
1971 AGAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATG
390 CGAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATG
*
2036 ATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCCGG
455 ATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGG
* * * *
2101 AACGCGTTTTTAGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAAATTTTGTAAAAAT
520 AACGCGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAAT
* * *
2166 TGACCTGAAAATTTTTTCCTTAATTTTGAACCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGGC
584 TGACCCGAAAATTTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCC
*
2231 AGAAAGATTGAAGGGC
649 AAAAAGATTGAAGGGC
* * * ** * ** *
2247 TTTTGAGGCGTCTAATATCATTCTCTTTCAATT-TTTTTCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATT-T-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAA
* * * * * * *
2311 CATGATTCAGATGCTCATAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGGATGATGAA
64 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAA
* * * * ** * * * * **
2376 TATAGAAATTCCGATCAGTCTTGAAGCAAAAAATCATGCAAAACTTACCCGGGGCCCCAGCTCGC
129 TATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGC
*
2441 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
194 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGC-AAAATTGACCC
* * *
2506 GAAAGATTTTTCTTCAATTTTTAACCGCAATATTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT
258 GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAAG
* * * * *
2571 ATTGAAGAGATTTTCACGCTTTTAATATCAATTTTTCAATTCTTTCCCAAATTAATTTCTAATTA
322 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTA
* * * *
2636 ATTAGAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAAGAAATCCATAAATCCGTTGTGGCTGAGATTTGGG
387 AATCGAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGG
* *
2701 ATGATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGTGGCCC
452 ATGATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC
* ** *
2766 CGGAACACGTTTTTAGTTAAAAACCGTGATTGTTAGTACACGATTTCGAG-AAAAACTTTGCAAA
517 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG-GCAAAAACTTTGCAAA
* * * *
2830 AATTGACCCGAAAATTTTTTCCTTAATTTCGATCCGTAATACTCGT-AAAAATATGTAATTCAAC
581 AATTGACCCGAAAATTTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAAC
* *
2894 GGCAGAAAGATTGAAGGGC
646 GCCAAAAAGATTGAAGGGC
* * * ** ** *
2913 TTTTCAAGCTTCTAATATCATTTTCTTTTTAATT-TTTTCCGTGTTAATTTCCGATTAAATCGAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCA--TT-TTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAA
* * * * * * * *
2977 ACATGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGGATGATGA
63 ACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGA
* * * *
3042 ATACAGATATTTCAATGAGCCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGGGTCCCCGGAACG
128 ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACG
*
3107 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACC
193 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGC-AAAATTGACC
* ** * * * * *
3172 CGAAA-ATTTTTTCCTTAATTTCAAACCGCAATACCCGTAAAAATTATGTAATTCAACGGCAGAA
257 CGAAAGA-TTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAA-AATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
3236 AGATTGAAGGGCTTTTCAGGCGTCTAATATCATTTTCTTTTTAATT-TATT-CCGTATTAATTTC
320 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA--TT-TTTTCAATTCT-TTCCCGAATTAATTTC
** * * * * * * * *
3299 CGATTAAATCGAAACATGATT-TACATGCTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATGTGACTGAG
381 TAATTAAATCGAAACAAGATTCT-GATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAG
* * * * *
3363 ATTTGGGATGATGAATACAGATATTTGAATGAGCCTTGGTGCCAAAAATCATGCTAAACTTAGCC
445 ATTTGGGATGATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* * *
3428 GGGTCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTT
510 GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTT
* ** * *
3493 TGCAAAAATTAACCCGAAAGATTTTTTTATCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAA-ATATA
575 TGCAAAAATTGACCCGAAA-ATTTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATA
*
3557 ATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGC
639 ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC
* * * *
3583 TTTACACTCATCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
*
3648 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
66 AGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* * * *
3713 TAGATTTTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGT
131 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
**
3778 TTTTAGTTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAACAATTGACCCGA
196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAA-AATTGACCCGA
* * * * * * * *
3843 AAAACTTTTCTTCAATTTTCAACTGCAATATTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
260 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* * * * *
3908 TGAAGAGATTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGCATTAATTTTTAATTAAA
324 TGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
3973 TCCAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACCAATCCATAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGGAT
389 TCGAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGAT
* * * * *
4038 GATTAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCG
454 GATGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCG
* * * * *
4103 TAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAATAT
519 GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAAT
* * * *
4168 TG-CTCCGAAAGATTCTTT-ATCAATTTTAAACCGCAATACTCGTAAAAAA-ATATAATTCAACG
584 TGAC-CCGAAA-ATTTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACG
*
4230 CCAAAAAGATTGACGGGC
647 CCAAAAAGATTGAAGGGC
* *
4248 TTTACACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
* *
4313 AGATTCAGATGATCGTAAAAACCAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATA
66 AGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* *
4378 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGTAACGCGT
131 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
*
4443 TTGTAGCCAAAAA
196 TTTTAGCCAAAAA
4456 TCATGCAAAA
Statistics
Matches: 2528, Mismatches: 314, Indels: 69
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
665 264 0.10
666 306 0.12
667 766 0.30
668 608 0.24
669 461 0.18
670 118 0.05
671 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (664 bp):
TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
AGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAATTGACCCGAA
AGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
AAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
GAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGA
TGAATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGA
ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTG
ACCCGAAAATTTTTTCCTTAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAA
AAAGATTGAAGGGC
Found at i:2808 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 913--4455 Score: 4655
Period size: 333 Copynumber: 10.6 Consensus size: 334
903 TAATACACGA
* *
913 TTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
977 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
66 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* *
1042 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCTCGGAACGCGT
131 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
*
1107 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAATTTGA-CCGA
196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGA
* * * *
1171 AAGATTTTTCCTT-AATTTTGAACCGCAATACTCGTAACAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGA
261 AAGATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
1235 TTGAAGGGC
326 TTGAAGGGC
* * * * * * **
1244 TTTTTAGGCGTCTAATGTCATTTTCTTTCAATT-TTTTCCGTATTAATTTCCCGATTAAATCGAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCA-TTT-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTT-CTAATTAAATCGAA
* * * * * * * **
1308 ACATGATT-TAGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTATATCCAATGTTACTGAGATTTGGGATGATG
63 ACAAGATTCT-GATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATG
* ** * *
1372 AATACAGATATTCCAATGAGGCTTGGCGCTAAAAATCATGCAAAACT-AGGCCGGGGCCCCGGAA
127 AATATAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-GCCGGGGCCCCGGAA
* *
1436 CGCGTTTTTAGCCAAAATCCGTGATGGTTAGAACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGA
191 CGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGA
*
1501 CCCGAAATATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAAATATATAATTCAACGCCA
256 CCCGAAAGATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGT-AAAAAATATATAATTCAACGCCA
* *
1566 AAAAGATTGAAGAGA
320 AAAAGATTGAAGGGC
* *
1581 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * * *
1646 AGATTTTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAGATCCATTGTGGATGAGATTTGGGATGATTAATA
66 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* * * * *
1711 TTGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGTAACGCGT
131 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
* * * *
1776 TTTTAGCCAAAAACTGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAATATTGACCCGA
196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGA
* *
1841 AAGATTTTT-CATCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAAGA
261 AAGATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
*
1904 TTGACGGGC
326 TTGAAGGGC
* * *
1913 TTTACACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAATTAGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
1978 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
66 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
*
2043 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGT
131 TAGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGT
* * * * *
2108 TTTTAGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAAATTTTGTAAAAATTGACCTG
196 TTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCG
* * *
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260 AAAGA-TTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
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324 GATTGAAGGGC
* * * ** * **
2247 TTTTGAGGCGTCTAATATCATTCTCTTTCAATT-TTTTTCGTATTAATTTCCGATTAAATCGAAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATT-T-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * * * * * * *
2311 CATGATTCAGATGCTCATAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGGATGATGAA
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* * * ** * * * * **
2376 TATAGAAATTCCG-ATCAGTCTTGAAGCAAAAAATCATGCAAAACTTACCCGGGGCCCCAGCTCG
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
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66 AGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATA
* * *
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** *
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196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG-GCAAAAACTTTGCAAAAATTGACCCG
* * * * * *
2840 AAA-ATTTTTTCCTT-AATTTCGATCCGTAATACTCGT-AAAAATATGTAATTCAACGGCAGAAA
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324 GATTGAAGGGC
* * * ** **
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1 TTTTCACGCTTCTAATATCA--TT-TTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
3171 CCGAAA-ATTTTTTCCTT-AATTTCAAACCGCAATACCCGTAAAAATTATGTAATTCAACGGCAG
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321 AAAGATTGAAGGGC
* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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*
3568 AAAAGATTGACGGGC
320 AAAAGATTGAAGGGC
* * * * *
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* * *
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** * *
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* * * * * * *
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261 AAGATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* *
3907 TTGAAGAGA
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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196 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAACTTTGCAAAAATTGAC-CCG
* *
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*
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*
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* * *
4313 AGATTCAGATGATCGTAAAAACCAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATA
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* * *
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*
4443 TTGTAGCCAAAAA
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Statistics
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Consensus pattern (334 bp):
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AAGATTTTTCCTTCAATTTTGAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
TTGAAGGGC
Found at i:4480 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 4404--4502 Score: 144
Period size: 47 Copynumber: 2.1 Consensus size: 47
4394 TCTTGGCGCG
* * * *
4404 AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGTAACGCGTTTGTAGCC
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* *
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1 AAAAA
4503 CCGTGATGGT
Statistics
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0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.22, T:0.17
Consensus pattern (47 bp):
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Done.