Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019717.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19750, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1763 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 849--2692 Score: 1936
Period size: 331 Copynumber: 5.6 Consensus size: 329
839 CTCATCCATA
* *
849 TTTACGAGCATC-AGAATCGA-GTTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAAC
1 TTTACGAGCATCTA-AATC-ATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAGGAAAAAC
* * * *
912 GATATTAGAAAC-GTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAAATATATATT-TTTATGAATA
64 AATATTAG-AACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGTA
* * * *
975 TTAGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTT-GGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGT
128 TTGGACAAAAAATTGAGG-AATAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* *
1039 GTACTAACCATCACTGCTTTTGGCT-AAAA-GCGTTCCGGTGTCCCGACTCAATTTTGCATGATT
192 GTACTAACCATCAC-GGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTAAATTTTGCATGATT
* * * * * * * *
1102 TTTGACGCCAATACTCCATTAAATATCTTTATAAATCCAA-CAAATTTCAACCACATTGGATTAA
256 TTTGGCGCCAAGACT-CATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGCATTTA
1166 AGGATTTG-T
320 AGGATTTGAT
* * *
1175 TTTACGAGCAACTAAATCATGTTTCGATTTAATTA-AAACTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAA
1 TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAGGAAAAACAA
* * ** * *
1239 TATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCCTTATAAGTAATG
66 TATTAGAACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGT-AT-
* * * * *
1304 TAGACAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCAATTTTTTGGAAAATTTTAGCAGAAATCATG
129 TGGACAAAAAATTGAGGAATAATATTTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * * *
1368 TACTAACTATCATGGTTCTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGGAT-CCGAC-ACAATTTTGCATGA
193 TACTAACCATCACGGTT-TTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGTG-TCCCGACTA-AATTTTGCATGA
* *
1431 TTTTTGGCGCCATA-ACATCATGAAATATCTATT-TTAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGCA
254 TTTTTGGCGCCA-AGAC-TCATTAAATATCT-TTATAAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGCA
1494 TTTAAGGATTTGAT
316 TTTAAGGATTTGAT
* *
1508 TTTACGAGCATC-AGAATCGA-GTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAGAA
1 TTTACGAGCATCTA-AATC-ATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAA-AGGAAAAA
** *
1571 TGATATTAGAAACT-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATT-TTTATGAGT
63 CAATATTAG-AACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGT
* * *
1634 ATTGGACTAAAAATTGAGGGAATAATATTTT-GGGTCAATTTTTGC-AATTTTCTTGCCGAAATC
127 ATTGGACAAAAAATTGA-GGAATAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT-TAGCCGAAATC
* * * * * * *
1697 GTGTATTAACCACCACGGTTTAGGGTTAAAAACGTGTTTCGGTGTCCCGGCTAAATTTTGCATGA
190 GTGTACTAACCATCACGGTTT-TGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTAAATTTTGCATGA
* *
1762 TTTTTGGCGCCAAGAGTTCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATCTCAATCGCAT-TCG-A
254 TTTTTGGCGCCAAGA-CTCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATCTC-ATC-CATATTGCA
* * *
1825 TTAAAGGATTCGTT
316 TTTAAGGATTTGAT
* *****
1839 TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTA-AAATTTATTTTTGGAAAAAGGAAAAACAA
1 TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAGGAAAAACAA
* * ** *
1903 TATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCTTTATGAGTAATG
66 TATTAGAACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGTATTG
*
1968 CAGACAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAGAAATCGTG
131 --GACAAAAAATTGAGGAATAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-GAAATCGTG
* * *
2032 TACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCCTTCCAAGG-AT-CCGAC-ACAATTTTGCATGA
193 TACTAACCATCACGG-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCC--GGTGTCCCGACTA-AATTTTGCATGA
* * ** *
2094 TTTTTGGCGCCATA-AGTTC-TTGAAATGTCTATT-TTCATTTAACCAAATCTCATCCATATTGC
254 TTTTTGGCGCCA-AGA-CTCATT-AAATATCT-TTATAAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGC
2156 ATTTAAGGATTTGAT
315 ATTTAAGGATTTGAT
* *
2171 TTTACGAGCAT-TAGAATCGA-GTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAACTAGGAAAAA
1 TTTACGAGCATCTA-AATC-ATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAA-AAGGAAAAA
* * * * *
2234 CGATATTAGAAACT-TGAAAAGCCCTACAATTTTTTTGGCGTTGAAATATATATT-TTTGTGAGT
63 CAATATTAG-AACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGT
* * * * *
2297 ATTGGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTT-GGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAATTG
127 ATTGGACAAAAAATTGAGG-AATAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * ** * *
2361 TGTATTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCACTGTCCCGACTCAATTTTGCATGCT
191 TGTACTAACCATCACGG-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTAAATTTTGCATGAT
* * * *
2426 TTTTGGCACCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATT-CGATT
255 TTTTGGCGCCAAGACT-CATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGC-ATT
*
2490 TAAGGATTT-TT
318 TAAGGATTTGAT
* *
2501 TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAA--AGAAAATTTATTCGGGAAAAAAAGGAAAAAC
1 TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAG-AAATTAATTC-GAAAAAAAAGGAAAAAC
* * ** * *
2564 AATATTAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGACTTATATATTCCTTATGAGTAA
64 AATATTAGAACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGTAT
*
2629 TGCAGACAAAAAATTGAGGAA-AA-ACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
129 TG--GACAAAAAATTGAGGAATAATA-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
2692 T
191 T
2693 TTAGAAACTA
Statistics
Matches: 1263, Mismatches: 177, Indels: 151
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
324 2 0.00
325 68 0.05
326 39 0.03
327 18 0.01
328 64 0.05
329 115 0.09
330 94 0.07
331 359 0.28
332 285 0.23
333 83 0.07
334 80 0.06
335 53 0.04
336 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
TTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAGGAAAAACAA
TATTAGAACTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTCTTTATGAGTATTG
GACAAAAAATTGAGGAATAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
TAACCATCACGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTAAATTTTGCATGATTTTTGG
CGCCAAGACTCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGCATTTAAGGATT
TGAT
Found at i:2271 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 849--2692 Score: 2900
Period size: 663 Copynumber: 2.8 Consensus size: 661
839 CTCATCCATA
* *
849 TTTACGAGCATCAGAATCGAGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGA
1 TTTACGAGCATCAGAATCGAGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGA
* * * *
914 TATTAGAAACGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAAATATATATTTTTATGAATATTAG
66 TATTAGAAACTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTGG
*
979 ACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTGTACT
131 ACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTGTATT
* * *
1044 AACCATCACTGCTTTTGGCT-AAAA-GCGTTCCGGTGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGA
196 AACCATCAC-GGTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGG
* * *
1107 CGCCAATACTCCATTAAATATCTTTATAAATCCAA-CAAATTTCAACCACATTGGATTAAAGGAT
260 CGCCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATTCGATTAAAGGAT
* * *
1171 T-TGTTTTACGAGCAACTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAA-CTAATTCGGAAAAAAAGGAAA
325 TGT-TTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAATTTATTTCGG-AAAAAAGGAAA
*
1234 AACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCCTTATAAG
388 AACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCCTTATGAG
* *
1299 TAATGTAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTTGGAAAATTTTAG-CAGAAA
453 TAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCAGAAA
* * * * **
1363 TCATGTACTAACTATCATGGTTCTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGGATCCGACACAATTTTGCA
517 TCGTGTACTAACTATCACGGTTCTTGGCTAAAAACGCGCTTCCAAGGATCCGACACAATTTTGCA
1428 TGATTTTTGGCGCCATAACATCATGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGC
582 TGATTTTTGGCGCCATAACATCATGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGC
1493 ATTTAAGGATTTGAT
647 ATTTAAGGATTTGAT
* *
1508 TTTACGAGCATCAGAATCGAGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAGAATG
1 TTTACGAGCATCAGAATCGAGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCG-AAAAAATAGGAAAAACG
1573 ATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTG
65 ATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTG
*
1638 GACTAAAAATTGAGGGAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGC-AATTTTCTTGCCGAAATCGTGTA
130 GACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTT-TTGCCGAAATCGTGTA
* * * * * *
1702 TTAACCACCACGGTTTAGGGTTAAAAACGTGTTTCGGTGTCCCGGCTAAATTTTGCATGATTTTT
194 TTAACCATCACGGTTT-TGGTTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * *
1767 GGCGCCAAGAGTTCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATCTCAATCGCATTCGATTAAAGG
258 GGCGCCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATTCGATTAAAGG
*
1832 ATTCGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAATTTATTTTTGG-AAAAAGGA
323 ATT-GTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAATTTA-TTTCGGAAAAAAGGA
*
1896 AAAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCTTTATG
386 AAAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCCTTATG
1961 AGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAGAA
451 AGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAGAA
*
2026 ATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC-CTTCCAAGGATCCGACACAATTTTGC
516 ATCGTGTACTAACTATCACGGTTCTTGGCTAAAAACGCGCTTCCAAGGATCCGACACAATTTTGC
** * * * *
2090 ATGATTTTTGGCGCCATAAGTTCTTGAAATGTCTATTTTCATTTAACCAAATCTCATCCATATTG
581 ATGATTTTTGGCGCCATAACATCATGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCATATTG
2155 CATTTAAGGATTTGAT
646 CATTTAAGGATTTGAT
*
2171 TTTACGAGCATTAGAATCGAGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAACTAGGAAAAACG
1 TTTACGAGCATCAGAATCGAGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAA-TAGGAAAAACG
* * *
2236 ATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTACAATTTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTGTGAGTATTG
65 ATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTG
* *
2301 GACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAATTGTGTAT
130 GACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTGTAT
** *
2366 TAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCACTGTCCCGACTCAATTTTGCATGCTTTTTG
195 TAACCATCACGG-TTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTG
* *
2431 GCACCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATTCGATTTAAGGA
259 GCGCCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATTCGATTAAAGGA
* **
2496 TTTTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAAGAAAATTTA-TTCGGGAAAAAAAGGAA
324 TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAATTTATTTC-GG-AAAAAAGGAA
* *
2560 AAACAATATTAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGACTTATATATTCCTTATGA
387 AAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCCTTATGA
* *
2625 GTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-GAAA
452 GTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAGAAA
2689 TCGT
517 TCGT
2693 TTAGAAACTA
Statistics
Matches: 1086, Mismatches: 82, Indels: 31
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
659 55 0.05
660 146 0.13
661 6 0.01
662 121 0.11
663 552 0.51
664 199 0.18
665 3 0.00
666 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (661 bp):
TTTACGAGCATCAGAATCGAGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGA
TATTAGAAACTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTGG
ACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTGTATT
AACCATCACGGTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
GCCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATTCGATTAAAGGATT
GTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAATTTATTTCGGAAAAAAGGAAAAAC
AATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTCCTTATGAGTAA
TGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAGAAATCGT
GTACTAACTATCACGGTTCTTGGCTAAAAACGCGCTTCCAAGGATCCGACACAATTTTGCATGAT
TTTTGGCGCCATAACATCATGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCATATTGCATTT
AAGGATTTGAT
Found at i:3139 original size:470 final size:473
Alignment explanation
Indices: 2229--3162 Score: 1597
Period size: 470 Copynumber: 2.0 Consensus size: 473
2219 AAAAACTAGG
* *
2229 AAAAACGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTACAATTTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTGTG
1 AAAAACGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTACAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATG
*
2294 AGTATTGGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAAT
66 AATATTGGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAAT
* * *
2359 TGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCACTGTCCCGACTCAATTTTGCATG
131 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCACTGTCCCGACTCAATTTTGCATG
*
2424 CTTTTTGGCACCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCTAACCAAATTTCAACCACATTCGAT
196 CTTTTTGGCACCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCCAACCAAATTTCAACCACATTCGAT
*
2489 TTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAAGAAAATTTATTCGGGAAAAA
261 TTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAAGAAAATTAATTCGGGAAAAA
*
2554 AAGGAAAAACAATATTAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGACTTATATATTCC
326 AAGGAAAAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGACTTATATATTCC
2619 TTATGAGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
391 TTATGAGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
2684 CGAAATCGTTTAGAAACT
456 CGAAATCGTTTAGAAACT
* *
2702 AAAAATGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATG
1 AAAAACGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTACAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATG
2767 AATATTGGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAAT
66 AATATTGGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAAT
** *
2832 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAA-GCGTTCCGGTGTCCCGGCTCAATTTTGCATG
131 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCACTGTCCCGACTCAATTTTGCATG
* * * * *
2895 CTTTTTGGCGCCACGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCCAA-CAAATTTCAATCGCATTGGAT
196 CTTTTTGGCACCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCCAACCAAATTTCAACCACATTCGAT
**
2959 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTCGGG-AAA
261 TTAAGGATTT-TTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAAGAAAATTAATTCGGGAAAA
* **
3023 AAAGGAAAAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGACTTATATATTC
325 AAAGGAAAAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGACTTATATATTC
* *
3088 CTTATGAGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
390 CTTATGAGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
3153 CCGAAATCGT
455 CCGAAATCGT
3163 GTACTAACTA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 26, Indels: 5
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
470 165 0.38
471 115 0.26
472 4 0.01
473 150 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (473 bp):
AAAAACGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCTACAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATG
AATATTGGACTAAAAATTGAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAAT
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCACTGTCCCGACTCAATTTTGCATG
CTTTTTGGCACCAAGACTCCATTAAATATCTTTATAAATCCAACCAAATTTCAACCACATTCGAT
TTAAGGATTTTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAAAGAAAATTAATTCGGGAAAAA
AAGGAAAAACAATATCAGAAGTGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGACTTATATATTCC
TTATGAGTAATGCAGACAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
CGAAATCGTTTAGAAACT
Found at i:3774 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 2723--5959 Score: 3047
Period size: 330 Copynumber: 9.9 Consensus size: 329
2713 TAGAAACTTG
* * *
2723 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAATATTGGACTAAAAATTGAG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTAGAC-AAAAATTGAG
* * *
2788 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAATTTTTTGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
65 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* * *
2853 TTTGGCT-AAAA-GCGTTCCGGTGTCCCGGCTCAATTTTGCATGCTTTTTGGCGCCACGACTCCA
130 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGT-CCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC-
* * * *
2916 TT-AAATATCT-TTATAAATCCAA-CAAATTTCAAT-CGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
193 TTGAAATATCTATT-TTAATCTAACCAAATCTC-ATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * *
2977 GAGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGG-GAAAAAAGGAAAAACAATATC
256 GAGCATCTGAATCATGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATC
*
3040 AGAAGTGTA
321 AAAAGTGTA
* * * * *
3049 AAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGACTTATATATTCCTTATGAGTAATGCAGACAAAAAATT
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTATGAGT-AT-TAGAC-AAAAATT
*
3114 GAGGAAA-AAT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCAC
62 GAGGAAATAATATTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* *
3177 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAAGG-ATCCGACACAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATA-
126 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC--GGTGTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCA-AG
* *
3240 ACTCCTTGAAATA--TA---TAATCTAACAAAATCTCATCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
188 ACTCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * * *
3300 TATGAGCATCAGAAT--TGACTTTCGATTTGATTAGAAAGTAATTC-GAAAAAAATAGCAAAAAC
253 TACGAGCATCTGAATCATG--TTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA-AGGAAAAAC
*
3362 GATAGT-AGAAACGTG--
315 AATA-TCA-AAA-GTGTA
* * *** * * *
3377 AAAATCCCTTCAATATTTTTGAATTTGAATTATATATTTTTGTGTGTATTGGACTAAAAATTGAG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTAGAC-AAAAATTGAG
* *
3442 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTT
65 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* * * *
3507 TTTGACTAAAAAAGCGTTCCGGTGTCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCCTT
130 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
*
3572 GAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCACATCCGTATTGGATTTAAGGATTT-TGTTTTACGAG
195 GAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAG
* *
3636 CATCTGAATCATGTTTCGAATTAATTA-AAACTAATGCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATCAAA
259 CATCTGAATCATGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATCAAA
3700 AGTGTA
324 AGTGTA
* *
3706 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGATTTATATATTCTTTATGTGTATTCAGACAAAAATTGA
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTATGAGTATT-AGACAAAAATTGA
* * *
3771 GGAAA-AAT-TTTTGTGGTCAATATTGGCAAAATTTTAGCC-AAATCGTGTACTAACTATCACGG
64 GGAAATAATATTTTG-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* ** * * * *
3833 TTTTTTTGCCGAAAACACGTTCCAAGG-ATCCGACACAATTTTGCATGATTTTTTGCGCCATA-A
128 -TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC--GGTGTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCA-AGA
* * *
3896 CTCCTTGAAATATCTATTTTATTCTAACCAAATCTCATCCATATTGGATTTAAGGATTTGATTTT
189 CTCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * *
3961 ACGAGCATCAGAATCGA-GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAATAGGAAGAACGAT
254 ACGAGCATCTGAATC-ATGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAAT
*
4024 ATTAGAAACGTG-A
318 ATCA-AAA-GTGTA
* * *
4037 AAAA-CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAGTATTGGATTAAAAATTGAG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTAGA-CAAAAATTGAG
* * * * * *
4101 GAAATGATATTTTTGGTCGATTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTT
65 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
** * *
4166 TTTGTATAAAAACGCGTTCCGGTGTCCTAGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCCT
130 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCT
*
4231 TGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGCATTGGATTTAAGGATTT-TTTTTACGAG
194 TGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
**
4295 CATCTGAATCATGTTTC-AATTTAATTAGAAATTTAA-TCGGGCAAAAAAGGAAAAACAATATCA
259 CATCTGAATCATGTTTCGAA-TTAATTAGAAA-TTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATCA
4358 AAAGTGTA
322 AAAGTGTA
* * *
4366 AAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTCTTTATGAGTATTGTACACAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTATGAGTA-T-TAGACAAAAATTG
* * * * * * *
4431 AGTAAA-AATGTTTCGGCTCAATTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACTATCACGG
63 AGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * * * *
4495 TTTTTATGCTAAAAACGCGTTCAAGG-ATCCGACACAATTTTTCATGATTTTTGGCACCATA-AC
128 TTTTT-GGCTAAAAACGCGTTC-CGGTGTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCA-AGAC
* * **
4558 TCCTTGAAATTTCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCC--A-T--ATTT-ACGA---G--CAT-
190 TCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * * * ** ** *
4611 C-AGAATC-GAGT-TTCGTTT-TAATTAGA-AATTAATTCAA---AAAAAATAGGAA--AA--AC
255 CGAGCATCTGAATCAT-GTTTCGAATTA-ATTAGAAATT-AATTCGGAAAA-A-AAAGGAAAAAC
* * *
4664 GATATTAGAAA-TGTG
315 AATATCA-AAAGTGTA
* * * * *
4679 AAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTATGAATATTGGACTAAAAATTGAT
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTAGAC-AAAAATTGAG
* *
4744 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACTGTT
65 GAAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* * * * * * * *
4809 TTTTGCTAAAAACGAGTTCCGATGTTCCGGCTCAATTTTGCATTATTTTAGACGCAAAGACTCCT
130 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTG-TCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCT
** *
4874 TGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCAATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAA
194 TGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* *
4939 CATCTGAATCATGTTTC-AATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAAAAGGAAAAACAATATCAG
259 CATCTGAATCATGTTTCGAA-TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATCAA
5003 AAGTGTA
323 AAGTGTA
*
5010 GAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTTTGAGTATTGCAGACAAAAATT
1 -AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTATGAGTATT--AGACAAAAATT
* * * * * *
5074 GAGGAAAT-AT-TTTTCCGGTCAACTTTTGCAAAAGTTTAGCTGAAATTGTGTACT----ATCAT
62 GAGGAAATAATATTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * * *
5133 GGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGTGGCCCGACGT-AGTTTTACATGATTTTTGGCGCCAAGA
126 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGT-GTCCGAC-TCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGA
* * * * * * ****
5197 CTCCTTGGATTATTTATTTTCATCTAACAAAATCTAAGAATTGA-TGGATTTAAGGATTTGTTTT
189 CTCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGT-ATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * *
5261 TACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTTGGAAATTAATTCAG-AAAAAAA-GAAAAACAA
253 TACGAGCATCTGAATCATGTTTCGAATTAA-TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAA
* * * * *
5324 -ATTAGATGCGTG
317 TATCAAAAGTGTA
* *
5336 AAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTTAGGCCAAAAATT
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTATGAGTA-TTA-GACAAAAATT
* * * * * *
5401 GAGGAAAAAATATTCT-GGTAAATTTTCT-CAAAATTTTAGCCGGAATTGTGTACTAATAAGCAT
62 GAGGAAATAATATTTTGGGTCAATTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC---TAACCAT
* * ** * * * *
5464 CACAGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTGTGGCGGCTAGACT-AAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCA
123 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTC-CGACTCAA-TTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
* * * ** *
5528 AGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTGACCAAATCTCAGCAATGA-TGGATTT-AGAAATTTG
186 AGACTCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGT-ATTGGATTTAAG-GATTTG
* * * *
5591 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC-AATTAAATTAGAAATGAATTCAG-AAAAAAATG----
249 TTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGAATT-AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAA
* * * *
5650 ---ATATTAGAAGCGTG
313 ACAATATCAAAAGTGTA
* * * **
5664 AAAAG-CGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGGAAAAATTGA
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATT-AGACAAAAATTGA
*
5728 GGAAA-AA-ATTTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
64 GGAAATAATATTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* ** * * *
5791 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTTGGCTGCCCGACT-AAGTTTTGCATGATTTTCGGCGCCATGACT
128 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-TGTCCGACTCAA-TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACT
* * * * *
5855 CCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATATCAGCAACG-A-AGGATTTAAGGATTTG-TTTT
191 CCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATC--CGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * *
5917 ACAAGCATCTAAATCTTGTTTCG-ATTAAATTAGAAATTAATTC
254 ACGAGCATCTGAATCATGTTTCGAATT-AATTAGAAATTAATTC
5960 AGGGGAAAAA
Statistics
Matches: 2429, Mismatches: 335, Indels: 299
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
310 4 0.00
311 29 0.01
312 128 0.05
313 46 0.02
314 4 0.00
315 5 0.00
316 3 0.00
317 15 0.01
318 13 0.01
319 5 0.00
320 1 0.00
321 45 0.02
322 110 0.05
323 9 0.00
324 9 0.00
325 126 0.05
326 229 0.09
327 145 0.06
328 303 0.12
329 221 0.09
330 488 0.20
331 220 0.09
332 89 0.04
333 48 0.02
334 134 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTAGACAAAAATTGAGG
AAATAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTG
AAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCATCCGTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
TCTGAATCATGTTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATCAAAAG
TGTA
Done.