Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019718.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19751, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4189
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Found at i:1384 original size:649 final size:649
Alignment explanation
Indices: 62--4189 Score: 5568
Period size: 649 Copynumber: 6.4 Consensus size: 649
52 TAGAAAAAAT
* * *
62 GATATTAGAAGCGTAGAAAAGCTC-TTCAATTCTTTTTGGCGTTGAATTATATTATTTTATACGA
1 GATATTAGAAGCGT-GAAAAGC-CGTCCAA-TCTTTTTGGCGTTGAATTATA-TATTTTTTATGA
* *
126 GTATTGAC-GGTTAAAAATTGAAGGAAAAATCGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
62 GTATT--CTGG-GAAAATTTG-AGGAAAAATC-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
190 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAACACGTGTTCTGGCAGCCTGGCAAAGTTTTGC
122 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGC
* * * * * * *
255 ATGGTTTTTGGCGTCTAGACTCCTTGAAATATTTATTTTCATCGATCTAAATCCCAGA-AACGAT
187 ATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCA-ACAATGAT
*
319 GGATTTAAGGATTT-TTTTGTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA
251 GGATTTAAGGATTTGTTTT-TACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA
**
383 G--AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
315 GAAAAAAAAACCATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
*
445 TTTATGAGTATTCTGGGAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGC
380 TTTATGAGTATTCTGGGAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
*
509 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAACCCGACTAAGTTT
444 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTT
* * *
574 TGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTTTTCATCTATCGAAATCTCATCAACG
509 TGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACG
*
639 A-AGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATT
574 ATA-GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATT
*
703 CAGGGGAAAAAACC
638 CA--GAAAAAAACC
* * * *
717 GAAATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAAATTTTTTATGAGTGT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
782 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
847 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCGGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * * *
912 GGCGTCAAGATTCCTTGGAATAAC-ATATTCATCTAACCAAATCTCAACAATGACGAATTTAAGG
196 GGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAACAATGATGGATTTAAGG
*
976 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
1041 CATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
326 CATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* *
1106 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
391 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
1170 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATATTT
456 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
1235 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATTTAAGG
521 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATTTAAGG
1300 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
586 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAG--AAAAAAAC
1365 C
649 C
* *
1366 GATATTAGAAGCGTGAAAACCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * *
1431 TCTGAGAAAATTTGCGGAAAAAACTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * * *
1496 CTAAACATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACCAAGTTTTGCATGATATTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * *
1561 GGCGCCAAGTCTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCTAAATCTCAGCAATGATGGATTGAAGG
196 GGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAACAATGATGGATTTAAGG
*
1626 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
*
1691 CATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
326 CATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
*
1756 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
391 TCTGGGAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* *
1820 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAACCCGACTAATTTTTGCATGATTTT
455 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* *
1885 TGGCGCCAATACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
520 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATTTAAG
* *
1950 GATTTGTTTTTACGAACATCTAAATCTTGTTTCGATTAAAATAGAAATTAATTCAGGAAAAAAAA
585 GATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA-G-AAAAAAA
2015 CC
648 CC
2017 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGC---G--------------T-TGA--AT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * *
2062 CCT---CAAATTTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-T-
66 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
2122 -T-ACGCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCATCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
131 CTAAC-CATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* * *
2185 TGGTG-CAAAGACTCCTTGAAAAATCTATTTTCATCTGA-CCAAATCTCTACAATGATGGATTTA
195 TGGCGTC-AAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCT-ATCCAAATCTCAACAATGATGGATTTA
* * * * * *
2248 AGAATTTGTCTTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGGGAAAAA
258 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAA
* *
2313 AAACCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATG
322 AAACC-ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATG
* * * * * **
2378 AGTATTATGGGAAGAA-TGAGGAAAAATATTTTGCGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCATAAATC
386 AGTATTCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * *
2442 GTGTACTAACCTTAACGGTTTT-GG--------G-G--CT---A--ACGAGTAAGTTTTGCATGA
451 GTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGA
* * * * * * *
2490 TTTTTGGTGCCAAAACTCCTTGGAATTTCTATTTTCATCTATCCAAATCTAAACAACGATGGATT
516 TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATT
*
2555 TAAGGATTTGTTTTAACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATT---AAAAA
581 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
2617 AA-C
646 AACC
* * * * * *
2620 GATATTAAAAGCGTGAAAAGTCGTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTGTATCTATTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * *
2685 TCTGGGAAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTTT-CCAAATTTTAGCCGAAATCGTGC
66 TCTGGG-AAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* *
2749 ACTAACCTTCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
130 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * *
2814 AGGCGTCTAGACTCCTTCAAATATCTATTTTCATCTATCCAGATCTCAAAAACGATGGATTTAAG
195 TGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAACAATGATGGATTTAAG
* * * * *
2879 GATTT-TTTTGTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTAAATTAGAAATTAATTTAGGGAAAATA
260 GATTTGTTTT-TACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAAA
*
2943 AACCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTTTTTATGA
323 AACC-ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGA
* * ** * *
3008 GTAATGTGGGAAATTTTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTGCATAATTTTAGCCGAAATCG
387 GTATTCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * ** *
3073 TGTACTAACCATCACGTTTTTAGGCTAAAAACACGTTTTGGGGGACCGACTCAA-TTTTGCATGA
452 TGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACT-AAGTTTTGCATGA
** * * * * * * * *
3137 TTTTTATCGCAAAGATTCCTTAAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCTGCAACTATAGATT
516 TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATT
**
3202 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTC--AAAAA
581 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
3265 AA-C
646 AACC
* *
3268 -ATATTAGAAGCGTGTAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGTGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * * * *
3332 TCTAGGAAAAATTGAAGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGC-AATTTTTAGCCGAAATTGTGTA
66 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
3396 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACACGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * ***
3461 GGCGCCAAGACTCCTT--AA-A---A---T-ATCTAACCAAATTTCTGGAACT-ATGGATTTAAG
196 GGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAACAA-TGATGGATTTAAG
* * *
3515 GATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATGAATT-A-CAAAAAAAA
260 GATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAA
* * * *
3578 -CATATTAGAAACGTGAAAAGCCATCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTCTTATGACTA
325 CCATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTA
* * *
3642 TTTTCGGAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
390 TTCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
*
3707 GCTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
455 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* * *
3772 TGGCGCCATGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATATCAGCAACGATGGATTTAAG
520 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATTTAAG
* * * *
3837 GATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGTTTAAATTAGAAATTAATTCAGGGAAAAAAT
585 GATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAAAC
3902 C
649 C
* * *
3903 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGCCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAAATTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* *
3968 TCTGGGAAAATTTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * *
4033 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCTGGCAAAGTTTTGCATG-TTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * *
4097 GGCGTCTAGACTCCTTGAAATTATCTATTTTTATCGATCCAAATCTCAGA-AACGATGGATTTAA
196 GGCGTCAAGACTCCTTGAAA-TATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCA-ACAATGATGGATTTAA
* *
4161 GGATTTGTTTGTACGAGCATCTAAATCTT
259 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTT
Statistics
Matches: 3071, Mismatches: 307, Indels: 198
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
603 37 0.01
604 7 0.00
609 129 0.04
611 1 0.00
614 2 0.00
616 1 0.00
617 1 0.00
620 1 0.00
621 3 0.00
623 4 0.00
624 2 0.00
625 166 0.05
626 88 0.03
627 101 0.03
628 55 0.02
629 232 0.08
630 65 0.02
631 278 0.09
632 1 0.00
633 10 0.00
634 7 0.00
635 2 0.00
636 184 0.06
637 79 0.03
638 2 0.00
640 3 0.00
642 1 0.00
643 2 0.00
644 2 0.00
646 127 0.04
647 307 0.10
648 133 0.04
649 446 0.15
650 279 0.09
651 254 0.08
652 14 0.00
653 21 0.01
654 11 0.00
655 13 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (649 bp):
GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
GGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAACAATGATGGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
CATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAACC
Found at i:1465 original size:325 final size:325
Alignment explanation
Indices: 62--4189 Score: 5568
Period size: 325 Copynumber: 12.9 Consensus size: 325
52 TAGAAAAAAT
* * *
62 GATATTAGAAGCGTAGAAAAGCTC-TTCAATTCTTTTTGGCGTTGAATTATATTATTTTATACGA
1 GATATTAGAAGCGT-GAAAAGC-CGTCCAA-TCTTTTTGGCGTTGAATTATA-TATTTTTTATGA
*
126 GTATTGAC-GGTTAAAAATTGAAGGAAAAATCGTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
62 GTATT--CTGG-GAAAAATTG-AGGAAAAATC-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
190 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAACACGTGTTCTGGCAGCCTGGCAAAGTTTTGC
122 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGC
* * * * * * * *
255 ATGGTTTTTGGCGTCTAGACTCCTTGAAATATTTATTTTCATCGATCTAAATCCCAGAAACGATG
187 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATG
320 GATTTAAGGATTT-TTTTGTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAG
252 GATTTAAGGATTTGTTTT-TACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAG
*
384 -AAAAAAA-T
316 AAAAAAAACC
392 GATATTAGAAGCGTGAAAAG-CGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
*
456 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
66 TCTGGGAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
*
520 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAACCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
130 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
585 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTTTTCATCTATCGAAATCTCATCAACGAAGGATTTAAG
195 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
* **
650 GATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGGGGAAAAAA
260 GATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAAAA
715 CC
324 CC
* * * *
717 GAAATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAAATTTTTTATGAGTGT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
*
782 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
847 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCGGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * * * * * *
912 GGCGTCAAGATTCCTTGGAATAAC-ATATTCATCTAACCAAATCTCAACAATGACGAATTTAAGG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
**
976 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAAAC
1041 C
325 C
1042 -ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* *
1106 TCTGGGAAAATTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
1170 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATATTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
*
1235 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATAGATTTAAGG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
1300 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAAAC
1365 C
325 C
* *
1366 GATATTAGAAGCGTGAAAACCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * * *
1431 TCTGAGAAAATTTGCGGAAAAAACTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * * *
1496 CTAAACATTACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACCAAGTTTTGCATGATATTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * *
1561 GGCGCCAAGTCTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCTAAATCTCAGCAATGATGGATTGAAGG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
**
1626 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAAC
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAAAC
1691 C
325 C
*
1692 -ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
*
1756 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
66 TCTGGGAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* *
1820 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAACCCGACTAATTTTTGCATGATTTT
130 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
*
1885 TGGCGCCAATACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
195 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
* *
1950 GATTTGTTTTTACGAACATCTAAATCTTGTTTCGATTAAAATAGAAATTAATTCAGGAAAAAAAA
260 GATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAAAA
2015 CC
324 CC
2017 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGC---G--------------T-TGA--AT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * *
2062 CCT---CAAATTTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-T-
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
2122 -T-ACGCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCATCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
131 CTAAC-CATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
2185 TGGTGCAAAGACTCCTTGAAAAATCTATTTTCATCTGA-CCAAATCTCTA-CAATGATGGATTTA
195 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCT-ATCCAAATCTC-AGCAACGATGGATTTA
* * * * *
2248 AGAATTTGTCTTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGGGAAAAA
258 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA--GAAAAA
2313 AAACC
321 AAACC
* *
2318 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * * * **
2383 TATGGGAAGAA-TGAGGAAAAATATTTTGCGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCATAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * *
2447 CTAACCTTAACGGTTTT-GG--------G-G--CT---A--ACGAGTAAGTTTTGCATGATTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * *
2495 GGTGCCAAAACTCCTTGGAATTTCTATTTTCATCTATCCAAATCTAAACAACGATGGATTTAAGG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
*
2560 ATTTGTTTTAACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATT----AAAAAAA-C
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAACC
* * * * * *
2620 GATATTAAAAGCGTGAAAAGTCGTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTGTATCTATTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * *
2685 TCTGGGAAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTTT-CCAAATTTTAGCCGAAATCGTGC
66 TCTGGG-AAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* *
2749 ACTAACCTTCACGGTTTTGGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
130 ACTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * **
2814 AGGCGTCTAGACTCCTTCAAATATCTATTTTCATCTATCCAGATCTCAAAAACGATGGATTTAAG
195 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
* * *
2879 GATTT-TTTTGTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTAAATTAGAAATTAATTTAGGGAAAATA
260 GATTTGTTTT-TACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCA--GAAAAAA
2943 AACC
322 AACC
* * *
2947 AATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGACTTATATATTTTTTATGAGTAA
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* ** * *
3012 TGTGGGAAATTTTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTGCATAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * ** *
3077 CTAACCATCACGTTTTTAGGCTAAAAACACGTTTTGGGGGACCGACTCAA-TTTTGCATGATTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACT-AAGTTTTGCATGATTTT
** * * * * * * * * *
3141 TATCGCAAAGATTCCTTAAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCTGCAACTATAGATTTAAG
195 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
**
3206 GATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTC---AAAAAAA-
260 GATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAC
3267 C
325 C
* *
3268 -ATATTAGAAGCGTGTAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGTGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * * *
3332 TCTAGGAAAAATTGAAGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGC-AATTTTTAGCCGAAATTGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
*
3396 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACACGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * *
3461 GGCGCCAAGACTCCTT--AA-A---A---T-ATCTAACCAAATTTCTGGAACTATGGATTTAAGG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
** * *
3516 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCTATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATGAATT-ACAAAAAAAA-C
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAACC
* * * *
3579 -ATATTAGAAACGTGAAAAGCCATCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTCTTATGACTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * * *
3643 TTTCGGAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTG
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
3708 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* *
3773 GGCGCCATGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATATCAGCAACGATGGATTTAAGG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
* * ** *
3838 ATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGTTTAAATTAGAAATTAATTCAGGGAAAAAATC
261 ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAACC
* * *
3903 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGCCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAAATTTTTTATGAGTAT
1 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
* * *
3968 TCTGGGAAAATTTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTA
66 TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * *
4033 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCTGGCAAAGTTTTGCATG-TTTTT
131 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * *
4097 GGCGTCTAGACTCCTTGAAATTATCTATTTTTATCGATCCAAATCTCAGAAACGATGGATTTAAG
196 GGCGCCAAGACTCCTTGAAA-TATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAG
*
4162 GATTTGTTTGTACGAGCATCTAAATCTT
260 GATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTT
Statistics
Matches: 3374, Mismatches: 325, Indels: 203
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
299 2 0.00
300 163 0.05
301 51 0.02
302 70 0.02
303 92 0.03
304 27 0.01
306 4 0.00
308 5 0.00
309 205 0.06
310 1 0.00
311 104 0.03
312 99 0.03
313 2 0.00
314 4 0.00
315 3 0.00
316 2 0.00
317 3 0.00
318 5 0.00
319 95 0.03
320 216 0.06
321 5 0.00
322 283 0.08
323 165 0.05
324 246 0.07
325 748 0.22
326 491 0.15
327 253 0.07
328 10 0.00
329 6 0.00
330 14 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (325 bp):
GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
TCTGGGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCTGGCAGCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTTT
GGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATCTATCCAAATCTCAGCAACGATGGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAACC
Done.