genome.fa.s19772.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01019772.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19805, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108068

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1863--1911	15	3.1	16	85	8	73	34	0	12	53	1.39
1863--1914	17	3.2	17	83	10	63	34	0	11	53	1.37
1863--1922	32	1.9	31	89	3	93	35	1	10	53	1.44
2143--2209	31	2.2	29	75	17	66	67	5	11	14	1.40
9542--10601	473	2.2	474	90	3	1655	33	16	17	33	1.92
10724--10841	43	2.8	41	83	7	139	38	5	7	48	1.56
11732--11772	21	2.0	21	95	0	73	34	12	4	48	1.62
12507--12555	22	2.2	22	85	0	62	44	4	6	44	1.47
12746--12842	30	3.2	31	81	8	101	36	6	15	42	1.72
16649--16767	22	5.4	22	74	9	100	41	10	14	34	1.79
16647--16763	44	2.7	44	81	5	128	42	10	14	32	1.79
16977--17060	22	3.8	22	74	12	64	42	10	13	33	1.78
17088--17172	22	4.0	21	71	13	66	40	8	20	31	1.82
17209--17419	22	9.6	22	76	7	133	33	11	16	38	1.84
17274--17419	44	3.3	44	85	3	188	36	11	15	36	1.84
17259--17419	66	2.4	66	80	4	155	36	10	15	37	1.82
18929--18953	12	2.1	12	100	0	50	40	20	8	32	1.81
19788--19853	27	2.4	27	82	9	80	42	1	0	56	1.08
19801--19849	13	3.7	13	80	2	53	44	0	0	55	0.99
19818--19859	20	2.1	20	86	0	57	47	0	0	52	1.00
23777--23823	16	2.9	16	87	0	76	6	23	38	31	1.80
23762--23816	23	2.3	23	87	6	74	7	20	38	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23771--23825	7	7.3	7	78	15	56	5	23	38	32	1.78
24053--24129	39	2.0	39	94	0	136	35	5	18	41	1.73
25052--25131	42	1.9	42	94	0	142	47	13	7	31	1.71
25198--25310	56	2.0	56	93	5	194	40	3	23	31	1.72
25576--25621	22	2.0	23	87	4	67	17	15	23	43	1.87
25639--25699	16	3.8	16	78	8	61	9	24	40	24	1.85
25635--25699	32	2.0	32	88	5	96	9	24	40	26	1.85
27495--27526	16	2.0	16	93	0	55	46	3	6	43	1.44
31704--31741	19	2.1	19	90	5	60	5	26	7	60	1.46
32978--33027	20	2.6	18	73	14	55	26	10	4	60	1.47
34080--34125	23	2.0	23	87	8	67	50	6	26	17	1.70
39166--39222	29	2.0	29	89	0	87	36	14	21	28	1.92
39231--39296	33	2.0	33	93	0	114	28	19	22	28	1.98
39331--39404	32	2.2	34	88	4	107	48	4	27	20	1.67
40497--40538	13	2.9	14	86	10	50	28	4	7	59	1.44
43635--43676	21	2.0	21	86	9	59	47	35	0	16	1.47
47812--47868	19	3.0	19	94	0	96	42	12	21	24	1.87
58741--58799	30	2.0	30	93	0	100	28	23	0	47	1.52
62254--62299	16	3.1	16	78	18	62	78	0	21	0	0.76
64596--64678	42	2.0	43	88	7	125	22	19	22	34	1.96
64666--64708	20	2.1	21	86	4	61	39	20	18	20	1.93
65156--65182	12	2.2	12	100	0	54	48	33	18	0	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69940--70022	41	2.0	41	97	0	157	36	12	13	38	1.82
70344--70394	24	2.1	24	85	7	68	13	19	19	47	1.83
72766--72907	60	2.3	61	85	1	187	32	16	17	33	1.93
73009--73074	31	2.1	32	88	2	98	37	21	13	27	1.91
73767--73799	17	2.0	17	88	5	50	3	18	6	72	1.18
75479--75514	12	3.0	13	84	15	51	58	0	0	41	0.98
78135--78231	41	2.4	41	92	0	158	26	28	10	34	1.89
78213--78273	27	2.3	27	82	0	77	29	24	14	31	1.95
78898--78955	2	30.0	2	82	6	66	41	1	5	51	1.34
78923--78959	12	3.1	12	96	0	65	43	0	5	51	1.24
79281--79423	45	3.1	44	91	7	207	21	17	19	41	1.91
79859--79917	30	2.0	30	93	0	100	32	18	22	27	1.97
79890--80068	46	3.9	46	93	0	304	31	15	21	31	1.95
80245--80411	72	2.3	72	90	0	271	29	23	23	23	1.99
80244--80411	36	4.7	36	81	0	192	30	23	23	23	1.99
80567--80627	31	2.0	31	90	0	95	32	18	19	29	1.95
80669--80817	51	2.9	51	90	0	217	36	14	22	26	1.93
80669--80853	51	3.6	51	84	4	203	35	15	23	25	1.94
80823--80883	30	2.0	30	90	6	97	27	19	31	21	1.97
80870--81021	44	3.7	43	75	16	169	30	19	22	26	1.98
80876--81021	78	1.9	78	92	2	249	32	19	21	26	1.97
80968--81066	50	2.0	50	83	0	126	28	17	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81227--81301	19	3.7	19	73	13	69	30	30	16	22	1.95
81335--81534	99	2.0	99	99	0	391	34	21	18	26	1.96
81520--81563	14	3.1	14	93	0	70	34	29	15	20	1.94
81608--81688	42	1.9	42	82	5	101	33	19	17	29	1.95
83784--84011	114	2.0	112	89	5	352	32	21	22	23	1.98
86899--86935	19	1.9	19	94	0	65	21	35	8	35	1.83
86986--87043	21	2.9	19	84	5	71	31	20	12	36	1.89
92658--92726	30	2.3	31	84	2	86	36	18	17	27	1.94
96814--96850	18	2.1	18	90	10	58	37	8	5	48	1.56
100799--100869	35	2.0	36	83	10	92	50	9	5	33	1.59
104172--104250	27	2.9	27	88	0	122	39	7	12	40	1.72
106445--106470	13	2.0	13	100	0	52	53	30	0	15	1.42

Tables:   1

The End!