Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01019859.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19892, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4037
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.23, T:0.27


Found at i:344 original size:47 final size:47

Alignment explanation


    Indices: 302--1291  Score: 1587
    Period size: 47  Copynumber: 21.1  Consensus size: 47

        292 TAAACTGAAC

                     *                                      
        302 AGTAAAAGAAGAAGAGA-TTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACT-A--
          1 AGTAAAAGAGGAAGA-ATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

              *          *   *                           * 
        346 AGCAAAAGAGGAATAATGTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAACT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                           
        393 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

              *              *                              
        440 AGAAAAAG-GAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAG-GAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                          *
        487 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGC
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                          *
        534 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGC
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                    *      
        581 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAGCTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                          *
        628 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGC
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                  *                 *      
        675 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTATAATTCTAGGTAATTAAGCTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                           
        722 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                           
        769 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                    *      
        816 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAGCTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                           
        863 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                                    *      
        910 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAGCTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                       *                    *       *      
        957 AGTAAAAGAGGGAGAATTTAGTTTAATTCTAGATAATTAAGCTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

              *              *                             
       1004 AGCAAAAGAGGAAGAATGTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                       *                                   
       1051 AGTAAAAGAGGGAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

              *              *                              
       1098 AGAAAAAG-GAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAG-GAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                                   *            *          
       1145 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTAAATTCTAGGTAAGTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                     *      *                            * 
       1192 AGTAAAAGAAGAAGAAATTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAAT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                     * *    **  *      *  *    *           
       1239 AGTAAAAGAAGTAGAACCTATTTTAATCCTGGGTAGTTAAACTAAGT
          1 AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

                  
       1286 AGTAAA
          1 AGTAAA

       1292 GAGTAGTCGA


Statistics
Matches: 883,  Mismatches: 55, Indels: 13
        0.93            0.06        0.01

Matches are distributed among these distances:
  43    1  0.00
  44   37  0.04
  45    1  0.00
  46    2  0.00
  47  840  0.95
  48    2  0.00

ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.20, T:0.30


Consensus pattern (47 bp):   
AGTAAAAGAGGAAGAATTTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAGT

Done.