Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019863.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19896, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1940
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.17, T:0.41
Found at i:189 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3--213 Score: 230
Period size: 35 Copynumber: 6.0 Consensus size: 35
1 CC
*
3 TTTCAGGAAGTTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCA
1 TTTCAAGAAGTTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCA
* *
38 TTTTCAAGATG-TTTTTATGGTCAGAGTTGATCTCA
1 -TTTCAAGAAGTTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCA
**
73 TTTCAAGAAGTTTTCGATGATCAGAGTTGATCTCA
1 TTTCAAGAAGTTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCA
* * *
108 TTTCAA-AGGGTTTTCGT-TGATCAGAGTTGATCTCC
1 TTTCAAGA-AGTTTT-TTATGATCAGAGTTGATCTCA
*
143 TTTCAAGAAGTTTTAATTATGATCAGAGTTGATCTTA
1 TTTCAAGAAGTTTT--TTATGATCAGAGTTGATCTCA
* * ***
180 TTCCTAGAAGTTTTCGGTGATCAGAGTTGATCTC
1 TTTCAAGAAGTTTTTTATGATCAGAGTTGATCTC
214 CAATTTGATC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 22, Indels: 13
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 10 0.07
35 99 0.67
36 10 0.07
37 28 0.19
ACGTcount: A:0.25, C:0.13, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (35 bp):
TTTCAAGAAGTTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCA
Found at i:193 original size:107 final size:105
Alignment explanation
Indices: 20--213 Score: 291
Period size: 107 Copynumber: 1.8 Consensus size: 105
10 AAGTTTTTTA
* * * *
20 TGATCAGAGTTGATCTCATTTTCAAGATGTTTTTATGGTCAGAGTTGATCTCATTTCAAGAAGTT
1 TGATCAGAGTTGATCTCACTTTCAAGAAGTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCATTCCAAGAAGTT
85 TTCGATGATCAGAGTTGATCTCATTTCAAAGGGTTTTCGT
66 TTCGATGATCAGAGTTGATCTCATTTCAAAGGGTTTTCGT
* *
125 TGATCAGAGTTGATCTC-CTTTCAAGAAGTTTTAATTATGATCAGAGTTGATCTTATTCCTAGAA
1 TGATCAGAGTTGATCTCACTTTCAAGAAG-TTT--TTATGATCAGAGTTGATCTCATTCCAAGAA
*
189 GTTTTCGGTGATCAGAGTTGATCTC
63 GTTTTCGATGATCAGAGTTGATCTC
214 CAATTTGATC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 7, Indels: 4
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
104 9 0.11
105 20 0.25
107 50 0.63
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (105 bp):
TGATCAGAGTTGATCTCACTTTCAAGAAGTTTTTATGATCAGAGTTGATCTCATTCCAAGAAGTT
TTCGATGATCAGAGTTGATCTCATTTCAAAGGGTTTTCGT
Found at i:1259 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1225--1276 Score: 104
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
1215 TGAGACCTTG
1225 GGGTTATGGTTTAATTAATTTAGGTT
1 GGGTTATGGTTTAATTAATTTAGGTT
1251 GGGTTATGGTTTAATTAATTTAGGTT
1 GGGTTATGGTTTAATTAATTTAGGTT
1277 TTTAATTTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.27, T:0.50
Consensus pattern (26 bp):
GGGTTATGGTTTAATTAATTTAGGTT
Found at i:1716 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1683--1930 Score: 82
Period size: 8 Copynumber: 32.1 Consensus size: 8
1673 TTTTTTTAAA
1683 TTAT-TAT
1 TTATCTAT
1690 TTAT-TAAT
1 TTATCT-AT
*
1698 TTAACTA-
1 TTATCTAT
1705 TTATCTAT
1 TTATCTAT
1713 TTATTTACTAT
1 TTA--T-CTAT
1724 TTATCTAT
1 TTATCTAT
*
1732 TTATTTAT
1 TTATCTAT
* * *
1740 TAATTTAA
1 TTATCTAT
*
1748 CTAT-TAT
1 TTATCTAT
* *
1755 CTATTTAT
1 TTATCTAT
1763 TTA-CTAT
1 TTATCTAT
1770 TTATCTAT
1 TTATCTAT
*
1778 TTATTTA-
1 TTATCTAT
1785 TTA---AT
1 TTATCTAT
* *
1790 TTAGCCA-
1 TTATCTAT
1797 TTATCTAT
1 TTATCTAT
*
1805 TTATTTACT
1 TTATCTA-T
1814 ATTATCTACT
1 -TTATCTA-T
* * *
1824 TTTTTTAC
1 TTATCTAT
* *
1832 CTACCTAT
1 TTATCTAT
*
1840 TTATCTAA
1 TTATCTAT
1848 TTATCTAT
1 TTATCTAT
* *
1856 ATACCTAT
1 TTATCTAT
1864 TTATC--T
1 TTATCTAT
1870 TT-T-TAT
1 TTATCTAT
1876 TTATCTA-
1 TTATCTAT
*
1883 TTATTCTTAC
1 TTA-TC-TAT
1893 TTAT-T-T
1 TTATCTAT
1899 TTA-CTAT
1 TTATCTAT
*
1906 TTATTTAT
1 TTATCTAT
*
1914 TTATTTAT
1 TTATCTAT
1922 TTATCTAT
1 TTATCTAT
1930 T
1 T
1931 ACTTTTTTTT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 34, Indels: 49
0.69 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
4 1 0.01
5 4 0.02
6 10 0.05
7 40 0.22
8 97 0.53
9 11 0.06
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11 7 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (8 bp):
TTATCTAT
Found at i:1716 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1686--1811 Score: 104
Period size: 27 Copynumber: 5.3 Consensus size: 27
1676 TTTTAAATTA
1686 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
*
1713 TTA--T-TT-A-CT-A-T-TTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
1732 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
*
1759 TTA--T-TT-A-CT-A-T-TTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
* *
1778 TTATTTATTAATTTAGCCATTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
1805 TTATTTA
1 TTATTTA
1812 CTATTATCTA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 6, Indels: 32
0.67 0.05 0.28
Matches are distributed among these distances:
19 22 0.29
20 2 0.03
21 4 0.05
22 6 0.08
23 4 0.05
24 6 0.08
25 3 0.04
26 1 0.01
27 29 0.38
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.01, T:0.60
Consensus pattern (27 bp):
TTATTTATTAATTTAACTATTATCTAT
Found at i:1719 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1686--1930 Score: 74
Period size: 4 Copynumber: 61.2 Consensus size: 4
1676 TTTTAAATTA
* * * * * *
1686 TTAT TTAT TAAT TTAA CTA- TTAT CTAT TTAT TTA- CTAT TTAT CTAT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
* * * * * *
1732 TTAT TTAT TAAT TTAA CTA- TTAT CTAT TTAT TTA- CTAT TTAT CTAT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
* * ** * * *
1778 TTAT TTAT TAAT TTAG CCA- TTAT CTAT TTAT TTACT ATTAT CTACT TTTT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTA-T -TTAT TTA-T TTAT
* * * * * * * * * *
1828 TTAC CTAC CTAT TTAT CTAA TTAT CTAT ATAC CTAT TTAT CTT-T TTAT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT -TTAT TTAT
* *
1876 TTAT CTA- TTATT CTTAC TTAT TT-T TACTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
1 TTAT TTAT TTA-T -TTAT TTAT TTAT T--TAT TTAT TTAT TTAT TTAT
*
1922 TTAT CTAT T
1 TTAT TTAT T
1931 ACTTTTTTTT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 55, Indels: 32
0.66 0.21 0.12
Matches are distributed among these distances:
3 15 0.09
4 140 0.82
5 7 0.04
6 8 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (4 bp):
TTAT
Found at i:1739 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 1686--1922 Score: 247
Period size: 46 Copynumber: 5.2 Consensus size: 46
1676 TTTTAAATTA
1686 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
1732 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
* * *
1778 TTATTTATTAATTTAGCCATTATCTATTTATTTACTA-TTATCTAC
1 TTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
** * * * *
1823 TT-TTT-TT-ACCTACCTATTTATCTAATTA--T-CTATATACCTAT
1 TTATTTATTAATTTAACTA-TTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
* * * *
1864 TTATCTT-TTTATTTATCTATTATTCTTACTTATTTTTACTATTTATTTAT
1 TTAT-TTATTAATTTAACTATTA-TC-TA-TT-TATTTACTATTTATCTAT
1914 TTATTTATT
1 TTATTTATT
1923 TATCTATTAC
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 19, Indels: 22
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
40 3 0.02
41 8 0.05
42 6 0.04
43 19 0.12
44 11 0.07
45 11 0.07
46 82 0.52
47 1 0.01
49 3 0.02
50 15 0.09
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (46 bp):
TTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTATCTAT
Found at i:1830 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1684--1930 Score: 106
Period size: 19 Copynumber: 13.6 Consensus size: 18
1674 TTTTTTAAAT
* *
1684 TATTATTTATTAATTTAAC
1 TATTATCTATTTATTT-AC
1703 TATTATCTATTTATTTAC
1 TATTATCTATTTATTTAC
*
1721 TATTTATCTATTTATTTAT
1 TA-TTATCTATTTATTTAC
*
1740 TAATTTAACTATTATCTATTTA-
1 T-A-TTATCTA-T-T-TATTTAC
*
1762 T-TTA-CTATTTATCTA-
1 TATTATCTATTTATTTAC
* *
1777 T-TTATTTATTAATTTAGC
1 TATTATCTATTTATTTA-C
*
1795 CATTATCTATTTATTTAC
1 TATTATCTATTTATTTAC
*
1813 TATTATCTACTTTTTTTAC
1 TATTATCTA-TTTATTTAC
* * *
1832 --CTACCTATTTATCTA-
1 TATTATCTATTTATTTAC
* **
1847 -ATTATCTATATACCTA-
1 TATTATCTATTTATTTAC
*
1863 T-TTATCTTTTTATTTATC
1 TATTATCTATTTATTTA-C
*
1881 TATTATTCTTACTTATTTTTAC
1 TATTA-TC-TA-TT-TATTTAC
*
1903 TATTTATTTATTTATTTA-
1 TA-TTATCTATTTATTTAC
1921 T-TTATCTATT
1 TATTATCTATT
1931 ACTTTTTTTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 30, Indels: 43
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.05
16 45 0.25
17 6 0.03
18 18 0.10
19 62 0.35
20 12 0.07
21 4 0.02
22 8 0.04
23 14 0.08
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (18 bp):
TATTATCTATTTATTTAC
Done.