Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01019937.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig19970, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10970
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.17, T:0.36
Found at i:1694 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1559--1734 Score: 208
Period size: 37 Copynumber: 4.7 Consensus size: 37
1549 CTGCTCTGAG
* * * * *
1559 GTCATCTTGATAACTGCTGAAATACGACTTGTTTCCA
1 GTCAACTTGATAACTACTGAAAGATGACCTGTTTCCA
* * *
1596 GTCAACTTGATAATTGCTGAAAGATGACATGTTTCCA
1 GTCAACTTGATAACTACTGAAAGATGACCTGTTTCCA
* *
1633 ATCAACTTGATAACTACTAAAAGATGACCTGTTTCCA
1 GTCAACTTGATAACTACTGAAAGATGACCTGTTTCCA
* * *
1670 GTCAATCTTGATAACTACTGAAAGATGGCCTATTTCCG
1 GTCAA-CTTGATAACTACTGAAAGATGACCTGTTTCCA
*
1708 GTCGACTTTGATAACTACTGAAAGATG
1 GTCAAC-TTGATAACTACTGAAAGATG
1735 TTTGAGAAGA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 16, Indels: 3
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
37 69 0.57
38 52 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (37 bp):
GTCAACTTGATAACTACTGAAAGATGACCTGTTTCCA
Found at i:6970 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6939--7111 Score: 185
Period size: 22 Copynumber: 8.1 Consensus size: 22
6929 TTACTCTAAT
*
6939 CTTCTTATTACTCTTTCTTTTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
6961 CTTCTGATTACTCTTTC--TT-
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
* **
6980 CTTCTGATTACTCCTTCTTTGG
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
* *
7002 CTTTTGATTACTCTTCCTTTTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
* **
7024 C-TCTGATTACTCCTTCTTTGG
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
* *
7045 CTTTTGATTACTCTTCCTTTTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
*
7067 C-TCTGATTACTCTTTCCTTTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
**
7088 CTTAGGATTACTCTTTCTTTTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
7110 CT
1 CT
7112 GCTTAGCTTG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 24, Indels: 10
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.13
20 2 0.02
21 35 0.29
22 69 0.57
ACGTcount: A:0.13, C:0.25, G:0.07, T:0.55
Consensus pattern (22 bp):
CTTCTGATTACTCTTTCTTTTA
Found at i:6996 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6961--6998 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
6951 CTTTCTTTTA
6961 CTTCTGATTACTCTTTCTT
1 CTTCTGATTACTC--TCTT
6980 CTTCTGATTACTC-CTT
1 CTTCTGATTACTCTCTT
6996 CTT
1 CTT
6999 TGGCTTTTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.32
19 13 0.68
ACGTcount: A:0.11, C:0.29, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (17 bp):
CTTCTGATTACTCTCTT
Found at i:7040 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 6945--7111 Score: 205
Period size: 43 Copynumber: 3.9 Consensus size: 43
6935 TAATCTTCTT
* * * * *
6945 ATTACTCTTTCTTTTACTTCTGATTACTCTTTCTTCT--TCTG
1 ATTACTCCTTCTTTGACTTTTGATTACTCTTCCTTTTACTCTG
*
6986 ATTACTCCTTCTTTGGCTTTTGATTACTCTTCCTTTTACTCTG
1 ATTACTCCTTCTTTGACTTTTGATTACTCTTCCTTTTACTCTG
*
7029 ATTACTCCTTCTTTGGCTTTTGATTACTCTTCCTTTTACTCTG
1 ATTACTCCTTCTTTGACTTTTGATTACTCTTCCTTTTACTCTG
* ** *
7072 ATTACTCTTTCCTTT-ACTTAGGATTACTCTTTCTTTTACT
1 ATTACTCCTT-CTTTGACTTTTGATTACTCTTCCTTTTACT
7112 GCTTAGCTTG
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 11, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 31 0.28
43 77 0.69
44 4 0.04
ACGTcount: A:0.13, C:0.25, G:0.07, T:0.55
Consensus pattern (43 bp):
ATTACTCCTTCTTTGACTTTTGATTACTCTTCCTTTTACTCTG
Found at i:7178 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7122--8090 Score: 634
Period size: 47 Copynumber: 21.1 Consensus size: 47
7112 GCTTAGCTTG
* * *
7122 ATTACCCAGAATCAAACTGTTTTCTTCTTCTCTTGCTTTTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* *
7169 ATTACCCAGAATTATACTCTTTTCTTC-T-T-TTACTTTTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* *
7213 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * *
7260 ATTACCCAGAATTAAACTATTTCCTTCTTCTTTTACTTTTTTGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * **
7307 ATTACCCAGAATTAAACTAGCCTCTGTGTACTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTA---T-T-T-T-CTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * *
7361 ATTTCCTAGAATTAAACTA------AC--CTCTT-C--TTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
** * * * **
7397 ATTACCTGGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * ** **
7444 ATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCGGTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * **
7491 AATACCTAGAATTAAACTAATTTT-TTCCTCTTTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACT-ATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * *
7538 ATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTAC---TTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * *
7582 ATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTCCTTTTAC---TTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * **
7626 ATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * *
7673 GTTACCCAGAATTAAACTA---ACCTCTTCTTTTACTATTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* ** * ** * **
7717 TTTACCTGGAATTAAACTAATCCCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* *** * * **
7764 ATTACCTAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * **
7811 ATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * *
7858 ATTACCCAGAATTAAACTA---ACCTCTTCTTTTA-TTATTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTT-TTTAGTTTA
** * ** * **
7902 ATTACCTGGAATTAAACTAATCCCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * *
7949 ATAACCGAGAATTAAACTA--ATC-TCTTCTTTTACTATTTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * *
7993 ATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTC-TCTTTTTACTATCTAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTC-TCTTACTTTTTAGTTTA
* * * * * * ** *
8040 ATTACCCTGAATTAATCTAATCTCTTCTCCTTTTACGATTCAGTTTA
1 ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
8087 ATTA
1 ATTA
8091 TTCTTCTAAT
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 90, Indels: 78
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 25 0.03
38 1 0.00
39 4 0.01
41 1 0.00
42 1 0.00
43 1 0.00
44 241 0.30
45 4 0.01
46 9 0.01
47 461 0.58
48 5 0.01
50 1 0.00
51 1 0.00
52 1 0.00
54 37 0.05
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (47 bp):
ATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTACTTTTTAGTTTA
Found at i:7198 original size:91 final size:93
Alignment explanation
Indices: 7102--8054 Score: 698
Period size: 91 Copynumber: 10.4 Consensus size: 93
7092 GGATTACTCT
** * * * * *
7102 TTCTTTTACTGCTTAGCTTGATTACCCAGAATCAAACTGTTTTCTTCTTCTCTTGCTTTTTAGTT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTT
*
7167 TAATTACCCAGAATTATACT-CTT-TTC
66 TAATTACCCAGAATTAAACTACTTCTTC
7193 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTT
*
7258 TAATTACCCAGAATTAAACTATTTCCTTC
66 TAATTACCCAGAATTAAACTACTT-CTTC
* *
7287 TTCTTTTACTTTTTTGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAGCCTCTGTGTACTTCTTCTTTTGCTA
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTA---T-T-T-T-CTTCTTCTCTTGCT-
* * *
7352 C-TTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTA--AC--C
58 CTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTACTTCTTC
** * * * *
7383 -TC--TT-C--TTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC-TTAGT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCT-CTTTAGT
* *
7441 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC
65 TTAATTACCCAGAATTAAACTACT-TCTTC
** ** * * * * *
7471 TTCGGTTACTACTTAGTTTAAATACCTAGAATTAAACTAATTTT-TTCCTCTTTTACTAC-TTAG
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-ATTTTCTTCTTCTCTTGCT-CTTTAG
* *
7534 TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC
64 TTTAATTACCCAGAATTAAACTACT-TCTTC
* * * *
7565 TTCTTTTAC---TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TC-CTT-TTAC-TTAGT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCT-CTTTAGT
* *
7623 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC
65 TTAATTACCCAGAATTAAACTACT-TCTTC
** * * * * * *
7653 TTCTTTTACTACTTAGTTTAGTTACCCAGAATTAAACTA---ACCTCTTCTTTTACTATTTAGTT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTT
* ** * *
7715 TATTTACCTGGAATTAAACTAATCCCTTC
66 TAATTACCCAGAATTAAACTACT-TCTTC
** * *** *
7744 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTGCTAC-TTAGT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCT-CTTTAGT
* *
7808 TTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC
65 TTAATTACCCAGAATTAAACTACT-TCTTC
** *** *
7838 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTT-T-TAT--TATTTAGT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCT-TGCTCTTTAGT
** * *
7899 TTAATTACCTGGAATTAAACTAATCCCTTC
65 TTAATTACCCAGAATTAAACTACT-TCTTC
** * * * * * *
7929 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATAACCGAGAATTAAACTA--ATC-TCTTCTTTTACTATTTAGTT
1 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTT
* *
7991 TAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTC
66 TAATTACCCAGAATTAAACT-ACTTCTTC
* * *
8020 -TCTTTTTACTATCTAGTTTAATTACCCTGAATTAA
1 TTC-TTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAA
8055 TCTAATCTCT
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 69, Indels: 86
0.83 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
83 41 0.05
84 1 0.00
86 2 0.00
88 55 0.07
89 10 0.01
90 35 0.05
91 332 0.44
92 7 0.01
93 4 0.01
94 213 0.28
95 5 0.01
96 1 0.00
97 1 0.00
98 2 0.00
99 1 0.00
100 1 0.00
101 38 0.05
102 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (93 bp):
TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATTTTCTTCTTCTCTTGCTCTTTAGTT
TAATTACCCAGAATTAAACTACTTCTTC
Found at i:7277 original size:138 final size:140
Alignment explanation
Indices: 7102--8090 Score: 1029
Period size: 138 Copynumber: 7.2 Consensus size: 140
7092 GGATTACTCT
* * * * ** * * * *
7102 TTCTTTTACTGCTTAGCTTGATTACCCAGAATCAAACTGTTTTCTTCTTCTCTTGCTTTTTAGTT
1 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
* * ** *
7167 TAATTACCCAGAATT-A-TACTCTTTTCTTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
66 TAATTACCTAGAATTAACTACTCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
* *
7230 TATTTTCTTC
131 TAATCTCTTC
* * * * *
7240 TTCTCTTGCT-CTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-ATTTCCTTCTTCTTTTACTTTTTTG
1 TTCTTTTACTAC-TTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCT-CTTCTTCTTTTACTATTTAG
* * *
7303 TTTAATTACCCAGAATTAAACTAGCCTCTGTGTACTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTTCCT
64 TTTAATTACCTAGAATT-AACTA--CTC----T-CTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCT
7368 AGAATTAAACTAA---C--C
121 AGAATTAAACTAATCTCTTC
** *
7383 -TC--TT-CT--TTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTT
1 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
* ** *
7442 TAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCGGTTACTACTTAGTTTAAATACCTAGAATTAAA
66 TAATTACCTAGAATT-AACTACTCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA
* *
7507 CTAATTTTTTC
130 CTAATCTCTTC
* *
7518 CTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTAC---TTAGTT
1 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
* *
7580 TAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCCTTT--TACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA
66 TAATTACCTAGAATT-AACTACTCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA
7642 CTAATCTCTTC
130 CTAATCTCTTC
*
7653 TTCTTTTACTACTTAGTTTAGTTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-TCTTCTTTTACTATTTAGTT
1 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
* * * *
7715 TATTTACCTGGAATTAAACTAATCCCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA
66 TAATTACCTAGAATT-AACTACTCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA
*
7780 CTAACCTCTTC
130 CTAATCTCTTC
* * *
7791 TTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTT
1 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
* * * * *
7856 TAATTACCCAGAATTAAACTA-AC-C-TCTTCTTTTATTATTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAA
66 TAATTACCTAGAATT-AACTACTCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA
*
7918 CTAATCCCTTC
130 CTAATCTCTTC
* *
7929 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATAACCGAGAATTAAACTAA--TC-TCTTCTTTTACTATTTAGTT
1 TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
* *
7991 TAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTC-TCTTTTTACTA-TCTAGTTTAATTACCCT-GAATT
66 TAATTACCTAGAATT-AACTACTCTCTTCTTC-TTTTACTACT-TAGTTTAATTA-CCTAGAATT
*
8053 AATCTAATCTCTTC
127 AAACTAATCTCTTC
* *
8067 TCCTTTTACGA-TTCAGTTTAATTA
1 TTCTTTTACTACTT-AGTTTAATTA
8091 TTCTTCTAAT
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 70, Indels: 80
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
130 39 0.05
131 1 0.00
132 11 0.01
133 1 0.00
134 1 0.00
135 146 0.20
136 9 0.01
137 77 0.10
138 315 0.43
139 9 0.01
140 5 0.01
141 82 0.11
142 2 0.00
143 4 0.01
145 1 0.00
147 1 0.00
148 37 0.05
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (140 bp):
TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTT
TAATTACCTAGAATTAACTACTCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
TAATCTCTTC
Found at i:7342 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 7283--7385 Score: 143
Period size: 54 Copynumber: 1.9 Consensus size: 54
7273 AAACTATTTC
** * *
7283 CTTCTTCTTTTACTTTTTTGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAGCCTCTGTGTA
1 CTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTGTA
* * *
7337 CTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAACCTCT
1 CTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCT
7386 TCTTTAGTTT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 42 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (54 bp):
CTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTGTA
Found at i:7409 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 7353--7425 Score: 119
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
7343 CTTTTGCTAC
*
7353 TTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAACCTCTTCT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACCTCTTCT
* *
7389 TTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCTCTTCT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACCTCTTCT
7425 T
1 T
7426 CTTTTACTAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 34 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACCTCTTCT
Found at i:8060 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 7389--8067 Score: 951
Period size: 91 Copynumber: 7.4 Consensus size: 91
7379 AACCTCTTCT
*
7389 TTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA--TC-TCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
**
7454 ATTAAACTAATCTCTTCTTCGGTTACTAC
63 ATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
* * *
7483 TTAGTTTAAATACCTAGAATTAAACTAATTTTTTCCTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA---TCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
7548 ATTAAACTAATCTCTTCTTC-TTT--TAC
63 ATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
7574 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTCCTTT--TACTTAGTTTAATTACCTAGAA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCT--TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAA
7637 TTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
64 TTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
* * * * * *
7665 TTAGTTTAGTTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTTTACTATTTAGTTTATTTACCTGGAATT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATT
*
7730 AAACTAATCCCTTCTTCTTTTACTAC
66 AAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
*
7756 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA--TC-TCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
7821 ATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
63 ATTAAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
* * * * *
7850 TTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTTTATTATTTAGTTTAATTACCTGGAATT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATT
*
7915 AAACTAATCCCTTCTTCTTTTACTAC
66 AAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
* * *
7941 TTAGTTTAATAACCGAGAATTAAACTAATCTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAATT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATT
*
8006 AAACTAATTTCTTC-TCTTTTTACTA-
66 AAACTAATCTCTTCTTC-TTTTACTAC
*
8031 TCTAGTTTAATTACCCT-GAATTAATCTAATCTCTTCT
1 T-TAGTTTAATTA-CCTAGAATTAAACTAATCTCTTCT
8068 CCTTTTACGA
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 41, Indels: 31
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
88 47 0.09
89 6 0.01
90 6 0.01
91 303 0.57
92 3 0.01
93 3 0.01
94 160 0.30
95 2 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (91 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATT
AAACTAATCTCTTCTTCTTTTACTAC
Done.