Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01020068.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20101, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 773

Length: 1289
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.24, T:0.34


Found at i:570 original size:50 final size:50

Alignment explanation


    Indices: 498--1125  Score: 1022
    Period size: 50  Copynumber: 12.6  Consensus size: 50

        488 GAGAGATCCT

                   *    *                          *          
        498 CGAGTTTCGCTTATGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACCCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                *                  **                    *    
        548 CGAGCTTGGCTTGTGGAAAAGCCCATGTTGATAATTGACTCGTATAGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                        *           *                         
        598 CGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTATGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                          *         *                         
        648 CGAGTTTGGCTTGTAGAAAAGCCTATGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                  * *               *                         
        698 CGAGTTCGACTTGTGGAAAAGCCTATGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                                  * *                         
        748 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCTTATGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                  *                                           
        798 CGAGTTCGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                  *                                           
        848 CGAGTTCGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                        *                                     
        898 CGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

            *                                                 
        948 TGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                        *             *                       
        998 CGAGTTTGGCTTATGGAAAAGCCTGTTTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                                 *                            
       1048 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGGCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

                  *     *         *     
       1098 CGAGTTCGGCTTATGGAAAAGCTTGTGT
          1 CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGT

       1126 ATTCGGATGG


Statistics
Matches: 542,  Mismatches: 36, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
  50  542  1.00

ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.28, T:0.32


Consensus pattern (50 bp):   
CGAGTTTGGCTTGTGGAAAAGCCTGTGTTGATAATTGACTCGTATGGAAA

Done.