Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020257.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20290, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32694
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Found at i:1190 original size:198 final size:197
Alignment explanation
Indices: 804--1731 Score: 1290
Period size: 198 Copynumber: 4.6 Consensus size: 197
794 ATAAGTTTAT
*
804 TATAAGAAAAATTACACTACAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTTCACGTGCGGGGTTTA
1 TATAAGAAAAATT--A-TACAATACA-C--CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTA
*
869 AGGGTTGACATATGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATG
60 AGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATG
* *
934 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCATA
125 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCATA
999 ATAATCCC
190 ATAATCCC
1007 TATAAGAAAAATTATACAATACA-CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
1071 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATACT-TATTAATATTAAATGTATTTAATTAATTATGAAATGGGG
66 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATA-TGTATTAATATTAAA--TATTTAATTAATTATGAAATGGGG
* * *
1135 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACAGTGACAGTGTATTGTATAATA
128 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCATAATA
1200 ATCCC
193 ATCCC
* * * *
1205 TATAAGAAAAATTACACAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTACGAGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACAC---CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * *
1270 GTTGACATGTGTCCCATTAGGGAATATGTATCAATATTAAATATATCTAATTTATTATGGAAATG
63 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATAT-T-TAATTAATTAT-GAAATG
* **
1335 GGGTATGTGTCAATTTCTTAACCAACTTATGGAGTCCAAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCAT
125 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCC-AAAATTTACACTGACAGTGTATTGCAT
1400 AATAATCCC
189 AATAATCCC
* *
1409 TATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACA-C--CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * *
1474 GTTGGCATATGTCTCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGG
63 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGG
* * * *
1538 TATGTGTCAACCTT-TTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTACAATGTATTGTATAAT
128 TATGTGTCAA-CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCATAAT
*
1602 AAT-CA
192 AATCCC
* * * ** *
1607 TATAAGAAAAATTATAGAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACGGGCGATGTGTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACA-C--CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * *
1672 GTTGACATGTGTCGCCTTAGGGAATATGTGTTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAA
63 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAA
1732 AAGCTCAGTT
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 52, Indels: 33
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
196 75 0.11
197 1 0.00
198 225 0.34
199 30 0.05
200 42 0.06
201 10 0.02
202 92 0.14
203 53 0.08
204 130 0.20
205 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (197 bp):
TATAAGAAAAATTATACAATACACCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
GACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTAT
GTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCATAATAATC
CC
Found at i:1618 original size:402 final size:396
Alignment explanation
Indices: 804--1728 Score: 1367
Period size: 402 Copynumber: 2.3 Consensus size: 396
794 ATAAGTTTAT
* *
804 TATAAGAAAAATTACACTACAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTTCACGTGCGGGGTTTA
1 TATAAGAAAAATT--AC-ACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTA
*
869 AGGGTTGACATATGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAT-GAAAT
62 AGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGGAAAT
**
933 GGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCAT
126 GGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCAACTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCAT
998 AATAATCCCTATAAGAAAAATTATACAATACACAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTT
191 AATAATCCCTATAAGAAAAATTATACAATACACAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTT
*
1063 TAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATACTTATTAATATTAAATGTATTTAATTAATTATGA
256 TAAGGGTTGACATATGTCCCCTTAGGGAATACTTATTAATATTAAA-GTATTTAATTAATTATGA
* *
1128 AATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACAGTGACAGTGTATTG
320 AATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAATGTATTG
*
1193 TATAATAATCCC
385 TATAATAATCCA
* *
1205 TATAAGAAAAATTACACAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTACGAGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTACACAATACAC-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAGG
* *
1270 GTTGACATGTGTCCCATTAGGGAATATGTATCAATATTAAATATATCTAATTTATTATGGAAATG
65 GTTGACATGTGTCCC-TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATAT-T-TAATTAATTATGGAAATG
* *
1335 GGGTATGTGTCAATTTCTTAACCAACTTATGGAGTCCAAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCAT
127 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCAACTTATGGAGTCC-AAAATTTACACCGACAGTGTATTGCAT
* *
1400 AATAATCCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGG
191 AATAATCCCTATAAGAAAAATTATACAATACA----CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGG
* *
1465 GGTTTAAGGGTTGGCATATGTCTCCTTAGGGAATA-TGTATTAATATTAAA-TATTTAATTAATT
252 GGTTTAAGGGTTGACATATGTCCCCTTAGGGAATACT-TATTAATATTAAAGTATTTAATTAATT
* * *
1528 ATGAAAT-GGGTATGTGTCAACCTT-TTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTACAATG
316 ATGAAATGGGGTATGTGTCAA-CTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAATG
1591 TATTGTATAATAAT-CA
380 TATTGTATAATAATCCA
* * * * * *
1607 TATAAGAAAAATTATAGAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACGGGCGATGTGTAAGG
1 TATAAGAAAAATTACACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAGG
* *
1672 GTTGACATGTGTCGCCTTAGGGAATATGTGTTAATATTTAATATTTAATTAATTATG
65 GTTGACATGTGTC-CCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATG
1729 AAAAAGCTCA
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 34, Indels: 29
0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
397 4 0.01
398 82 0.17
399 3 0.01
400 21 0.04
401 54 0.11
402 151 0.32
403 64 0.13
404 23 0.05
405 1 0.00
406 73 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (396 bp):
TATAAGAAAAATTACACAATACACGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAGGG
TTGACATGTGTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGGAAATGGGGT
ATGTGTCAACTTCTTAACCAACTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCATAATAA
TCCCTATAAGAAAAATTATACAATACACAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
GTTGACATATGTCCCCTTAGGGAATACTTATTAATATTAAAGTATTTAATTAATTATGAAATGGG
GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTATAAT
AATCCA
Found at i:1761 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1740--1770 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
1730 AAAAGCTCAG
*
1740 TTAATAAGGTTACTAA
1 TTAATAAGATTACTAA
1756 TTAATAAGATTACTA
1 TTAATAAGATTACTA
1771 TACAACTTGA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
TTAATAAGATTACTAA
Found at i:3314 original size:73 final size:77
Alignment explanation
Indices: 3231--3374 Score: 188
Period size: 78 Copynumber: 1.9 Consensus size: 77
3221 TATTATAAAT
* ** * *
3231 TTGAGCCTTATGAACAAACAA-A-ATAGATATTGAATGGATT-TT-TAATTATATGGGGTTTGAT
1 TTGAGCCTTATGAACAAACAAGATAGAGATATTGAAAAGATTATTCTAATTATATAGGATTTGAT
3292 GTCACGAATGAA
66 GTCACGAATGAA
* *
3304 TTGAGTCTTATGCACAAACAAGATAGAGATATTGAAAAGATTAATTCTAATTATATAGGATTTGA
1 TTGAGCCTTATGAACAAACAAGATAGAGATATTGAAAAGATT-ATTCTAATTATATAGGATTTGA
3369 TGTCAC
65 TGTCAC
3375 CCGACTTTGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 5
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
73 19 0.32
74 1 0.02
75 15 0.25
77 2 0.03
78 22 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (77 bp):
TTGAGCCTTATGAACAAACAAGATAGAGATATTGAAAAGATTATTCTAATTATATAGGATTTGAT
GTCACGAATGAA
Found at i:5292 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 5250--5306 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
5240 GTCAGCCTTG
* *
5250 AATTT-TTTATTGTTTAATTCTTA
1 AATTTATTTAATGTTTAATTATTA
*
5273 AATTTATTTAATGTCTTAATTATTC
1 AATTTATTTAATGT-TTAATTATTA
5298 AATTTATTT
1 AATTTATTT
5307 TACAATCCAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.17
24 7 0.24
25 17 0.59
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.04, T:0.61
Consensus pattern (24 bp):
AATTTATTTAATGTTTAATTATTA
Found at i:7369 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 7334--7406 Score: 146
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
7324 GCAGAGAAAT
7334 TTTGGAATTTGGAAGAAGTTTTTGTTAGGAA
1 TTTGGAATTTGGAAGAAGTTTTTGTTAGGAA
7365 TTTGGAATTTGGAAGAAGTTTTTGTTAGGAA
1 TTTGGAATTTGGAAGAAGTTTTTGTTAGGAA
7396 TTTGGAATTTG
1 TTTGGAATTTG
7407 TCATAGATAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 42 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.29, T:0.44
Consensus pattern (31 bp):
TTTGGAATTTGGAAGAAGTTTTTGTTAGGAA
Done.