Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020265.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20298, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7549
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Found at i:788 original size:122 final size:125
Alignment explanation
Indices: 591--844 Score: 381
Period size: 122 Copynumber: 2.0 Consensus size: 125
581 CATTGTTTAA
* *
591 ACTTTTATAGTTTTACTCAACCAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCTTTATAA-
1 ACTTTTACAGTTTTACTCAACCAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTATAAT
*
655 -TTTTA-CCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATAT
66 TTTTTACCCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATAATAGAATTTTTTAAATAT
*
713 ACTTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACT
1 ACTTTTACAGTTTTACTCAACCAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTATA--
778 TATTTTATTTTTA-CCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATAATAGAATTTTTTAAAT
64 -A---T-TTTTTACCCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATAATAGAATTTTTTAAAT
842 AT
124 AT
844 A
1 A
845 TTTCTTAAAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 4, Indels: 9
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
122 60 0.50
125 1 0.01
131 58 0.49
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (125 bp):
ACTTTTACAGTTTTACTCAACCAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTATAAT
TTTTTACCCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATAATAGAATTTTTTAAATAT
Found at i:1952 original size:124 final size:122
Alignment explanation
Indices: 1819--2044 Score: 353
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 122
1809 TTGGTGCCAA
* *
1819 AAAAACTCTATTTTTATTTAATCAAATCTAATATCCTCATAACTATTTAATTTTTTACCATTTTA
1 AAAAACTCTACTTTAATTTAATCAAATCTAATATCCTCATAACTATTTAA-TTTTTACCATTTTA
* *
1884 CTATTTTAATTAAAAACTTATATATATTAAAAATTTTTACTTTTATAGTTTACTCGACT
65 CTAATTTAATTAAAAACTTAAATATATT-AAAATTTTTACTTTTATAGTTTACTCGACT
* * * *
1943 AAAAACTCTACTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACCTATTTTATTTTTACCATTTTAC
1 AAAAACTCTACTTTAATTTAATCAAATCTAATATCCTCATAACTATTTAATTTTTACCATTTTAC
*
2008 TAATTTAATTAAAAACTTAAATATATTATAATTTTTA
66 TAATTTAATTAAAAACTTAAATATATTAAAATTTTTA
2045 AAAATATTTC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 9, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 9 0.10
123 40 0.43
124 44 0.47
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (122 bp):
AAAAACTCTACTTTAATTTAATCAAATCTAATATCCTCATAACTATTTAATTTTTACCATTTTAC
TAATTTAATTAAAAACTTAAATATATTAAAATTTTTACTTTTATAGTTTACTCGACT
Found at i:6819 original size:314 final size:308
Alignment explanation
Indices: 6268--6945 Score: 729
Period size: 314 Copynumber: 2.2 Consensus size: 308
6258 CTTCTTTTAG
* * **
6268 AATTGATTTCTAATTAAATCAAAACAAT-ATTTAGATGCTCATAAAAACAAAGCTGGGATTTGAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC-ATGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAAGCTGGGATTTGAT
* * * **
6332 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGTAAAAATGACACGGGGTTC
65 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCAAGCAAAAATGACACGGGCCTC
* *
6397 CGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAAAACTGTAATGATACACGATTTTGGCTAATATTTTGCAAAA
130 CGGAACGCGTTTTTAGT----AAAAAACTGTAATGATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * * * * *
6462 AATGGCGCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTAATCACAATACTCATAA-AAATATATAATTTAACA
191 AATGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCACAATACTCA-AAGAAATATATAATTCAACA
* * * *
6526 CCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTA
255 CCAAAAAGATTGAAGGGCTCTTCACACTTCTAATATCG-TTTTCATA-TTTTTCCA
* * * *
6582 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAACCAATGGCTGGGATTTGGT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTGTAAAAACAA-AGCTGGGATTTGAT
* * * *
6647 TAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTGA-ACTGGGCCT
65 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCAAGCAAAAATGACAC-GGGCCT
* * * * *
6711 -CGTAATGTGTTTTTAGCT-AAAAGCTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-CTA
129 CCGGAACGCGTTTTTAG-TAAAAAACTGT-A--ATGA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-A
** * *
6773 AAAGTTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCACGATACTCAAATGAAATATATAATTCA
188 AAAAATGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCACAATACTCAAA-GAAATATATAATTCA
* * * * * *
6838 ACGCCAAAAATATTGACGGGCTCTTCACACTTTTAATATTGTTTTCATATTTTTCCG
252 ACACCAAAAAGATTGAAGGGCTCTTCACACTTCTAATATCGTTTTCATATTTTTCCA
* * *
6895 AATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTGGATGCTTGTAAAAACAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAA
6946 TCCTTAAATG
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 51, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
310 8 0.03
311 1 0.00
313 59 0.20
314 122 0.40
315 112 0.37
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (308 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAAGCTGGGATTTGATT
AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCAAGCAAAAATGACACGGGCCTCC
GGAACGCGTTTTTAGTAAAAAACTGTAATGATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
CCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCACAATACTCAAAGAAATATATAATTCAACACCAAAA
AGATTGAAGGGCTCTTCACACTTCTAATATCGTTTTCATATTTTTCCA
Found at i:7317 original size:333 final size:326
Alignment explanation
Indices: 6639--7547 Score: 986
Period size: 333 Copynumber: 2.7 Consensus size: 326
6629 CAATGGCTGG
* * * * * *
6639 GATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTGAAC
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTG-AC
* * * * * * * * * *
6704 TGGGCCTCGTAATGTGTTTTTAGCTAAAAGCTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTT
65 CGAGCCCCGAAATG-GTTTTTAGCTAAAAACAGTGATG-GTAGTACACGATTTTGGCTACAATTT
** * * * ** ** *
6769 T-CTAAAAGTTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCACGATACTCA-AATGAAATATAT
128 TGC-AAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAT-ATATATAT
* * * *
6832 AATTCAACGCCAAAAATATT-GACGGGCTCTTCACA--CTTTTAATATTGTTTTCATATTTTTCC
191 AATTTAACGCCAAAAATATTGGA-GGACT-TTC-CATGCTTTTAATATCGTTTTCATATTTTTCA
* * *
6894 GAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTGGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
253 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
6959 TGTGGCAGA
318 TGTGGCAGA
6968 GAGTTT-ATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
1 GA-TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-
** *
7032 CCGAAGTTCCGAAATGCGTTTTTAGCTAAAAACAGTGATGGTAGTACACGATTTTGGCTACAGTT
64 CCG-AGCCCCGAAATG-GTTTTTAGCTAAAAACAGTGATGGTAGTACACGATTTTGGCTACAATT
* *
7097 TTGCAAAAAAAATGACTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTGATAATATATATA
127 TTGC--AAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAATATATATA
* ** *
7162 TAGTTTAACGAAAAAAATATTGGAGGACTTTCCATGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTA
190 TAATTTAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTCCATGCTTTTAATATCG-TTTTCATA-TTTTTCA
* *
7227 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAACACAAATCCTTAAATGCAA
253 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA
**
7292 TGTGGTTGA
318 TGTGGCAGA
* *
7301 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTAAAGTAGTCTCGGAGTCAAAAATCATGCAAAACTGCAC
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTG-AC
* * * * *
7366 CGGAGCCCCCAAATGGATTTTTAGCCAAAAAACCGTTATGGTTAGTGCACGATTTTGGCT-CAAA
65 C-GAGCCCCGAAATGG-TTTTTAG-CTAAAAACAGTGATGG-TAGTACACGATTTTGGCTAC-AA
* * *
7430 TTTTGCAAAAACTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCATAAATATATAT
125 TTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATA--C-T---CATA-AT
* *
7495 ATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGACGACTTTCCATGCTTTTAATAT
183 ATATATATAATTTAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTCCATGCTTTTAATAT
7548 TG
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 67, Indels: 39
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 78 0.16
330 35 0.07
331 75 0.15
332 17 0.03
333 187 0.38
334 16 0.03
335 25 0.05
336 1 0.00
339 3 0.01
340 50 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGACC
GAGCCCCGAAATGGTTTTTAGCTAAAAACAGTGATGGTAGTACACGATTTTGGCTACAATTTTGC
AAAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAATATATATATAATTT
AACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTCCATGCTTTTAATATCGTTTTCATATTTTTCAGAATTAAT
TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCAG
A
Done.