Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020405.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20438, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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4372 AGTGCATTAC
4382 CTAA-ATTCTACT-C-C-ATCTCTA-AGTAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACTCCTCAATCTCTAGA-TAATTCATCAAAATAAAG
*
4423 CTAATATTCTACTCCTCAATCTCTAGATAATTTATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACTCCTCAATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
4468 CTAATATT
1 CTAATATT
4476 AATTGTTGCT
Statistics
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0.87 0.02 0.11
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Consensus pattern (45 bp):
CTAATATTCTACTCCTCAATCTCTAGATAATTCATCAAAATAAAG
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5870 GATTTCGGCT
* * *
5880 AAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
5945 ATGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
*
6010 ATTTCTGATTAAAT--AAACATGATTCTGAT-ACTTGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGAC-CGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
6072 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGG-CAAACAATCATTGAAAAC
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAA-AATCATTGAAAAC
* * * * *
6136 TAAGTCGGGGCACCAGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTAGGACACGATTTCGGCTA
259 TGAGCCGGGGCA-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTA
6201 AAATTTTGCA
323 AAATTTTGCA
*
6211 AAAATTGAACCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
6276 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTGTAATATCGATTTTCCTCTATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * *
6341 AATTATGATTAAATAGAAACATGATTCTGATGACCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGACCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * *
6406 AGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCC-AAAATCATTGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTG
* * * *
6470 AGCCGGGGCACGGAATGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
261 AGCCGGGGCACGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
6535 TTTTGCA
326 TTTTGCA
* *
6542 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTTCACAATCTTTGGCCAAAAGACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * *
6607 ACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAAGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATCTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * *
6672 ATTCCTGATTAAATCGAAACAT-ACTTCTGACGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATTCC-A-TT-
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGA-TTCTGATGACCGTAAAATCAAATCCTTAAA-TCCAATTTG
*
6733 -CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGACTCTCGGGGC
194 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGC
6780 ACCGGAACGC
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 45, Indels: 15
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
328 43 0.08
330 3 0.01
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333 88 0.17
334 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGACCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTG
AGCCGGGGCACGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAA
TTTTGCA
Found at i:8282 original size:640 final size:645
Alignment explanation
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Period size: 640 Copynumber: 14.8 Consensus size: 645
6764 CAAGGACTCT
* * * *
6774 CGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
1 CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
6839 TTGCAAAAATTGACCCGAAAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAAACACTTATAGAATATATAT
66 TTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCC-AAAACACTTATAGAATATATAT
* * **
6903 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTTCTATAACTTTCC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* * * * * *
6968 GAACTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTGAAATCCTTAAATACAA
195 GAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
* * *
7033 TTTGGCTGAG-TTTGGTTAGATGAATATAGATATGTGAAGTAGTCTTGGGGCCAAAAATCATTGA
260 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGA
* * * * * *
7097 AAACTGAG-CTGGGGCCCCTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTACACGATTTC
325 AAACTAAGTC-GGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
* * * *
7161 GGCTAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCACAATCTTTGGGCAAAACACTAATAGAATATGTATAA
389 GG-TGAAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAA
* * * *
7226 TTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGA
446 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGA
* * *
7291 AATAATTTCTGATTAAATCGAAACA-AGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAAT
511 ATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAG-TTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAAT
* *
7355 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCAATGAA
575 TTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG-A
*
7420 AACTGTG
639 AACTGAG
* * * * *
7427 CTGGAGCCTCAGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G---GTACACGATTTCGGC------
1 C-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * *
7482 --T---AAAATTGACCCG-AAGATTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAAACACTAATATAATATTTA
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCC-AAAACACTTATAGAATATATA
* *
7541 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAAATCGATTTTCCTAAATGTTTC
129 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTC
* * *
7606 CAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATACTTGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
* *
7671 ATTTGGCT-AGGTTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCCAAAAAATCATT
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCC-AAAAATCATT
* * * * *
7735 GAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTATACGATTT
323 GAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTT
* * ** *
7800 CGG-G-AA-AG-A-TTTTTCCACAATATTTGGCTAAAAGGCTTATAAAATATATATAATTCAACG
388 CGGTGAAATAGAAGTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACG
* * **
7860 CCAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTATCCTATATGTTTCCGAATTAAAA
453 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAATT
* * * *
7925 TATGATTAAATCGAAACATTGTTATGATGATCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATTTGGCAGT
518 TATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAGA
* *
7990 GATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATT-AAACTGAG
583 GATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAACTGAG
8052 CAGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
1 C-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* *
8117 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAAGACTTATAAAATATATAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * * * *
8182 AATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTTTATCTCTCC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* * * ** * *
8247 AAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAATTTCAAATTCTTAATTCCAA
195 GAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
* *
8312 TTTGGC-GAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATAATTG
260 TTTGGCTG-AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
* * * * * *
8376 AAAACTGAG-C-TGGAACCTCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATT
324 AAAACTAAGTCGGGGCA-C-CGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATT
* * * * * *
8435 TCGGCTAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCACAATCTTTTGACAAAATACTAATAGAATATGTAT
387 TCGG-TGAAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * *
8500 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCT
444 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* * * * *
8565 TAATTAATTTCTGAATAAATCGAAACAT-GATTCTAAT-ACTTGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
509 GAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAG-TTCTGATGA-TCGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
* * * * *
8628 AATTTGGCTGAGACTTGGTTAGATTAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCAGGGCAAAAAATCATT
572 AATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATT
*
8693 GAAAACTAAG
637 G-AAACTGAG
* * ** * * * * *
8703 TCGAGGCACCAAAACGCGTTTATAGGCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTCAAAT
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* ** * *
8768 TTTTCAAAAATTGAAACTAAATTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * * *
8833 AATTCAACGCCAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCACGCTTCAAATATCGATTATCCTATATTTTTCC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* * * *
8898 GAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGT-AATTCAAATCCTTAAATCCAA
195 GAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
* *
8962 TTTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATTGA
260 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGA
* * * * * * *
9027 AAACTGAGCCGGAGCCCCGGAACGCGTTT-TGGCCACAAAAAACCATAATGATATTAGTAGCACG
325 AAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAG-C-C-AAAAACCGTAATG--GTTAGTA-CACG
*
9091 ATTTCGGTCAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAATACT
384 ATTTCGG---------TG---AAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACT
* * * * * * *
9156 TATAGATTATACATAATTCAGCACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTTACGCGTCTAATATCGATTT
430 TATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTT
* *
9221 TCCAATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAA-CGAAACATGGTTCTGATGATCGTAAAATCAA
495 TCCTATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAA
* * *
9285 ATCCTTAAATCAAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGG
560 ATCCTTAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGG
*
9350 CCAAAAATAATTGAAAACTGAG
625 CCAAAAATCATTG-AAACTGAG
** *
9372 CCGGAACCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGC------
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* *
9427 --T---AAAATTGACCCAAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCTAAACACTTATAGAATATATAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * * * * *
9487 AATCCAACGCCAAAAAGTTTGAAGGGATTTTCACGCTTCGAATATCGATTATCGTATACT-TTTC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATA-TGTTTC
* * * * *
9551 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCGA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
* * ** *
9616 AATTGGCTAAGATTTGGTTAGATTTATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTT
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
* * ** * *
9681 AAAACTAAGTCGGGGCACCGTATCGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATTATTAGTAAACGATGTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
9746 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
389 GG---------TG---AAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
* * *
9811 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAAATCTATTTTCCTA
435 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTA
9876 TATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACAT-GATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCC
500 TATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAG-TTCTGATGATCGTAAAATCAAATCC
* * *
9940 TTAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTACGGAGTCTCGGGGCCAA
564 TTAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAA
*
10005 AAATCCTTGAAAACTGAG
629 AAATCATTG-AAACTGAG
* * *
10023 CCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT-A-----ACGTACACGATTTCGGTTAAAC
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAA
* * * *
10082 TTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGTTTTTTCCCCAATCTTTGGCTAAAAGACTTATAG-A-ATATA
64 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATA
* * * *
10145 TAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATATTCCTATATCTTTC
129 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTC
* * * *
10210 CGAATTAATTTCAGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
* * *
10275 ATTTGGATGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
* ** * **
10340 TAAACTAAGTATGGGCACCGGAACGCGTTCATAGCCAAAAACCGTAATTATTAGTACACGATTTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
* * **
10405 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATTGTTTTCCACAATATTTATCCAAAACACTTATAG
389 GG---------TG---AAA-T----AG-AAGT-TTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
* * *
10470 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCATGC-TCTAATATC-ATTTTCCTA
435 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTA
* * * * ** * *
10533 TATCTTTCCGAATTAATTTTTTATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCAT
500 TATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCT
* *
10598 TAAATCCAATTTGGCTGAG-TTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCCAAA
565 TAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCC-AA
10662 AAATCATTGAAAACTGAG
629 AAATCATTG-AAACTGAG
* *
10680 CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGAATTCGG-------
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * *
10738 ---G----AA---A---G--A--TTTTTCCACAATATTTGGCCAAAACACTAATTGAATATGTAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * *
10786 AATTCAACGCTAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* * * * **
10851 AAAATAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCATTAAATTTAA
195 GAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
* * *
10916 TTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGA
260 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGA
* * * * *
10981 AAACTAAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
325 AAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCG
* * *
11046 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCCCAATCTTTGGTCAAAAGACTTATAGA
390 G---------TG---AAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGA
* *
11111 ATAAATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAT
436 ATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAT
* *
11176 ATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACAT-GATTCTGATGATCGTAAAATAAAATCCA
501 ATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAG-TTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCT
* * ** * * *
11240 TAAATCCAACTTGGCAGAGAATTGGTTACTTGAATATAGATATGTTACGGAGTCTCGGGCCCAAA
565 TAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAA
*
11305 AATCCTTGAACACTGAG
630 AATCATTGAA-ACTGAG
* * *
11322 TCGGGGCCCCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * *
11387 TTTGCGAAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCCCAATCTTTGGCTAAAAGACTTATAGAAT-T-TAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * * * *
11450 AATTTAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCGAATATCGATTTTCCTATATCTTTCC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* * * * *
11515 GAATCAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAACTCCTTAAATCCAA
195 GAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
* * *
11580 TTTGGCTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCAGGGTCAAAAATCATTGA
260 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGA
* * * * **
11645 AAACTAAGTCGGGGCACTGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAA-AGTT-TTGCAAAATTT-G
325 AAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCG
** * * *
11707 ACCCGAAAT----TTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTGTAAAATATATATAATTCAACG
390 --GTGAAATAGAAGTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACG
* * * *
11768 ACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATCTTTCCGAATCAATT
453 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAATT
* * ** * *
11833 TCTG-TATAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTG
518 TATGAT-TAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAG
* *
11897 ATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTAAG
582 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG-AAACTGAG
** * **
11962 TCGGGGCATCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGT-AACG--AGTACACGATTTCGGCTAAAAT
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
*
12024 TTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGTTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATA
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAG-TTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATA
* * *
12089 TAATTCTACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTC
129 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTC
* * *
12154 CGAAATAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCGA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
* * *
12219 ATTTGGCTGATATTTGGTTTGATGAATATAGATATGTCAAGGAGACTCGGGGCCAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
*
12284 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTGATTGTTGTTAGTACATC-A
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGT-AATG--GTTAGTACA-CGA
* *
12348 TTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTT
385 TTTCGG---------T---GAAA-T-A---G-AA-GTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTT
* * *
12413 ATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGAATTT
431 ATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTT
* * * ** *
12478 CCTATATCTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAA
496 CCTATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAA
* *
12543 TCCTTAAATCCAATTTGGCTGAG-TTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGC
561 TCCTTAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGC
* *
12607 GAAAAATCAATGAAAACTGAG
626 CAAAAATCATTG-AAACTGAG
*
12628 TCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TT----T--AA-
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * ** * *
12685 ---CCTAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* *
12747 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATAT-GAATTTTCCTAAATGTTTC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-ATTTTCCTATATGTTTC
* **
12811 CG-ATATAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTAAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
194 CGAAT-TAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
** * *
12875 AATTTGGCTGAGATTCAGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCTTT
258 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATT
* ** *
12940 TAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTGATAGTTTTTGGTACACGA
323 GAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGT-A-A-TGGTTAGTACACGA
*
13005 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATTTGACCTGAAAGTTTTTCCCACAATCTTTGGCCAAAAGACTT
385 TTTCGG---------TG--AAA--T-A---G-AAGTTTTT-CCACAATCTTTGGCCAAAACACTT
* * * ** *
13070 ATAGAATAAATATAATTCAAGGACAAAAAGATTGAACTGTTTTTTACGCTTCGAATATCGATTTT
431 ATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTT
*
13135 CCTATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACAT-GATTCTGATAATCGTAAAAATCA
496 CCTATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAG-TTCTGATGATCGT-AAAATCA
* * * * *
13199 AATCATTAAATCCAATTTGGCAGAGTTTTGGTCAGATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTTGGG
559 AATCCTTAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGG
13264 GCC-AAAATCATTGAAAACTGAG
624 GCCAAAAATCATTG-AAACTGAG
* *
13286 CCGAGGCCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT---C----A-
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * * * * *
13343 ---GCTAAAATTGACCCAAAAGAATTTTTCCACAAGCTTTGGCCAAAACTCTAATAGAATATGTA
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAG-TTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATA
* * * * *
13405 TAATTCAACACCAATAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCAATTTTCCTAAATGTTTC
129 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTC
* * * *
13470 CGAAATAATTTCTGCTTAAATCGAAACATGATTATGATGCTCGTAAGATCAAATCCTTAAATCCA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
13535 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
* * * *
13600 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAACCAAAAACCGTCATGATTAGTACATGATTTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
* * * **
13665 GGCTTAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTCCCACATTCTTTGGCCATAAGGCTTATAGA
389 GG---------TG---AAA-T-A---G-AAGTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGA
* * *
13730 ATATATACAATTCAACGACAAAAAGATTGAACGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAT
436 ATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAT
* * * * ** *
13795 ATCTTTCAGAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTT
501 ATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTT
* * * * * *
13860 AAATCTAATTTGGCTGAG-TTTAGTTAGATTAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCAAAAA
566 AAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAA
13924 ATCATTGAAAACTGAG
631 ATCATTG-AAACTGAG
** *
13940 CTGAAGCCCCGGAACACGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGG-T--T---C-A-----G-------
1 C-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
** * *
13985 -TT---AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* ** *
14046 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATAAATTTTCCTAAATGTTTCC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
*
14111 G-ATATAATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
195 GAAT-TAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
** * * *
14175 ATTTGGCTGAGATACGGTTAGAGGAATATATATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
*
14240 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCCAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * *
14305 GGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCTCATTCTTTGGCCAAAAGACCTATAG
389 GG----------T--GAAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
* * *
14370 -A-ATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCAA
435 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTA
* * * * * ** *
14433 TATCTTTCCGAATTAATTTCTGTTTAAATCGAAATATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCT
500 TATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCT
* *
14498 TAAATCCAATTTGGCTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAA
565 TAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAA
*
14563 AATCATTGAAAACTAAG
630 AATCATTG-AAACTGAG
* * * * *
14580 TCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTATACGATTTCGGCTAAAAT
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* * * *
14645 TTTGCAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCATAATCTTTGG-CACAAAGACTTATAGAATATATA
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCA-AAACACTTATAGAATATATA
* * *
14709 TAATTCAACGCTAAAATGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTC
129 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTC
* * * * *
14774 CGAAATAATTTTTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATTAAATTCTTAAATCCA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
* *
14839 ATTTGACTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
* * *
14904 AAAACTAAGTCGGGGCATCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTACTACACGATTTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
14969 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
389 GG---------TG---AAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
*
15034 AATATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTG-ATATCGATTTTCCT
435 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC-GAATATCGATTTTCCT
* *
15098 ATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACGT-GATTCTGATGATCGTAAAATCAAATT
499 ATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAG-TTCTGATGATCGTAAAATCAAATC
* * * * * *
15162 ATTAAATCCAACTTGGCAGAGATTTAGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGACCA
563 CTTAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCA
15227 AAAATCATTGAAAACTGAG
628 AAAATCATTG-AAACTGAG
* * * *
15246 CAGGGGCACTGGAATGCGTTATTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
1 C-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
15311 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG-A-ATATAT
65 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATAT
* * * *
15374 AATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCCATTTTCCTATATGTTTGC
130 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCC
* *
15439 GAATTAA-TTCATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGAAAAATCAAATCCTTAAATCCA
195 GAATTAATTTC-TGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
** * * *
15503 ATTTGGCAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
** * * * * * * * *
15568 AAAACTGGGCCGGGGCCCCGGAATGTGTTTTTAGCCCAAAACCGTGAGGGTTAGTACACGATTTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
* *
15633 GGCTAAAATTTGGCAAAATTTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGGCAAAAGACTTATAG
389 GG--------T-G--AAA--T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
* * * * *
15698 AATAAATATAATTCAAGGACAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTA
435 AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTA
* * * *
15763 TATGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCT
500 TATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCT
* * *
15828 TAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAA
565 TAAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAA
15893 AATCATTGAAAACTGAG
630 AATCATTG-AAACTGAG
* *
15910 CCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCCAAAACCGT-A-----ACGTACACGATTTCGGCTAAAA
1 -CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAA
* * *
15969 TTTTGTAAAATTTGACTCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATA
64 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATA
* *
16034 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTCTTTC
129 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTC
* * *
16099 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCA
194 CGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCA
* * *
16164 GTTTGGCTGAG-TTTGGTTAGATGAATATTGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATTG
259 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
* * * * * *
16228 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAGTACACGATTTC
324 AAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTC
* * * *
16293 GGCTAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCACAACCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTATAA
389 GG-TGAAA-T-A---G-AAG-TTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAA
* * *
16358 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGA
446 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGA
* * *
16423 AATAATTTCTGCTTAAAT
511 ATTAATTTATGATTAAAT
Statistics
Matches: 7883, Mismatches: 877, Indels: 512
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Matches are distributed among these distances:
625 40 0.01
626 1 0.00
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628 1 0.00
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634 1 0.00
636 13 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (645 bp):
CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
TTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATA
ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCG
AATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAAT
TTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAA
AACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGG
TGAAATAGAAGTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCCA
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GATTAAATCGAAACATAGTTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAGAGAT
TTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAACTGAG
Found at i:10051 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 9428--16440 Score: 8990
Period size: 333 Copynumber: 21.4 Consensus size: 333
9418 GATTTCGGCT
* * *
9428 AAAATTGACCCAAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCTAAACACTTATAGAATATATATAATCCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
9493 ACGCCAAAAAGTTTGAAGGGATTTTCACGCTTCGAATATCGATTATCGTATACT-TTTCCGAATT
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATA-TGTTTCCGAATT
* * * * * *
9557 AATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCGAAATTGG
130 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
* ** *
9622 CTAAGATTTGGTTAGATTTATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTTAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * * * * *
9687 AAGTCGGGGCACCGTATCGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATTATTAGTAAACGATGTCGGCTAA
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
9752 AATTTTGCA
325 AATTTTGCA
9761 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
9826 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAAATCTATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* *
9891 ATTTATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * * * *
9956 AGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTACGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCCTTGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * * *
10021 AGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT-A--A--CGTACACGATTTCGGTTAAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
10081 CTTTTGCA
326 ATTTTGCA
* * * *
10089 AAAATTGACCTGAAAGTTTTTTCCCCAATCTTTGGCTAAAAGACTTATAG-A-ATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * *
10152 ACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATATTCCTATATCTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * * *
10217 ATTTCAGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAATTTGGA
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * *
10282 TGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTGTAAACTA
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
** ** *
10347 AGTATGGGCACCGGAACGCGTTCATAGCCAAAAACCGTAATTATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
10412 ATTTTGCA
326 ATTTTGCA
* * **
10420 AAAATTGACCAGAAA-TTGTTTTCCACAATATTTATCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTC
1 AAAATTGACCCGAAAGTT-TTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTC
* * *
10484 AACGCCAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCATGC-TCTAATATC-ATTTTCCTATATCTTTCCGAATT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATT
* * * * * *
10547 AATTTTTTATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCATTAAATCCAATTTGG
130 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
*
10612 CTGAG-TTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCCAAAAAATCATTGAAAAC
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCC-AAAAATCATTGAAAAC
* * * * *
10676 TGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGAATTCGG---
259 TAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTA
10738 -------G--
324 AAATTTTGCA
* * * *
10739 --AA---A---G--A--TTTTTCCACAATATTTGGCCAAAACACTAATTGAATATGTATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
10792 ACGCTAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCAAAATA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * **
10857 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCATTAAATTTAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * *
10922 AGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * * *
10987 AGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
11052 ATTTTGCA
326 ATTTTGCA
* * * *
11060 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCCCAATCTTTGGTCAAAAGACTTATAGAATAAATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
11125 ACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * * *
11190 ATTTATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGTAAAATAAAATCCATAAATCCAACTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * ** * * * * * *
11255 AGAGAATTGGTTACTTGAATATAGATATGTTACGGAGTCTCGGGCCCAAAAATCCTTGAACACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * *
11320 AGTCGGGGCCCCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-AGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGA-TTAGTACACGATTTCGGCTAA
*
11384 AATTTTGCG
325 AATTTTGCA
* * * * *
11393 AAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCCCAATCTTTGGCTAAAAGACTTATAGAAT-T-TATAATTTA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
11456 ACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGTTTCGAATATCGATTTTCCTATATCTTTCCGAATCA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * *
11521 ATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAACTCCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * *
11586 TGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCAGGGTCAAAAATCATTGAAAACTA
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* *
11651 AGTCGGGGCACTGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGT-A--A--AGT------TTT--GC-AAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
11702 A---T---
326 ATTTTGCA
* * *
11704 ----TTGACCCGAAATTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTGTAAAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
11765 ACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATCTTTCCGAATCA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * *
11830 ATTTCTG-TATAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
131 ATTTCTGAT-TAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
*
11894 CTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * *
11959 AAGTCGGGGCATCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAACG---AGTACACGATTTCGGCTAA
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
12021 AATTTTGCA
325 AATTTTGCA
*
12030 AAAGTTGACCCGAAAGTTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTC
1 AAAATTGACCCGAAAG-TTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTC
* * * *
12095 TACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAAT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATT
* *
12160 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCGAATTTGG
130 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
* * *
12225 CTGATATTTGGTTTGATGAATATAGATATGTCAAGGAGACTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * *
12290 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTGATTGTTGTTAGTACATC-ATTTCGG
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT-AATG--ATTAGTACA-CGATTTCGG
*
12354 CTAAAATTTTACA
321 CTAAAATTTTGCA
*
12367 AAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * *
12432 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGAATTTCCTATATCTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * *
12497 ATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * *
12562 TGAG-TTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCGAAAAATCAATGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * *
12626 AGTCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TT----T--A
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* *
12684 A----CCT
326 ATTTTGCA
** * *
12688 AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
12753 ACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATAT-GAATTTTCCTAAATGTTTCCG-ATA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG-ATTTTCCTATATGTTTCCGAAT-
* **
12816 TAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTAAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTG
129 TAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTG
** * * *
12881 GCTGAGATTCAGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCTTTTAAAAC
194 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAAC
* ** *
12946 TAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTGATAGTTTTTGGTACACGATTTCGG
259 TAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT-A-A-TGATTAGTACACGATTTCGG
13011 CTAAAATTTTGCA
321 CTAAAATTTTGCA
* * * * *
13024 AAATTTGACCTGAAAGTTTTTCCCACAATCTTTGGCCAAAAGACTTATAGAATAAATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * ** * *
13089 AGGACAAAAAGATTGAACTGTTTTTTACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* ** *
13154 ATTTATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATAATCGTAAAAATCAAATCATTAAATCCAATTTGG
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGT-AAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
* * * * *
13219 CAGAGTTTTGGTCAGATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTTGGGGCC-AAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * * * * * *
13283 GAGCCGAGGCCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT---C---
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
*
13342 -A----GCT
325 AATTTTGCA
* * * * * *
13346 AAAATTGACCCAAAAGAATTTTTCCACAAGCTTTGGCCAAAACTCTAATAGAATATGTATAATTC
1 AAAATTGACCCGAAAG-TTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTC
* * * * * *
13411 AACACCAATAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCAATTTTCCTAAATGTTTCCGAAAT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATT
* * *
13476 AATTTCTGCTTAAATCGAAACATGATTATGATGCTCGTAAGATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
130 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
13541 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * * * *
13606 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAACCAAAAACCGTCATGATTAGTACATGATTTCGGCTTA
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
13671 AATTTTGCA
325 AATTTTGCA
* * * ** *
13680 AAAATTGACCCGAAAG-TTTTCCCACATTCTTTGGCCATAAGGCTTATAGAATATATACAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
13744 ACGACAAAAAGATTGAACGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATCTTTCAGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * * *
13809 ATTTTTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCTAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * * *
13874 TGAG-TTTAGTTAGATTAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCAAAAAATCATTGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
** * *
13938 AG-CTGAAGCCCCGGAACACGTTTTTAG-CAAAAACCG---TGA-T-G-----G--TT---C---
261 AGTC-GGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
*
13983 -A-GTT---
325 AATTTTGCA
** * *
13987 AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* ** *
14052 ACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATAAATTTTCCTAAATGTTTCCG-ATAT
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAAT-T
*
14116 AATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
130 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
** * * *
14181 CTGAGATACGGTTAGAGGAATATATATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * *
14246 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCCAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
*
14311 AATTTTTCA
325 AATTTTGCA
* * * *
14320 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCTCATTCTTTGGCCAAAAGACCTATAG-A-ATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
14383 ACGACAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCAATATCTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * * *
14448 ATTTCTGTTTAAATCGAAATATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
*
14513 TGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* *
14578 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTATACGATTTCGGCTAAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
14643 ATTTTGCA
326 ATTTTGCA
* * * *
14651 AAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCATAATCTTTGG-CACAAAGACTTATAGAATATATATAATTC
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCA-AAACACTTATAGAATATATATAATTC
* * * *
14715 AACGCTAAAATGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAAT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATT
* * * * *
14780 AATTTTTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATTAAATTCTTAAATCCAATTTGA
130 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
*
14845 CTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * *
14910 AAGTCGGGGCATCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTACTACACGATTTCGGCTAA
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
14975 AATTTTGCA
325 AATTTTGCA
14984 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
15049 ACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * ** *
15114 ATTTATGATTAAATCGAAACGTGATTCTGATGATCGTAAAATCAAATTATTAAATCCAACTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * * * *
15179 AGAGATTTAGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGACCAAAAATCATTGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * * *
15244 AG-CAGGGGCACTGGAATGCGTTATTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
261 AGTC-GGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
15308 AATTTTGCA
325 AATTTTGCA
15317 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG-A-ATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * *
15380 ACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCCATTTTCCTATATGTTTGCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* *
15445 A-TTCATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGAAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
131 ATTTC-TGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
** * * *
15509 CAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
** * * * * * * * *
15574 GGGCCGGGGCCCCGGAATGTGTTTTTAGCCCAAAACCGTGAGGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
260 AAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAA
*
15639 AATTTGGCA
325 AATTTTGCA
* * * *
15648 AAATTTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGGCAAAAGACTTATAGAATAAATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * *
15713 AGGACAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * *
15778 ATTTCTAATTAAACCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * * *
15843 AGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * * *
15908 AGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCCAAAACCGT-A--A--CGTACACGATTTCGGCTAAA
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
15968 ATTTTGTA
326 ATTTTGCA
* *
15976 AAATTTGACTCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* *
16041 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTCTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
* * * *
16106 ATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAGTTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * *
16171 TGAG-TTTGGTTAGATGAATATTGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTG
196 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * *
16235 AGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGC----
261 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
16296 ----T---
326 ATTTTGCA
* * * *
16297 AAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCACAACCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * *
16362 ACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAATA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
*
16427 ATTTCTGCTTAAAT
131 ATTTCTGATTAAAT
Statistics
Matches: 5879, Mismatches: 650, Indels: 314
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
307 128 0.02
308 167 0.03
309 459 0.08
310 51 0.01
311 5 0.00
313 2 0.00
314 3 0.00
315 2 0.00
317 9 0.00
318 4 0.00
319 3 0.00
320 12 0.00
321 313 0.05
322 172 0.03
323 193 0.03
324 2 0.00
325 15 0.00
326 225 0.04
327 98 0.02
328 276 0.05
329 4 0.00
330 74 0.01
331 1358 0.23
332 204 0.03
333 1519 0.26
334 25 0.00
335 89 0.02
336 357 0.06
337 109 0.02
338 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (333 bp):
AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTA
ATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAA
ATTTTGCA
Found at i:15374 original size:664 final size:661
Alignment explanation
Indices: 13987--16440 Score: 3469
Period size: 664 Copynumber: 3.7 Consensus size: 661
13977 TGGTTCAGTT
** * *
13987 AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGTATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* ** *
14052 ACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATAAATTTTCCTAAATGTTTCCGATATA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAATA
14117 ATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * *
14182 TGAGATACGGTTAGAGGAATATATATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCAAAAAATCATTGAAAACTA
196 TGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* *
14247 AGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCCAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
261 AGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * * *
14312 ATTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCTCATTCTTTGGCCAAAAGACCTATAG-A-ATAT
326 ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAT
* * *
14375 ATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCAATATCTTT
391 ATAATTCAAC-ACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTT
* * ** *
14440 CCGAATTAATTTCTGTTTAAATCGAAATATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCC
455 CCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
* * * *
14505 AATTTGGCTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATT
520 AATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATT
* * *
14570 GAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTAGTATACGATTT
585 GAAAACTGAG-CGGGGCACCGGAATGCGTTT-TAGCCAAAAACCGT-ATG-TTAGTACACGATTT
14635 CGGCTAAAATTTTGCA
646 CGGCTAAAATTTTGCA
* * * *
14651 AAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCATAATCTTTGG-CACAAAGACTTATAGAATATATATAATTC
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCA-AAACACTTATAGAATATATATAATTC
* *
14715 AACGCTAAAATGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAAT
65 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAAT
* * * *
14780 AATTTTTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATTAAATTCTTAAATCCAATTTGA
130 AATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
14845 CTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
* * * *
14910 AAGTCGGGGCATCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTACTACACGATTTCGGCTAA
260 AAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
14975 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATA
325 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATA
15040 TATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTG-ATATCGATTTTCCTATATGT
390 TATAATTCAACA-CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC-GAATATCGATTTTCCTATATGT
* * * **
15104 TTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACGTGATTCTGATGATCGTAAAATCAAATTATTAAAT
453 TTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAAT
* * *
15169 CCAACTTGGCAGAGATTTAGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGACCAAAAATCA
518 CCAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCA
*
15234 TTGAAAACTGAGCAGGGGCACTGGAATGCGTTATTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
583 TTGAAAACTGAGC-GGGGCACCGGAATGCGTT-TTAGCCAAAAACCGT-AT-GTTAGTACACGAT
15299 TTCGGCTAAAATTTTGCA
644 TTCGGCTAAAATTTTGCA
15317 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG-A-ATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
* * * * * *
15380 ACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCCATTTTCCTATATGTTTGCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAATA
* * *
15445 A-TTCATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGAAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
131 ATTTC-TGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGG
** * * * *
15509 CAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
195 CTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACT
** * * * * * * *
15574 GGGCCGGGGCCCCGGAATGTGTTTTTAGCCCAAAACCGTGAGGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
260 AAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* * * * *
15639 AATTTGGCAAAATTTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGGCAAAAGACTTATAGAATAAA
325 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATA
* * *
15704 TATAATTCAAGGACAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTT
390 TATAATTCAA-CACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTT
* *
15769 TCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATC
454 TCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATC
*
15834 CAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCAT
519 CAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCAT
* *
15899 TGAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCCAAAACCGTA----ACGTACACGATTT
584 TGAAAACTGAG-CGGGGCACCGGAATGCG-TTTTAGCCAAAAACCGTATGTTA-GTACACGATTT
*
15960 CGGCTAAAATTTTGTA
646 CGGCTAAAATTTTGCA
* *
15976 AAATTTGACTCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
1 AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCA
** * *
16041 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTCTTTCCGAATTA
66 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTTCCGAAATA
* * * * *
16106 ATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAGTTTGGC
131 ATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGC
* * * *
16171 TGAG-TTTGGTTAGATGAATATTGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTG
196 TGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTA
* * * *
16235 AGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGC----
261 AGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * *
16296 ----T---AAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCACAACCTTTGGCCAAAACACTAATAGAATATGT
326 ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAT
* * * *
16354 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAATGTTT
391 ATAATTCAAC-ACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTT
* *
16419 CCGAAATAATTTCTGCTTAAAT
455 CCGAATTAATTTCTGATTAAAT
Statistics
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0.88 0.09 0.03
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658 1 0.00
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Consensus pattern (661 bp):
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ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAGAATATAT
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ATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTG
AAAACTGAGCGGGGCACCGGAATGCGTTTTAGCCAAAAACCGTATGTTAGTACACGATTTCGGCT
AAAATTTTGCA
Found at i:15944 original size:997 final size:988
Alignment explanation
Indices: 11688--16440 Score: 5760
Period size: 997 Copynumber: 4.8 Consensus size: 988
11678 CCAAAAACCG
* * * * * * * *
11688 TAAAGTTTTGCAAAATTTGACCCGAAATTTTTTTCCACAATCTTTGGC-CAAAACACTTGTAAAA
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* *
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*
12009 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGTTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACA
320 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG-TTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACA
* *
12074 CTTATAGAATATATATAATTCTACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGAT
384 CTTATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGAT
* *
12139 TTTCCTAAATGTTTCCGAAATAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATC
449 TTTCCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATC
* * * * *
12204 AAATTCTTAAATCGAATTTGGCTGATATTTGGTTTGATGAATATAGATATGTCAAGGAGACTCGG
514 AAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGG
*
12269 GGCCAAAAATCATTGAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTGATTG
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*
12334 TTGTTAGTACATC-ATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCACAATCT
641 --GTTAGTACA-CGATTTCGGCTAAAATTTT-CAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCT
*
12398 TTGGCCAAAACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCT
702 TTGGCCAAAACACTTATAG-A-ATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCT
* * * *
12463 TCTAATATTGAATTTCCTATATCTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGAT
765 TCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAA-TTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGAT
* * * ** *
12528 GCCCGTAAATTCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAG-TTTGGTTAGATGAATATAGATATGTC
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* * * * * * * *
12592 AAGGAGTCTTGGGGCGAAAAATCAATGAAAACTGAGTCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
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*
12657 AAACCGTGATGG-TTAGTACACGA-TT----
959 AAACCGT-AAGGATTAGTACACGATTTCGGC
* * * * * *
12682 T--AA----CCTAAAATTGACCCGAAAGA-ATTTTCCACAATCTTTGGC-CAAAACACTAATAGA
1 TAAAATTTGGCAAAAATTGACCAGAAA-ATTTTTTCCACAATCTTTGGCAC-AAAGACTTATAGA
** * * * * *
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64 ATAAATATAATTCAACGCTAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCG-ATTTTCCTA
* * * * ** *
12803 AATGTTTCCGATATAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTAAGATGCTCGTAAAATCAAATCCT
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* * * *
12868 TAAATCCAATTTGGCTGAGATTCAGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAA
193 TAAATCCAATTTGACAGAGATTCGGTTACATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAA
* * * *
12933 AATCTTTTAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTGATAGTTTTTGG
258 AATCATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGT-A-A------CG
* * *
12998 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATTTGACCTGAAAGTTTTTCCCACAATCTTTGGCCAA
315 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAA
* * * * ** * *
13063 AAGACTTATAGAATAAATATAATTCAAGGACAAAAAGATTGAACTGTTTTTTACGCTTCGAATAT
380 AACACTTATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATAT
* **
13128 CGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATAATCGTAA
445 CGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGT-A
* * * * *
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509 AAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGT
* * * *
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574 CTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTGAG-CGGGGCACCGGAACGC-GTTTTAGCCAAAAACCGT
* * * *
13322 GATGGTTAGTACACGATTTCAGC--------T--AAAATTGACCCAAAAGAATTTTTCCACAAGC
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* * * *
13377 TTTGGCCAAAACTCTAATAGAATATGTATAATTCAAC-ACCAATAAGATTGAAGGATTTTTCACG
701 TTTGGCCAAAACACTTATAGAATA--TATAATTCAACGA-CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG
* * * * * * *
13441 CTTCTAATATCAATTTTCCTAAATGTTTCCGAAATAATTTCTGCTTAAATCGAAACATGATTATG
763 CTTCGAATATCGATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAA-TTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTG
* * ** *
13506 ATG-CTCGTAAGATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
827 ATGAC-CGAAAAATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATAT
* * *
13570 GTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAAC
891 GTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGC
* * *
13635 CAAAAACCGTCATGATTAGTACATGATTTCGGC
956 CAAAAACCGTAAGGATTAGTACACGATTTCGGC
* * * * * * *
13668 TTAAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AAAGTTTTCCCACATTCTTTGGC-CATAAGGCTTATAGAA
1 TAAAATTTGGCAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCACAATCTTTGGCACA-AAGACTTATAGAA
* * * * * *
13731 TATATACAATTCAACGAC-AAAAAGATTGAACGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAT
65 TAAATATAATTCAACG-CTAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAA
* * * * * * * ** *
13795 ATCTTTCAGAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGCCCGTAAATTCAAATCCTT
129 ATGTTTCCGAAATAATTTCTAATTAAACCAAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTT
* * * ** * * * *
13860 AAATCTAATTTGGCTGAG-TTTAGTTAGATTAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGGGCAAAAA
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* * ** * * *
13924 ATCATTGAAAACTGAGCTGAAGCCCCGGAACACGTTTTTAG-CAAAAA-C----CGT----GA--
259 ATCATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAACGTACACGATT
** * ** *
13977 T-GG-T-TCA-GTT---AAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTAAT
324 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTAT
* * **
14035 AGAATATGTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATAAATTTTCC
389 AGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCC
* *
14100 TAAATGTTTCCG-ATATAATTTCTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
454 TATATGTTTCCGAAT-TAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
** * * *
14164 CCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATACGGTTAGAGGAATATATATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCA
518 CCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCC
* * *
14229 AAAAATCATTGAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCCAAAACCGTAATGGTTAG
583 AAAAATCATTGAAAACTGAG-CGGGGCACCGGAACGCGTTT-TAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* *
14294 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCTCATTCTTTGGCCAA
646 TACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAA
* * *
14359 AAGACCTATAGAATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCGAATATCG
710 AACACTTATAGAATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCG
* * * * * * *
14424 ATTTTCCAATATCTTTCCGAATTAATTTCTGTTTAAATCGAAATATAATTCTGATGCCCGTAAAT
775 ATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAA-TTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGACCGAAAAA
** * * *
14489 TCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTC
839 TCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTA
* *
14554 GGGGCCAAAAATCATTGAAAACTAAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAAT
904 GGGGCCAAAAATCATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAAG
*
14619 GATTAGTATACGATTTCGGC
969 GATTAGTACACGATTTCGGC
* *
14639 TAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCATAATCTTTGGCACAAAGACTTATAGAAT
1 TAAAATTTGGCAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCACAATCTTTGGCACAAAGACTTATAGAAT
* ** * *
14704 ATATATAATTCAACGCTAAAATGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAAAT
66 AAATATAATTCAACGCTAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAAAT
* * * * * * *
14769 GTTTCCGAAATAATTTTTGATTAAATCAAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATTAAATTCTTAA
131 GTTTCCGAAATAATTTCTAATTAAACCAAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAA
* * *
14834 ATCCAATTTGACTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAAAAT
196 ATCCAATTTGACAGAGATTCGGTTACATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAAT
* * *
14899 CATTGAAAACTAAGTCGGGGCATCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAATGATTACTACACG
261 CATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAACG-----TACACG
14964 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACT
321 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACT
* *
15029 TATAGAATATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTGATATCGATTT
386 TATAGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT
* * *
15094 TCCTATATGTTTCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACGTGATTCTGATGATCGTAAAATCAA
451 TCCTATATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAA
** * * * * * *
15159 ATTATTAAATCCAACTTGGCAGAGATTTAGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTCGGGA
516 ATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGG
* *
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581 CCAAAAATCATTGAAAACTGAGC-GGGGCACCGGAACGCGTT-TTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
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15354 AAAACACTTATAGAATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATAT
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* * * *
15419 CCATTTTCCTATATGTTTGCGAATTAATTCATGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGATCGAAA
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*
15484 AATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTC
837 AATCAAATCCTTAAATCCAATTTGGCAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTCAAGGAGTC
** * * * * * *
15549 TAGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTGGGCCGGGGCCCCGGAATGTGTTTTTAGCCCAAAACCGTG
902 TAGGGGCCAAAAATCATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTA
*
15614 AGGGTTAGTACACGATTTCGGC
967 AGGATTAGTACACGATTTCGGC
* * *
15636 TAAAATTTGGCAAAATTTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGGCA-AAAGACTTATAGAA
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* *
15700 TAAATATAATTCAAGGAC-AAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAT
65 TAAATATAATTCAACG-CTAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAA
* *
15764 ATGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTT
129 ATGTTTCCGAAATAATTTCTAATTAAACCAAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTT
* * *
15829 AAATCCAATTTGGCAGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTTAAGGAGTCTAGGGGCCAAAA
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* * * * *
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* * *
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16024 AGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCC
389 AGAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCC
* * * * *
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* * *
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* *
16218 AAAATCATTGAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAGT
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* *
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712 CACTTATAGAATA--TATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCG
* * *
16403 ATTTTCCTAAATGTTTCCGAAATAATTTCTGCTTAAAT
775 ATTTTCCTATATGTTTCCGAATTAA-TTCTGATTAAAT
Statistics
Matches: 3272, Mismatches: 393, Indels: 200
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
962 69 0.02
963 207 0.06
966 2 0.00
967 1 0.00
968 1 0.00
969 2 0.00
970 1 0.00
971 264 0.08
972 165 0.05
973 105 0.03
974 21 0.01
975 1 0.00
976 2 0.00
978 3 0.00
979 17 0.01
980 208 0.06
981 100 0.03
982 79 0.02
983 4 0.00
984 1 0.00
986 1 0.00
987 2 0.00
988 268 0.08
989 11 0.00
990 93 0.03
991 262 0.08
992 229 0.07
993 184 0.06
994 111 0.03
996 8 0.00
997 842 0.26
998 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (988 bp):
TAAAATTTGGCAAAAATTGACCAGAAAATTTTTTCCACAATCTTTGGCACAAAGACTTATAGAAT
AAATATAATTCAACGCTAAAAAAATTGAAGGGTGTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTCCTAAAT
GTTTCCGAAATAATTTCTAATTAAACCAAAACATAATTCTGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAA
ATCCAATTTGACAGAGATTCGGTTACATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCAAAAAT
CATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAACGTACACGATTTC
GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACTTATAG
AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTA
TATGTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAATCCT
TAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTCGGGGCCAAA
AATCATTGAAAACTGAGCGGGGCACCGGAACGCGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
GATTTCGGCTAAAATTTTCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCACAATCTTTGGCCAAAACACT
TATAGAATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCGAATATCGATTTTC
CTATATGTTTCCGAATTAATTCTGATTAAATCGAAACATAATTCTGATGACCGAAAAATCAAATC
CTTAAATCCAATTTGGCAAAGATTTGGTTACATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTAGGGGCCA
AAAATCATTGAAAACTAAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTATAGCCAAAAACCGTAAGGATTAGT
ACACGATTTCGGC
Done.