Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01020479.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20512, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4203
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.16, T:0.36


Found at i:2348 original size:47 final size:47

Alignment explanation


    Indices: 2274--2738  Score: 779
    Period size: 47  Copynumber: 10.1  Consensus size: 47

       2264 TTGACTACTA

                                   *                       
       2274 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                *                  *               *       
       2321 TTTAATACTTAGTTTAATTACCTGGAATTAAACTAATTTATTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                            *              
       2368 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAATTAA--T-TTCTTC-
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                            *                            * 
       2411 --T--T-CTTAGTTTATTTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTTT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                                           
       2453 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                 *                         
       2500 TTTACTACTTAGTTTAATTACATAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                                           
       2547 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                                           
       2594 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                                           
       2641 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

                                                            
       2688 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTTC-TCTTCT
          1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TTCTTCTTCT

                
       2735 TTTA
          1 TTTA

       2739 GTTTAAAATT


Statistics
Matches: 396,  Mismatches: 12, Indels: 20
        0.93            0.03        0.05

Matches are distributed among these distances:
  38   27  0.07
  39    1  0.00
  40    1  0.00
  41    6  0.02
  44    7  0.02
  45    1  0.00
  46    1  0.00
  47  349  0.88
  48    3  0.01

ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.05, T:0.49


Consensus pattern (47 bp):   
TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT

Done.