Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020487.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20520, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3507
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.14, T:0.38
Found at i:1408 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 929--1451 Score: 851
Period size: 146 Copynumber: 3.6 Consensus size: 146
919 AAATTTTAAT
929 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
1 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
994 GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTAATCAAAGCTGCAT
66 GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTAATCAAAGCTGCAT
1059 TTAAGTTTCAAAATCA
131 TTAAGTTTCAAAATCA
* * *
1075 AAACCTTGCTCAAGGTCAAG-TTTGCATTTGTAACACCTCCGGGCACAATTCCAGAAACCTCCGG
1 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
** * * * * * **
1139 GTATTAATTCTGATAAATTTTCCGGGTATAATTTCATTTCATCAA-ATTTTCAGCAAAGTTGTGT
66 GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTAATCAAAGCTGCAT
* *
1203 TTAAATTT--TAAT--
131 TTAAGTTTCAAAATCA
1215 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
1 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
1280 GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTAATCAAAGCTGCAT
66 GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTAATCAAAGCTGCAT
1345 TTAAGTTTCAAAATCA
131 TTAAGTTTCAAAATCA
1361 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
1 AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
* * *
1426 GTATTAATTCTAACAAGTCCTCCGGG
66 GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGG
1452 CATTCTATAT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 31, Indels: 12
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
140 19 0.06
141 84 0.25
142 23 0.07
144 23 0.07
145 84 0.25
146 107 0.31
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (146 bp):
AAACCTTGCTCAAGGTCGAGTTTTGCATTTGTAAGACCTCCGGGCACAATTTCAGAAACCTCCGG
GTATTAATTCTGATAAATCCTCCGGGTATCATTTCATTTCATCAAGTTTTTAATCAAAGCTGCAT
TTAAGTTTCAAAATCA
Found at i:1587 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1501--2487 Score: 1275
Period size: 40 Copynumber: 24.7 Consensus size: 40
1491 TATGGGTTTT
* * *
1501 AATCCTGCTCAGGATCATTTCTTTA-CCAGTTAA--TCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
1538 AATCCTGCTCAGGGTCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
1578 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTACTTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
1618 AATCCTGCTCAAGATCATCATTGCTTTATCAAATTCATTTCAA
1 AATCCTGCTC-AG--GATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
1661 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
1701 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAAATCAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATC-AAATTAATTTCAA
* *
1742 AATCCTGCTCAGGATCATTGTTTTATCAAATTAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
1782 AA-CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATCAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
1821 AATCCTGCTCAGGATCATTGTTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* * * *
1861 AACCCTGCTCATGATCATCT-TTTTATCAAATTAACTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
1901 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
1941 AATCCTGCTCAGGATCA-T-CTTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGC-TTTATCAAATTAATTTCAA
* *
1980 AATCCTGCTAAAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAG
1 AATCCTGCT-CAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
2021 AA-CCTGCTCAGGATCATCT-CTTTATCAAATCAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
2060 AATCCTGCTCAGGATCATTGTTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
2100 AACCCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
2140 AATCCTGCACAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
2180 AACCCTGCTCAGGATCA-TGTTTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTG-CTTTATCAAATTAATTTCAA
* * * *
2220 AACCCTGCTCAGGATCATCGCTTCATCAAATTAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* * * *
2260 AATTCTGCACAGGATAATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* * *
2300 AACCCTGCAT-AGTATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAG
1 AATCCTGC-TCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
2340 AATCCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* *
2380 AACCCTGCTCAGTATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
* * * * *
2420 AATCCTACTCGGGATCATTGCTTTATCAAGTGAATTTCAG
1 AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
*
2460 AATCCTGTTCAGGATCATTTGCTTTATC
1 AATCCTGCTCAGGATCA-TTGCTTTATC
2488 GATCGTTTCT
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 79, Indels: 56
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
37 23 0.03
38 7 0.01
39 101 0.12
40 598 0.71
41 75 0.09
42 3 0.00
43 34 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
AATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAA
Done.