Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020690.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20723, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 24333
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:6648 original size:440 final size:438
Alignment explanation
Indices: 5811--6771 Score: 1453
Period size: 440 Copynumber: 2.2 Consensus size: 438
5801 CCCGCTGTCA
* * * * *
5811 ATAAATAAATCATTTTTTTGTTGGTTTATTTATCAAATGATTCAT-ATACTTTTATACTTTATGC
1 ATAAACAAAT-ATTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGA-TCCTCAGACTTTTATGCTTTATGC
*
5875 TATTTAGTCCCTCACAATTTATGGGTTAGACGACTGAACGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTT
64 TATTTAGTCCCTCACAATTTATAGGTTAGACGACTGAACGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTT
* * * * * *
5940 TGTTTTGCTTGTCCGATCAAGGTTATTCAAGTGTCTATTAAAACGTAATTTCGTGATCTACAACT
129 TCTTTTGCTTGTCCGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAACGGAATATCATGATATACAACT
* *
6005 TCCATGAAGGACTCAAAACCAATTTTAATGTTTTGATTTTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTATAA
194 TCCATGAAGGACTCAAAACCAAATTTAATGTTTTGATATTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTATAA
* * *
6070 TCTTGATTGTCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTGTTCCACTTGTCTGATTGAGGTTATTAA
259 TCTTGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTGTTCCACTTGTCCGATTGAGATTATTAA
*** *
6135 AGTGTCGGGTAAAAGGTTATTGTGTGATCTATGGCTTTCGTTAAGGGCTTCAAAGCTGAATTTGA
324 AGTGTCGGGTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACAACTTTCGTTAAGGGCCTCAAAGCTGAATTTGA
* *
6200 TTAATGAGTTTCATGGAGGGTTCAAGGGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCCTCC
389 TAAATGAGTTTCATGGAGGGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGG--T-CTCC
*
6253 ATAAACAAA-ATTTTTTTATTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
1 ATAAACAAATATTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
* * * *
6317 TTTAGTCCCTCGCAATTTCTAGGTTGGACGGCTGAACGTTTCGGCTTTAATTCTTTTA-TTTTTC
66 TTTAGTCCCTCACAATTTATAGGTTAGACGACTGAACGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTTTC
* * *
6381 TTTTGCTTGTCCGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGGAATATCATGATATTCAACTTT
131 TTTTGCTTGTCCGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAACGGAATATCATGATATACAACTTC
* **
6446 CATGAAGGACTCAAAAACCAAATTTAATGTTTTGATATTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTGTGGT
196 CATGAAGGACTC-AAAACCAAATTTAATGTTTTGATATTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTATAAT
*
6511 CTTGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTATG-TCCACTTGTCCGATTGAGATTATTCA
260 CTTGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTT-TGTTCCACTTGTCCGATTGAGATTATTAA
*
6575 AGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACAACTTTCGTTAAGGGCCTCAAAGCTGAATTTGA
324 AGTGTCGGGTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACAACTTTCGTTAAGGGCCTCAAAGCTGAATTTGA
*
6640 TAAATGAGTTTCATGGAGGGTTTAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
389 TAAATGAGTTTCATGGAGGGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
* * *
6690 ATAAACAAATATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGATTTTTATGTTTTATGCTA
1 ATAAACAAATATTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
* *
6755 TTTAATCCCTCATAATT
66 TTTAGTCCCTCACAATT
6772 ATGGGTTGAA
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 44, Indels: 12
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
437 13 0.03
438 66 0.14
439 77 0.16
440 305 0.65
441 2 0.00
442 8 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (438 bp):
ATAAACAAATATTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
TTTAGTCCCTCACAATTTATAGGTTAGACGACTGAACGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTTTC
TTTTGCTTGTCCGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAACGGAATATCATGATATACAACTTC
CATGAAGGACTCAAAACCAAATTTAATGTTTTGATATTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTATAATC
TTGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTGTTCCACTTGTCCGATTGAGATTATTAAAG
TGTCGGGTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACAACTTTCGTTAAGGGCCTCAAAGCTGAATTTGATA
AATGAGTTTCATGGAGGGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
Found at i:12180 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 12167--12210 Score: 70
Period size: 7 Copynumber: 6.3 Consensus size: 7
12157 CCTCTTCAAA
12167 GGCTAAT
1 GGCTAAT
*
12174 AGCTAAT
1 GGCTAAT
*
12181 AGCTAAT
1 GGCTAAT
12188 GGCTAAT
1 GGCTAAT
12195 GGCTAAT
1 GGCTAAT
12202 GGCTAAT
1 GGCTAAT
12209 GG
1 GG
12211 GCATGGCTCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 35 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (7 bp):
GGCTAAT
Found at i:13811 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13752--13810 Score: 93
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
13742 TCGCATCCTC
*
13752 TAAAAGAAAATTTCAATGTTTTTTT
1 TAAAAGAAAATTTCAATGTTTTGTT
13777 TAAAAGAAAATTTCAATG-TTTGTT
1 TAAAAGAAAATTTCAATGTTTTGTT
13801 TACAAAGAAA
1 TA-AAAGAAA
13811 TAAAAAGAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.22
25 25 0.78
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (25 bp):
TAAAAGAAAATTTCAATGTTTTGTT
Done.