Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020793.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20826, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5058
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Found at i:2834 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1851--5058 Score: 3313
Period size: 330 Copynumber: 9.8 Consensus size: 331
1841 TCCCGATTTG
* * *** * *
1851 TTGCCACAATACTCAG-AAAAATATTTAATTCAATGGCAAAAAATTTGACGGGCTTTTAACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGAC-GGCTTTTCACGCTT
* * * * * *
1915 CTAATATCGTTTTACCATTTTTTTTCCGAACTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTAAGATT
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA-T
* * * * *
1980 G-TCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAGTATAGATATTTC
129 GCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTC
* * * * * * * * * *
2044 AAGAAGTCTTT-CTGCCGATAATCATGCAAAACTGCGTCGGGCCCCGAAACGCTCGTTTTTAGCC
194 AAGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTCCAG-AACG--CATTTTTAGCC
* *
2108 AAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------TG--AAAACTTACCCGAAAAGTTTT
256 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTT
* *
2163 GT-CTCAATTTT
321 -TCCACAATTAT
* * * * *
2174 TTTCCATAATAGTCAGTAAAAATATATAATTCAACACCAAAACAATTGATGGACTTTTCACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGG-CTTTTCACGCTT
* * * *
2239 CTAATATTGATTTTCCATTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
65 CTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
* * * * * *
2304 GCTGGTAAAAAGAAATCCTTATATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGATCGGTGAATATAGATTTTTC
129 GCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTC
* * * *
2369 AAGGATTCATTGC-GCCAAAAATCATGCAAACTTGAGCCGGGGTTCTAGAACACATTTTTAGCCA
194 AAGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGG-TCCAGAACGCATTTTTAGCCA
* * *
2433 AAAACCGTGATGGTTAGTACAGGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAGAACTTACCC-AAAATTTTTT
257 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAA-GTTTT
2497 TCCACAATTAT
321 TCCACAATTAT
* *
2508 TTGCCATAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGATGAGCTTTTCACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACG-GCTTTTCACGCTT
2572 CTAATATCGTTTTTCC-TTTTTTTCCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
*
2636 G-TACGT-AAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTT
129 GCT-CGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTT
*
2699 CAAGGATTCTTTGC-GCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGGATCCAGAACGCATTTTTAGCCA
193 CAAGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG-TCCAGAACGCATTTTTAGCCA
*
2763 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCTGAAAAGTTTTT
257 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTT
2828 CCACAATTAT
322 CCACAATTAT
*
2838 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGAGCTTATCACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACG-GCTTTTCACGCTT
*
2903 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATG
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATG
* * * * * * *
2968 CACGTAAAACCAAAACCTTATATCTATTGTGGCTGAGATTGGGATCAATGATTATAGATATTTCA
130 CTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTCA
* *
3033 AGGATTCTTTGC-GCCAAAAATCATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAAA
195 AGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCCGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAAA
* * * * * *
3097 AACCGAGATGGTT-GAACACAATTTCGCCTAAAATTTTGCCAAAACTTACCCGAAAAGCTTTTCC
259 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTCC
*
3161 ATAATTAT
324 ACAATTAT
* * * * *
3169 TTGTCATACTACTCAGAAAAAA-ATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGACGGTCTTTTTACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGG-CTTTTCACGCTT
** * * *
3233 GGAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAACTTCAGATG
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATG
* * * *
3298 CTTGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGACTGAGAATTGGATCTATGAATATAGATATTTCA
130 CTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTCA
3363 AGGATTCTTTGC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGAGTTCCAGAACGCATTTTTAGCCAA
195 AGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG-G-TCCAGAACGCATTTTTAGCCAA
* *
3427 AAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAATTTTTTC
258 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTC
3492 CACAATTAT
323 CACAATTAT
* * *
3501 TTGCCATAATACTCAGGAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACGAGCTTTTCACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACG-GCTTTTCACGCTT
* * * * *
3566 CTAATATCG-TTTTCCCTTTTTTTCCCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACAAAATTCCGTT
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
* * * * *
3630 GCACGTAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGTTGTGATTTGGATCGATGAATATAAATATTTC
129 GCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTC
* * * *
3695 AAGGATTCTTTGCGGCAAAAAAT-ATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAA
194 AAGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCCGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAA
* * * * *
3759 AAACCGAGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTGAAAAGTTTGT-
258 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTC
* *
3823 CTCAATT-C
323 CACAATTAT
* * * * *
3831 TTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTAACGGGTTCTTTACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGCTT-TTCACGCTT
*
3896 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAA-TCTAGAT
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTC-AGAT
* * * * * *
3960 GCTCGGAAAAACAAAACCTTATATCCAACGTGCCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
129 GCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTC
* * * * ** *
4025 -AGAGAGTCTTT-CTACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCCGGGTCGCAAAATTCGTTTTTAGCC
194 AAG-GATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CCGGGTC-CAGAACGCATTTTTAGCC
* * *
4088 AAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGG-----A---T--AAAAACTGACTCGAAAAGTTTT
256 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTT
* *
4143 GT-CTCAATTTT
321 -TCCACAATTAT
* * * * *
4154 TTGCCATAATAGTCAGAAAAAATTTATAATTTAACACC-ACAAAATTGATGGACTTTTCACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGG-CTTTTCACGCTT
* * *
4218 CTAATATCGATTTTCC-TTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAATTTCAGATG
65 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATG
** ** *
4282 CTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTACCAAAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTC-
130 CTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTCA
* * *
4346 AGAGAGTT-TTT-CTGCCCAAAATCATGCAAAATTGAGCTCGGGTCGC-GAAACTCGTTTTTAG-
195 AG-GA-TTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGC-CGGGTC-CAG-AACGCATTTTTAGC
* ** ** ***
4407 CAAAAATCC------GTTA-T----G-TTTTGGCTAAAA------ACTAAC-T-CGAGAATTTTT
255 CAAAAA-CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAA--AAG
* * *
4452 TTTTTTCTCGATT-T
317 TTTTTCCACAATTAT
* * ** * *
4466 GTTGCCAAAATACTCAG-AAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAATTTGGCGGGCTTTTCACGC-
1 -TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGAC-GGCTTTTCACGCT
** * *
4529 TCTTAATATCGTATCAT-CA-TTTTTT-CCGAACTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
64 TC-TAATATCGT-TTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAG
* * * * * * *
4591 ATTG-TCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTAAGATTTGGTTAGATGAGTATAGTTAT
127 A-TGCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATAT
* * * * *
4655 TTCAAGAAGTCTTT-CTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCTAGAAACGTGCGTTTTT
191 TTCAAGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTCC-AG-AAC--GCATTTTT
* *** * * *
4718 AGCCAAAAAACCATGATGGTTAGT--ACGA---C-AAAAAAATATTCAGAAAAAATACTGACCC-
252 AGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT-TT-TG-CAAAA-ACTTACCCG
* *
4776 AAGAAGTTTTGT-CTCAATTTT
312 AA-AAGTTTT-TCCACAATTAT
* *
4797 TTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAAATTGATGGACTTTTCACGCT
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAAATTGACGG-CTTTTCACGCT
* * *
4861 TCTAATATCGATTTT-C-TTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
64 TCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGAT
* * ** * *
4924 GCTCGTAAAAAACAAAACCTTATGTCCAATGTGGTTGAGATTCAGATTGATGAATATAGTTATTT
129 GCTCGT-AAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTT
* * * * *
4989 CAATGATTCATTGC-GTCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGTTCTAGAACGCATTTTTAGCC
193 CAAGGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGC-CGGG-TCCAGAACGCATTTTTAGCC
5053 AAAAAC
256 AAAAAC
Statistics
Matches: 2456, Mismatches: 318, Indels: 215
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
309 6 0.00
310 2 0.00
311 14 0.01
312 137 0.06
313 73 0.03
314 9 0.00
315 9 0.00
320 15 0.01
321 175 0.07
322 44 0.02
323 53 0.02
324 92 0.04
325 122 0.05
326 8 0.00
327 2 0.00
329 22 0.01
330 505 0.21
331 468 0.19
332 413 0.17
333 235 0.10
334 51 0.02
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGCTTTTCACGCTTC
TAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
TCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTCAA
GGATTCTTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAA
CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTTCCAC
AATTAT
Found at i:3193 original size:663 final size:652
Alignment explanation
Indices: 1851--5058 Score: 3366
Period size: 663 Copynumber: 4.9 Consensus size: 652
1841 TCCCGATTTG
* * * * * *
1851 TTGCCACAATACTCAGAAAAATATTTAATTCAATGGCAAAAAATTTGACGGGCTTTTAACGCTTC
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAC-GGCTTTTTACGCTTC
* * * * * *
1916 TAATATCGTTTTACCATTTTTTTTCCGAACTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTAAGATTG
65 TAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA-TG
* * *
1981 -TCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAGTATAGATATTTCA
129 CTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * * * * * *
2045 AGAAGTCTTTCTGCCGATAATCATGCAAAACTGCGTCGGGCCCCGAAACGCTCGTTTTTAGCCAA
194 AGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTCCAG-AACG--CATTTTTAGCCAA
* * * *
2110 AAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-TG-AAAACTTACCCGAAAAGTTTTGTCTCAATTT
256 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCATGAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTGTCACAATTA
* * * * *
2173 TTTTCCATAATAGTCAGTAAAAATATATAATTCAACACCAAAACAATTGATGGACTTTTCACGCT
321 TTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGACTTTTCACGCT
* * *
2238 TCTAATATTGATTTTCCATTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA
386 TCTAATATCGATTTTCCA-TTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA
** * * ** * *
2303 TGCTGGTAAAAAGAAATCCTTATATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGATCGGTGAATATAGATTTTT
450 TGCACGTAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTT
* * * * * *
2368 CAAGGATTCATTGCGCCAAAAATCATGCAAACTTGAGCCGGGGTTCTAGAACACATTTTTAGCCA
515 CAAGGATTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGGCGGGG-TCCAGAACGCATTTTTAGCCA
* * *
2433 AAAACCGTGATGGTTAGTACAGGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAGAACTTACCC-AAAATTTTT
579 AAAACCGAGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCCAA-AACTTACCCGAAAA--GTT
*
2496 TTCCACAATTAT
641 TTCCATAATTAT
* *
2508 TTGCCATAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGATGAGCTTTTCACGCTTC
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACG-GCTTTTTACGCTTC
2573 TAATATCGTTTTTCC-TTTTTTTCCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATG
65 TAATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATG
* * *
2637 -TACGT-AAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTC
129 CT-CGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTC
* *
2700 AAGGATTCTTTGC-GCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGGATCCAGAACGCATTTTTAGCCAA
193 AAGGAGTCTTT-CTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG-TCCAGAACGCATTTTTAGCCAA
*
2764 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCTGAAAAGTTTT-T
256 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC----A---TG-AAAAACTTACCCGAAAAGTTTTGT
2828 CCACAATTATTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGAC-GAGC
313 -CACAATTATTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGA-C
* *
2892 TTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
376 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * * * * *
2957 AAATTTAGATGCACGTAAAACCAAAACCTTATATCTATTGTGGCTGAGATTGGGATCAATGATTA
441 AAATTCAGATGCACGTAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATA
3022 TAGATATTTCAAGGATTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCATT
506 TAGATATTTCAAGGATTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCATT
* * *
3087 TTTAGCCAAAAACCGAGATGGTT-GAACACAATTTCGCCTAAAATTTTGCCAAAACTTACCCGAA
571 TTTAGCCAAAAACCGAGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCCAAAACTTACCCGAA
3151 AAGCTTTTCCATAATTAT
636 AAG-TTTTCCATAATTAT
* * * * *
3169 TTGTCATACTACTCAGAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGACGGTCTTTTTACGCTTG
1 TTGCCATAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACGG-CTTTTTACGCTTC
* * * *
3234 GAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTCTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAACTTCAGATGC
65 TAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
* * * * **
3299 TTGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGACTGAGAATTGGATCTATGAATATAGATATTTCAA
130 TCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAA
*
3364 GGATTCTTTGC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGAGTTCCAGAACGCATTTTTAGCCAAA
195 GGAGTCTTT-CTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG-G-TCCAGAACGCATTTTTAGCCAAA
* *
3428 AACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAA-TTTTTTC
257 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC----A---TG-AAAAACTTACCCGAAAAGTTTTGT-
* * *
3492 CACAATTATTTGCCATAATACTCAGGAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAC-GAGCT
313 CACAATTATTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGA-CT
* * *
3556 TTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCCTTTTTTTCCCCGAATTAATTTATGATTAAATCGAAACA
377 TTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCATTTTTTT-CCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * * *
3620 AAATTCCGTTGCACGTAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGTTGTGATTTGGATCGATGAATA
441 AAATTCAGATGCACGTAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATA
* *
3685 TAAATATTTCAAGGATTCTTTGCGGCAAAAAAT-ATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCAT
506 TAGATATTTCAAGGATTCTTTGC-GCCAAAAATCATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCAT
* * * *
3749 TTTTAGCCAAAAACCGAGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTGA
570 TTTTAGCCAAAAACCGAGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCCAAAACTTACCCGA
*
3814 AAAGTTTGT-C-TCAATT-C
635 AAAGTTT-TCCAT-AATTAT
* * * * *
3831 TTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTAACGGGTTCTTTACGCTT
1 TTGCCATAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACGGCTT-TTTACGCTT
*
3896 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAA-TCTAGAT
64 CTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTC-AGAT
* * * *
3960 GCTCGGAAAAACAAAACCTTATATCCAACGTGCCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
128 GCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTC
* * * ** *
4025 -AGAGAGTCTTTCTACCCAAAATCATGCAAAATTGAGCCCGGGTCGCAAAATTCGTTTTTAGCCA
193 AAG-GAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CCGGGTC-CAGAACGCATTTTTAGCCA
* * * *
4089 AAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGG-AT-AAAAACTGACTCGAAAAGTTTTGTCTCAATT
255 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCATGAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTGTCACAATT
* * * * * *
4152 TTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATTTATAATTTAACACC-ACAAAATTGATGGACTTTTCACGC
320 ATTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGACTTTTCACGC
* *
4216 TTCTAATATCGATTTTCC-TTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAATTTCAGA
385 TTCTAATATCGATTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA
* * ** ** *
4280 TGCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTACCAAAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTT
450 TGCACGTAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTT
* * * * *
4345 C-AGAGAGTT-TTT-CTGCCCAAAATCATGCAAAATTGA-GCTCGGGTCGC-GAAACTCGTTTTT
515 CAAG-GA-TTCTTTGC-GCCAAAAATCATACAAAATTGAGGC-GGGGTC-CAG-AACGCATTTTT
* * * **
4405 AG-CAAAAATCC------GTTA-T----G-TTTTGGCTAAAA-----AC-TAAC-T-CGAGAATT
574 AGCCAAAAA-CCGAGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCCAAAACTTACCCGAA--
*** * *
4449 TTTTTTTTTC-TCGATT-T
636 -AAGTTTTCCAT-AATTAT
* * * * * *
4466 GTTGCCAAAATACTCAGAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAATTTGGCGGGCTTTTCACGC-T
1 -TTGCCATAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAC-GGCTTTTTACGCTT
** * *
4530 CTTAATATCGTATCAT-CA-TTTTTT-CCGAACTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
64 C-TAATATCGT-TTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGA
* * * * *
4592 TTG-TCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTA-AGATTTGGTTAGATGAGTATAGTTAT
127 -TGCTCGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGC-AGAGATTTGGATAGATGAATATAGATAT
* * * *
4655 TTCAAGAAGTCTTTCTACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCTAGAAACGTGCGTTTTTA
190 TTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTCC-AG-AAC--GCATTTTTA
* * * * *
4719 GCCAAAAAACCATGATGGTTAGTACGACAAAAAAATATTCAG-A-AAAAATACTGACCC-AAGAA
251 GCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTAC-AC-----GAT-TTCGGCATGAAAA-ACTTACCCGAA-AA
* * *
4781 GTTTTGTCTCAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAAATTG
306 GTTTTGTCACAATTATTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAAATTG
* * *
4845 ATGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTT-C-TTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
370 ACGGACTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * ** *
4908 GAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAACAAAACCTTATGTCCAATGTGGTTGAGATTCAGATTG
435 GAAACAAAATTCAGATGCACGT-AAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCG
* * * * * *
4973 ATGAATATAGTTATTTCAATGATTCATTGCGTCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCTGGGGTTCTA
499 ATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGGC-GGGG-TCCA
5037 GAACGCATTTTTAGCCAAAAAC
562 GAACGCATTTTTAGCCAAAAAC
Statistics
Matches: 2214, Mismatches: 253, Indels: 181
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
630 1 0.00
631 2 0.00
632 11 0.00
633 116 0.05
634 30 0.01
635 71 0.03
636 23 0.01
640 11 0.00
641 3 0.00
642 11 0.00
643 113 0.05
644 131 0.06
645 12 0.01
646 4 0.00
650 12 0.01
651 117 0.05
652 53 0.02
653 62 0.03
654 45 0.02
655 1 0.00
656 98 0.04
657 111 0.05
658 1 0.00
660 1 0.00
661 154 0.07
662 183 0.08
663 689 0.31
664 148 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (652 bp):
TTGCCATAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACGGCTTTTTACGCTTCT
AATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
CGTAAAAACAAAACCTTATATCCAATGTGGCAGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCAAG
GAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACC
GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCATGAAAAACTTACCCGAAAAGTTTTGTCACAATTATTTGC
CATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAAATTGACGGACTTTTCACGCTTCTAA
TATCGATTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCACG
TAAAAACAAAACCTTATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATCGATGAATATAGATATTTCAAGGA
TTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGGCGGGGTCCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCG
AGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCCAAAACTTACCCGAAAAGTTTTCCATAATT
AT
Done.