Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020809.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20842, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:794 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 754--790 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
744 AATTTTTAAG
754 TAAAAATTTAATATATAAA
1 TAAAAATTTAATATATAAA
773 TAAAAATTTAATAT-TAAA
1 TAAAAATTTAATATATAAA
791 ATAATTAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.22
19 14 0.78
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Consensus pattern (19 bp):
TAAAAATTTAATATATAAA
Found at i:2666 original size:323 final size:321
Alignment explanation
Indices: 982--3593 Score: 3572
Period size: 321 Copynumber: 8.2 Consensus size: 321
972 TGCATCCCTA
* * *
982 CACAATGGATTTAAGGATCGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
**
1047 ATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAATATTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
66 ATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* * *
1112 ATTATATACTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCGGGTAAGTTTTTAG
131 ATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTTAG
* *
1177 CCGAAATCGTGTACTAACCTTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCCGACTCAGTT
196 CCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTT-GGGCCCCGACTCAGTT
*
1242 TTGCATTATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
260 TTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * ** *
1304 TACAATGGATCTAAGGATTGATATTTACGAGCATCTGAATCTCATTTTTATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
** *
1369 ATTCTAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAATATTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCATTG
66 ATTCT-AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
*
1434 AATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAG-AAAAATTTCTTCGGATCAGTTTTTA
130 AATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTTA
* * * * ***
1497 GCCGAAATCGTGTAC-CATCA-CA-GTTTTTTTTTCTAAAAACGCGTTTTGGGGTTTCGACTCAG
195 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCATG-GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTT-GGGCCCCGACTCAG
* * * *
1559 TTTTGCATGATTTTTGGCCGAAAAACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATATCAGC
258 TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * *
1623 GACAATGGATTTAAGGATTGGTATTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
** *
1688 ATTCTAAAAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAATATTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT
66 ATTCT-AAAAAAA-ATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT
* * * *
1753 GAATTATATACTTTTCTGAGAATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCGGCTCAGTTTTT
129 GAATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTT
** * * *
1818 AGCCGAAAATCGTGTACTAACTTTCACGGTTTTTTTTCTAAAAACGCGTTTTAGGCCCCGACTCA
194 AGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCATGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGACTCA
* *
1883 GTTTTGCATTATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
257 GTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * *
1948 CACAATGGATATGAGGATTGGTATTTACGAGAATCTGAATTTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
* * * ** *
2013 ATTCTAAAAAAAATGTAAAAACGTTATTAAAAGCTTGAAAAATACTTCAATATTTTTGGCGTTCA
66 ATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* * * *
2078 ATTATATACTTTTCTAAGTATTTTGACAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTCTTCGGGTCAATTTTT
131 ATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAG-AAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTT
* * * * * *
2143 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTTTTGCTAAAAACGCGATTTGGGGCCTCAACTT
194 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-TG-GTTTTTTGCTAAAAACGCG-TTTTGGGCCCCGACTC
* * * * *
2208 AGTTTTGCATAATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATGA-TGATCAAACTAAATCTCA
256 AGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAACCAAATCTCA
2272 GC
320 GC
* *
2274 CACAATGGATCTAAGGATTGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
2339 ATTCTTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
66 ATTC-TAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
* * *
2404 AATTATATACTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGAGAAAAATTTCTTCGGGTAAGTTTTT
130 AATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA-AAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTT
* * * * *
2469 AGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACTCATTTTGGGGCCCTACTCAGT
194 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGACTCAGT
* * *
2534 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTACATTCCTCTAACCAAATCTTAGC
259 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * * * *
2597 CACAATGGATTTAAGGATTGTTATTTACGAACATTTGAATATTGTTTTGATTTAATTTGAAATAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
*
2662 ATTCT-AAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
66 ATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* * *
2726 ATTATATACTTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGAGTCAGTTTTTAA
131 ATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTTAG
* * *
2791 CCGAAATCATGTAATAACCATCACT-GTTTTTTGCTCAAAACGCGTTTTGGGCCCCCGACTCAGT
196 CCGAAATCGTGTACTAACCATCA-TGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGG-CCCCGACTCAGT
* *
2855 TTTGCATTATTTTAGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
259 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * *
2918 CACAATGGATCTAAGGTTTGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTCATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
*
2983 ATTCATAAAAATAATGG-AAAAC-AGTATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT
66 ATTC-TAAAAAAAATGGAAAAACGA-TATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT
* * * * * *
3046 GAATTATATACTTTTGTGAGTATTTTGGCGAAAAGTTGAGAAAAAATCTCTTCGGTTCAGTTTTT
129 GAATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTT
* *
3111 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGG-TTTTTG--------GAG---T----CCCGACTTAGT
194 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGACTCAGT
* *
3160 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCCTCTAACCAAATCTCAGC
259 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* ** ** *
3223 CACAATGGATTTAAAAATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTTTTTTAATTTGAAATA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTTGATTTAATTAGAAATA
3288 AATTCT--AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
65 AATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
* * *
3351 AATTATATACTTTTTTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTTAGTTTTTA
130 AATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTTA
** ** * * * *
3416 ATCGAAATCACGTATTAACCATCAGGGATTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCCGACTGAGT
195 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTT-GGGCCCCGACTCAGT
*
3481 TTTACATGATTTCTT-GCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
259 TTTGCATGATTT-TTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * *
3544 GACAATGGATCTAATGATTTGTATATACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGA
1 CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGA
3594 AGAAAGTAGT
Statistics
Matches: 2025, Mismatches: 219, Indels: 94
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
303 8 0.00
304 124 0.06
305 116 0.06
306 22 0.01
310 1 0.00
313 4 0.00
316 1 0.00
318 1 0.00
319 163 0.08
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321 383 0.19
322 229 0.11
323 299 0.15
324 53 0.03
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326 212 0.10
327 81 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (321 bp):
CACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
ATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
ATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTTAG
CCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGACTCAGTTT
TGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
Found at i:2858 original size:970 final size:966
Alignment explanation
Indices: 982--3593 Score: 3628
Period size: 970 Copynumber: 2.7 Consensus size: 966
972 TGCATCCCTA
* *
982 CACAATGGATTTAAGGATCGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATATAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
**
1047 ATTCTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAATATTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
66 ATTCTAAAAAAAAT-GAAAAACG-TATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* *
1112 ATTATATACTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCGGGT-AAGTTTTTA
129 ATTATATACTTTTATGAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAA-TTTTTA
* * * *
1176 GCCGAAATCGTGTACTAACCTTCACG-GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCCGACTCAG
193 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGCGATTT-GGG-CCCGACTTAG
* * *
1240 TTTTGCATTATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCT
256 TTTTGCATAATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* **
1305 ACAATGGATCTAAGGATTGATATTTACGAGCATCTGAATCTCATTTTTATTTAATTAGAAATAAA
321 ACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTATTTAATTAGAAATAAA
* ** *
1370 TTCTAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAATATTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCATTGA
386 TTCTTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* * * *
1435 ATTATATACTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAATT--GAGAAAAATTTCTTCGGATCAGTTTTTA
451 ATTATATACTTTTCTTAGTATTATGGCAAAAAATTGAGAGAAAAATTTCTTCGGGTAAGTTTTTA
* * * * **
1497 GCCGAAATCGTGTAC-CATCA-CAGTTTTTTTTTCTAAAAACGCGTTTTGGGGTTTCGACTCAGT
516 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCAG-GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGG-CCCGACTCAGT
* * * *
1560 TTTGCATGATTTTTGGCCGAAAAACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATATCAGCGA
579 TTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCGA
*
1625 CAATGGATTTAAGGATTGGTATTTACGAGC-TTCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACAAA
644 CAATGGATTTAAGGATTGTTATTTACGAGCATT-TGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACAAA
*
1689 TTCTAAAAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAATATTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
708 TTCTAAAAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGATTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTG
1754 AATTATATACTTTTCTGAGAATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCGGCTCAGTTTTTA
773 AATTATATACTTTTCTGAGAATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCGGCTCAGTTTTTA
* * * ** *
1819 GCCGAAAATCGTGTACTAACTTTCACGGTTTTTTTTCTAAAAACGCGTTTTAGGCCCCGACTCAG
838 ACCGAAAATCATGTAATAACCATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGCCCCGACTCAG
*
1884 TTTTGCATTATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
903 TTTTGCATTATTTTAGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
* * * *
1948 CACAATGGATATGAGGATTGGTATTTACGAGAATCTGAATTTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATATAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
* ** *
2013 ATTCTAAAAAAAATGTAAAAACGTTATTAAAAGCTTGAAAAATACTTCAATATTTTTGGCGTTCA
66 ATTCTAAAAAAAATG-AAAAACG-TATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* * *
2078 ATTATATACTTTTCTAAGTATTTTGACAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTCTTCGGGTCAATTTTT
129 ATTATATACTTTTATGAGTATTTTGGC-AAAAAATTGAG-AAAAAATTTCTTCGGGTCAATTTTT
*
2143 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTTTTTGCTAAAAACGCGATTTGGGGCCTCAACTT
192 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GATTTTTTTGCTAAAAACGCGATTT-GGGCC-CGACTT
* * *
2208 AGTTTTGCATAATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATGA-TGATCAAACTAAATCTCA
254 AGTTTTGCATAATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAACCAAATCTCA
* * *
2272 GCCACAATGGATCTAAGGATTGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAAC
318 GCCACAATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTATTTAATTAGAAAT
2337 AAATTCTTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGT
383 AAATTCTTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGT
*
2402 TGAATTATATACTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGAGAAAAATTTCTTCGGGTAAGTTT
448 TGAATTATATACTTTTCTTAGTATTATGGCAAAAAATTGAGAGAAAAATTTCTTCGGGTAAGTTT
* * * *
2467 TTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACTCATTTTGGGGCCCTACTCA
513 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCGACTCA
* * *
2532 GTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTACATTCCTCTAACCAAATCTTAGC
577 GTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * * *
2597 CACAATGGATTTAAGGATTGTTATTTACGAACATTTGAATATTGTTTTGATTTAATTTGAAATAA
642 GACAATGGATTTAAGGATTGTTATTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACAA
* *
2662 ATTCT-AAAAAAAT-T-GAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT
707 ATTCTAAAAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGATTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTT
* * * *
2724 GAATTATATACTTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGAG-TCAGTTTT
772 GAATTATATACTTTTCTGAGAATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCG-GCTCAGTTTT
* * *
2788 TAACCG-AAATCATGTAATAACCATCACTG-TTTTTTGCTCAAAACGCGTTTTGGGCCCCCGACT
836 TAACCGAAAATCATGTAATAACCATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGG-CCCCGACT
2851 CAGTTTTGCATTATTTTAGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
900 CAGTTTTGCATTATTTTAGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
*
2916 GC
965 AC
* * *
2918 CACAATGGATCTAAGGTTTGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTCATTTAATTAGAAATAA
1 CACAATGGATATAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
* *
2983 ATTCATAAAAATAATGGAAAACAGTATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
66 ATTC-TAAAAAAAATGAAAAAC-GTATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGA
* * * * * *
3048 ATTATATACTTTTGTGAGTATTTTGGCGAAAAGTTGAGAAAAAATCTCTTCGGTTCAGTTTTTAG
129 ATTATATACTTTTATGAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAATTTTTAG
** *
3113 CCGAAATCGTGTACTAACCAT--C-ATGGTTTT--T------G-GA----GTCCCGACTTAGTTT
194 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGCGATTTGGGCCCGACTTAGTTT
* *
3162 TGCATGATTTTTGGCAGAAAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCCTCTAACCAAATCTCAGCCAC
259 TGCATAATTTTTGGCA-AAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
* ** * *
3226 AATGGATTTAAAAATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTTTTTTAATTTGAAATAAAT
323 AATGGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTTTATTTAATTAGAAATAAAT
3291 TC-T--AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAA
387 TCTTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAA
*
3353 TTATATACTTTT-TTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGA-AAAAATTTCTTCGGGTTAGTTTTTA
452 TTATATACTTTTCTT-AGTATTATGGCAAAAAATTGAGAGAAAAATTTCTTCGGGTAAGTTTTTA
** ** * * * *
3416 ATCGAAATCACGTATTAACCATCAGGGATTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGGCCCCGACTGAGT
516 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTT-GGGGCCCGACTCAGT
*
3481 TTTACATGATTTCTT-GCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCG
579 TTTGCATGATTT-TTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCG
* * * *
3545 ACAATGGATCTAATGATT-TGTATATACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGA
643 ACAATGGATTTAAGGATTGT-TATTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGA
3594 AGAAAGTAGT
Statistics
Matches: 1471, Mismatches: 149, Indels: 71
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
946 66 0.04
947 202 0.14
948 3 0.00
949 100 0.07
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955 2 0.00
956 1 0.00
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964 6 0.00
965 1 0.00
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975 27 0.02
976 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (966 bp):
CACAATGGATATAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAA
ATTCTAAAAAAAATGAAAAACGTATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAAT
TATATACTTTTATGAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAATTTTTAGCC
GAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGCGATTTGGGCCCGACTTAGTTTTG
CATAATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAAT
GGATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTTATTTAATTAGAAATAAATTCTT
AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
ATACTTTTCTTAGTATTATGGCAAAAAATTGAGAGAAAAATTTCTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGA
AATCGTGTACTAACCATCAGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCGACTCAGTTTTGCAT
GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCGACAATGGA
TTTAAGGATTGTTATTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACAAATTCTAAAA
AAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGATTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATAT
ACTTTTCTGAGAATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTATTCGGCTCAGTTTTTAACCGAAAA
TCATGTAATAACCATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTAGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
TATTTTAGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
Found at i:4912 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 3704--5094 Score: 2342
Period size: 321 Copynumber: 4.3 Consensus size: 322
3694 TTGTTTTTTA
*
3704 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
1 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
* ** * * *
3769 TACTTTTGTGAGTATTTTGGCGAAAAATTGAGAAAAATC-TCTTCGGTTGAGTTTTTAGCCGAAA
66 TAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAAACTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
*
3833 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTTCT-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
131 TCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTT-TGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
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195 TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGG
* *
3962 ATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTTGATTTAATTTGAAATAAATTCTT
260 ATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCTT
*
4025 AAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
1 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
*
4090 TAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAAATTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
66 TAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAAACTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
4155 TCGTGTAATAA-CATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
131 TCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
*
4219 GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACAATGGA
196 GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGA
*
4284 TCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCTT
261 TCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCTT
4346 AAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTA
1 -AAAAAAA-TGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTA
* **
4411 TATAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGTGAAAAATTTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGA
64 TATAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAAACTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGA
*
4476 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
129 AATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
* *
4541 ATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCCTGTAACCAAATCTCAGCCACAATG
194 ATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATG
* *
4606 GATTTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTTGAAATAAATTC-T
259 GATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCTT
4669 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
1 AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
* * * * *
4734 TACTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCTAA
66 TAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAG-AAAAAACTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* *
4799 ATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTT-GCACAAAACGCGTTTTGGTGCCCCGACTCAGTTTTGC
130 ATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGTA-AAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGC
*
4863 ATGATTTTAGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATG
194 ATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATG
* * *
4928 GATCTAAGGTTTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTCATTCAATTAGAAATAAATTCTT
259 GATCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCTT
* * * *
4992 AAAAATAATGGGAAAACAATATTAGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
1 AAAAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
* *
5057 ATATTTTTCTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAA
65 ATAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAA
5095 TT
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 51, Indels: 16
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 358 0.35
322 253 0.25
323 142 0.14
324 256 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATA
TAATTTTGTGAGTATTTTGGAAAAAAATTGAGAAAAAACTTCTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
TCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGA
TCTAAGGATTGGTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCTT
Done.