Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020837.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20870, whole genome shotgun sequence
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2529 TCTTCAGGGG
*
2539 TCTTTTTGAGGCTTATTGGTCATTTTGTGTT
1 TCTTTTTGAGGCTTATTGGTCATTTTCTGTT
*
2570 TCTTTTTGAGGCTTATTGGTCGTTTTCTGTT
1 TCTTTTTGAGGCTTATTGGTCATTTTCTGTT
2601 TCTT
1 TCTT
2605 CAGGATCTTT
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TCTTTTTGAGGCTTATTGGTCATTTTCTGTT
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2831 GTTAATTGGT
2841 TTTCCAAAGCATCAGAATAGA
1 TTTCCAAAGCATCAGAATAGA
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1 TTTCCAAAGCATCAGAATAGA
2883 ATAGTTTTAC
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TTTCCAAAGCATCAGAATAGA
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3613 TTCCTCCTTC
3623 GAAAAATACATAAGAATGTGTGAGATAGAA
1 GAAAAATACATAAGAATGTGTGAGATAGAA
3653 GAAAAATACATAAGAATGTGTGAGATAGAA
1 GAAAAATACATAAGAATGTGTGAGATAGAA
3683 GA
1 GA
3685 CTTAACACTT
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1.00 0.00 0.00
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30 32 1.00
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GAAAAATACATAAGAATGTGTGAGATAGAA
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16043 TTTATTTTTA
16053 TTTTTATTTTTAGTTTTGTGTTC
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1 TTTTT
16104 GTTGAAATTT
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TTTTTATTTTTAGTTTTGTGTTC
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16054 TTTTATTTTT
***
16064 AGTTTTGTGTTCTTTTTATTTTT
1 AGTTTTGTGTTCTTTTTATTGAA
*
16087 AGTTTTGTGTTCTTTTTGTTGAA
1 AGTTTTGTGTTCTTTTTATTGAA
*
16110 ATTTTT
1 AGTTTT
16116 TTTTTTTTTC
Statistics
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23 24 1.00
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AGTTTTGTGTTCTTTTTATTGAA
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18228 CTCTAAGAAA
18238 ATAAAAACAATT-AAATAAATT
1 ATAAAAA-AATTGAAATAAATT
*
18259 ATAAGAAAATTGAAATAAAT
1 ATAAAAAAATTGAAATAAAT
18279 AAACAAATTA
Statistics
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20 4 0.22
21 14 0.78
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ATAAAAAAATTGAAATAAATT
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18221 ATGATAGCTC
* *
18231 TAAGAAAATAAAAACAATTAAATAAATTA
1 TAAGAAAATAAAAACAAATAAACAAATTA
** *
18260 TAAGAAAATTGAAATAAATAAACAAATTA
1 TAAGAAAATAAAAACAAATAAACAAATTA
18289 ATAATGGATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 24 1.00
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TAAGAAAATAAAAACAAATAAACAAATTA
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18632 AACAAACGCC
18642 TCTTCTGTTTTTCGTT
1 TCTTCTGTTTTTCGTT
* * *
18658 TTTATCTG-CTTTGGTT
1 TCT-TCTGTTTTTCGTT
18674 TCTTCTGTTTTTCGTT
1 TCTTCTGTTTTTCGTT
18690 T
1 T
18691 GGTTTTTGTT
Statistics
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15 4 0.16
16 17 0.68
17 4 0.16
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TCTTCTGTTTTTCGTT
Found at i:25549 original size:659 final size:656
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24451 TGATAACGAG
* * * *
24461 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGATTTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTAGAAATTAATTT
1 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCC-TATTTTTTCG-AATTAATTT
* * * * * *
24526 CAAATAAAATCAAAACAAGACTCTGATGATCGTAAAAACAAATTCATAGATCCAATGTGGCTGAG
63 CTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * *
24591 ATTTGGTTATATGGATATGTAGATATTTTAGTGTGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAATTCAG
128 ATTTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTG---T--CGTTAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * * * * *
24656 TCAGGGCCACGGAACGCATTTTAAGCCAGAAACTGTGAT-TT--TACACGATTTCGACTAAAATT
188 ACGGGGCCTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATT
* * * * *
24718 TTGCAAAACTGGCCCGAAAGAATATTCCTCGATTTTTAGCCACAACACTCGTAAAAAATATATAA
253 TTGCAAAACTGACCCGAAAAAAAATTCCTCAATTTTT-GCCACAACACTCTTAAAAAATATATAA
* *
24783 TTCAATGTAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTT-TCAATATCGTTTTACCTATTTTTTCTGA
317 TTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGA
* * * * *
24847 ATTCATTTCTAATAAAACCGAAAATTGATTCTGATGCTCGTAAAAGTAAATCCTTAAATCCAATG
381 ATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCCGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATG
*
24912 TGGCTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAA
446 TGGCTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCATGGCGCCAAAAATCAAGCAAA
* * *
24977 ACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAATAAACAATTTCGG
511 ACTGAGTCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAATACACGATTTCGG
*
25042 CTAAAGTTTTGCAAAAACTGACCGAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAA
576 CTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAA
25107 ATATATAACTCAATGC
641 ATATATAACTCAATGC
*
25123 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCT
1 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCT
* * *
25188 AATAACATCAAAACAAGATTGTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGAT
65 AATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
25253 TTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGTC-TTAAAAATCATGC-AAACTGAGACGGGGC
130 TTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGTCGTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGC
*
25316 CTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACATGATTTGGGCTAAAATTTTGCAA
195 CTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGAT-GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGC-A
* * * *
25381 AAACTGACCCGAAAAAAAATTGCTTCAATTTTTCGTCACAACACTCTTAAAAAATCTATAATACA
258 AAACTGACCCGAAAAAAAATT-CCTCAATTTTT-GCCACAACACTCTTAAAAAATATATAATTCA
25446 ATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTAT-ACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTA
321 ATGCAAAAAAGATTGAATGACTTT-TCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTA
*
25510 ATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCCGATGCTCGTAAAAGCAGATCCTTAAATCCAATGTGGC
385 ATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCCGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
** *
25575 TTATATTTAATTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGACATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTG
450 TTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTG
* *
25640 AGCCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGC-AAAAATC-GTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAA
515 AGTCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAA
* * *
25703 AATTTTGCAAAAACTGACATGGAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAATACTCTTAAAAAATA
580 AATTTTGCAAAAACTGAC-CGAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATA
*
25768 TATAAGTCAATGC
644 TATAACTCAATGC
* *
25781 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTATTA-CTGCTTTTCCTATTTTTTTTCGAATTAATT
1 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCT--TTTTCCTA--TTTTTTCGAATTAATT
** * *
25845 TCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTTCTGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATATGGCTGA
62 TCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * *
25910 GATTTGGTTCTATGGATATATAGGTATTTCAATGTATCTTGGCGTTAAAAATCATGCAAAACTGA
127 GATTTGGTTATATGGATATATAGATATTTC-A-G--T-GTGTCGTTAAAAATCATGCAAAACTGA
*
25975 GACGGGGCTTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAA
187 GACGGGGCCTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGAT-GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAA
* *
26040 TTTTACAAAACTGACCC-AAAAAAATTTCCTCAATTTCTTGCCACAACACTCTTAAAAAATATAT
251 TTTTGCAAAACTGACCCGAAAAAAAATTCCTCAATTT-TTGCCACAACACTCTTAAAAAATATAT
26104 AATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCG
315 AATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCG
*
26169 AATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATT-CTATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAAT
380 AATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCCGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
26233 GTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTTTCATCGCGCCAAAAATCAAGCAA
445 GTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCATGGCGCCAAAAATCAAGCAA
* * *
26298 AAATGAGTCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACATTGATGATTAATACACGATTTCG
510 AACTGAGTCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAATACACGATTTCG
* * * * *
26363 ACTAAAATTTT-AAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTATTAAAA
575 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAA
*
26427 AATATATAACACAATGC
640 AATATATAACTCAATGC
26444 -AAAAAGATTGAAA-GGCTTTTCA
1 AAAAAAGATT-AAAGGGCTTTTCA
26466 GTTAAGAATC
Statistics
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0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
653 39 0.03
654 12 0.01
655 3 0.00
656 1 0.00
657 67 0.06
658 119 0.10
659 240 0.20
660 202 0.17
661 9 0.01
662 59 0.05
663 175 0.14
664 141 0.12
665 45 0.04
666 24 0.02
667 74 0.06
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ATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
TGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGTCGTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCC
TCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
CTGACCCGAAAAAAAATTCCTCAATTTTTGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCA
AAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCT
AATAAAATCGAAAAATGATTCCGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATAT
TTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCTG
GGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTT
GCAAAAACTGACCGAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAACT
CAATGC
Found at i:25809 original size:331 final size:330
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24451 TGATAACGAG
* * * * * **
24461 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGATTTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTAGAAATTAATTT
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCG-AATTAATTT
* * * * *
24526 CAAATAAAATCAAAACAAGACTCTGATGATCGTAAAAACAAATTCATAGATCCAATGTGGCTGAG
65 CTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * * *
24591 ATTTGGTTATATGGATATGTAGATATTTTAGTGTGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAATTCAG
130 ATTTGGTTAGATGGATA--TAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG
* * * *
24656 TCAGGG-CCACGGAACGCATTTTAAGCCAGAAACTGTGAT--TT--TACACGATTTCGACTAAAA
193 TC-GGGTCC-CGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAA
* * * * *
24716 TTTTGC-AAAACTGGCCCGAAAGAATATTCCTCGA-TTTTTAGCCACAACACTCGTAAAAAATAT
256 TTTTGCAAAAACTGACCC-AAAAAATTTTCCTC-ATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATAT
* *
24779 ATAATTCAATGT
319 ATAACTCAATGC
* * * *
24791 AAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTT-TCAATATCGTTTTACCTATTTTTTCTGAATTCATTT
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTT
* ** * ** *
24855 CTAATAAAACCGAAAA-TTGATTCTGATGCTCGTAAAAGTAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTA
65 CTAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
*
24919 TATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGT
129 GATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGT
* * * * * *
24984 CGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTTAATAAACAATTTCGGCTAAAGT
194 C-GGGTCCCGGAATGCGTTTTAAGC-CAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAT
* *
25049 TTTGCAAAAACTGACCGAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATA
257 TTTGCAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATA
25114 ACTCAATGC
322 ACTCAATGC
* * * *
25123 AAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTT-CGAATTAATTTC
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTC
* * * *
25187 TAATAACATCAAAACAAGATTGTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAGA
66 TAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * *
25252 TTTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGTCTT------AAAAATCATGC-AAACTGAGA
131 TTTGGTTAGATGG--ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGT
* * * * *
25310 CGGGGCCTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACATGATTTGGGCTAAAATT
194 CGGGTCC-CGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * * * *
25375 TTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAAATTGCTTCAATTTTTCGTCACAACACTCTTAAAAAATCTAT
258 TTGCAAAAACTGACCC--AAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATAT
25440 AA-TACAATGC
321 AACT-CAATGC
* *
25450 AAAAAAGATTGAATGACTTTAT-ACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTT
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTT-TCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTT
* * * * * *
25514 CTAATAAAATCGAAAA-ATGATTCCGATGCTCGTAAAAGCAGATCCTTAAATCCAATGTGGCTTA
65 CTAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* ** * * *
25578 TATTTAATTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGACATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGC
129 GATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGT
*
25643 CTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAG-CAAAAA-TCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAT
194 C-GGGTCCCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACT-GTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAT
*** * *
25706 TTTGCAAAAACTGACATGGAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAATACTCTTAAAAAATATAT
257 TTTGCAAAAACTGAC-CCAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATAT
*
25771 AAGTCAATGC
321 AACTCAATGC
* *
25781 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTATTA-CTGCTTTT-CCTATTTTTTTTCGAATTAAT
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-G-TTTTACCTA-TTTTTTCCGAATTAAT
** * * *
25844 TTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTTCTGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATATGGCTG
63 TTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
** * * * ** *
25909 AGATTTGGTTCTATGGATATATAGGTATTTCAATGTATCTTGGCGTTAAAAATCATGCAAAACTG
128 AGATTTGGTTAGATGG--ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTG
* * * * *
25974 AGACGGGGCTTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAA
191 AGTCGGGTC-CCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAA
* * *
26039 ATTTTAC-AAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCAATTTCTT-GCCACAACACTCTTAAAAAATAT
255 ATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTC-ATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATAT
*
26102 ATAATTCAATGC
319 ATAACTCAATGC
* *
26114 AAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTC
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTC
* * * * *
26179 TAATAAAATCGAAAA-ATGATTCT-ATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTAT
66 TAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * *
26242 ATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTTTCATCGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGTC
130 ATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTC
* * * *
26307 TGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAT-TGATGATTAATACACGATTTCGACTAAAAT
195 -GGGTCCCGGAATGCGTTTTAAGC-CAAAAAC-TGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAT
* *
26371 TTT-AAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATA
257 TTTGCAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATA
*
26435 ACACAATGC
322 ACTCAATGC
*
26444 -AAAAAGATTGAAAGGCTTTTCA
1 AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCA
26466 GTTAAGAATC
Statistics
Matches: 1408, Mismatches: 216, Indels: 103
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
325 51 0.04
326 47 0.03
327 162 0.12
328 84 0.06
329 158 0.11
330 152 0.11
331 201 0.14
332 290 0.21
333 145 0.10
334 78 0.06
335 39 0.03
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTC
TAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCG
GGTCCCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
CAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAACTC
AATGC
Found at i:26802 original size:516 final size:517
Alignment explanation
Indices: 25953--26985 Score: 1671
Period size: 516 Copynumber: 2.0 Consensus size: 517
25943 GTATCTTGGC
* ** *
25953 GTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCTTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGT
1 GTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGACGGT
*
26018 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCAATTTCTTGCCA
66 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCCCAATTTCTTGCCA
*
26083 CAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATA
131 AAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATA
26148 TCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTATGCTCGTAAA
196 TCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTATGCTCGTAAA
26213 AGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTTTCA
261 AGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTTTCA
* * *
26278 TCGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGTCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACATTG
326 TCGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGCCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTG
**
26343 ATG-ATTA-ATACACGATTTCGACTAAAATTTT-AAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTT
391 ATGTAACATATACACGATTTCGACTAAAATTTTGAAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTT
26405 TTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGC-AAAAAGATTGAAA-GGCTTTTCA
456 TTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGCAAAAAAGATT-AAAGGGCTTTTCA
*
26466 GTTAAGAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGACGGT
1 GTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGACGGT
* * * ** *
26531 TAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATTGACCCGAAAAATGTTTCCCCAATTTTTTGCC
66 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCC-AAAAAAATTTCCCCAATTTCTTGCC
* * *
26596 AAAACACTCTTAAAAAATCTATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCAGGCTTCTAGT
130 AAAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAAT
*
26661 ATCGTTTTACGTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGT
195 ATCGTTTTACCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCT-ATGCTCGT
* * * *
26726 AAAAGCATATCCTTAAATCCAATGTGTCTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCCGTGTT
258 AAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTT
* *
26791 TCATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACA
323 TCATCGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGCCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACA
* * * * **
26856 GTGATGTAACATATACTCGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAGCGGAAAAATTTTCCTCA
388 GTGATGTAACATATACACGATTTCGACTAAAATTTTGAAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCA
* *
26921 TTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCA
453 TTTTTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCA
26986 CGCTTGAAAT
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 36, Indels: 9
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
513 96 0.20
514 94 0.20
515 42 0.09
516 135 0.28
517 2 0.00
518 22 0.05
519 67 0.14
520 18 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (517 bp):
GTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGACGGT
TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCCCAATTTCTTGCCA
AAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATA
TCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTATGCTCGTAAA
AGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTTTCA
TCGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGCCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTG
ATGTAACATATACACGATTTCGACTAAAATTTTGAAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTT
TTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCA
Found at i:27297 original size:847 final size:842
Alignment explanation
Indices: 25625--27312 Score: 2037
Period size: 847 Copynumber: 2.0 Consensus size: 842
25615 TGGCGCCAAA
* * ** * *
25625 AATCAAGCAAAACTGAGCCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAATCGTGATGGTTAATACA
1 AATCAAGCAAAACTGAGACTGGGGCCCGGAACACGTTTTAAGCAAAAATCGTGACGGTTAATACA
* * * * *
25690 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACATGGAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAATA
66 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACACGAAAAAGTTTTCCCCATTTTTTCGCCAAAACA
* *
25755 CTCTTAAAAAATATATAAGTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTATTACTGCT
131 CTCTTAAAAAATATATAAGTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAGTACTGCT
* ** *
25820 TTTCCTATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTTCTGATTGTAAAAAC
196 TTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAAC
* ** * *
25885 AAATCCTTAAATCTAATATGGCTGAGATTTGGTTCTATGGATATATAGGTATTTCAATGTATCTT
261 AAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGGA-ATATAGATATTTCAATGTATCAT
** * * * *
25950 GGCGTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCTTCGGAATGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGAT
325 GGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCTCCGGAATGCGTTTTAAGCAAAAAACAGTGAT
* *
26015 GGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCAATTTCTTG
390 GGTAAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCAATTTCTTG
* * * *
26080 CCACAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTA
455 CCACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAGGACTTTTCACGCTTCAA
* * *
26145 ATATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTATGCTCGT
520 ATATCATTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTCTATGATCGT
* * * * *
26210 AAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTT
585 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTA
* * * * * **
26275 TCATCGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGTCTGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACA
650 TCATAGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGACTGGGGCCCGAAACGCGTTTCAAGCAAAAAAAC-
*
26340 TTGATGATTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTAAAAAACTGACCCAAAAAATTTTCCTCATTT
714 ---ATGATTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTAAAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCATTT
*
26405 TTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCAGTTA
776 TTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGCAAAAAGATTGAAAGACTTTTCAGTTA
26470 AG
841 AG
* *
26472 AATCATGCAAAACTGAGAC-GGGGCCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAA-CTGTGACGGTTAGT
1 AATCAAGCAAAACTGAGACTGGGGCC-CGGAACACGTTTTAAG-CAAAAATC-GTGACGGTTAAT
* * * *
26535 ATATGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGACCCGAAAAA-TGTTTCCCCAATTTTTT-GCCA
63 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACACGAAAAAGT-TTTCCCC-ATTTTTTCGCCA
* * * *
26597 AAACACTCTTAAAAAATCTATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCAGGCTTCTAGTA
126 AAACACTCTTAAAAAATATATAAGTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAGTA
* * *
26662 -T-CGTTTTACGTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAA-ATGATTCTGATGCTC
191 CTGC-TTTT-CCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATC
* * * * * * **
26724 GTAAAAGCATATCCTTAAATCCAATGTGTCTTATATTTGGTTAGATGG-ATATAGATATTTCCGT
253 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGGAATATAGATATTTCAAT
* * *
26788 GTTTCATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGG-TCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAA
318 GTATCATGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCT-CCGGAATGCGTTTTAAGC-AAAA
* * * ** *
26852 AACAGTGAT-GTAACATATACTCGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGAGCGGAAAAATTTT
381 AACAGTGATGGTAA-ATACA-T-GATTTCGGCTAAAATTTTAC-AAAACTGACCCAAAAAAATTT
* *
26916 CCTC-ATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAGGGC
442 CCTCAATTTCTT-GCCACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAGGAC
* * *
26980 TTTTCACGCTTGAAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAACA
506 TTTTCACGCTTCAAATATCATTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAA-A
* * *
27044 AGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTATATGGATA
570 AGATTCT-ATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGGATA
* ** * *
27109 TATAGATATTTCAGTGTATCTTAGCGTTAAAAATCATGCAAAACTGAGAC-GGGGCCTCGAAACG
634 -A-AGATATTTCAGTGTATCATAGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGACTGGGGCC-CGAAACG
* * * * * *
27173 CGTTTCAAGC-CAAAAAC-T-A-TAATGCATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGA
696 CGTTTCAAGCAAAAAAACATGATTAATACACGATTTCGACTAAAATTTT-AAAAAACTGACCC-A
* * **
27234 AAAAAATTTCCTCAATTTTTT-GTCACAACACTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGA
759 AAAAAATTTCCTC-ATTTTTTCGCCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGC-AAAAAGA
*
27298 TTGAATGACTTTTCA
822 TTGAAAGACTTTTCA
27313 TGCATCTAAT
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 105, Indels: 48
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
844 24 0.03
845 78 0.11
846 70 0.10
847 220 0.31
848 78 0.11
849 129 0.18
850 49 0.07
851 12 0.02
852 52 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (842 bp):
AATCAAGCAAAACTGAGACTGGGGCCCGGAACACGTTTTAAGCAAAAATCGTGACGGTTAATACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACACGAAAAAGTTTTCCCCATTTTTTCGCCAAAACA
CTCTTAAAAAATATATAAGTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAGTACTGCT
TTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAAC
AAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGGAATATAGATATTTCAATGTATCATG
GCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCTCCGGAATGCGTTTTAAGCAAAAAACAGTGATG
GTAAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCAATTTCTTGC
CACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAGGACTTTTCACGCTTCAAA
TATCATTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAAAGATTCTATGATCGTA
AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGGATAAAGATATTTCAGTGTAT
CATAGCGCCAAAAATCAAGCAAAAATGAGACTGGGGCCCGAAACGCGTTTCAAGCAAAAAAACAT
GATTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTAAAAAACTGACCCAAAAAAATTTCCTCATTTTTTCG
CCACAACACTATTAAAAAATATATAACACAATGCAAAAAGATTGAAAGACTTTTCAGTTAAG
Found at i:27534 original size:327 final size:327
Alignment explanation
Indices: 26539--27564 Score: 1223
Period size: 327 Copynumber: 3.1 Consensus size: 327
26529 GTTAGTATAT
* ** * *
26539 GATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGACCCGAAAAATGTTTCCCCAATTTTTTGCCAAAACAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTTGCCACAACAC
* * *
26603 TCTTAAAAAATCTATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCAGGCTTCTAGTATCGTTT
66 TCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
* *
26668 TACGTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCA
131 TACCTA-TTTTTTCTGAATTAA--T-TAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCA
* * * * *
26733 TATCCTTAAATCCAATGTGTCTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCCGTGTTTCATGGC
192 AATCCTTAAATCCAATGTGACTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTATCTTGGC
*
26798 GCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGT
257 GCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGC-AAAAAA-AGTGATGT
* *
26863 AACATATACTC
320 --TA-ATACAC
* * *
26874 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-GCGGAAAAATTTTCCTC-ATTTTTTCGCCACAACA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTT-GCCACAACA
* * * * ** *
26937 CTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTGAAATATCATT
65 CTCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* * * * *
27002 TTTCCTATTTTTT-TCGAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAA
130 TTACCTATTTTTTCT-GAATTAA--T-TAATAAAATCGAAAA-ATGATTCTGATGCTCGTAAAAG
* * * *
27065 CAAATCCTTATATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTATCT
190 CAAATCCTTAAATCCAATGTGACTTATATTTGGTTAGATGG--ATATAGATATTTCAGTGTATCT
* ** * * * ** * *
27130 TAGCGTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGG-CCTCGAAACGCGTTTCAAGC-CAAAAACT-A
253 TGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCC-CGAAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAGTGA
* *
27192 ---TAATGCAT
317 TGTTAATACAC
* *
27200 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTTACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTTGTCACAACAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTTGCCACAACAC
* *
27265 TCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCATGCATCTAATATCGTTT
66 TCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
27330 TACCTATTTTTTCTGAATTAA-TAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCAAATC
131 TACCTATTTTTTCTGAATTAATTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCAAATC
* * * *
27394 CTTAAATCTAATGAGACTTATATTTGGTTAGATGGATATAGACATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCA
196 CTTAAATCCAATGTGACTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTATCTTGGCGCCA
* *
27459 AAAATCAAG-AAAACTGAGCCGGGGTCCCAAAATGCGTTTTTCGCAAAAAATAGTGATGGTTAAT
261 AAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAAA-AGTGAT-GTTAAT
27523 ACAC
324 ACAC
* * *
27527 AATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACTCGAAAAA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAA
27565 CTTTTTTTCC
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 93, Indels: 46
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 26 0.04
321 39 0.07
322 2 0.00
323 64 0.11
324 4 0.01
326 31 0.05
327 138 0.24
328 8 0.01
332 1 0.00
333 6 0.01
334 91 0.16
335 102 0.18
336 67 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (327 bp):
GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTTGCCACAACAC
TCTTAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
TACCTATTTTTTCTGAATTAATTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCAAATC
CTTAAATCCAATGTGACTTATATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAGTGTATCTTGGCGCCA
AAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAGTGATGTTAATAC
AC
Found at i:29590 original size:989 final size:982
Alignment explanation
Indices: 27941--34447 Score: 6455
Period size: 989 Copynumber: 6.6 Consensus size: 982
27931 TGGGCTCAAA
* * * * * *
27941 TTTTGCAAAAACTGATCGGAAAAAATTTTCTTCATTTTTTCGTCACAACACTCTTAAAAAATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATA
* * ** * ** *
28006 TAACTCAATGCAGAAAAGATT-AAAGGGTTTTTCATGCTTGAAATATCATTGTT-CCTATTTTTT
66 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAA-GACTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTACCTA-TTTTT
* * *
28069 TCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
128 TCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAA-ATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
** * * * * **
28134 AATGTGGCCGAGATTTGGGTATATGGATACATAGATAATTT-AATGTGTCTTGGCGTTAAAAATC
192 AATGTGGCTTATATTTGGTTATATAGAT--ATAGAT-ATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATC
* * * * * *
28198 ATGCAAAACTGGGACGGGG-CCTCGGAACT-CGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGCATTAT----
254 AAGCAAAACTGAGACGGGGTCC-CGGAA-TGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATG-GTTATACAC
* * *
28257 --TTT-GGCTAAAATTTTGCAAAACTGACCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTTGTCACAACTA-
316 GATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAACTGACCCGAAAAAT-TTTCCT-AATTTTTCGCCACAAC-AC
* * * ** * *
28318 TCTT-AAAAATCTATAATTCAATACAAAAAAGATTGACTGACTTTTCACGCTTCTAATATCGGTT
378 TCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
* * * * * *
28382 TACC-TATTTTTTCGAATTAATTTCTAGTAAAATCGAAAA-ATGATTCTGATGCTCGTAAAAGAA
443 TTCCATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATTGT-AAA-AA
* * * * * **
28445 AAAATTCCTTAAATCCAATGTGGCTTATGTTTAAGTTAGATAAAATATAGATATTTCAGTGTGTC
505 CAAA-TCCTTAAATCCAATGTGGCTGATATTT-GGTTATATGGAATATAGATATTTCAGTGTGTC
* * *
28510 TTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCC-CAGAATGCGGTTTT-CGCAAAAAACAG
568 TTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGG-CCTCGGAATGC-GTTTTAAGCAAAAAACAG
* * *
28573 TGATGGTAAATATACATTTTCAGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCAAATAAAATTTTCCTCAT
631 TGATGG---ATACACATTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAA-AAAATTTTCCTCAT
* * * *
28638 TTTTTCGCCAGAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAACATTGAAGGTCTTTTAAC
692 TTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC
*
28703 GCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAACCAAAACAAGATTCTG
757 GCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAACCAAAA-AAGATTCTG
* * * ** ** * **
28768 ATAATTGTAAAAACAAAACCTTAAATTTAATGTATCTGAGCTTTGGTTATATGGATATATAGATA
821 ATGATTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATA
* *
28833 TTTCAGTGTGTCTTGGCATTAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGAG-ACGCGTTTTAA
885 TTTCAGTGTGTCTTGGCGTCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGAGAACGCGTTTTAA
*
28897 GCCAAAAACTGTGATGCATGATTTCGGCTAAAG
950 GCCAAAAACTGTGATGCATGATTTCGGCTAAAA
*
28930 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATCTA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATA
* * *
28995 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAAGACTTTTCACGCTTCTAAAATCGCTTTACCAATTTTTTAC
66 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAAGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTT-C
* *
29060 GAATTAATTTGTAATAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAA
130 GAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
** * * * *
29125 TGTGGAATATATCTGGTTAGATAGATATAGATATTTCAGTGTGTCCTGACGCCAAAAATCAAGCA
194 TGTGGCTTATATTTGGTTATATAGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCA
*
29190 AAACTGAGCCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAATACACGATTTCG
259 AAACTGAGACGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTT-ATACACGATTTCG
* * * * * * *
29255 GCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCTGAAAAGGTTTTCGTGATTTTTCCGTCACAATATTCTTAAA
323 GCTAAAATTTTG-AAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTCCTAATTTTT-CGCCACAACACTCTTAAA
*
29320 AAATATATAACTCAATGC-AAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATT
385 AAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATT
*
29384 TTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAGCAAATCCTTA
450 TTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * *
29449 AATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGG-ATATAGATATTTCTGTATATCTTGCCGCCAAAA
515 AATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGAATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAA
* *
29513 ATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCC-CGGAATGCGTTTTTCA-CAAAAAAACAGTGATGG-TACA
580 ATCAAGCAAAACTGAGACGGGG-CCTCGGAATGCG-TTTTAAGC-AAAAAACAGTGATGGATACA
* * *
29575 CGATTTTCGGCTAAAATTTTGCACAAACTTACCCGAAAAAAATTTTCCTAATTTTTTCGCCACAA
642 C-ATTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCCACAA
* * * * *
29640 AACTCTTAAAAACTATATAACTCAGTGCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
705 CACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * ** * *
29705 TTTTTCCTATTTTTTTTGAATTAATTTCAAATAAAGTCAAAATAAGATTTTGATGATTGTAAAAA
770 TTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAACCAAAA-AAGATTCTGATGATTGTAAAAG
* * * * *
29770 CAAATCATTAAATCCAATGTGGATGAGAATTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGTCT
834 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATATTTCAGTGTGTCT
* * * * * *
29835 TGACGTTAAAAATCATGCAAAA-TGCAGACGGGACCTCG-GAACGCTTTTTGAGCCAAAAACTGT
898 TGGCGTCAAAAATCAAGCAAAACTG-AGACGGGGCCTCGAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAC--T
29898 GATGATTAGTACATGATTTCGGCTAAAA
960 G-TGA-T-G--CATGATTTCGGCTAAAA
* * *
29926 TTTTGCAAAAACTGACCC-----TAATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATA
* * *
29986 TAATTCAATGCAAAAAGGATTGAATGACTTTTCA-----C-----TCGTTTTACGTATTTTTTCT
66 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAAGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTC-
* * * * * *
30041 GAATTCATTTATAAAAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAATTCAA
130 GAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
*
30106 TGTGGCTTATATTTGGTTAGAT-GAATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGC
194 TGTGGCTTATATTTGGTTATATAG-ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGC
* *
30170 AAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGG---T-CACGATTTCA
258 AAAACTGAGACGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTATACACGATTTCG
* * * * * *
30231 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCTGCAAAATTCTCCTCAATTTTTCACCACCAACACTGTTACA
323 GCTAAAATTTTG-AAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCT-AATTTTTCGCCA-CAACACTCTTAAA
* * * * * ** *
30296 AATTATATAATTCAATACAAAAAAGATTGAATGAGTTTTTCACTATTCTAATATCGTTTTTTCTA
385 AAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAA-GGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCA
* *
30361 TTTTTTATTCCGAATTAATTTCAAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATC
448 TTTTTT-TT-CGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATC
* * ** * * *
30426 CTTAAATCCAATGTAGCTGAAATTTAATTATATGGACAAATAGATATTTCAGTGTGGCTTGGCGT
511 CTTAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGC
* * * * * * * * * **
30491 TAAAAAT-AATGCAAAATTTATACGTGGCCTCTGCA--CGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGTTT
575 CAAAAATCAA-GCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAATGCGTTTTAAGCAAAAAACAGTGATGGAT
* * ** *
30553 AGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAACACTGACCCGAAAAAAA-TTTCCTCAAATTTTCAC
639 A-CACAT--TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGC
* * * *
30617 CACAACACTCTTAAAAAATCTATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGATTTTTCACGCTTCTAA
700 CACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAA
* * * * ** * * * *
30682 TATCGTTTTACCTATTTTTTCCGAATTAATTTCAAATAAAATCGAAAAGTGATTTTGAGGCTCGT
765 TATCGTTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAA-CCAAAAAAGATTCTGATGATTGT
* * * *
30747 TAAAGCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTATATTTGGTTATATGGAA-ATAAATATTTCAATGT
829 AAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTATATGGAATATAGATATTTCAGTGT
* * * * *
30811 GTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCC-C-AGAATGCGTTTTTAGCAAAAAA
894 GTCTTGGCGTCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGG-CCTCGAGAACGCGTTTTAAGC-CAAAA
* * * *
30874 ACAGTGATATAACATACACGATTTGGGCTCAAA
957 ACTGTG--AT-GCAT----GATTTCGGCTAAAA
*
30907 TTTTGCAAAAACTGACCC-AAAAAAAGTTTTCCTCATTTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAA--TTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATA
* * * * *
30971 TATAACTCAATGCAAAAAATATTGAAGGTCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTT
64 TATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAAGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTA-TTTTT
* ** *
31036 TCGAATTAATTTCTCATAAAATCATAACAA-GATTCTGATAATTGTAAAAACAAATCCTTAAATC
128 TCGAATTAATTTCTAATAAAATCA-AA-AATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
* ** * * * **
31100 TAATGTAACTGAGATTTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGTTAAAAATC
191 CAATGTGGCTTATATTTGGTTATAT--AGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATC
* * * * * * * * * *
31165 ATGCAAAATTGAGA-TGAG-CCTCGAAACGCGTTTTAAGCTAAAAAC--TG-T-G--ATGCATGA
254 AAGCAAAACTGAGACGGGGTCC-CGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTATACACGA
* * * * *
31222 TTTTGGCCAAAATTTTGCAAAACAT-ACCCGAAAAAATTTCATCAATTTTTCGCCACAACACTCT
318 TTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAC-TGACCCGAAAAATTTTCCT-AATTTTTCGCCACAACACTCT
* * * * * * *
31286 TAAAAAATCTATAATTCAATAC-AAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTAC
381 TAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
* * * * * * *
31350 GAATTTTTTACGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAA-ATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCAAAT
446 CATTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAAT
* * *
31414 CCTTAAATCCAATGTGGATTATATTTGGTTAGATGG-ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGC
510 CCTTAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGAATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGC
* * *
31478 CAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGTCC-CGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTT
575 CAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGG-CCTCGGAATGCGTTTTAAGCAAAAAACAGTGATGGAT
* * * ** * *
31542 AATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGGTTTTCCTCATTTTTCCACC
639 -ACACAT--TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCGCC
* * * * *
31607 ACAACATTCTTAAAATATATATAACTCATTGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
701 ACAACACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * * *
31672 GTTGTTTTTCCATTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATGAAATCAAAAAAAAGATTTTGATGATTG
766 ATCGTTTTTCC-TATTTTTTTCGAATTAATTTCTAAT-AAAAC-CAAAAAAGATTCTGATGATTG
** * *
31737 TAAAAGCAAATCCTTAAATTTAATGT-GCTTTATATTTGGGTAGATGG-ATATAGATATTTCAGT
828 TAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGC-TTATATTTGGTTATATGGAATATAGATATTTCAGT
* * * * * *
31800 GTGTCTTGGCGTGAAAAAT-AATGCAAAATTTAGACGAGGCCTC-TGAACACGTTTTAAGCCAAA
892 GTGTCTTGGCGTCAAAAATCAA-GCAAAACTGAGACGGGGCCTCGAGAACGCGTTTTAAGCCAAA
31863 AACTGTGATGGTTACTATATGATTTCGGCTAAAA
956 AACTGTGAT-G---C---ATGATTTCGGCTAAAA
** * *
31897 TTTTGC-AAAACTGA-CAAAAAAAAATTTCCCCAATTTTGT-GCCGA-AACACTCTTAAAAAATC
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTT-TCGCC-ACAACACTCTTAAAAAATA
* *
31958 TATAATTCAATGC-AAAAAGATTGAATGAATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTT
64 TATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAAGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTT
* *
32022 CTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAAAATGATTATGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCC
129 C-GAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * *
32087 AATGTGGCTTATATTTGGTTATATGGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGTGCCAAGAATCAAG
192 AATGTGGCTTATATTTGGTTATATAGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAG
* * * * *
32152 CAAAACTGAGTCGGGGTCCCAGAATGCGTTTTTAGCAAAAAAAATAGTGAT-ATAACATACACGA
257 CAAAACTGAGACGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGC--AAAAAACAGTGATGGT--TATACACGA
* * * *
32216 TTTGGGCTCAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCCTCATTTTTTCACCACAACACTC
318 TTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAACTGACCCG-AAAAATTTTCCT-AATTTTTCGCCACAACACTC
* *
32281 TTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTAAAAGGGCTTTTCACCCTTCTAATATCGTTTT
380 TTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATT-GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
* * *
32346 TCCATTTTTTTTTCGAATTAATTTCAAATAAAATCAAAATAAGATTTTGATGATTGTAAAAACAA
444 TCCA-TTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAA
* * * * *
32411 ATCATTCAATCCAATGTGCCTGACATTTGGTTATATGGATATATAGATTTTTCAGTGTGTCTT-G
508 ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGG
** * ** **
32475 CTGTTAAAAATCATGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAATTA-TGAT
572 C-GCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAATGCGTTTTAAG-CAAAAAACAGTGAT
* * * *
32539 GGTTGATACATGATTTCGGCTATAATTTTGC-AAAACTGACCCGAAAAAATTTT-CTACATTTTT
635 GGAT-ACACAT--TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAAAATTTTCCT-CATTTTT
* * *
32602 TTGCCACAACACTCTTAAAAAATATATAAATCAATGCAAAAAAAGATTAAATGG-CTTTTCACGC
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* * * *
32666 TTCAAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGAT
759 TTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAACCAAAA-AAGATTCTGAT
** * * * *
32731 GATTGTAATAA-CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCCGAGATTTGGGTATATGGATAAATAGATAA
823 GATTGTAA-AAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATAT
* ** * * * *
32795 TTCAGTGTGTCATGGTTTTAAAAATCATGCAAAACTGGGACGGGGCCTCG-GAACTCGTTTTAAG
886 TTCAGTGTGTCTTGGCGTCAAAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGAGAACGCGTTTTAAG
*
32859 CCAAAAACTGTGATGCATTATTTCGGCTAAAA
951 CCAAAAACTGTGATGCATGATTTCGGCTAAAA
* * * * *
32891 TTTTGC-AAAACTGACCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTTGTCACAAAACTCTT-AAAAATCTA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATA
* *
32954 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTACCTATTTTTTCG
66 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAAGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTC-
* * *
33019 GAATTAATTTTTAGTAAAATCGAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAA
130 GAATTAATTTCTAATAAAATC-AAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * *
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* * *
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259 AAACTGAGACGGGGTCCCGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGT-TATACACGA-TTTC
* ** * *
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322 GGCTAAAATTTTG-AAAAACTGAC-CCGAAAAATTTTCCTAATT-TTTCGCCACAACACTCTTAA
*
33279 AAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGTCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-T
384 AAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT
* * *
33343 ATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATTAAAACAAGATTCTGATAATTATAAAAACAAATCCT
449 -TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATTCTGATGATTGTAAAAACAAATCCT
* ** * * **
33408 TAAATCTAATGTAACTGAGATTTGGTTATATGGATATATAGATATTTCAGTGTGCCTTGGCGTTA
513 TAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCA
* * * * * * * *
33473 AAAAACATGCAAAACTGAGAC-GGGCCTCGAAAAGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTTATGCAT---
577 AAAATCAAGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGGAATGCGTTTTAAGCAAAAAACAGTGATGGATACA
* * *
33534 GA-TTTCGGCTAAAGTTTTGCAAAACCTGACCCGAAAAAAA--TTCCTCAATTTTTT-GCCACAA
642 CATTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAAAAAATTTTCCTC-ATTTTTTCGCCACAA
* * * * * *
33595 CACTCTTAAAAAATCTATAATTCAATGCAAAAAAAATTGAATGACTTTTCTCGCTTCTAATATTG
705 CACTCTTAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * * * * * * * *
33660 TTTTACCTATTTGTTCCAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAAATGATTCCGATGCTCGTAAAAG
770 TTTTTCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAA-CCAAAAAAGATTCTGATGATTGTAAAAG
* *
33725 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTAGATGG-ATATAGATATTTCAGTGTATCTT
834 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTATATTTGGTTATATGGAATATAGATATTTCAGTGTGTCTT
* ** * * ** * ***
33789 GCCACCAAAAATCAAGCAAAACTTAGCCGGAATCC-CG-GAATGCGTTTTCCGCAAAAAAAAAAA
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* *
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955 AAAC--TG-T-G---ATGCATGATTTCGGCTAAAA
* * * * * *
33887 TTTTGCACAAACTGACCCGATAAAAA-TTCTTCATTTTTTCGCCACAACACTATTAGAAAATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATATA
* * * * *
33951 TAACTCAATGCAAAAAAGATT-AAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATCGTTTT-TCTTTTTTTTC
66 TAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAA-GACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTC
* * * * * * *
34014 GAATTAATTTCAAATAAAATCAAAACAAGATTTTGATGATTGTAAAAACAAATCATTAAATACAA
130 GAATTAATTTCTAATAAAATCAAAA-ATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * ** * *
34079 TGTGCCTGACATTTGGTTATATGGATATATAGATTTTTCA--GTGTCTTGGCGTTAAAAATTATG
194 TGTGGCTTATATTTGGTTATAT--AGATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAG
* ** * * * * * *
34142 CAAAACTGAGACGAGG-CCTCGGAACACGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTGTTACATGTTT
257 CAAAACTGAGACGGGGTCC-CGGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTT-ATACACGATT
* *
34206 TCGGCTAAAATTTTGCAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCAAC-ATTTTTTCGCCACAACACTCTT
320 TCGGCTAAAATTTTGAAAAACTGACCCG-AAAAATTTTC--CTAATTTTTCGCCACAACACTCTT
* * * * *
34270 AAAAAATATATAAATCAATGCAAAAAAAGATTAAATGGCTTTTCACGCTTCTGATATCATTTTTC
382 AAAAAATATATAACTCAATGC-AAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
*
34335 C-TATTTTTTT-GAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAGGATTAC-GATGATTGTAAAAACAAA
446 CAT-TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAAGATT-CTGATGATTGTAAAAACAAA
* *
34397 TCCTTAAATTCAATGTGGCTGAAATTTGGTTATATGGATATATAGATATTT
509 TCCTTAAATCCAATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGA-ATATAGATATTT
34448 TAGTATATCT
Statistics
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AATTAATTTCTAATAAAATCAAAAATGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
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AAAATTTTGAAAAACTGACCCGAAAAATTTTCCTAATTTTTCGCCACAACACTCTTAAAAAATAT
ATAACTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTT
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ATGTGGCTGATATTTGGTTATATGGAATATAGATATTTCAGTGTGTCTTGGCGCCAAAAATCAAG
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CAAGCAAAACTGAGACGGGGCCTCGAGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGCATGATTTCG
GCTAAAA
Found at i:34714 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34690--34728 Score: 53
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*
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
15 20 0.95
16 1 0.05
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTAAAAAAATAA
Done.