genome.fa.s20860.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01020860.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20893, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  363252

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121--386	50	5.3	50	95	0	469	30	12	26	31	1.92
473--647	92	1.9	92	92	1	289	39	13	18	28	1.89
557--727	79	2.2	79	93	3	290	36	14	20	29	1.92
473--799	171	1.9	171	90	2	523	37	12	19	30	1.89
639--865	91	2.5	91	85	5	289	35	11	19	33	1.88
1267--1511	50	4.9	50	92	2	386	35	15	16	32	1.90
1267--1512	99	2.5	99	91	3	404	35	15	16	32	1.90
1878--1920	20	2.1	21	86	4	61	39	23	18	18	1.92
8589--8671	22	3.8	22	78	9	80	33	13	9	43	1.76
8597--8697	22	4.5	22	74	10	73	34	14	10	39	1.82
8596--8738	44	3.2	46	74	8	127	35	13	11	39	1.80
8596--8736	22	6.4	22	69	21	62	35	13	11	39	1.81
8779--8834	22	2.5	22	80	11	78	33	23	8	33	1.86
8798--8937	42	3.2	43	77	12	135	31	15	13	39	1.86
8843--8935	22	4.3	22	79	8	84	32	13	13	39	1.85
8862--8937	22	3.5	22	82	7	93	30	15	14	39	1.88
10348--10384	18	2.1	18	89	0	56	29	8	24	37	1.84
18453--18483	16	1.9	16	93	0	53	29	32	6	32	1.83
30763--30804	19	2.3	18	84	12	50	69	4	7	19	1.31
41418--41465	15	3.2	15	96	0	87	16	20	35	27	1.94
54821--55026	110	1.9	110	90	0	331	30	23	19	27	1.98
54989--55071	31	2.7	31	92	0	130	26	31	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56429--56467	1	39.0	1	100	0	78	0	0	0	100	0.00
64786--64829	21	2.1	21	95	0	79	29	18	40	11	1.85
85533--85736	54	3.8	53	80	5	223	37	18	19	25	1.93
85849--86211	54	6.7	54	74	10	269	33	19	20	25	1.97
85459--86079	309	2.0	309	93	0	1073	33	19	20	25	1.97
85846--86243	108	3.7	107	72	7	304	32	19	20	26	1.97
89695--89752	19	2.9	19	87	5	80	36	12	22	29	1.90
92596--92733	69	2.0	69	98	0	267	32	17	26	23	1.96
93389--93708	81	4.0	81	95	0	561	30	27	20	21	1.98
94932--94961	15	2.0	15	100	0	60	20	20	6	53	1.67
96387--96421	15	2.3	15	100	0	70	8	22	5	62	1.45
96618--96654	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
96818--96854	18	2.1	18	90	5	58	45	5	13	35	1.66
97001--97388	22	17.5	22	67	14	129	36	15	11	35	1.84
97001--97137	43	3.1	44	80	7	152	36	18	10	34	1.85
97001--97137	65	2.1	67	81	8	156	36	18	10	34	1.85
97114--97162	26	1.9	25	84	12	64	36	10	8	44	1.68
100177--100208	15	2.2	14	94	5	55	53	37	6	3	1.42
125085--125143	31	1.9	31	82	0	73	35	5	11	47	1.62
129042--129270	121	1.9	121	92	0	386	14	20	20	43	1.87
129385--129498	20	5.4	20	67	10	75	35	5	28	30	1.79
129333--129517	44	4.4	43	93	2	281	34	7	28	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129446--129517	24	3.2	24	65	15	71	36	8	25	30	1.85
129333--129517	85	2.2	83	91	6	293	34	7	28	29	1.85
129507--129532	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
129463--129571	56	2.0	54	87	7	157	36	6	25	31	1.81
129522--129613	42	2.2	42	86	0	121	35	6	26	31	1.82
129519--129615	22	4.6	22	73	7	85	37	6	26	29	1.81
129824--129879	26	2.2	26	87	6	78	33	23	17	25	1.96
130759--130982	32	7.4	31	82	8	189	43	15	14	26	1.85
130774--130881	27	3.9	27	83	2	99	44	16	12	25	1.84
130824--130982	32	5.1	32	88	5	191	43	12	15	28	1.83
134210--134343	67	2.0	67	98	0	259	41	7	32	18	1.78
135247--135297	17	3.1	16	86	8	66	35	21	21	21	1.96
136479--136675	96	2.1	96	90	0	304	34	15	8	42	1.77
138182--138305	63	2.0	63	88	7	189	44	16	11	28	1.82
169415--169529	48	2.4	48	83	0	140	30	22	20	26	1.98
174010--174129	36	3.5	35	88	6	174	25	9	19	46	1.79
176112--176144	17	1.9	17	88	11	50	48	0	9	42	1.35
176203--176304	51	2.0	51	94	0	177	25	16	28	29	1.97
180481--180571	35	2.6	35	94	1	157	46	15	10	27	1.79
194468--194870	204	2.0	202	92	0	671	27	17	18	37	1.93
208015--208059	21	2.2	20	84	11	56	60	13	11	15	1.60
221504--221539	17	2.1	17	100	0	72	22	11	27	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223549--223644	47	2.0	47	100	0	192	48	14	4	32	1.63
224918--224949	16	1.9	17	93	6	57	71	0	28	0	0.86
225757--225939	89	2.1	89	100	0	366	34	15	13	36	1.87
243554--247381	321	11.9	322	82	6	4173	34	17	14	32	1.91
243554--247381	646	5.9	642	82	6	4265	34	17	14	32	1.91
246533--248256	865	2.0	854	90	4	2685	34	17	15	32	1.92
247412--251967	324	14.1	324	83	4	5073	34	16	14	34	1.89
247412--251967	647	7.0	643	83	5	5000	34	16	14	34	1.89
251971--254285	25	85.2	25	85	10	2331	33	22	14	29	1.94
253101--253212	16	7.2	16	64	20	67	37	17	12	32	1.88
253565--253705	16	9.2	16	63	21	70	33	17	14	34	1.91
253941--254012	34	2.1	34	82	12	85	30	22	16	30	1.96
254129--254210	16	5.2	16	66	16	64	35	17	13	34	1.88
254258--254323	34	1.9	34	96	0	123	34	16	16	31	1.92
254329--254454	33	3.9	33	77	11	118	35	17	17	29	1.93
254947--254974	10	2.8	10	100	0	56	92	7	0	0	0.37
263449--268894	325	16.7	323	79	7	5283	35	16	14	33	1.89
269202--269238	15	2.4	16	82	13	51	54	0	0	45	1.00
269179--269378	99	2.0	99	100	0	400	50	3	6	40	1.42
269301--269337	15	2.4	16	82	13	51	54	0	0	45	1.00
269449--269506	28	2.1	28	83	6	73	63	5	5	25	1.36
269535--269561	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270263--270289	13	2.1	13	100	0	54	92	7	0	0	0.38
283288--283317	15	2.0	15	93	0	51	16	20	10	53	1.71
298479--298513	13	2.7	13	100	0	70	37	37	8	17	1.80
300122--300155	3	11.0	3	87	6	50	35	0	32	32	1.58
303006--303089	42	2.0	42	100	0	168	30	30	19	19	1.96
308384--308441	19	2.9	19	79	5	62	29	17	12	41	1.85
309340--309374	13	2.7	13	90	0	61	11	34	8	45	1.71
312060--312086	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
318684--318723	21	1.9	21	89	0	62	35	17	10	37	1.83
320368--320404	19	1.9	19	88	0	56	45	13	5	35	1.66
322613--322739	66	1.9	66	90	3	202	32	21	30	15	1.94
327736--327862	66	1.9	66	88	3	193	28	21	34	15	1.94
341777--341801	13	1.9	13	100	0	50	0	20	8	72	1.10
355968--356017	26	1.9	26	88	8	75	40	14	16	30	1.87
356602--359741	649	4.9	645	75	11	2524	37	15	14	31	1.88
356602--358811	983	2.2	974	81	7	2513	38	15	14	31	1.88
356602--359822	329	10.0	329	75	10	2534	37	15	14	31	1.88
358842--359823	330	3.0	326	82	4	1071	36	15	14	32	1.89
359823--361507	332	5.1	332	87	4	2397	35	18	14	31	1.91

Tables:   1

The End!