Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020875.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20908, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:631 original size:323 final size:323
Alignment explanation
Indices: 1--5045 Score: 6643
Period size: 323 Copynumber: 15.7 Consensus size: 323
* * *
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAAAAAGACT--GTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* * ** * * *
64 AATCTCCGCCACATTAAATTTAAGGATTCCTTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * * *
129 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGAAAAAATTATATTAGAAGTGTGAAAATCCCGTCAACCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* * *
194 TTGGTGTTGAATTATATATTTTTTC-GTAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTG-AGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
* * * ** **
258 TTAGTTTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTTGGGC
260 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
* ** * * *
322 CCCGGCTCAGTTGTGCATGATTTTACGCAGAAAGACCCCGTGAAATATCTATATTGGTCTGACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* * * *
387 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCAATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * *
452 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGTAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* *
517 TTGGCGTTGAAGTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT
* * * * *
582 CAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTATTAACCATCCCGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGAGC
261 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
* * * * * *
645 CCCAGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAGTCCTTGAAATATCAATATTCGTCGAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* *
710 AATCTCATCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTCTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* ** *
775 TAGAAATT-CTTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATTTCCTGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* * * *
839 TTGGCGTTGAAATATTTATTTTTCCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTT-TCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
* **
904 TCAGTTTTTAGCCGGAAATCGTGTACGT---TATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTC-G
260 TCAGTTTTTAGCC-GAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-CGG
965 GC
322 GC
* * * *
967 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACAGAAAGACCCCGGGAAATATCTATATTTGTCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* *
1032 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
*
1097 TAGAAATTCATTCGGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
131 TAGAAATTGATTCGG-AAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
* * * * *
1162 TTTGGCGTTAAATTATAT-TTTGTTTTTGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGATAAAACTTTTTGG
195 TTTGGCGTTGAATTATATATTT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
* * *
1226 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGGGTTCCCGAGC
259 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
* ** * *
1291 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTAACAGAAAGAGTTCCGTGAAATATCTATATTCGTCGAACC
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA-CTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACC
1356 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
65 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
* * *
1421 TTAGAAATTCATTCGGAAAAAAATTGGGAAAATGATATAAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
130 TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
* *
1486 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTGTGTATTGTGGCAAAAAATTGTA-AACAAACTTTTCG
195 TTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG-AGAAAAAACTTTTCG
* *
1550 GGTCAGTTTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCA-CTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGG
258 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGG
1614 GC
322 GC
*
1616 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACT--GTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* * *
1679 AATCTCCGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTGC-ATTTTAA
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGA-TTTAA
** * *
1743 TTAGAAAAGGATTC-GAGAAAAAATTGGTAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAACCT
130 TTAGAAATTGATTCGGA-AAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCT
* * * * *
1807 TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATCTATTCAG
194 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
* * * ** *
1872 GTCCGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAACGTCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGC
259 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
* * *
1937 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACCCCGTGGAATATCTATATTCGTCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* *
2002 AATCTCAGCCACCTTAACTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCTATCTGAATTTTCTT-CGATTTAA
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-ATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
* * *
2066 TTAGAAATTGATTCGG-GAAAAATTCGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
130 TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
* * * *
2130 TTTGGCGTTGAATTATTTATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACATTTCAGG
195 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
*** *
2195 TCAGTTTTTAGCCGGAAATCGTGTACTAACCATCATAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGC
260 TCAGTTTTTAGCC-GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
* * *
2260 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACCCCGGGAAATATCTATATTTGTCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* **
2325 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGTATTTGTTTTTACGAAAATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * * *
2390 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATTATATTAGAAGAGTGAAATTGCCGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* * *
2455 TTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTCCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATT-AGAAAAAACTCTTCGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
* * * * * *
2519 GTCCGTTTTTAGCCGAAAACGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCCTTCCCGAGC
259 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
* * * * * * *
2584 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTCGACAGAAAGAGTCCGTGAAATATCCATATTCATCGAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
*
2649 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * * *
2714 TAGAAATTCATTTGGAAAAAAATTGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* * *
2779 TTGGCATTGAATTATATATTTTTTCCTGAGTATTTTGGC-AAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
* * * * *
2843 TCCGTTTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTGGATAAAAACACGTTCCCGAGGC
260 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCG-GGC
** * * * *
2908 CCCGGCTCAACTTTGGAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCGTCAAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
** * ** *
2973 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGAAATTGA
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCG--ATTTA
* *
3038 ATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAATCCCATCAATCT
129 ATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCT
* *
3103 TTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTA-AAAAATCTTTTCG
194 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG-AGAAAAAACTTTTCG
* *
3167 GGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCA-CTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCC
258 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATC-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCC
3231 GGGC
320 GGGC
* * * *
3235 CCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCAAAAAGACTCTGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* ** * * *
3300 AATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTCCTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* *
3365 TAGAAATTGATTCCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTT
131 TAGAAATTGATT-CGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
* **
3430 TTTGACGTTGAATTATATAATTTTTT-TGAGTATTGTGGCACGAAATTGAGAAAAAAACTTTTCG
195 TTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTCG
* *
3494 TGTCAG----T--------T--T-T--T-A--A--ACGG-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGT
258 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGG
3536 C
323 C
* * * * * * * *
3537 CCCGGGTCTA-CTTTGAATGATTTTTGCCATAAAGAGTCCGTGAAATATCTATCTTCGTCTAAGC
1 CCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACC
* *
3601 AAATATCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTCTTCCGATTTAA
65 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
* * * * *
3666 TTTA-AAATTCATTTGGAAAAAAAATGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCT
130 -TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCT
* **
3730 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCTGAGTATTATGGCACGAAATTGAGAAAAAACTTTTCG
194 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCG
* * *
3795 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACGGTTATTGACTAAAAACGTGTTCCCG
258 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCG
*
3860 AGC
321 GGC
* * * * ** * *
3863 CCCGACACAGCTTTGCATGATTTTTGACAGAAAGACTTAGTGAAATATTTATTTTCGTCTAACCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* *
3928 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTAGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
*
3993 TAGAAATTGATTC-----------GGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAATCCCGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
*
4047 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCGGA-TCATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT-ATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
* * * *
4111 TCCGTTTTTAGCCTAAATCCTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCAAGGC
260 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCC-GGGC
* * *
4176 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAATGACTCCGTGAAATATCGATATTCGTC-AATCC
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAA-CC
** ** * ** *
4240 AAATCTTTGCCACCTTAAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGAAATTG
65 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCG--ATTT
*
4305 AATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATA
128 AATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATC
* *
4370 TTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAATTGTA-AAAAAACTTTT
193 TTTTTGGCGTTGAATTATA-TATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG-AGAAAAAACTTTT
*
4434 CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCA-CTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCC
256 CGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATC-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
*
4498 CAGGC
319 CGGGC
* * * * *
4503 CCCGGTTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCTA-AACGACTCTGTGAAATATCTATATTCATCTAACC
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-AGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACC
* ** * *
4567 AAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTCCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTACGATTTAA
65 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
* *
4632 TTAGAAATTGATTCAGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCT
130 TTAGAAATTGATTC-GGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCT
* * * **
4697 TTTTGACGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGTGTTGTGGCACGAAATTGAGAAAAAAACTTTTCG
194 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTCG
* * *
4762 TGTCAGTTTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGT
258 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGG
4827 C
323 C
* * * * * * * * *
4828 CCCGGGTCAGCTTTGAATCATTTTTGCCATAAAGAGTCCGTGAAATATCTATCTTCGTCTAAGCA
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
*
4893 AATATCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * * * * *
4958 TTGAAATTCATTTGGAAAAAAAATGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
5023 TTGGCGTTGAATTATATATTTTT
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTT
5046 CGGGTCCGTT
Statistics
Matches: 4163, Mismatches: 456, Indels: 207
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
300 7 0.00
301 81 0.02
302 163 0.04
303 8 0.00
305 2 0.00
307 1 0.00
310 1 0.00
312 33 0.01
313 110 0.03
314 57 0.01
315 83 0.02
316 1 0.00
318 1 0.00
320 1 0.00
321 166 0.04
322 526 0.13
323 799 0.19
324 720 0.17
325 516 0.12
326 517 0.12
327 295 0.07
328 75 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (323 bp):
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT
CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGC
Found at i:1269 original size:646 final size:642
Alignment explanation
Indices: 1--5696 Score: 7021
Period size: 646 Copynumber: 8.9 Consensus size: 642
* * *
1 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAAAAAGACT--GTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
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* * ** * * *
64 AATCTCCGCCACATTAAATTTAAGGATTCCTTTTTACGAGCATCTGAATCCTGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * * * *
129 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGAAAAAATTATATTAGAAGTGTGAAAATCCCGTCAACCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
* *
194 TTGGTGTTGAATTATATATTTTT-TCGTAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTCT-G-AGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
* * * * **
258 TTAGTTTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTTGGGCC
259 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC-CCGGCC
** * * *
323 CCGGCTCAG-TTGTGCATGATTTTACGCAGAAAGACCCCGTGAAATATCTATATTGGTCTGACCA
321 CCGGCTCAGCTT-TGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* * * *
387 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCAATTTAAT
385 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * *
452 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGTAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTGTCAATCTTT
450 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* *
517 TTGGCGTTGAAGTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT
515 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT
* * *
582 CAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTATTAACCATCCCGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGAGC
580 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGAGC
* * * * * *
645 CCCAGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAGTCCTTGAAATATCAATATTCGTCGAACCA
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* *
710 AATCTCATCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTCTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * *
775 TAGAAATT-CTTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATTTCCTGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
* *
839 TTGGCGTTGAAATATTTATTTTTCCCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
196 TTGGCGTTGAATTATATATTTTT--CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
* *
904 TCAGTTTTTAGCCGGAAATCGTGTACGT-TATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTCGGCC
259 TCAGTTTTTAGCC-GAAATCGTGTAC-TACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-CGGCC
* * * * *
968 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACAGAAAGACCCCGGGAAATATCTATATTTGTCTAACCAA
321 CCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCAA
* *
1033 ATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTCCGATTTAATT
386 ATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAATT
*
1098 AGAAATTCATTCGGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
451 AGAAATTGATTCGG-AAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* * * * *
1163 TTGGCGTTAAATTATAT-TTTGTTTTTGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGATAAAACTTTTTGGG
515 TTGGCGTTGAATTATATATTT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
*
1227 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGGGTTCCCGAGC
579 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGAGC
** * * *
1291 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTAACAGAAAGAGTTCCGTGAAATATCTATATTCGTCGAACC
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65 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
* * * *
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130 TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
* * *
1486 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTGTGTATTGTGGCAAAAAATTGTA-AACAAACTTTTCG
195 TTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG-AGAAAAAACTTTTCA
* * *
1550 GGTCAGTTTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCA-CTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGG
257 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-CATC-ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-CG
* *
1614 GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACT--GTGAAATATCTATATTCATCTAAC
318 GCCCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAAC
* * *
1677 CAAATCTCCGCCACATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTGC-ATTTT
383 CAAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGA-TTT
** * *
1741 AATTAGAAAAGGATTC-GAGAAAAAATTGGTAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAAC
447 AATTAGAAATTGATTCGGA-AAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAAT
* * * *
1805 CTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATCTATTC
511 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTC
* * * * ** * * *
1870 AGGTCCGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAACGTCACAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGG
576 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGA
1935 GC
641 GC
* * * * *
1937 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACCCCGTGGAATATCTATATTCGTCTAACCA
1 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* *
2002 AATCTCAGCCACCTTAACTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCTATCTGAATTTTCTT-CGATTTAA
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-ATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA
* *
2066 TTAGAAATTGATTCGG-GAAAAATTCGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
130 TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
* *
2130 TTTGGCGTTGAATTATTTATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACATTTCAGG
195 TTTGGCGTTGAATTATATATTT-TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
* * *
2195 TCAGTTTTTAGCCGGAAATCGTGTACTAACCATCATAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGC
259 TCAGTTTTTAGCC-GAAATCGTGTACT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-CGGC
* * * *
2260 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACCCCGGGAAATATCTATATTTGTCTAACCA
320 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* **
2325 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGTATTTGTTTTTACGAAAATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
385 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * * *
2390 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATTATATTAGAAGAGTGAAATTGCCGTCAATCTTT
450 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTT
* * *
2455 TTGGCGTTGAATTATAGATTTTTTCCTGAGTATTTTGGCAAAAAAATT-AGAAAAAACTCTTCGG
515 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
* * * * * *
2519 GTCCGTTTTTAGCCGAAAACGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCCTTCCCGAGC
578 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGAGC
* * * * *
2584 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTCGACAGAAAGAGTCCGTGAAATATCCATATTCATCGAACCA
1 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
*
2649 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * *
2714 TAGAAATTCATTTGGAAAAAAATTGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
* * * *
2779 TTGGCATTGAATTATATATTTTTTCCTGAGTATTTTGGC-AAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG
196 TTGGCGTTGAATTATATA-TTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
* * * * *
2843 TCCGTTTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTGGATAAAAACACGTTCCCGAGGC
259 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-AC-ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCC--GGC
* * * * *
2908 CCCGGCTCAACTTTGGAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCGTCAAACCA
320 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
** * ** *
2973 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGAAATTGA
385 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCG--ATTTA
* *
3038 ATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAATCCCATCAATCT
448 ATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCT
* *
3103 TTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTA-AAAAATCTTTTCG
513 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG-AGAAAAAACTTTTCG
*
3167 GGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCA-CTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCC
577 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATC-ACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCC
*
3231 GGGC
639 GAGC
* * * *
3235 CCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCAAAAAGACTCTGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* ** * * *
3300 AATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTCCTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* * *
3365 TAGAAATTGATTCCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTT
131 TAGAAATTGATT-CGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
* * **
3430 TTTGACGTTGAATTATATAATTTTTTTGAGTATTGTGGCACGAAATTGAGAAAAAAACTTTTC-G
195 TTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTCAG
3494 TGTCAGTTTTT-----AAA-C--G------------G-TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGTCC
258 -GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGG-CC
* * * * * * *
3538 CCGGGTCTA-CTTTGAATGATTTTTGCCATAAAGAGTCCGTGAAATATCTATCTTCGTCTAAGCA
321 CCGGCTC-AGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
* *
3602 AATATCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTCTTCCGATTTAAT
385 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAA-
* * * * *
3667 TTA-AAATTCATTTGGAAAAAAAATGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
449 TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
* **
3731 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCTGAGTATTATGGCACGAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
514 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGG
* *
3796 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACGGTTATTGACTAAAAACGTGTTCCCGA
578 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGA
3861 GC
641 GC
* * * ** * * *
3863 CCCGACACAGCTTTGCATGATTTTTGACAGAAAGACTTAGTGAAATATTTATTTTCGTCTAACCA
1 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* *
3928 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTAGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTCCGATTTAAT
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
* *
3993 TAGAAATTGATTC-----------GGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAATCCCGTCAATCTTT
131 TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
* *
4047 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCGGA-TCATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGG
196 TTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGT-ATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
* * * *
4111 TCCGTTTTTAGCCTAAATCCTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCAAGGC
259 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCC--GGC
* *
4176 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAATGACTCCGTGAAATATCGATATTCGTC-AATCC
320 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAA-CC
** ** * ** *
4240 AAATCTTTGCCACCTTAAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGAAATTG
384 AAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCG--ATTT
*
4305 AATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATA
447 AATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATC
* *
4370 TTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTTTCTGAGTATTGTGACAAAAAATTGTA-AAAAAACTTTT
512 TTTTTGGCGTTGAATTATA-TATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTG-AGAAAAAACTTTT
4434 CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCA-CTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCC
575 CGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATC-ACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCC
4498 C-AGGC
638 CGA-GC
* * *
4503 CCCGGTTCAG-TTTGGCATGATTTTTGGCTA-AACGACTCTGTGAAATATCTATATTCATCTAAC
1 CCCGGCTCAGCTTT-GCATGATTTTTGGC-AGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* ** * *
4566 CAAATCTCAGCCACATTAAATTTAAGGATTCCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTACGATTTA
64 CAAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTA
*
4631 ATTAGAAATTGATTCAGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATC
129 ATTAGAAATTGATTC-GGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATC
* * **
4696 TTTTTGACGTTGAATTATATAATTTTTCTGAGTGTTGTGGCACGAAATTGAGAAAAAAACTTTTC
193 TTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTC
* *
4761 -GTGTCAGTTTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCG
256 AG-GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCG
* * * * * * *
4825 GTCCCCGGGTCAGCTTTGAATCATTTTTGCCATAAAGAGTCCGTGAAATATCTATCTTCGTCTAA
318 G-CCCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAA
* *
4890 GCAAATATCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTT
382 CCAAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTT
* * * * * *
4955 AATTTGAAATTCATTTGGAAAAAAAATGGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATC
447 AATTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATC
* * * * ** * * ** * *
5020 TTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTC-GGGTCCGTTTTTCGC-CGAAATCGTGTACTAACCAT
512 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT---ATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTT
*
5082 TAC--G---GTTTTT-G--G----C---TA--AA--A--ACGCG---TT--C------C-CG---
573 TTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGACTAAAAACGCGTTC
*
5111 -AG-GC
637 CCGAGC
* *
5115 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCAAACCA
1 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
** * ** *
5180 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAGAATTGAA
66 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCG-ATTTAA
* * *
5245 TTAGATATTGATTAGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTT
130 TTAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTT
* *
5310 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-CAAAACTTTTCGGG
195 TTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGG
* *
5374 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA-CTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGGGC
259 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-CATC-ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCC-GGC
* * ** *
5438 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACAGAAAGACTATGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
320 CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCA
*
5503 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTCCGATTTAAT
385 AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
*
5568 TAGAAATTGATTCCGAAAAAAAAATTGGAAAAATAGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATC
450 TAGAAATTGATT-CG-GAAAAAAATTGGAAAAAT-GATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATC
* * * **
5633 ATTTTGACTTTGAATTATATATTTTTTCTTGAGTATTGTGGCATGAAATTGAGAAAAAACTTTT
512 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTT
5697 A
Statistics
Matches: 4422, Mismatches: 492, Indels: 307
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
609 1 0.00
610 194 0.04
611 6 0.00
612 216 0.05
613 77 0.02
614 13 0.00
615 23 0.01
616 83 0.02
617 2 0.00
618 1 0.00
620 3 0.00
621 1 0.00
623 1 0.00
624 1 0.00
626 2 0.00
627 85 0.02
628 228 0.05
629 107 0.02
630 22 0.00
631 1 0.00
632 2 0.00
634 2 0.00
637 2 0.00
638 25 0.01
639 106 0.02
640 159 0.04
641 127 0.03
642 25 0.01
643 49 0.01
644 175 0.04
645 331 0.07
646 699 0.16
647 455 0.10
648 351 0.08
649 135 0.03
650 186 0.04
651 170 0.04
652 260 0.06
653 96 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (642 bp):
CCCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
AATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAAT
TAGAAATTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAATTCCCGTCAATCTTT
TTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTC
AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGGCCCCGGC
TCAGCTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCGTCTAACCAAATCTC
AGCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTCTTCCGATTTAATTAGAAA
TTGATTCGGAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTTTTGGCG
TTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTT
TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCCGAGC
Done.