Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020892.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20925, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8072
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Found at i:561 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 504--566 Score: 63
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
494 AGTTTGGTGT
** * * *
504 AGTTTGGTGTTGTTAAGGAATATGAAC
1 AGTTTGGTAATGTAAAGGAATAGGAAA
*
531 AGTTTGGTAATGTAAAGGAGTAGGAAA
1 AGTTTGGTAATGTAAAGGAATAGGAAA
*
558 AGTTGGGTA
1 AGTTTGGTA
567 GCAAATTTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 7, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 29 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.33, T:0.32
Consensus pattern (27 bp):
AGTTTGGTAATGTAAAGGAATAGGAAA
Found at i:6776 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6755--6785 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
6745 TCAAGTTGTA
*
6755 TAGTAATCTTATTAAT
1 TAGTAACCTTATTAAT
6771 TAGTAACCTTATTAA
1 TAGTAACCTTATTAA
6786 CTGAGCTTTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TAGTAACCTTATTAAT
Found at i:7277 original size:202 final size:200
Alignment explanation
Indices: 6794--8072 Score: 1794
Period size: 202 Copynumber: 6.4 Consensus size: 200
6784 AACTGAGCTT
* * *
6794 TTTCATAATTAATTAAATATTAAATATTAACACATATTCCCTAAGGCGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* ** * * * * *
6859 CACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAAATTTTTCTTATA-TGA
66 AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTAT-AATTTTTCTTATAGGGA
* * * *
6923 TTATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTT-A-AAGTTGACGCAT
130 TTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
6986 A-CCCA
195 ACCCCA
* * *
6991 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* *
7056 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
66 AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * * *
7121 TATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTT-AGAAAGTCGCCACAT
131 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAG-AAGTTGACACAT
7185 ACCCCA
195 ACCCCA
* *
7191 TTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTTAACCCT
1 TTTCATAATTAATT-AA-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
* * * *
7256 TAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA-GT
64 TAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
* * * *
7320 AATATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGGGTTAAGAGGTTGACACA
129 ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
7385 TA-CCCA
194 TACCCCA
* * *
7391 TTTCATAATCAATTCAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* * *
7456 AACCCCACACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
66 AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* ** *
7521 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAATTGACACATA
131 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
7586 CCCCA
196 CCCCA
* * * *
7591 TTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGGGACAAATGTCAACCCT
1 TTTCATAATTAATTA-A-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
* * * * *
7656 TAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTGTAATTTTACTTTATAAG
64 TAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTC-TTATAGG
*
7721 GATTATTATTACAATACACTGTCACTGTAAATTTTAGGTACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
128 GATTATTA-TACAATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GG-ACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
7786 CACATACCCCA
190 CACATACCCCA
*
7797 TTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATTAATA-AGTATTCCCTAAGGGAACACATGTCAACCC
1 TTTCATAATTAATTAAAT--ATTTAATATTAATACA-TATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCC
7861 TTAAA-CCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACT----GTGTATTGTATAATTTTTC-TATAGG
63 TTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGG
* * *
7920 GATTATTATGCAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACAC
128 GATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACAC
7985 ATACCCCA
193 ATACCCCA
* *
7993 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTTAGGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
*
8058 AACCTCGCACGTGCA
66 AACCCCGCACGTGCA
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 94, Indels: 42
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
194 45 0.05
195 12 0.01
196 66 0.07
197 148 0.15
198 123 0.13
199 86 0.09
200 52 0.05
201 77 0.08
202 196 0.20
203 14 0.01
204 26 0.03
205 32 0.03
206 91 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (200 bp):
TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
CCCCA
Found at i:7457 original size:400 final size:395
Alignment explanation
Indices: 6794--8072 Score: 1849
Period size: 400 Copynumber: 3.2 Consensus size: 395
6784 AACTGAGCTT
* * * *
6794 TTTCATAATTAATTAAATATTAAATATTAACACATATTCCCTAAGGCGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* * * * * *
6859 CACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAAATTTTTCTTATA-TGA
66 AACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTAT-AATTTTTCTTATAGT-A
* * * *
6923 TTATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAA-AGTTGACGCATA
129 TTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAGTTGACACATA
* *
6987 CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCCAACC
194 CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG-GACACATGTCAACC
*
7052 CTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAG
258 CTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAA-GGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAG
* * * *
7117 GGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTTAGAAAGTCGCCA
322 GGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAGAAAGTTGACA
7182 CATACCCCA
387 CATACCCCA
* * *
7191 TTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTTAACCCT
1 TTTCATAATAAATT-AA-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
* *
7256 TAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGTA
64 TAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGTA
* * *
7321 ATATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGGGTTAAGAGGTTGACACAT
129 TTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGA-GTTGACACAT
* *
7386 ACCCATTTCATAATCAATTCAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAAC
193 ACCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAAC
*
7451 CCTTAAACCCCACACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
257 CCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAA-GGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
* * **
7516 GGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAA-TTGA
321 GGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTT-AGAAAGTTGA
7580 CACATACCCCA
385 CACATACCCCA
* * *
7591 TTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGGGACAAATGTCAACCCT
1 TTTCATAATAAATTA-A-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
* * *
7656 TAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTGTAATTTTACTTTATAAG
64 TAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTC-TTAT-AG
* *
7721 GATTATTATTACAATACACTGTCACTGTAAATTTTAGGTACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
127 TATTATTA-TACAATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GG-ACTCCATAAGCGGGTTAAG-AGTTGA
7786 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATTAATA-AGTATTCCCTAAGGGAACA
188 CACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAAT--ATTTAATATTAATACA-TATTCCCTAAGGG-ACA
*
7850 CATGTCAACCCTTAAA-CCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACT---GTGTATTGTATAATTT
248 CATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAAGGTGTATTGTATAATTT
*
7911 TTC-TATAGGGATTATTATGCAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTA-A
313 TTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAGA
7974 GAAGTTGACACATACCCCA
378 -AAGTTGACACATACCCCA
*
7993 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTTAGGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
8058 AACCTCGCACGTGCA
66 AACCTCGCACGTGCA
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 63, Indels: 39
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
397 14 0.02
398 62 0.08
399 86 0.11
400 361 0.45
401 15 0.02
402 91 0.11
403 43 0.05
404 2 0.00
405 29 0.04
406 21 0.03
407 31 0.04
408 43 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (395 bp):
TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
AACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGTATT
ATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAGTTGACACATACC
CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATGTCAACCCTT
AAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAAGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
TATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAGAAAGTTGACACATA
CCCCA
Found at i:7999 original size:602 final size:595
Alignment explanation
Indices: 6794--8061 Score: 1816
Period size: 602 Copynumber: 2.1 Consensus size: 595
6784 AACTGAGCTT
* * *
6794 TTTCATAATTAATTAAATATTAAATATTAACACATATTCCCTAAGGCGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG-GACACATGTCAACCCTTA
* ** * * * * * *
6859 CACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAAATTTTTCTTATATGAT
65 AACCCCACACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAAATTTTTCTTATAGGAT
* * * *
6924 TATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAGTTGACGCATACC
130 TATTATACAATACACTGTAAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAATTGACACATACC
* *
6989 CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCCAACCCT
195 CATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACAAATGCCAACCCT
* *
7054 TAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
260 TAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTACTTATAAGG
** * *
7119 ATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTTAGAAAGTCGCCACA
325 ATTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGAAAGTCGACACA
* *
7184 TACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
390 TACCCCATTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGAACACATGT
*
7249 TAACCCTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCT
455 CAACCCTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCAC-GACTGTGTATTGTATAATTTTTCT
* ** *
7314 TATAGTAATATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGGGTTAAGAGGTT
519 TATAGGAATATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTT
7379 GACACATACCCA
584 GACACATACCCA
* *
7391 TTTCATAATCAATTCAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACCCTTA
* *
7456 AACCCCACACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTAT-AATTTTTCTTATAGGGA
65 AACCCCACACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAAATTTTTCTTATA-GGA
* ***
7520 TTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAATTGACACAT
129 TTATTATACAATACACTGTAAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAACGGGTT-A-AAATTGACACAT
* *
7585 ACCCCATTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGG-GACAAATGT
192 A-CCCATTTCATAATAAATTA-A-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGAGACAAATGC
* * * * *
7649 CAACCCTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTGTAATTTTACT
253 CAACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTAC-
7714 TTATAAGGATTATTATTACAATACACTGTCACTGTAAATTTTAGGTACTCCATAAGCGGGTTA-A
317 TTATAAGGATTATTA-TACAATACACTGTCACTGTAAATTTT-GG-ACTCCATAAGCGGGTTAGA
* *
7778 GAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATTAATA-AGTATTCCCTA
379 -AAGTCGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATCAATACA-TATTCCCTA
*
7842 AGGGAACACATGTCAACCCTTAAA-CCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACT-C-C-ACTGTGTATTG
442 AGGGAACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACGACTGTGTATTG
* * * *
7903 TATAATTTTTC-TATAGGGATTATTATGCAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGC
507 TATAATTTTTCTTATA-GGAATATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGC
7967 AGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCA
571 AGGTTAAGAAGTTGACACATA-CCCA
*
7993 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTTAGGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCC-TAAGGGACACATGTCAACCCTTA
8058 AACC
65 AACC
8062 TCGCACGTGC
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 55, Indels: 29
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
596 13 0.02
597 141 0.24
598 3 0.01
599 11 0.02
600 22 0.04
601 84 0.14
602 159 0.27
603 19 0.03
604 25 0.04
605 27 0.05
606 95 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (595 bp):
TTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATGTCAACCCTTAA
ACCCCACACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAAATTTTTCTTATAGGATT
ATTATACAATACACTGTAAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAATTGACACATACCC
ATTTCATAATAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACAAATGCCAACCCTT
AAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTACTTATAAGGA
TTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGAAAGTCGACACAT
ACCCCATTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGAACACATGTC
AACCCTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTA
TAGGAATATTATACAATACACTATCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTTGA
CACATACCCA
Done.