Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01002094.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig02094, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 878
Length: 1464
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Found at i:938 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 31--1375 Score: 1440
Period size: 331 Copynumber: 4.0 Consensus size: 330
21 GCTGATGCAT
* * * ** * * *
31 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTTTCGGTGCCAAAAATAATGCAAAACTGA-ACT
1 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* *
95 GGTCATCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
66 GGCCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* * * * * * *
160 GCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTAAATTTTTAGCCACAACACTCATAGAGAAATATATAA
131 GCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATA-AAAAATATATAA
** * *
225 TTTAATTCCAAAAATATTGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATAT-GTTTTTCATATGTTTTCTGAA
195 TTTAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAT-TTTTCTAAA
* * * * * * *
289 TTAATTTCTAATAAAATCGAAACACGATTCAGATGCTCATAAATCAAATCCTTTAATGCAATGTG
259 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTG
*
354 GCTAAGA
324 GCTGAGA
* * * * * **
361 TTTTATAAGATGAATATAGAGATTTCAAGGAGTCTCGGCGCAAAAAATCATTTAAAACTGAGCCG
1 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-
* ** * * *
426 GGGCCC-CGAAACGCGTTTTTAGTTTTAAAAAAAAAACCGTGATAATTAGTACACGATTTTGGCT
65 GGGCCCTCGGAACGCGTTTTTAG-------CCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCT
* * * * *
490 ACAATTTTGCAAATAA-TGACCCAAAA-ATTTTTTCCTCAATCTTTCGATAAAATACTCATAAAA
123 AAAATTTTGCAAA-AATTGACCCAAAAGA-TATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAA
* * * * *
553 TATATATAATTTAACGCCTAAAATATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATT
186 AATATATAATTTAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATT
*
618 TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAA
251 TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATTCTTAAA
*
683 TCCAATATGGCTGAGA
315 TCCAATGTGGCTGAGA
* * *
699 TTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
1 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-
* ** *
764 GGGCCCT-GGAACGCCTTTTTA-CCAAAAAACTATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
65 GGGCCCTCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * *
827 TTGTAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATAGA
129 TTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATA
* ** * * * * **
892 ATTCAACGCCATTAAGATTGAAGGGCTTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCG
194 ATTTAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTA
* * *
956 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATAAA-TCATTAAATCCAAC
257 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATTC-TTAAATCCAAT
1020 GTGGCTGAGA
321 GTGGCTGAGA
* * * * * *
1030 TTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAATCTCCG-AGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC
1 TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCA-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* ** * * * * *
1094 CGATCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAA
65 GGGCCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G--A-TTATTACACGATTTCGGCTAAA
* *
1159 ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAT-TTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAATCAT-AAAAATA
126 ATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATT-TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATA
* * * * *
1222 TATAATTAAACGCCAACAATATTTG-AGGGCTTTTCACGCTTTTAATTTCGTGTTTCTTA-TTTT
190 TATAATTTAACGCCAAAAATA-TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTT
* * *
1285 CTAAATTAATTTCTAATTAAACCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATTTTTAAATCC
254 CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA-CAAATTCTTAAATCC
*
1350 AATGTTGCTGAGA
318 AATGTGGCTGAGA
*
1363 TTTGGTTAGATGA
1 TTTGATTAGATGA
1376 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 142, Indels: 61
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 61 0.07
331 242 0.29
332 101 0.12
333 33 0.04
334 51 0.06
335 75 0.09
337 91 0.11
338 185 0.22
339 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
GGCCCTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
GCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAAT
TTAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATT
AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGC
TGAGA
Done.