Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020961.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig20994, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8543
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.17, T:0.34
Found at i:675 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 254--863 Score: 1058
Period size: 156 Copynumber: 3.9 Consensus size: 156
244 GGAACGGAAC
* *
254 ATGGAAAGAAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTTTTAAAACCGAAATAATGGGCCC
1 ATGGAAAGAAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTAAAACCGAACTAATGGGCCC
*
319 CGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGTACTAGTCTTACCA
66 CGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGGACTAGTCTTACCA
*
384 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAATA
131 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
* *
410 ATGGAAAGAAAAAGCATTGTGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTCAAACCGAACTAATGGGCC
1 ATGGAAAG-AAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTAAAACCGAACTAATGGGCC
* ** *
475 CCGAATGGCCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAGGAACTTCACAATGGACTAATCTTACC
65 CCGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGGACTAGTCTTACC
540 AAAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
130 AAAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
* *
567 ATGGAAAGAAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTTCTAAAACCGAACTAATGGGCCC
1 ATGGAAAGAAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTAAAACCGAACTAATGGGCCC
* *
632 CGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGTACTAGTCTAACCA
66 CGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGGACTAGTCTTACCA
697 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
131 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
*
723 ATGGAAAGAAAAGCATTGTGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTAAAACCGAACTAATGGGCCC
1 ATGGAAAGAAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTAAAACCGAACTAATGGGCCC
* *
788 CGAATGGTCCAAAGTAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGGACTAGTCTGACCA
66 CGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGGACTAGTCTTACCA
853 AAATGATTATA
131 AAATGATTATA
864 CAAGTTTTCA
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 26, Indels: 2
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
156 281 0.66
157 146 0.34
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (156 bp):
ATGGAAAGAAAAGCATTATGGTTTGCCAAATCGAAGACAATTTTTAAAACCGAACTAATGGGCCC
CGAATGGTCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAATGGACTAGTCTTACCA
AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
Found at i:2086 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1517--2102 Score: 951
Period size: 152 Copynumber: 3.8 Consensus size: 154
1507 GATAAAGCAT
* * * *
1517 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGCAAGACTAGTCCATTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
* *
1582 AGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAA
66 AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--
*
1647 AAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAT
129 AAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
* *
1673 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
* * * * *
1738 AGTTCTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGTTCCATTAGTTCGGTTTTGA
66 AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAA
1803 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
*
1827 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCT-AC-CTAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
1890 AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAA
66 AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAA
*
1955 ATAGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
131 ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
* *
1979 AATGCTTTTCTTTCTATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
1 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
* * *
2044 AATTTTTAGTTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGG
66 AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGG
2103 AGGCAAGGAT
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 23, Indels: 6
0.93 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
152 140 0.35
153 3 0.01
154 140 0.35
156 122 0.30
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGA
AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAA
ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
Found at i:6662 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 6352--8463 Score: 3142
Period size: 154 Copynumber: 13.6 Consensus size: 154
6342 TGGCGCATCA
* *
6352 CATTAGTTCGGTTTTAAAAATAC-TCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 CATTAGTTCGGTTTT--GAAT-CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * * * **
6416 TATGGCATAACTATAATCATATTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTAGCAAATTTTGAAC
63 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAAC
*
6481 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGTGGTC
128 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* *
6508 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTATTCTTTCCATTATTTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * *
6573 TGCCTACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACT
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
* *
6638 TTTTATTTTGGGCCACTCGGGGTC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* * *
6662 CATTAGTTCGGTTTTTAATCGTCTTCGATCTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGATTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * * * * * * *
6727 GGCTTAACTATAATTATTTTGGTAAGATTAGTCCACTATGACGTTTTTAGCTCGTTTTGAACGCG
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
*
6792 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* * *
6816 CATTAGTTCGG-TTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTT
1 CATTAGTTCGGTTTTG---AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
6880 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAAC
63 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAAC
*
6945 ACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTC
128 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* *
6972 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATATGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGGTTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
*
7037 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACT
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
7102 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* * *
7126 CATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCAAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * * * *
7191 GGCCTATCTATAATCATTTTGG-CACA--AGTCCATTGTCAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACT
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
* *
7253 TGTTATTTTGGACCATTCGGGGCC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* * *
7277 CACTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTT--GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
7342 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACA
64 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACA
*
7407 CTTGTTATTTTGGAG-CATTCGGGGCC
129 CTTGTTATTTTGG-GCCATTCGGGGTC
*
7433 CATTAGTTCGGTTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
1 CATTAGTTCGGTTTT-GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
* * *
7498 TGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACAC
65 TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACAC
*
7563 TTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
130 TTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* *
7588 CATCAGTTCGG-TTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 CATTAGTTCGGTTTTG---AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* **
7652 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGAGCATTTTGAAC
63 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAAC
*
7717 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCAGGGTC
128 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* *
7744 CATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTAGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * * *
7809 GCCCTACCTATAATCATTTTTGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACT
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
7874 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
7898 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * * * *
7963 GGCCTACCTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTAAACACT
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
8028 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* ** *
8052 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTATTCGATTTGGCTTACAACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
1 CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
* * ** *
8117 AGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGAAAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACACT
66 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
* *
8182 TGTTATTTTGGGCCATTCAGGGCC
131 TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* *
8206 CATTAGTTCGG-TTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 CATTAGTTCGGTTTTG---AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
8270 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAAC
63 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAAC
* * *
8335 TCTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCC
128 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
* * *
8362 CTTTAGTTCGGTTTTAAAAATCATCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTT--GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
8427 ATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTAAGATTAGTCCA
64 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCA
8464 CTAAGATTAG
Statistics
Matches: 1777, Mismatches: 157, Indels: 44
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
151 68 0.04
153 79 0.04
154 908 0.51
155 145 0.08
156 566 0.32
157 11 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
CATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTC
Found at i:7616 original size:618 final size:617
Alignment explanation
Indices: 6352--8463 Score: 3248
Period size: 618 Copynumber: 3.4 Consensus size: 617
6342 TGGCGCATCA
* ** *
6352 CATTAGTTCGGTTTTAAAAATACTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* * * * * *
6417 ATGGCATAACTATAATCATATTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTAGCA-AATTTTGAAC
66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAG-ATCATTTTGAAC
* *
6481 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGTGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
130 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * *
6546 CACAATGCTATTCTTTCCATTATTTATTGCCTACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTG
195 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGG-AAGA-TAGTCCATTG
* *
6611 TGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTTTTATTTTGGGCCACTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTT
258 TGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTT
* * * *
6676 TTAATCGTCTTCGATCTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGATTATGGCTTAACTATAAT
323 TAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
* * * * * * *
6741 TATTTTGGTAAGATTAGTCCACTATGACGTTTTTAGCTCGTTTTGAACGCGTGTTATTTTGGGCC
388 CATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCC
* * *
6806 ATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTT
453 ATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTT-TAGAATCGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTT
* * * * * *
6871 TCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATC
517 TCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAGCTC
* *
6936 ATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTC
582 ATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
* * *
6972 CATTAGTTCGGTTTTG---AATCGTCTTCGATATGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGGT
1 CATTAGTTCGG-TTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * *
7034 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAAC
65 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAAC
*
7099 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTCGATTTAGCAAAC
130 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * * *
7164 CAAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTATCTATAATCATTTTGGCACA-AGTCCATTGTC
195 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGGAAGATAGTCCATTGTG
* * * * *
7228 AAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCACTAGTTCGGTTTTA
260 AAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT-
*
7293 AAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
324 -AAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
*
7358 CATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGAG-
388 CATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGG-GC
* *
7422 CATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTT
452 CATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTT
7487 TCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAGCTC
517 TCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAGCTC
7552 ATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
582 ATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
*
7588 CATCAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
7653 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGAGCATTTTGAACA
66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACA
* *
7718 CTTGTTATTTTGGGCCATTCAGGGTCCATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTAGATTTGGCAAACC
131 CTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
7783 ACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTACCTATAATCATTTTTGTAAGATTAGTCCATTGT
196 ACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCA-TTTTGGAAGA-TAGTCCATTGT
7848 GAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT
259 GAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT
* *
7913 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATC
324 AAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* * * *
7978 ATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTAAACACTTGTTATTTTGGGCCA
389 ATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCA
* * * *
8043 TTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT-GAATCGTATTCGATTTGGCTTACAACAATGCTTTTCTTTC
454 TTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTC
* *
8107 CATTGTTTATAGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGAAAAGTTCTTAGCTCAT
519 CATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAGCTCAT
*
8172 TTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCAGGGCC
584 TTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
*
8206 CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
8271 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACT
66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACA
* * * * * *
8336 CTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCTTTAGTTCGGTTTTAAAAATCATCTTCGATTTGGCAAA
131 CTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTT--GAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
* *
8401 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTAAGATTAGTCCA
194 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGG-AAGA-TAGTCCA
8464 CTAAGATTAG
Statistics
Matches: 1364, Mismatches: 113, Indels: 30
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
615 71 0.05
616 138 0.10
617 140 0.10
618 705 0.52
619 155 0.11
620 83 0.06
621 72 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (617 bp):
CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACA
CTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
ACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGGAAGATAGTCCATTGTGA
AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAA
ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
TTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATT
CGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTCCA
TTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAGCTCATTT
TGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCC
Found at i:8015 original size:464 final size:461
Alignment explanation
Indices: 6352--8463 Score: 3165
Period size: 464 Copynumber: 4.6 Consensus size: 461
6342 TGGCGCATCA
* *
6352 CATTAGTTCGGTTTTAAAAATAC-TCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
1 CATTAGTTCGG-TTT-GAAAT-CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * * * **
6416 TATGGCATAACTATAATCATATTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTAGCAAATTTTGAAC
63 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAAC
*
6481 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGTGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
128 ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * *
6546 CACAATGCTATTCTTTCCATTATTTATTGCCTACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTG
193 CACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTG
* *
6611 TGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTTTTATTTTGGGCCACTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTT
258 TGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGG-TT
* * * *
6676 TTAATCGTCTTCGATCTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGATTATGGCTTAACTATAAT
322 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAT
* * * * * * * * *
6741 TATTTTGGTAAGATTAGTCCACTATGACGTTTTTAGCTCGTTTTGAACGCGTGTTATTTTGGGCC
387 CATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCC
*
6806 ATTCGGGGCC
452 ATTCAGGGCC
* * *
6816 CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTG--AAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* *
6881 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACA
64 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACA
* *
6946 CTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATATGGCAAACC
129 CTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
*
7011 ACAATGCTTTTCTTTCCATTGGTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGT
194 ACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGT
*
7076 GAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGATTTT
259 GAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCG-GTTT
* * *
7141 GAATCGTCTTCGATTTAGCAAACCAAAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTATCTATAATC
323 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
* * * *
7206 ATTTTGG---CACAAGTCCATTGTCAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCA
388 ATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCA
*
7268 TTCGGGGCC
453 TTCAGGGCC
* * *
7277 CACTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGG-TTT-GAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
7342 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACA
64 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACA
*
7407 CTTGTTATTTTGGAG-CATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
129 CTTGTTATTTTGG-GCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT-GAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
* *
7471 CCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATT
192 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATT
* * * * *
7536 GTAAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCCCATCAGTTCGGTT
257 GTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTT
*
7601 TGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT
322 TG---AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT
*
7666 AATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGAGCATTTTGAACACTTGTTATTTTGG
384 AATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGG
*
7731 GCCATTCAGGGTC
449 GCCATTCAGGGCC
* *
7744 CATTAGTTCGATTTTG-AATCGTCTTAGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
1 CATTAGTTCG-GTTTGAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
* * * *
7808 TGCCCTACCTATAATCATTTTTGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACAC
65 TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACAC
7873 TTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCA
130 TTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCA
* * *
7938 CAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTCGTAAGATTAATCCATTGTG
195 CAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTG
*
8003 AAGTTTTTAGCTCAGTTTAAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTG
260 AAGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGG-TTTG
* ** * * *
8068 AATCGTATTCGATTTGGCTTACAACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATAGCCTAACTATGATCA
324 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA
* ** * *
8133 TTTTGGTAAGATTAGTCCATTGAAAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCAT
389 TTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCAT
8198 TCAGGGCC
454 TCAGGGCC
* *
8206 CATTAGTTCGGTTTGAAAAATTGTCTTCGATTTGGCTAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
1 CATTAGTTCGGTTTG--AAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* * *
8271 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACT
64 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACA
* * * * *
8336 CTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCTTTAGTTCGGTTTTAAAAATCATCTTCGATTTGGCAAA
129 CTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--GAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
*
8401 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGGTAAGATTAGTCCA
192 CCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCA
8464 CTAAGATTAG
Statistics
Matches: 1494, Mismatches: 132, Indels: 42
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
461 214 0.14
462 277 0.19
463 3 0.00
464 705 0.47
465 147 0.10
466 79 0.05
467 69 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (461 bp):
CATTAGTTCGGTTTGAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
GGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACT
TGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCAC
AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGA
AGTTTTTAGCTCAGTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTGAA
TCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
TTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGATCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTC
AGGGCC
Done.