Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01020976.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21009, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15928
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Found at i:1014 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 46--1056 Score: 1416
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 512
36 AACATCCTAT
*
46 AACAATATGTTTAAATTTTAAGATTTACCCTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACA
1 AACAATATGTTTAAATATTAAGATTTACCCTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACA
* * *
111 ATAATTATTACGGGGGTATTATTGTCCTACAACAAATAGGAAACATACTTTGTACTTTTTGCACA
66 ATAATTATTACGGGGGTATTATCGTCCTACAACAAATAGGAAACATACTTTGTACTTTTAGAACA
* * * *
176 AACTCCAAAATAATAAATGGCTCTTGACGAGTGCCCCTGGTGCACCCGTTAGCCAAACCGTTTGT
131 AACTCCAAAATAATAAATGACTCTTCACGAGCGCCCCTAGTGCACCCGTTAGCCAAACCGTTTGT
* * * * * * *
241 CTAATTATCATAAGTTTTGGTGGCATTAATAACTTCACCTGTGGAATAAAGATATTAATATATAT
196 CTAATTATCATAAGCTTTGATGGAACTAATAACTTCACATATGGAATAAAGATACTAATATATAT
* * *
306 AAATTAAAATATAAATTATTCCAATTGAGATGATGATGACAATAGAAATTGATTGTTATCAAGAA
261 AAATTAAAATATAAATAATTCCAATTGAGATGATGATGACAATAAAAATTGATTGATATCAAGAA
* ** * *
371 TGTAGTATTCTACGTTGAAGTTCTAAAAAGGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTTAAATTCGG
326 TGTAGTATTCTACGTTAAAGTTCTAAAAAGGAATTAAAAATAATAACAATTCAGGTCAAATCCGG
* *
436 ATTAGTCAGAGCTTGCAATAATGATATTAGGGGCTAAATTCTATTAAATTATGGTTAACTTTTAT
391 ATTAGTCAGAGCTTGCAATAATGATATTAGGGGCTAAATTCTATTAAATTATGGTGAACATTTAT
501 TAAATTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTAGAACAATATGTTTTTTGGCATTAAAA
456 TAAATTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTAGAACAATATGTTTTTTGGCATTAAAA
*
558 AACAATATGTTTAAATATTAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAAG
1 AACAATATGTTTAAATATTAAGATTTACCC-TAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAAC
* * * ** *
623 AATAATTATTAC-GGGGTATTATCGTCGTACAACAATTAGGAGACATGTTTTGTGCTTTTAGAAC
65 AATAATTATTACGGGGGTATTATCGTCCTACAACAAATAGGAAACATACTTTGTACTTTTAGAAC
* * * * **
687 AAACTTTC-AAATAATAATTGACTCTTCACGGGCGCCCCTAGTGCACCCGTTAGTCAAATTGTTT
130 AAAC-TCCAAAATAATAAATGACTCTTCACGAGCGCCCCTAGTGCACCCGTTAGCCAAACCGTTT
* * * * * *
751 GTCTAATTGTGATATGCTTTGATGGAACTAATAACTTCACATATGGTATTAATATACTAATATAT
194 GTCTAATTATCATAAGCTTTGATGGAACTAATAACTTCACATATGGAATAAAGATACTAATATAT
* * * * ** ***
816 CTAAATTAAAATATTAATAATTCCAATTGATATGATTATGACCGTAAAAATTGATTGATATTGGG
259 ATAAATTAAAATATAAATAATTCCAATTGAGATGATGATGACAATAAAAATTGATTGATATCAAG
* * * * *
881 AATGTAGTGTTGTACGTTAAAGTTTTGAAAAA-GAATTATAAATAATAACAATTTAGGTCAAATC
324 AATGTAGTATTCTACGTTAAAGTTCT-AAAAAGGAATTAAAAATAATAACAATTCAGGTCAAATC
* *
945 CGGATTAGTCAGAGCTTTCAATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATTATGGTGAACATT
388 CGGATTAGTCAGAGCTTGCAATAATGATATTAGGGGCTAAATTCTATTAAATTATGGTGAACATT
* *
1010 TATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTT
453 TATTAAATTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTAGAACAATATGTTT
1057 AAATTTTAAG
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 62, Indels: 6
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
512 382 0.88
513 52 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
AACAATATGTTTAAATATTAAGATTTACCCTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACA
ATAATTATTACGGGGGTATTATCGTCCTACAACAAATAGGAAACATACTTTGTACTTTTAGAACA
AACTCCAAAATAATAAATGACTCTTCACGAGCGCCCCTAGTGCACCCGTTAGCCAAACCGTTTGT
CTAATTATCATAAGCTTTGATGGAACTAATAACTTCACATATGGAATAAAGATACTAATATATAT
AAATTAAAATATAAATAATTCCAATTGAGATGATGATGACAATAAAAATTGATTGATATCAAGAA
TGTAGTATTCTACGTTAAAGTTCTAAAAAGGAATTAAAAATAATAACAATTCAGGTCAAATCCGG
ATTAGTCAGAGCTTGCAATAATGATATTAGGGGCTAAATTCTATTAAATTATGGTGAACATTTAT
TAAATTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTAGAACAATATGTTTTTTGGCATTAAAA
Found at i:5521 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 5507--5538 Score: 64
Period size: 9 Copynumber: 3.6 Consensus size: 9
5497 CCTCTTCTTG
5507 GATGGGGTT
1 GATGGGGTT
5516 GATGGGGTT
1 GATGGGGTT
5525 GATGGGGTT
1 GATGGGGTT
5534 GATGG
1 GATGG
5539 TTAAATTGTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 23 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.56, T:0.31
Consensus pattern (9 bp):
GATGGGGTT
Found at i:6322 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6298--6341 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
6288 ACAACTTCAC
* *
6298 TTATGGAATTAATATATTAAT
1 TTATGAAATTAAAATATTAAT
* *
6319 TTATTAAATTAAAATATTGAT
1 TTATGAAATTAAAATATTAAT
6340 TT
1 TT
6342 TTTTAATTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (21 bp):
TTATGAAATTAAAATATTAAT
Found at i:6803 original size:486 final size:488
Alignment explanation
Indices: 5535--8638 Score: 3917
Period size: 486 Copynumber: 6.4 Consensus size: 488
5525 GATGGGGTTG
* * *
5535 ATGGTTAAATTGTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
*
5600 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTATGGGGGT
66 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
* * *
5665 ATTATTGTCTTACAACAATTAAGAGACATACTTTGCGCTTTTAGCACAAATTTCC-AAATAATAA
131 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGC-TTTAGCACAAA-CTCCAAAATAATAA
* * * *
5729 TTGGCTCTTCACGGGTGCCACTGATGCA-CCCGTTAGACAAACCGTTTGTCTAATTG-AATAAGT
194 TTGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGT
* * * *
5792 TTTGGTGGAATTAATAACTTCACATGTGGAATTATTAATATACTAATATATGTAAATTAAAATTT
259 TTTGGTGGAATTAATAACTTCACATATGG-A--ATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATAT
* * *
5857 TAATTATTCCAATTGAGATGATGATGACCATAGAAATTGATTGATATTGGAAATTTAGTATTGTA
321 TAATTATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTA
* * *
5922 CGTTGAAGTTCTAAAAAATAATTAAAAATAATAAGGATTCAGGTCAAATCCGGATTAGTCAGAGC
386 CGTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGC
*
5987 TTTCAATAATGATATTTGGGGTTAAATTC---T--A-T
451 TTTCAATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATT
* * * *
6019 ATGGTTAACTTTTACTAATTTCTTTTATTTAATTT-TATAAATCCTACAACAATAGGTTTAAATT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTA-AAATCCTATAACAATATGTTTAAATT
* * *
6083 TTAAGATTTA-CCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATATTTGTTACAGGGG
65 TTAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGG
* * * * *** *
6147 CATTATTGTTTTACAACAATTAGGAGACATACTCTGTGTTTTTTTAGAAACTCCAAAATAATAAT
130 TATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGCTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAAT
* * * * * * **
6212 TGGCTCATCACGGGTGTCTCTGG-GAATCCCGTGAGCCAAACCGTTTGTTTAATTGTGATAAACT
195 TGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTT
* * * *
6276 TTGGTGGAATTAACAACTTCACTTATGGAATTAATATATTAATTTAT-TAAATTAAAATATTGAT
260 TTGGTGGAATTAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATATTAAT
* ** * * * *
6340 TTTTTTAATTGAGATGATGATGATCTTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTACTATTGTACATT
325 TATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTT
* * * ** * **
6405 GAAGTTATAAAAAAGAATTAAAAATAGTAATGATTCAGATCAAATTTAGATTAGTCGGATATTTC
390 GAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTC
*
6470 AATAATGATA-TTGGGGCTAAATTCTATTAAGTT
455 AATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATT
* * * *
6503 ATGGTTAACATTCATTAATTTATTTTATTTAATTGCTAAACTCCTATAACAATATGTTTAAATTT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
*
6568 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTAATAATTTAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGG
66 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATT-ATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGG
** *
6633 TATTATTGTCCCACAACAATTAGGAGACATATTTTGTGCTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAAT
130 TATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGCTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAAT
* * * * *
6698 TGGCTTTTAACGGGTGCCCCTGGTGCA-CCTGTTAGTCAAACCGTTTGTCTAATTATGATAAGTT
195 TGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTT
* * * *
6762 TTGGTGGAATTAATAACTTCACCTATGGAATAAAGATATTAATATATATAAATTAAAATATAAAT
260 TTGGTGGAATTAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATATTAAT
* *
6827 TATTCCAATTGAGATGATGATGATCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACATT
325 TATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTT
* * * * *
6892 GAA-TTTTTAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTTAGGTCAAATTCAGATTAGTCAGAGCTTGC
390 GAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTC
*
6956 AATAATGATATTAGGGGCTAAATTCTATTAAATT
455 AATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATT
* *
6990 ATGGTTAACTTTTATTAAATTATTTTATTTAATTTCCAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
* * *
7055 TAAGATTTACCTTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAATGCTAAACAATAATAATTACGGGGGT
66 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGG-
* * * *
7120 ATTATTATTTTATTACAACAATTAGGAGACATATTTTGTGCTTTTAGCACAAACTCCCAAATAAT
130 --TATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGC-TTTAGCACAAACTCCAAAATAAT
* * * *
7185 AATTGCCTCTTCACGGGTGCCCCTTGTGCAT-CCGTTAGCCAAACCGTATGTCTAGTTGTGATAA
192 AATTGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAA
* * * * * **
7249 GTTTTGGTGGAATTAAAAACTTCACATGTGGAATTAATATATTGATCTATTTGGATTAAAATATT
257 GTTTTGGTGGAATTAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATATT
* * * * * *
7314 AATTATTCCAATTTAGATAATGATGACCGTAGAAATTAATTGATTTTGGAAATATAGTATTGTAC
322 AATTATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTAC
* * * * * *
7379 GTTGGAGTTCTAAAAAAGAA-TGAAAATAATAATGATTCGGGTCAAATCCGGATTAGTCAAAGTT
387 GTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCT
*
7443 TTCAATAATGATATTTAGGGGCTAAATTCTA-TAAATG
452 TTCAATAATGATATTT-GGGGCTAAATTCTATTAAATT
* * * *
7480 ATGGTTAACTTTTACTAATTTCTTTTATTTAATTTTTAAAATCCTATAA-AATAGGTTTAAATTT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
* * ** **
7544 TGAGATTTACCCTTAAAATCAATAATTATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTATAGGGAC
66 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
* *
7609 ATTATTGTCTTACATCAATTAGGAGACATAGTTTGTGC--T---------TCCAAAATAATAATT
131 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGCTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAATT
* * * * * * *
7663 GGCTCATGACGGGTGCCCCTGG-GAAACCCGTTAGCCAAGCTGTTTGTTTAATTGTGATAAGTTT
196 GGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTT
* * *
7727 TTGTGGAATTAATAACTTCAC-T-T---A-TGA-A-ATTAATATAT-T-AATT----TA-T--CT
261 TGGTGGAATTAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATATTAATT
* *
7775 ATTCCAATTGAGATGATGATGATCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTT
326 ATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTG
* ** * * * *
7840 AAGTTCCAAAAAAGAATTAAATTTAATCATGATTCAGGTCAATTTCGGATTAATCGGAGCTTTCA
391 AAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTCA
* *
7905 GTAATGATA-TTGGTGGATAAATTCTATTAAATT
456 ATAATGATATTTGG-GGCTAAATTCTATTAAATT
* *
7938 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAAAAATATGTTTGAATTT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
*
8003 TAACATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCT---CAATAATTATTACGGGGGT
66 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
* * * *
8065 ATTATTGTCTTACAATAATTAGGAGACATACTCTGTGCTTTTAGCACAGACTCCCAAATAATAAT
131 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGC-TTTAGCACAAACTCCAAAATAATAAT
* ** ** * *
8130 TGGCTCTTCACGGGCGCCCCTGGTGCAT-CCGTCCGTTAAACTGTTTGTCTAATTGTGATTAGTT
195 TGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTT
* *
8194 TTGGTGGAATGAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATCTAAATTAAAATATTAAT
260 TTGGTGGAATTAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATATTAAT
* * * *
8259 AATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAAAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTGTTGTATGTT
325 TATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTT
* ** *
8324 GAAGTTCTAAAAAAGAATTATAAATAATAAAAATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGGGCTTTC
390 GAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTC
*
8389 AATAATGATATTTTGGGCTAAATTCTATTAAATT
455 AATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATT
* * ** * *
8423 GTGGTTAA-TTTTATTAATCTATTTT-TTTAATTTCTAAAATCCTATAATTATATTTTTTAATTT
1 ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
* * * *
8486 TATGATTTTCCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTTAAGGCTAAACAGTAATTATTACGGGGGT
66 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
** * *
8551 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATGTTTTGTGCCTTTACCACAAACTCCCAAATAATAAT
131 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTG-CTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAAT
*
8616 TAGCTCTTCACGGGTGCCCCTGG
195 TGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGG
8639 AAGACAACAT
Statistics
Matches: 2245, Mismatches: 312, Indels: 124
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
456 51 0.02
457 85 0.04
458 96 0.04
459 55 0.02
460 2 0.00
464 3 0.00
465 1 0.00
466 8 0.00
467 1 0.00
468 84 0.04
469 4 0.00
470 1 0.00
472 1 0.00
473 4 0.00
474 85 0.04
475 1 0.00
476 10 0.00
477 1 0.00
478 17 0.01
479 135 0.06
480 16 0.01
481 6 0.00
482 64 0.03
483 190 0.08
484 144 0.06
485 169 0.08
486 399 0.18
487 190 0.08
489 105 0.05
490 292 0.13
491 25 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (488 bp):
ATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTT
TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATACTTTGTGCTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAATT
GGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCCGTTAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTT
TGGTGGAATTAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATATAAATTAAAATATTAATT
ATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTG
AAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTCA
ATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATT
Found at i:8501 original size:942 final size:941
Alignment explanation
Indices: 5536--8588 Score: 3661
Period size: 942 Copynumber: 3.2 Consensus size: 941
5526 ATGGGGTTGA
* *
5536 TGGTTAAATTGTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTTT
1 TGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTTT
*
5601 AAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTATGGGGGTA
66 AAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGTA
* * *
5666 TTATTGTCTTACAACAATTAAGAGACATACTTTGCGCTTTTAGCACAAATTTCCAAATAATAATT
131 TTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATAGTTTGTGC-TTT--C-C--A-----AAATAATAATT
* * * *
5731 GGCTCTTCACGGGTGCCACTGATGCACCCGTTAGACAAACCGTTTGTCTAATTG-AATAAGTTTT
185 GGCTCTTAACGGGTGCCCCTG-GGCACCCGTTAGACAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTT
*
5795 GGTGGAATTAATAACTTCACATGTGGAATTATTAATATACTAATATATGTAAATTAAAATTTTAA
249 GGTGGAATTAATAACTTCAC--------TTATGAA-AT--T-A-ATA--T--ATT-AAA-TTT-A
* * * *
5860 TTATTCCAATTGAGATGATGATGACCATAGAAATTGATTGATATTGGAAATTTAGTATTGTACGT
294 TTATTCCAATTGAGATGATGATGATCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGT
* * *
5925 TGAAGTTCTAAAAAATAATTAAAAATAATAAGGATTCAGGTCAAATCCGGATTAGTCAGAGCTTT
359 TGAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTT
* * *
5990 CAATAATGATATTTGGGGTTAAATTC---T--A-TATGGTTAACTTTTACTAATTTCTTTTATTT
424 CAATAATGATA-TTGGGGATAAATTCTATTAAATTATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTT
* *
6049 AATTT-TATAAATCCTACAACAATAGGTTTAAATTTTAAGATTTA-CCTTAAAATCAATAAATAT
488 AATTTCTA-AAATCCTATAACAATATGTTTAAATTTTAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATAT
* * * * *
6112 TATAATTCAAGGCTAAACAATATTTGTTACAGGGGCATTATTGTTTTACAACAATTAGGAGACAT
552 TATAATTCAAGGCT--ACAATAATTATTACGGGGGTATTATTGTATTACAACAATTAGGAGACAT
* * * * * *
6177 ACTCTGTGTTTTTTTAG-A-AACTCCAAAATAATAATTGGCTCATCACGGGTGTCTCTGG-GAAT
615 ACTCTGTG--CTTTTAGCACAACTCCCAAATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCAT
* * ** * *
6239 CCCGTGAGCCAAACCGTTTGTTTAATTGTGATAAACTTTGGTGGAATTAACAACTTCACTTATGG
678 -CCGTCAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTTGGTGGAATTAAAAACTTCACATATGG
* * * ** * *
6304 AATTAATATATTAATTTATTAAATTAAAATATTGATTTTTTTAATTGAGATGATGATGATCTTAG
742 AATTAATATATTAATATATTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAG
* * * *
6369 AAATTGATTGATATTGGGAATGTACTATTGTACATTGAAGTTATAAAAAAGAATTAAAAATAGTA
807 AAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTGAAGTTCTAAAAAAGAATT-AAAATAATA
* ** *
6434 ATGATTCAGATCAAATTTAGATTAGTC-GGATATTTCAATAATGATA-TTGGGGCTAAATTCTAT
871 ATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGG-GATTTCAATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTAT
* *
6497 TAAGTTA
935 TAAATTG
* * * * *
6504 TGGTTAACATTCATTAATTTATTTTATTTAATTGCTAAACTCCTATAACAATATGTTTAAATTTT
1 TGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTTT
*
6569 AAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTAATAATTTAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
66 AAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATT-ATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
** *
6634 ATTATTGTCCCACAACAATTAGGAGACATATTTTGTGCTTTAGCACAAACTCCAAAATAATAATT
130 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATAGTTTGTGC-TT---------TCCAAAATAATAATT
* * * *
6699 GGCTTTTAACGGGTGCCCCTGGTGCACCTGTTAGTCAAACCGTTTGTCTAATTATGATAAGTTTT
185 GGCTCTTAACGGGTGCCCCTGG-GCACCCGTTAGACAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTT
*
6764 GGTGGAATTAATAACTTCACCTATGGAATAAAGATATTAATATATATAAATTAAAATATAAATTA
249 GGTGGAATTAATAACTTCA-CT-T---AT---GAAATTAATATAT-TAAA-T----T-T--ATTA
*
6829 TTCCAATTGAGATGATGATGATCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACATTGA
297 TTCCAATTGAGATGATGATGATCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTGA
* * * * *
6894 A-TTTTTAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTTAGGTCAAATTCAGATTAGTCAGAGCTTGCAA
362 AGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTCAA
* *
6958 TAATGATATTAGGGGCTAAATTCTATTAAATTATGGTTAACTTTTATTAAATTATTTTATTTAAT
427 TAATGATATT-GGGGATAAATTCTATTAAATTATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAAT
* *
7023 TTCCAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTTTAAGATTTACCTTTAAAATCAATAAATATTATA
491 TTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAATTTTAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATA
* * *
7088 ATTCAATGCTAAACAATAATAATTACGGGGGTATTATTATTTTATTACAACAATTAGGAGACATA
556 ATTCAAGGCT--ACAATAATTATTACGGGGG---TATTATTGTATTACAACAATTAGGAGACATA
* * * *
7153 TTTTGTGCTTTTAGCACAAACTCCCAAATAATAATTGCCTCTTCACGGGTGCCCCTTGTGCATCC
616 CTCTGTGCTTTTAGCAC-AACTCCCAAATAATAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCC
* * * *
7218 GTTAGCCAAACCGTATGTCTAGTTGTGATAAGTTTTGGTGGAATTAAAAACTTCACATGTGGAAT
680 GTCAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTTGGTGGAATTAAAAACTTCACATATGGAAT
* * ** * *
7283 TAATATATTGATCTATTTGGATTAAAATATTAATTATTCCAATTTAGATAATGATGACCGTAGAA
745 TAATATATTAATATA-TTAAATTAAAATATTAATTATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAA
* * * * * *
7348 ATTAATTGATTTTGGAAATATAGTATTGTACGTTGGAGTTCTAAAAAAGAATGAAAATAATAATG
809 ATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAATAATAATG
* * ** *
7413 ATTCGGGTCAAATCCGGATTAGTCAAAGTTTTCAATAATGATATTTAGGGGCTAAATTCTA-TAA
874 ATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGGGATTTCAATAATGATATTT-GGGGCTAAATTCTATTAA
7477 A-TG
938 ATTG
* * * *
7480 ATGGTTAACTTTTACTAATTTCTTTTATTTAATTTTTAAAATCCTATAA-AATAGGTTTAAATTT
1 -TGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTT
* * ** **
7544 TGAGATTTACCCTTAAAATCAATAATTATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTATAGGGAC
65 TAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGT
* * *
7609 ATTATTGTCTTACATCAATTAGGAGACATAGTTTGTGC-TTCCAAAATAATAATTGGCTCATGAC
130 ATTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATAGTTTGTGCTTTCCAAAATAATAATTGGCTCTTAAC
* * * * * *
7673 GGGTGCCCCTGGGAAACCCGTTAGCCAAGCTGTTTGTTTAATTGTGATAAGTTTTTGTGGAATTA
195 GGGTGCCCCTGGG-CACCCGTTAGACAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTTGGTGGAATTA
7738 ATAACTTCACTTATGAAATTAATATATT-AATTTATCTATTCCAATTGAGATGATGATGATCGTA
259 ATAACTTCACTTATGAAATTAATATATTAAATTTAT-TATTCCAATTGAGATGATGATGATCGTA
* * **
7802 GAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTTAAGTTCCAAAAAAGAATTAAATTTAAT
323 GAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAAT
* * * * *
7867 CATGATTCAGGTCAATTTCGGATTAATCGGAGCTTTCAGTAATGATATTGGTGGATAAATTCTAT
388 AATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTCAATAATGATATTGG-GGATAAATTCTAT
*
7932 TAAATTATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAAAAATATGTTT
452 TAAATTATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTT
* *
7997 GAATTTTAACATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCT-CAATAATTATTACGG
517 AAATTTTAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTACAATAATTATTACGG
* *
8061 GGGTATTATTGTCTTACAATAATTAGGAGACATACTCTGTGCTTTTAGCACAGACTCCCAAATAA
582 GGGTATTATTGTATTACAACAATTAGGAGACATACTCTGTGCTTTTAGCACA-ACTCCCAAATAA
* * ** * *
8126 TAATTGGCTCTTCACGGGCGCCCCTGGTGCATCCGTCCGTTAAACTGTTTGTCTAATTGTGATTA
646 TAATTGGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCGTCAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAA
* *
8191 GTTTTGGTGGAATGAATAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATCTAAATTAAAATATT
711 GTTTTGGTGGAATTAAAAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATAT-TAAATTAAAATATT
* * * *
8256 AATAATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAAAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTGTTGTAT
775 AATTATTCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTAC
** *
8321 GTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTATAAATAATAAAAATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGGGCT
840 GTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTA-AAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGGGAT
*
8386 TTCAATAATGATATTTTGGGCTAAATTCTATTAAATTG
904 TTCAATAATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATTG
* * * *
8424 TGGTTAA-TTTTATTAATCTATTTT-TTTAATTTCTAAAATCCTATAATTATATTTTTTAATTTT
1 TGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTTT
* * * *
8487 ATGATTTTCCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTTAAGGCTAAACAGTAATTATTACGGGGGTA
66 AAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGTA
8552 TTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACAT-GTTTTGTGC
131 TTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATAG-TTTGTGC
8589 CTTTACCACA
Statistics
Matches: 1804, Mismatches: 222, Indels: 144
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
941 24 0.01
942 369 0.20
943 61 0.03
944 2 0.00
945 17 0.01
946 2 0.00
947 68 0.04
948 180 0.10
949 1 0.00
953 1 0.00
954 2 0.00
955 1 0.00
956 12 0.01
959 2 0.00
960 7 0.00
961 1 0.00
962 3 0.00
963 4 0.00
964 92 0.05
965 76 0.04
966 69 0.04
968 147 0.08
969 98 0.05
970 2 0.00
971 67 0.04
972 49 0.03
973 8 0.00
974 1 0.00
975 98 0.05
976 193 0.11
977 132 0.07
978 15 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (941 bp):
TGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAATAATATGTTTAAATTTT
AAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTAAACAATAATTATTACGGGGGTA
TTATTGTCTTACAACAATTAGGAGACATAGTTTGTGCTTTCCAAAATAATAATTGGCTCTTAACG
GGTGCCCCTGGGCACCCGTTAGACAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTTGGTGGAATTAAT
AACTTCACTTATGAAATTAATATATTAAATTTATTATTCCAATTGAGATGATGATGATCGTAGAA
ATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTGAAGTTCTAAAAAAGAATTAAAAATAATAAT
GATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGAGCTTTCAATAATGATATTGGGGATAAATTCTATTAAA
TTATGGTTAACTTTTATTAATTTATTTTATTTAATTTCTAAAATCCTATAACAATATGTTTAAAT
TTTAAGATTTACCCTTAAAATCAATAAATATTATAATTCAAGGCTACAATAATTATTACGGGGGT
ATTATTGTATTACAACAATTAGGAGACATACTCTGTGCTTTTAGCACAACTCCCAAATAATAATT
GGCTCTTCACGGGTGCCCCTGGTGCATCCGTCAGCCAAACCGTTTGTCTAATTGTGATAAGTTTT
GGTGGAATTAAAAACTTCACATATGGAATTAATATATTAATATATTAAATTAAAATATTAATTAT
TCCAATTGAGATGATGATGACCGTAGAAATTGATTGATATTGGGAATGTAGTATTGTACGTTGAA
GTTCTAAAAAAGAATTAAAATAATAATGATTCAGGTCAAATTCGGATTAGTCAGGGATTTCAATA
ATGATATTTGGGGCTAAATTCTATTAAATTG
Found at i:10832 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10793--10845 Score: 58
Period size: 12 Copynumber: 4.3 Consensus size: 13
10783 TGATACCTCA
*
10793 ATATATCTGTTC-
1 ATATATCCGTTCG
*
10805 ATACATCCG-TCG
1 ATATATCCGTTCG
10817 ATATATCCGTTCG
1 ATATATCCGTTCG
*
10830 ATATATTCGTT-G
1 ATATATCCGTTCG
10842 ATAT
1 ATAT
10846 CTAAATGACT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.06
12 20 0.57
13 13 0.37
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (13 bp):
ATATATCCGTTCG
Found at i:12155 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12113--12189 Score: 124
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
12103 TGGATTTTGC
12113 TAATGAATGCAATATTTTTTATCA-C-AAAA
1 TAATGAATGCAATATTTTTTATCACCGAAAA
12142 TAATGAATGCAATATTTTTTATCACCGAAAA
1 TAATGAATGCAATATTTTTTATCACCGAAAA
*
12173 -AGTGAATGCAATATTTT
1 TAATGAATGCAATATTTT
12190 GTAATATTAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 3
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 24 0.53
30 17 0.38
31 4 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TAATGAATGCAATATTTTTTATCACCGAAAA
Found at i:12473 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 12307--12500 Score: 345
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
12297 ATTAGTATCT
* *
12307 ATACTAATTATAAAGTCAAGTCCTAAGTTTGTGTCACGAGTTGATTCGGATACAAATTCAGTTTT
1 ATACTAATTATAAAGTCAAGTCCTAAGTTTGTGTCACGAGTTGACTCGGATACAAACTCAGTTTT
12372 AAAAAAATTCAAAACGAACTAAAAACGACCCA
66 AAAAAAATTCAAAACGAACTAAAAACGACCCA
12404 ATACTAATTATAAAG-CTAAGTCCTAAGTTTGTGTCACGAGTTGACTCGGATACAAACTCAGTTT
1 ATACTAATTATAAAGTC-AAGTCCTAAGTTTGTGTCACGAGTTGACTCGGATACAAACTCAGTTT
*
12468 TAAAAAAATTCAAAACGAACTAAAAACTACCCA
65 TAAAAAAATTCAAAACGAACTAAAAACGACCCA
12501 TTTTAAATAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 3, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
96 1 0.01
97 92 0.99
ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (97 bp):
ATACTAATTATAAAGTCAAGTCCTAAGTTTGTGTCACGAGTTGACTCGGATACAAACTCAGTTTT
AAAAAAATTCAAAACGAACTAAAAACGACCCA
Found at i:12529 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12490--12531 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
12480 AAACGAACTA
**
12490 AAAACTACCCATTTTAAAT
1 AAAACTACCCATTAGAAAT
12509 AAAACTACCCATTAGAGAAT
1 AAAACTACCCATTAGA-AAT
12529 AAA
1 AAA
12532 TATAAGTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.70
20 6 0.30
ACGTcount: A:0.52, C:0.19, G:0.05, T:0.24
Consensus pattern (19 bp):
AAAACTACCCATTAGAAAT
Found at i:12697 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 12658--12732 Score: 98
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
12648 GCCGCAAAAT
*
12658 GCAATTTAGGATATAACATTAC-AAAACAA
1 GCAATTAAGGATATAACATTACAAAAACAA
** *
12687 GCAATTAAGGATATAATGTTACGAAAAACGA
1 GCAATTAAGGATATAACATTAC-AAAAACAA
12718 GCAATTAAGGATATA
1 GCAATTAAGGATATA
12733 GTCTGTTAGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 19 0.47
31 21 0.52
ACGTcount: A:0.49, C:0.11, G:0.16, T:0.24
Consensus pattern (30 bp):
GCAATTAAGGATATAACATTACAAAAACAA
Found at i:12937 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 12862--12944 Score: 103
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
12852 CGCTAACTGA
* ** *
12862 TTATATCCATAATTGCTTGAAATCGAAAATG
1 TTATATCCTTAATTGCTTGAAATAAAAAAAG
*
12893 TCATATCCTTAATTGCTTGAAATAAAAAAAAAG
1 TTATATCCTTAATTGCTTGAAAT--AAAAAAAG
12926 TTATATCCTTAATTGCTTG
1 TTATATCCTTAATTGCTTG
12945 TGGCAACAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
31 21 0.48
33 23 0.52
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (31 bp):
TTATATCCTTAATTGCTTGAAATAAAAAAAG
Found at i:13631 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13608--13653 Score: 92
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
13598 TTTTAAAGTA
13608 AAATAAATATACATAATTAT
1 AAATAAATATACATAATTAT
13628 AAATAAATATACATAATTAT
1 AAATAAATATACATAATTAT
13648 AAATAA
1 AAATAA
13654 TATTCAAATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 26 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.04, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
AAATAAATATACATAATTAT
Found at i:13654 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 13608--13654 Score: 58
Period size: 10 Copynumber: 4.7 Consensus size: 10
13598 TTTTAAAGTA
*
13608 AAATAAATAT
1 AAATAATTAT
*
13618 ACATAATTAT
1 AAATAATTAT
*
13628 AAATAAATAT
1 AAATAATTAT
*
13638 ACATAATTAT
1 AAATAATTAT
13648 AAATAAT
1 AAATAAT
13655 ATTCAAATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 7, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 30 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.04, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (10 bp):
AAATAATTAT
Found at i:14038 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 13964--14077 Score: 165
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
13954 AGATGATAAG
* * *
13964 CAAGCAATTTAGGATATAACGTTTTCTGCCGCAAGCAATTAAGGATATTACGTTACAAAA
1 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCTACCGCAAGCAATTAAGGATATGACGTTACAAAA
* ***
14024 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTTTATTTCAAGCAATTAAGGATATGACGTT
1 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCTACCGCAAGCAATTAAGGATATGACGTT
14078 TTCGATTTCA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 47 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (60 bp):
CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCTACCGCAAGCAATTAAGGATATGACGTTACAAAA
Found at i:14062 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13964--14104 Score: 135
Period size: 31 Copynumber: 4.6 Consensus size: 31
13954 AGATGATAAG
* ***
13964 CAAGCAATTTAGGATATAACGTTTTCTG-CCG
1 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTC-GATTT
* * ***
13995 CAAGCAATTAAGGATATTACG-TTAC-AAAA
1 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCGATTT
**
14024 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTTTATTT
1 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCGATTT
*
14055 CAAGCAATTAAGGATATGACGTTTTCGATTT
1 CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCGATTT
*
14086 CAAGCAATTAATGATATAA
1 CAAGCAATTAAGGATATAA
14105 TCAGTTAGGG
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 17, Indels: 6
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 20 0.22
30 5 0.06
31 65 0.72
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
CAAGCAATTAAGGATATAACGTTTTCGATTT
Found at i:14297 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 14223--14289 Score: 111
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
14213 CCCAACGAAC
14223 TATATCCTTAATTGCTCGCTTTTCGTAACGT
1 TATATCCTTAATTGCTCGCTTTTCGTAACGT
*
14254 TATATCCTTAATTGCTTG-TTTT-GTAACGT
1 TATATCCTTAATTGCTCGCTTTTCGTAACGT
14283 TATATCC
1 TATATCC
14290 CAAATTGCAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 14 0.40
30 4 0.11
31 17 0.49
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
TATATCCTTAATTGCTCGCTTTTCGTAACGT
Found at i:15059 original size:128 final size:119
Alignment explanation
Indices: 14788--15103 Score: 343
Period size: 128 Copynumber: 2.6 Consensus size: 119
14778 ATGTAGCTAG
* *
14788 TGCCTCGTTAAAAACCTTAAG-CTGGAAAACCCAATGGGACAAAACC-AGTCATAAGGAAAAAAG
1 TGCCTCATTAAAAACCTTAAGTC-GGAAAACCCAATGGGACAAAACCGA-TCATAAGGGAAAAAG
** * * *
14851 AGTGCAGCATATCAAGTCCATTTGTCTTCTGGACAAATATTACATGTGCTCTTTAT
64 AGTGCAGCATATCAAGTCCATTTGTCTTCAAGACAAACATTAAATGTGCTCATTAT
** * *
14907 TGCCTCATTAAAAACCTTGTGTCGGAAAACCCAATGGGACAAAACCGAACAGAAGGGAAAAAGAG
1 TGCCTCATTAAAAACCTTAAGTCGGAAAACCCAATGGGACAAAACCGATCATAAGGGAAAAAGAG
* * *
14972 TGTTAGAGCA-ATTTAAGTCCATGTAAATGTCTTCAAGACAATTACATCTAAATGTGCT-ATTGT
66 TG---CAGCATA-TCAAGTCCAT-T---TGTCTTCAAGACAA--ACAT-TAAATGTGCTCATTAT
**
15035 TGCCTCATTAAAAACCTTAAGTCGGAAAACCCTGTGGGACAAAACCGATCATAAGGGAAAAAGAG
1 TGCCTCATTAAAAACCTTAAGTCGGAAAACCCAATGGGACAAAACCGATCATAAGGGAAAAAGAG
15100 TGCA
66 TGCA
15104 ACACACTTTA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 21, Indels: 20
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
119 57 0.35
120 2 0.01
121 1 0.01
122 13 0.08
123 1 0.01
125 1 0.01
126 12 0.07
128 67 0.41
129 9 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.19, T:0.24
Consensus pattern (119 bp):
TGCCTCATTAAAAACCTTAAGTCGGAAAACCCAATGGGACAAAACCGATCATAAGGGAAAAAGAG
TGCAGCATATCAAGTCCATTTGTCTTCAAGACAAACATTAAATGTGCTCATTAT
Done.