Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021006.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21039, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5782
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.20, T:0.29
Found at i:3988 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 3925--5620 Score: 1415
Period size: 47 Copynumber: 35.0 Consensus size: 47
3915 AGTCAATAAT
* * * *
3925 TAGTTTATTTCCGGGTAATTAAACTAAATAGTATAAGAAGAAGATGA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* **
3972 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTGAATAGTAAAAGAAGAAGAGTT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * *
4019 TAGTTTAATTATGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAAAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * *
4066 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAATAAAAGTAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* **
4113 TAGTTTAATTATGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGTT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* *
4160 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * *
4207 TAGTTTAATTCTGGGCAATTAAACTAAATAGTAAGAGAAGAGGTAAACAGTAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT-A-A-AAGAAG--AAGAG-GA
*
4260 TTAGTTTAATTCTCGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGAGGA
1 -TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT--AA-AAGAAG---A-AGAGGA
* * * * **
4315 TAGTTTAATTCCGGGTAATTAAACTAAAAATTAAGAGAAGAAGAAAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * **
4362 GAGTTTAATTCCGGGTAATT-AACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAAAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * * * **
4408 TAGTTTAATTATGGGTAATTAAACTAAAGAGCAAGACAAGAAGAAAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * *
4455 CATTTTAATCCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* *
4502 TAGTTTAATTTTGGATAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGA-GA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
*
4548 CTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAAAAGAAGAGGA
1 -TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * **
4596 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATTGTAAAAGAAGACGAGTT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * *
4643 TAGTTTAATTATGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* *
4690 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGATCGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGA-AGAAGAGGA
**
4738 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGTT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* *
4785 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * *
4832 TAGTTTAATTCTGGGCAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAGGTAAACAGTAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAG-A-A-G--AAGAG-GA
*
4885 TTAGTTTAATTCTCGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGATGA
1 -TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAG-----AG--GA
* * * * **
4940 TAGTTTAATTCCGGGTAATTAAACTAAAAATTAAGAGAAGAAGAAAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * * * ** *** * * *** * *
4987 GAGTTT-ATCCCTTGAGAAAGGATAGGCCTGCCT--TTATACTTG-ACA--C
1 TAGTTTAAT-TC-TGGGTAA--TTA-AACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * ** * * ** * * * ** ***
5033 TGGCTCCATAC--GGCAACAACAAC-AACTA-TATAGGCGCGCTACTACTTCTTTTGA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTA-AACTAAATAGTAAAAG-AAG--A--A-----GAGGA
* ** **
5087 TGACTTTAATTCCAGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAAAA
1 T-AGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * * **
5135 CAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGCAAGAGAAGAAGAAAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * *
5182 CATTTTAATCCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * *
5229 TAGTTTAATTTTGGATAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGATGC
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
*
5276 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * *
5323 TAGTTTAATTATGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGACGC
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * *
5370 TAGTTTGATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAATAAGAGGT
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
* * * *
5417 TAGTTTAATTCTGGGTAATTGAACTAAAGAGTAAGAGAAGAAGTAAACAGTAA
1 TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT-A-A-AAGAAG--AAGAG-GA
* *
5470 CTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGGAGAAGTA-AA
1 -TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAG-AGGA
* * *
5518 TAGAAATTAGTTAATTTTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGGAGTAAATAGGA
1 TAG----T--TTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAA-GA--AG--AAGAGGA
*
5576 GTTAGTTTAATTCTGGGTGATTAAACTAAATAGT-AAAGAA-AAGAG
1 --TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAG
5621 TAAACAGTAA
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 222, Indels: 148
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.00
41 3 0.00
42 1 0.00
43 3 0.00
46 46 0.03
47 903 0.67
48 61 0.05
49 12 0.01
50 15 0.01
51 14 0.01
52 18 0.01
53 36 0.03
54 197 0.15
55 12 0.01
56 9 0.01
57 11 0.01
58 7 0.01
60 3 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (47 bp):
TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGGA
Found at i:4981 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 4831--4982 Score: 209
Period size: 54 Copynumber: 2.8 Consensus size: 54
4821 GAAGAAGAGG
* * *
4831 TTAGTTTAATTCTGGGCAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAGGTAAACAGTAA
1 TTAGTTTAATTCCGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGTAA
*
4885 TTAGTTTAATTCTC-GGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGATGA
1 TTAGTTTAATTC-CGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGTAAACAG-TAA
* * *
4940 -TAGTTTAATTCCGGGTAATTAAACTAAAAATTAAGAGAAGAAG
1 TTAGTTTAATTCCGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAG
4983 AAAAGAGTTT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 7, Indels: 6
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 85 0.97
55 2 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (54 bp):
TTAGTTTAATTCCGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGTAA
Found at i:5486 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 5416--5668 Score: 314
Period size: 54 Copynumber: 4.7 Consensus size: 54
5406 GAATAAGAGG
* *
5416 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTGAACTAAAGAGTAAGAGAAGAAGTAAACAGTAA
1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGTAA
* * * * *
5470 CTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA
1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGTAA
* * * * * *
5524 TTAG-TTAATTTTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGGAGTAAATAGGAG
1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGTAA
* * *
5577 TTAGTTTAATTCTGGGTGATTAAACTAAATAGT-AAAGAAAAGAGTAAACAGTAA
1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGA-AGTAAACAGTAA
*
5631 TTAGTTTAATAT-TGGGTAATTAAACTAAAGAATAAAAG
1 TTAGTTTAAT-TCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAG
5669 TAAGCAATAA
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 25, Indels: 7
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 53 0.31
54 112 0.66
55 5 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (54 bp):
TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAGTAAACAGTAA
Done.