Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021021.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21054, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12359
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.17, T:0.30
Found at i:5271 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 5254--5296 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.8 Consensus size: 11
5244 ATTTGAGTGC
5254 AAAAAATACAAA
1 AAAAAATA-AAA
5266 AAAAAATAAAA
1 AAAAAATAAAA
* *
5277 AAATAATAAAT
1 AAAAAATAAAA
*
5288 AATAAATAA
1 AAAAAATAA
5297 CGAAACAAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 19 0.70
12 8 0.30
ACGTcount: A:0.81, C:0.02, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (11 bp):
AAAAAATAAAA
Found at i:7355 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7333--7366 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
7323 AAAATACCAA
7333 ATTATAAGAACAGAAAT
1 ATTATAAGAACAGAAAT
7350 ATTATAAGAACAGAAAT
1 ATTATAAGAACAGAAAT
7367 CTCACCATGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.06, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (17 bp):
ATTATAAGAACAGAAAT
Found at i:9455 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9422--9456 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
9412 GTTTGGTAAG
* *
9422 GAAGAAGAAGGGGAAGA
1 GAAGAAGAAGAGAAAGA
9439 GAAGAAGAAGAGAAAGA
1 GAAGAAGAAGAGAAAGA
9456 G
1 G
9457 GGTGCGGCTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.43, T:0.00
Consensus pattern (17 bp):
GAAGAAGAAGAGAAAGA
Found at i:9992 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 9848--10024 Score: 259
Period size: 50 Copynumber: 3.6 Consensus size: 50
9838 TTTGGTAAAG
* * *
9848 TGATAAAAAGGAAATCTATAAGCTAAAAGATGAAATTTTTGATTGATTAA
1 TGATAAAAATGCAATCTTTAAGCTAAAAGATGAAATTTTTGATTGATTAA
*
9898 TGATAAAAATGCAATCTTTAAGCTAAAAGATGAAATTCTTGATTGATTAA
1 TGATAAAAATGCAATCTTTAAGCTAAAAGATGAAATTTTTGATTGATTAA
* * *
9948 TGATAAAAAAGTAATCTTTAA-CTAAAAGATGAGATTTTTGATTGAGTT-A
1 TGATAAAAATGCAATCTTTAAGCTAAAAGATGAAATTTTTGATTGA-TTAA
*
9997 TGATAAAAGTGCAATCTTTAAGCTAAAA
1 TGATAAAAATGCAATCTTTAAGCTAAAA
10025 ATTGGAAATT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 11, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
49 41 0.36
50 73 0.64
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (50 bp):
TGATAAAAATGCAATCTTTAAGCTAAAAGATGAAATTTTTGATTGATTAA
Found at i:10068 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 10013--10425 Score: 220
Period size: 51 Copynumber: 8.1 Consensus size: 51
10003 AAGTGCAATC
* * *
10013 TTTAAGCTAAAAATTGGAA-ATTTAGATTAATT-TGTAAATAAAGGTTGAATT
1 TTTAAGCGAAAAATT-GAACATTTA-AGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
* * *
10064 TTTAATCGAAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
1 TTTAAGCGAAAAATTGAACATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
*** * * * **
10115 TTTAATTAAAAAGATTGAATCTTTTAAGTAGTT-TGTAAATAAA-AATGAAGCC
1 TTTAAGCGAAAA-ATTGAA-CATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAA-TT
* * *
10167 TTTGAG-TAAAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
1 TTTAAGCGAAAA-ATTGAACATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
*** * ** * **
10218 TTTAATTAAAAAGATTGAATCTTTTAAGTAGCT-TGTAAATAAA-AATGAAACC
1 TTTAAGCGAAAA-ATTGAA-CATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTG-AATT
** * * *
10270 TTCGAG-TAAAAGATTGAACTTTTAAGTAATTTTGTAAATAAAGATTGAATT
1 TTTAAGCGAAAA-ATTGAACATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
* *** * * * **
10321 TCTAATTAAAAAGATTGAATCTTTTAAGTAA-TATGTAAATAAA-AGTGAAGCC
1 TTTAAGCGAAAA-ATTGAA-CATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAA-TT
* * * *
10373 TTTGAG-TAAAAGATTGAACTTTTAAGTAATT-TGTAAATAAATATTGAATT
1 TTTAAGCGAAAA-ATTGAACATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
10423 TTT
1 TTT
10426 TCAATTTGTA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 53, Indels: 35
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
50 56 0.19
51 123 0.42
52 79 0.27
53 34 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (51 bp):
TTTAAGCGAAAAATTGAACATTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATT
Found at i:10156 original size:103 final size:102
Alignment explanation
Indices: 10072--10425 Score: 602
Period size: 103 Copynumber: 3.5 Consensus size: 102
10062 TTTTTAATCG
10072 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTAAAAAGATTGAATCT
1 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTAAAAAGATTGAATCT
10137 TTTAAGTAGTTTGTAAATAAAAATGAAGCCTTTGAGTA
66 TTTAAGTAGTTTGTAAATAAAAATGAA-CCTTTGAGTA
10175 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTAAAAAGATTGAATCT
1 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTAAAAAGATTGAATCT
* *
10240 TTTAAGTAGCTTGTAAATAAAAATGAAACCTTCGAGTA
66 TTTAAGTAGTTTGTAAATAAAAATG-AACCTTTGAGTA
* *
10278 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTTTGTAAATAAAGATTGAATTTCTAATTAAAAAGATTGAATCT
1 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTAAAAAGATTGAATCT
* * *
10343 TTTAAGTAATATGTAAATAAAAGTGAAGCCTTTGAGTA
66 TTTAAGTAGTTTGTAAATAAAAATGAA-CCTTTGAGTA
*
10381 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATT-TGTAAATAAATATTGAATTTTT
1 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTT
10426 TCAATTTGTA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 11, Indels: 5
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
102 22 0.09
103 214 0.90
104 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (102 bp):
AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTGTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTAAAAAGATTGAATCT
TTTAAGTAGTTTGTAAATAAAAATGAACCTTTGAGTA
Found at i:11092 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11042--11809 Score: 958
Period size: 40 Copynumber: 18.9 Consensus size: 40
11032 TTGTCTACCT
*
11042 ATTCCCTGTTTTGCCCTTCCCCACCAGAAGGTGTTG-TTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* *
11082 ATTCCTTGTTTTGCCATTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCC-CGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* * * *
11123 TTTCCCGTTTTGTCTTTCCCCATCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
*
11163 ATTCCCAGTTTT-CCCTTCCCCACCAGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
*
11203 TTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
11243 ATTCCCAG-TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* *
11283 TTTCCCGTTTTGCCTTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
*
11323 TTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTTCCGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAA---------GGTGTTGTTTAA
* *
11372 TTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
** *
11412 ATTCCCAATCTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
11452 ATTCCCAG-TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
11492 ATTCCCAG-TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* * * **
11532 TTTCCCAG-TCTGTCCTTCCCCACCTTAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
*
11572 ATTCCCAG-TTTGCCTTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCC-GTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* * *
11612 ATTTCCC-CTTTGCCCTTCCCCACCAGTAGGTGTTGTTTAA
1 A-TTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* *
11652 TTTCCCGTTTTGCCCTTCCTCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
*
11692 TTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* * *
11732 TTTCTCATTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
* * ** * ***
11772 GTTTCCAATTTACCCTTCCCGGTCGGAAGGTGTTGTTT
1 ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTT
11810 TTGTCATGTA
Statistics
Matches: 652, Mismatches: 57, Indels: 38
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 11 0.02
40 583 0.89
41 19 0.03
49 39 0.06
ACGTcount: A:0.15, C:0.29, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
ATTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAA
Found at i:11368 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 11311--11405 Score: 181
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 49
11301 CCCACCGGAA
11311 GGTGTTGTTTAATTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTTCC
1 GGTGTTGTTTAATTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTTCC
*
11360 GGTGTTGTTTAATTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTGTT
1 GGTGTTGTTTAATTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTT
11406 GTTTAAATTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 45 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.26, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (49 bp):
GGTGTTGTTTAATTTCCCGTTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTTCC
Done.