Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021026.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21059, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 41516
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.17, T:0.33
Found at i:771 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 688--1218 Score: 668
Period size: 54 Copynumber: 9.9 Consensus size: 54
678 TAATTACTGC
* * * *
688 TTACTCTTTCTTTTGCTCATTAGTTTAATTACCGAGAATTAAACTGACTTCTGT
1 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
* * ** *
742 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTGTAATTGCCTGGAATTAAACTAA-TTATTGT
1 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT-CTGT
* * *
796 TTACTCCTTCTTTCACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
1 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
*
850 TTACT-TCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTTTGT
1 TTACTCT-TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
*
904 TTACT-TCTTCTTTTACTCTGTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
1 TTACTCT-TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
* *
958 TTACT-TCTTCTTTTACTCATTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-TTAATGT
1 TTACTCT-TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT-CTGT
* ** *
1012 TTACTCCTTCTTTTACAATTTAGTTTAATTATCCAGAATTAAACTAA-TTACTGT
1 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT-CTGT
* * *
1066 TTACTCTTTCGTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTCATCTTCTGT
1 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-AACTTCTGT
* * * **
1121 TTA--C-TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAGCTAGAATTAAACTAACTTCAAT
1 TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
1172 TTACT-TCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA
1 TTACTCT-TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA
1219 TGATTGTATT
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 45, Indels: 22
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
51 9 0.02
52 35 0.08
53 5 0.01
54 360 0.86
55 10 0.02
56 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (54 bp):
TTACTCTTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
Found at i:834 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 678--1225 Score: 736
Period size: 108 Copynumber: 5.1 Consensus size: 108
668 GCCTAATCAA
* * * * * *
678 TAATTACTGCTTACTCTTTCTTTTGCTCA-TTAGTTTAATTACCGAGAATTAAACTGACTTCTGT
1 TAATTATTGTTTACTCCTTCTTTTACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
* * **
742 TTAC-TCTTTCTTTTACTCTTTAGTGTAATTGCCTGGAATTAAAC
65 TTACTTC-TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
*
786 TAATTATTGTTTACTCCTTCTTTCACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTT
1 TAATTATTGTTTACTCCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTT
851 TACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
66 TACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
* * *
894 TAACTT-TTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTGTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
1 TAA-TTATTGTTTACTCCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGT
*
958 TTACTTCTTCTTTTACTCATTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
65 TTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
* * *
1002 TAATTAATGTTTACTCCTTCTTTTACAATTTAGTTTAATTATCCAGAATTAAACTAA-TTACTGT
1 TAATTATTGTTTACTCCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT-CTGT
* *
1066 TTAC-TCTTTCGTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
65 TTACTTC-TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
* * * **
1110 TCATCT-TCTGTTTA---CTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAGCTAGAATTAAACTAACTTCAA
1 TAAT-TAT-TGTTTACTCCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTG
1171 TTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
64 TTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
*
1216 TAATGATTGT
1 TAATTATTGT
1226 ATTCATGGAT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 36, Indels: 25
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 3 0.01
106 83 0.21
107 11 0.03
108 285 0.73
109 11 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (108 bp):
TAATTATTGTTTACTCCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTT
TACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAAC
Found at i:15581 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 15521--15575 Score: 78
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
15511 GTTGATTTTG
*
15521 GACTTGCACTTGGGCACTTTAGCCTTT
1 GACTTGCACTTGGACACTTTAGCCTTT
15548 GACTTGCACTTGGAC-CTTTCAG-CTTT
1 GACTTGCACTTGGACACTTT-AGCCTTT
15574 GA
1 GA
15576 ATTTGCTTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 10 0.38
27 16 0.62
ACGTcount: A:0.16, C:0.25, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
GACTTGCACTTGGACACTTTAGCCTTT
Found at i:16033 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 16028--16069 Score: 75
Period size: 2 Copynumber: 21.0 Consensus size: 2
16018 TATTTTTTAA
*
16028 AT AT AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
16070 CAGAAGGGTG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 38 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:19732 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 19695--20039 Score: 137
Period size: 33 Copynumber: 10.6 Consensus size: 33
19685 GGTAATAATA
19695 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
* ** * **
19728 ATTTGGTAATCAAAGTAAAAAGAAAAAAATGAA
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
* *
19761 ATTGGGTAACTAAAGT--------TAAA-TGGT
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
* * *
19785 ATTTGGTAATTAATGTTAAAAGAGTAAAGTGGT
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
* * ** ** *
19818 AATTGGTAATCAAAGTAAAAAGAAAAAAAAAAAGGAA
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAG---AGTAAATTGG-T
**
19855 ATTTGGTAATTAAAACAAAAAGAGT-AATATGGT
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAAT-TGGT
**** * *
19888 AAAAAG-AGATTAAAGTAAAAACAGTAAAATGGT
1 ATTTGGTA-ATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
** * ** * *
19921 AAAAT-GAAATT-TGGTAGCTAAAG-TTAAA-TGGT
1 -ATTTGGTAATTAAAGTA--AAAAGAGTAAATTGGT
* *
19953 ATTCGGTAATTAGAA-TAAAAAGAGTAAATTGAT
1 ATTTGGTAATTA-AAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
* *
19986 ATTTGGTAAATATAGTAAAAAGAGTAAAATTGGT
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGT-AAATTGGT
*
20020 ATTTGATAATTAAAGTAAAA
1 ATTTGGTAATTAAAGTAAAA
20040 TTGGTAAAAA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 63, Indels: 53
0.66 0.19 0.16
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.07
25 3 0.01
31 5 0.02
32 22 0.10
33 117 0.53
34 36 0.16
36 6 0.03
37 18 0.08
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (33 bp):
ATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAGTAAATTGGT
Found at i:19887 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 19841--19889 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
19831 AGTAAAAAGA
*
19841 AAAAAAAAAAGGAAATTTGGTAATT
1 AAAAAAAAAAGGAAATATGGTAATT
* *
19866 AAAACAAAAAGAGTAATATGGTAA
1 AAAAAAAAAAG-GAAATATGGTAA
19890 AAAGAGATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 10 0.50
26 10 0.50
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAAAAAAGGAAATATGGTAATT
Found at i:19893 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19871--19924 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
19861 TAATTAAAAC
19871 AAAAAGAGTAATATGGT
1 AAAAAGAGTAATATGGT
* **
19888 AAAAAGAG-ATTAAAGT
1 AAAAAGAGTAATATGGT
* *
19904 AAAAACAGTAAAATGGT
1 AAAAAGAGTAATATGGT
19921 AAAA
1 AAAA
19925 TGAAATTTGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 8, Indels: 2
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.43
17 16 0.57
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.19, T:0.19
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAGAGTAATATGGT
Found at i:20023 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 19945--20039 Score: 113
Period size: 34 Copynumber: 2.9 Consensus size: 33
19935 TAGCTAAAGT
*
19945 TAAA-TGGTATTCGGTAATTAGAA-TAAAAAGAG
1 TAAATTGGTATTTGGTAATTA-AAGTAAAAAGAG
* * *
19977 TAAATTGATATTTGGTAAATATAGTAAAAAGAG
1 TAAATTGGTATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAG
*
20010 TAAAATTGGTATTTGATAATTAAAGTAAAA
1 T-AAATTGGTATTTGGTAATTAAAGTAAAA
20040 TTGGTAAAAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 4
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.10
33 23 0.44
34 24 0.46
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (33 bp):
TAAATTGGTATTTGGTAATTAAAGTAAAAAGAG
Found at i:20047 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 19959--20093 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 3.9 Consensus size: 33
19949 TGGTATTCGG
*
19959 TAATTAGAA-TAAAAAGAGT-AAATTGATATTTGG
1 TAATTA-AAGTAAAAAG-GTAAAATTGATATTTGA
* * *
19992 TAAATATAGTAAAAAGAGTAAAATTGGTATTTGA
1 TAATTAAAGTAAAAAG-GTAAAATTGATATTTGA
* *
20026 TAATTAAAGTAAAATTGGTAAAAAGATATGGTATTT-A
1 TAATTAAAGTAAAA-AGGT--AAA-AT-TGATATTTGA
* *
20063 GTAATTAAAGGAAAAGGGTAAAATTGATATT
1 -TAATTAAAGTAAAAAGGTAAAATTGATATT
20094 CAGTAATCAG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 10, Indels: 16
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.01
33 21 0.25
34 28 0.33
35 4 0.05
36 3 0.04
37 6 0.07
38 21 0.25
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (33 bp):
TAATTAAAGTAAAAAGGTAAAATTGATATTTGA
Found at i:21432 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 21401--21450 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
21391 CTTCATTTGA
21401 TTTGATTTGATTGATTATTGC
1 TTTGATTTGATTGATTATTGC
*
21422 TTTGA-TTGATTGCTTATT-C
1 TTTGATTTGATTGATTATTGC
*
21441 CTTGATTTGA
1 TTTGATTTGA
21451 ATTAGTTGTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.19
20 16 0.62
21 5 0.19
ACGTcount: A:0.18, C:0.08, G:0.18, T:0.56
Consensus pattern (21 bp):
TTTGATTTGATTGATTATTGC
Found at i:27280 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 27225--27595 Score: 561
Period size: 54 Copynumber: 6.9 Consensus size: 54
27215 TGCTTAATCT
* * *
27225 TTCTTTTGCTCTTTAGTTGAATTACCCAGAATTAAACTGACTTCTGTTTAC-TC
1 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
* * *
27278 TTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTGCCCAGAATTAAACTAA-TTATTGTTTACTCC
1 -TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT-CTGTTTACTTC
* * * *
27333 TTCTTTCACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTATCTTCTGCTTACTTC
1 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
27387 TTC-TTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
27440 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
* *
27494 TCCTTTTACTCTTTAGTTTAATTATCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
* *
27548 TCCTTTTACTCTTT-GCTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTTTGTT
1 TTCTTTTACTCTTTAG-TTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTT
27596 AATTACCTAG
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 21, Indels: 10
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 52 0.18
54 236 0.81
55 3 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (54 bp):
TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC
Found at i:27411 original size:161 final size:162
Alignment explanation
Indices: 27227--27595 Score: 557
Period size: 161 Copynumber: 2.3 Consensus size: 162
27217 CTTAATCTTT
* * *
27227 CTTTTGCTCTTTAGTTGAATTACCCAGAATTAAACTGACTTCTGTTTAC-TCTTTCTTTTACTCT
1 CTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTC-TTCTTTTACTCT
* * *
27291 TTAGTTTAATTGCCCAGAATTAAACTAA-TTATTGTTTACTCCTTCTTTCACTATTTAGTTTAAT
65 TTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT-CTGTTTACTCCTCCTTTCACTATTTAGTTTAAT
* *
27355 TACCCAGAATTAAACTATCTTCTGCTTACTTCTT
129 TACCCAGAATTAAACTAACTTCTGCTTACTTCTC
27389 C-TTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTT
1 CTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTT
* * *
27453 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTTAGTTTAATTA
66 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTCCTCCTTTCACTATTTAGTTTAATTA
* *
27518 TCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTC
131 CCCAGAATTAAACTAACTTCTGCTTACTTCTC
*
27550 CTTTTACTCTTT-GCTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTTTGTT
1 CTTTTACTCTTTAG-TTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTT
27596 AATTACCTAG
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 14, Indels: 8
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 143 0.76
162 46 0.24
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (162 bp):
CTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTT
TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTCCTCCTTTCACTATTTAGTTTAATTA
CCCAGAATTAAACTAACTTCTGCTTACTTCTC
Found at i:27598 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 27565--27624 Score: 102
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
27555 ACTCTTTGCT
*
27565 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTTTG
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTG
*
27594 TTAATTACCTAGAATTAAACTAACTTCTG
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTG
27623 TT
1 TT
27625 TACTTCTTCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 29 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (29 bp):
TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTG
Found at i:27651 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 27511--27670 Score: 270
Period size: 83 Copynumber: 1.9 Consensus size: 83
27501 ACTCTTTAGT
*
27511 TTAATTATCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTTGCTTTAATTACCCA
1 TTAATTATCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTAGCTTTAATTACCCA
27576 GAATTAAACTAACTTTTG
66 GAATTAAACTAACTTTTG
*
27594 TTAATTA-CCTAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAG-TTTAATTACC
1 TTAATTATCC-AGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACT-CTTAGCTTTAATTACC
27657 CAGAATTAAACTAA
64 CAGAATTAAACTAA
27671 TTAATGTTTA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 2, Indels: 4
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 2 0.03
83 67 0.92
84 4 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (83 bp):
TTAATTATCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTAGCTTTAATTACCCA
GAATTAAACTAACTTTTG
Found at i:27679 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 27594--27887 Score: 385
Period size: 54 Copynumber: 5.5 Consensus size: 53
27584 CTAACTTTTG
* *
27594 TTAATTACCTAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAA-TTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
* * ** *
27648 TTAATTACCCAGAATTAAACTAATTAATGTTTACTCCTTCTTTTACAATTTATT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAATT-CTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
* * *
27702 TTAATTACCCAAAATTAAACTAATTACCGTTTAC-TCTTTCTTTTACTATTTAGT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAATT-CTGTTTACTTC-TTCTTTTACTCTTTAGT
27756 TTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAA--TTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
* * *
27811 TTAA-TACCTATAATTAAACTAACTTCTATTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAA-TTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
*
27864 TTAATTACCTAGAATTAAACTAAT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAAT
27888 GATTGTATTC
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 20, Indels: 13
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 38 0.18
54 145 0.68
55 27 0.13
56 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (53 bp):
TTAATTACCCAGAATTAAACTAATTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGT
Found at i:27705 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 27457--27724 Score: 412
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 137
27447 ACTCTTTAGT
* *
27457 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTTAGTTTAATTATCCA
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
* * ** * *
27522 GAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTTGCTTTAATTACCCAGAATTAAACTA
66 GAATTAAACTAACTTATGTTTACTCCTCCTTTTACAATTTACTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
27587 ACTTTTG
131 ACTTTTG
* *
27594 TTAATTACCTAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
* *
27659 GAATTAAACTAA-TTAATGTTTACTCCTTCTTTTACAATTTATTTTAATTACCCAAAATTAAACT
66 GAATTAAACTAACTT-ATGTTTACTCCTCCTTTTACAATTTACTTTAATTACCCAAAATTAAACT
27723 AA
130 AA
27725 TTACCGTTTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 12, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
136 2 0.02
137 116 0.98
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (137 bp):
TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
GAATTAAACTAACTTATGTTTACTCCTCCTTTTACAATTTACTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
ACTTTTG
Found at i:27736 original size:191 final size:192
Alignment explanation
Indices: 27403--27787 Score: 573
Period size: 191 Copynumber: 2.0 Consensus size: 192
27393 ACTCTTTAGT
*
27403 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCA
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
* * ** * *
27468 GAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTCCTTTTACTCTTTAGTTTAATTATCCAGAATTAAACTA
66 GAATTAAACTAACTTATGTTTACTCCTCCTTTTACAATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
* * *
27533 ACTTCTGTTTACT-TCTCCTTTTACTCTTT-GCTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-CTTTTG
131 ACTTCCGTTTACTCT-TCCTTTTACTATTTAG-TTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTCTG
*
27594 TTAATTACCTAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
* *
27659 GAATTAAACTAA-TTAATGTTTACTCCTTCTTTTACAATTTATTTTAATTACCCAAAATTAAACT
66 GAATTAAACTAACTT-ATGTTTACTCCTCCTTTTACAATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACT
*
27723 AA-TTACCGTTTACTCTTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTCTG
130 AACTT-CCGTTTACTCTTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTCTG
27786 TT
1 TT
27788 TACTTCTTCT
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 14, Indels: 9
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
190 4 0.02
191 162 0.93
192 9 0.05
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (192 bp):
TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
GAATTAAACTAACTTATGTTTACTCCTCCTTTTACAATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
ACTTCCGTTTACTCTTCCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTCTG
Found at i:27852 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 27594--27887 Score: 448
Period size: 162 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
27584 CTAACTTTTG
*
27594 TTAATTACCTAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
* *
27659 GAATTAAACTAATTAATGTTTACTCCTTCTTTTACAATTTATTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
66 GAATTAAACTAATTAATATTTACTCCTTCTTTTACAATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
27724 ATTACCGTTTACTCTTTCTTTTACTATTTAGT
131 ATTACCGTTTACTCTTTCTTTTACTATTTAGT
* *
27756 TTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAA-TACCT
1 TTAATTACCCAGAATTAAACTAA-CTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCC
* * * ** * *
27820 ATAATTAAACTAACTT-CTATTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC
65 AGAATTAAACTAA-TTAATATTTACTCCTTCTTTTACAATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAAC
27884 TAAT
129 TAAT
27888 GATTGTATTC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 12, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
162 82 0.69
163 36 0.31
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (162 bp):
TTAATTACCCAGAATTAAACTAACTTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCCTTAGTTTAATTACCCA
GAATTAAACTAATTAATATTTACTCCTTCTTTTACAATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTA
ATTACCGTTTACTCTTTCTTTTACTATTTAGT
Found at i:28635 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 28509--28655 Score: 258
Period size: 76 Copynumber: 1.9 Consensus size: 76
28499 CCCTGTCTGC
* *
28509 AACCCTAAATTTGACCAGCGCCGCCGCCGGGAATCCCACTGCCGCATCGAAGCACAAATCCACCG
1 AACCCTAAATTTGACCAGCGCCGCCGCCGGGAATCCCACCGCCGCATCGAAGCACAAACCCACCG
28574 TAGAACTCTTT
66 TAGAACTCTTT
* *
28585 AACCCTAAATTTGACCAGCGCCGCCGCCGGGAATCCCACCGCCGCGTCGAAGCACAAACCCATCG
1 AACCCTAAATTTGACCAGCGCCGCCGCCGGGAATCCCACCGCCGCATCGAAGCACAAACCCACCG
28650 TAGAAC
66 TAGAAC
28656 GCTTCGAGCT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 67 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.38, G:0.20, T:0.14
Consensus pattern (76 bp):
AACCCTAAATTTGACCAGCGCCGCCGCCGGGAATCCCACCGCCGCATCGAAGCACAAACCCACCG
TAGAACTCTTT
Found at i:31640 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 31580--31679 Score: 155
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
31570 ATGCTAATTG
* *
31580 ATTTTAATTTGATCAAAATAGTCAAATTAATCAATCAATCAATCTAATAGT
1 ATTTTAATTTAATCAAAATAGTCAAATCAATCAATCAATCAATCTAATAGT
* * *
31631 ATTTTAATTTAATCAAACTATTCAAATCAATCAATCAATTAATCTAATA
1 ATTTTAATTTAATCAAAATAGTCAAATCAATCAATCAATCAATCTAATA
31680 TATATAAATT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 44 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (51 bp):
ATTTTAATTTAATCAAAATAGTCAAATCAATCAATCAATCAATCTAATAGT
Found at i:37415 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 37399--37423 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
37389 ATTAGCCTAA
37399 GATTCATGTCT
1 GATTCATGTCT
37410 GATTCATGTCT
1 GATTCATGTCT
37421 GAT
1 GAT
37424 CCAGTCTAAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.20, T:0.44
Consensus pattern (11 bp):
GATTCATGTCT
Found at i:38202 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 38172--38275 Score: 208
Period size: 23 Copynumber: 4.5 Consensus size: 23
38162 CAAATTAACC
38172 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
1 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
38195 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
1 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
38218 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
1 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
38241 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
1 TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
38264 TGGCCCCAACTT
1 TGGCCCCAACTT
38276 GGACTTCGTC
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 81 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (23 bp):
TGGCCCCAACTTAAAGGGTAAGT
Done.