Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01002104.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig02104, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6311
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1211 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 508--3250 Score: 2300
Period size: 332 Copynumber: 8.4 Consensus size: 329
498 ATTATATTTA
* * * *
508 AATTCCACGTCAAAAAGATTGAATGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTGTTTCCTATTTTTTGTC
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT-TTTCCTA-TTTTT-TC
* ** * *
573 CGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGCTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
63 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * *
638 ATGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATAAATAAATATTTCAAGGAGTCTTCGCTCCAAAAATTAT
127 ATGTGGATGAGATTTGATTAAATGAAT-AA-AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
* * * ** *
703 GCAAAACTGAGCCTGAGCCTCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGT-TAAAGTTTGTACACGAT
190 G-AAAACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGT-TGGTTAGTACACGAT
** * * * * * **
767 TTCAACT-AAAATTTTGCACAAATT-TA-CGCAAAAAAATTTCCTCAA-TTTTGAGCCACGATAC
253 TTCGGCTGAAAA-TTTGCAAAAATTGAACCG-ATAGAATTTTCGACAATTTTTG-GCCACGATAC
828 TCATAAAAAATATAT
315 TCATAAAAAATATAT
* * *
843 AATTCCACGCCAAAAAGATTGAATGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTATTTTTTCCG
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTCCTATTTTTTCCG
* * * **
908 ACTTAATTTCTAATTATATCG-AACCGAATTTTGATGCTCGTAAAACTAAATCCTTAAATCCAAT
65 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAC-AAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
972 GTGGATGAGATTTGGTTAAATGTATAAAGATATTTCAAAGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGTAA
129 GTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG-AA
1037 AACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAA-CTGTGTTGGTTAGTACACGATTTCG
193 AACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGTTGGTTAGTACACGATTTCG
* *
1101 GCTGAAAATTTGCAAAAATTGAACCGATATAATTTTTGACAATTTTTGGCCACGATACTCATAAA
257 GCTGAAAATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGATACTCAT-AA
1166 AAAATATAT
321 AAAATATAT
** * * * *
1175 AACCCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCCG
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCTATTTTTTCCG
* *
1240 AATTAATTTTTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAACGAAATCCTTAAATCCAAT
65 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAC-AAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * * * * * * *
1305 GTGGGTGAGATTTAATTAGATAAATATAGATATGTCTATGAGTCATGGCGCCCAAATTCATGCAA
129 GTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAA
* * * * *
1370 A---A--C-GGG-CCCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAAATCATGATGGTTAGTACAAGATTTCGAC
194 ACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGTTGGTTAGTACACGATTTCGGC
* *
1427 TGAAAATTTGCAAAAATTGACCCGATAGAATTTTCGACAATTTTTCGCCACGATACTCATAAAAA
259 TGAAAATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAA
1492 ATATAT
324 ATATAT
* * * * ** * *
1498 AATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGACTGTTCAATCTTCTAATTTCGGTTTTCCTA--TTTTCCT
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTCCTATTTTTTCCG
* * * **
1561 AATTAATTTCTAATTCAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCCTAAAAACATATCCCAAAATCCAAT
65 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
1626 GTGGCTGAGA--T--TT---TG--T-TAG--A--T---GG-GTCTTGGCGCCAAATATCGTGCAA
129 GTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG-AA
* ** * *
1673 AACAGAGCC-GGGACTGCGGAACACGT-TTTTTTGCCAAACA-CGGTGATT-GTTAGTACACGAT
193 AACTGAGCCTGGG-CCCCGG-A-ACGTGTTTTTAGCCAAAAATC-GTG-TTGGTTAGTACACGAT
* ** * * * ** * * *
1734 TTCGGCT-AAATTTTTGCAAAAATTTTACTGA-A-AGTTTCCCCCTCAATTTTTAGCCACAATTC
253 TTCGGCTGAAA-ATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTT--TCGACAATTTTTGGCCACGATAC
** *
1796 TCATAAATTATATTT
315 TCATAAAAAATATAT
* * * * * *
1811 AAATTAAACGTCAAAAATATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTGTTTGCTTTTTTTTTT
1 -AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT-TTT-C--CTATTTTT
* ** * *
1876 GTCCGAATTACTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAAT
61 -TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCG-TAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
1941 CCAATGTGGATGAGATTTGATTATATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGGCTCCAAAAATTA
124 CCAATGTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
* * * * * * *
2006 TGCAAAACCGAGCCTGAGCCTCGGAACGTATTTTTAGCCAAAAATCGT-TATAGTTTGTACATGA
189 TG-AAAACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGT-TGGTTAGTACACGA
* ** * * ** *
2070 TTTCGACT-AAAATTTTGC-AAAATTTTACGCAAAAGAATTTTCCTCAATTTTGGGCCACGATAC
252 TTTCGGCTGAAAA-TTTGCAAAAATTGAAC-CGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGATAC
*
2133 TTATAAAAAATATAT
315 TCATAAAAAATATAT
* * * *
2148 AATTCCACGCCAAAAAGATTGAATGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTAATTTTTCCG
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTCCTATTTTTTCCG
* ***
2213 AATTAATTTCTAATTATATCGAAACCGGATTTTTATGCTCGTAAAACTAAATCCTTAAATCCAAT
65 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAC-AAATCCTTAAATCCAAT
* * *
2278 GT-GATGAGATTTGGTTAAATGTATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGTAA
129 GTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG-AA
* * *
2342 AACTGAGCCTAGGCCCCGGAACGTGTTTTTTGCCAAAAA-CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
193 AACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGTTGGTTAGTACACGATTTCG
* *
2406 GCTGAAAATTTGCAAAAATTGACCCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGGTACTCATAAA
257 GCTGAAAATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGATACTCAT--A
2471 AAAAATATAT
320 AAAAATATAT
* * * * *
2481 AACTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCCGA
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCCGA
* * *
2546 ATTAATTTTTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCTAATG
66 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* ** ** * * * * * * * *
2611 TGGCTGAGATTTCTTTTTATAAATATAGATGTTTCTATGAGTCATGGCGCCAAAATTCATGCAAA
130 TGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAA
* * * *
2676 ---A--C-GGG-CCCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAAATCATGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
195 CTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGTTGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* *
2733 GAAAATTTGCAAAAATTGACCCGATAGAATTTTCGACAAATTTTGGCCACGATACTCATAAAAAA
260 GAAAATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAA
2798 TATAT
325 TATAT
* * * * * *
2803 AATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGACTGTACAAGCTTCTAATATCGGTTTTCCTA--TTTTCCG
1 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTCCTATTTTTTCCG
* * * **
2866 AATTAATTTCTAATTCAATAGAAACCGGATTGAGATGCTCCTAAAAACAAATCCCAAAATCCAAT
65 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
2931 GT-GACTGAGA--T--TT-CAT---T--AG--A--T---GG-GTCTTGACGCCAAAAATCATGCA
129 GTGGA-TGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG-A
* * ** ** * * * *
2977 AAACAGAGTC-GGGACTGCGGAACACGTTTTTTGCCAAACA-CGGTGATGGTTAATACACGATTT
192 AAACTGAGCCTGGG-CCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGTTGGTTAGTACACGATTT
* * * ** * ** * * *
3040 CGACT-AAATTTTTGCAAAAATTTAATTGA-A-AGTTTCTCCCTCAATTTTTAGCCACAATTCTC
255 CGGCTGAAA-ATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTT-T-CGACAATTTTTGGCCACGATACTC
*** *
3102 ATAAATTTTATTT
317 ATAAAAAATATAT
* * * *
3115 AAATTCAACGTCAAAAAGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTGTTTCCTTTTTTTTGT
1 -AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT-TTTCC-TATTTTT-T
* ** ** * *
3180 TCGAATTAATTTCTAATTATTTCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
62 CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAAATCC
3245 AATGTG
126 AATGTG
3251 CATGGGCCCC
Statistics
Matches: 1967, Mismatches: 342, Indels: 215
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
303 34 0.02
304 8 0.00
307 4 0.00
309 9 0.00
310 4 0.00
311 32 0.02
312 86 0.04
313 118 0.06
314 41 0.02
315 1 0.00
316 5 0.00
317 64 0.03
319 5 0.00
320 67 0.03
321 138 0.07
322 54 0.03
323 59 0.03
324 173 0.09
325 35 0.02
326 5 0.00
327 4 0.00
329 4 0.00
330 100 0.05
331 185 0.09
332 287 0.15
333 214 0.11
334 6 0.00
335 53 0.03
336 59 0.03
337 73 0.04
338 34 0.02
339 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCCGA
ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
GGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAC
TGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCGTGTTGGTTAGTACACGATTTCGGCTG
AAAATTTGCAAAAATTGAACCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAAT
ATAT
Found at i:2021 original size:974 final size:972
Alignment explanation
Indices: 806--2622 Score: 2334
Period size: 974 Copynumber: 1.9 Consensus size: 972
796 AAAAAAATTT
* ** * *
806 CCTCAATTTTGAGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCCACGCCAAAAAGATTGAATGGCT
1 CCTCAATTTTGAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGAT
* * * *
871 TTTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTATTTTTTCCGACTTAATTTCTAATTATATCGAACCGAA
66 TTTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAA
** * * *
936 TTTTGATGCTCGTAAAACTAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAAATGTATAAAG
131 TTCAGATGCTCGAAAAACTAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAG
* * * *
1001 ATATTTCAAAGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCCTGGGCCCCGGAACGTGTTTT
196 ATATTTCAAAGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAACCGAGCCTGAGCCCCGGAACGTATTTT
* * *
1066 TAGCCAAAAA-CTGTGT-TGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAA-TTTGCAAAAATTGAAC-CG
261 TAGCCAAAAATC-GT-TATAGTTAGTACACGATTTCGACT-AAAATTTTGC-AAAATTGAACGCA
* * ** *
1127 ATATAATTTTTGACAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAAATATATAA-CCCAACGCCAAAAA
322 AAAGAATTTTCCACAATTTTGGGCCACGATACTCAT-AAAAAATATATAATCCC-ACGCCAAAAA
* * ** *
1191 AATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATC-GTTTTTCTTTTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATT
385 AATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCAG-ATTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAATT
*
1255 AAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAACGAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTAA
449 AAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAACGAAATCCTTAAATCCAATGT-GATGAGATTTAA
* * * * * * *
1320 TTAGATAAATATAGATATGTCTATGAGTCATGGCGCCCAAATTCATGCAAAAC-G-GG-CCCGGA
513 TTAAATAAATAAAGATATGTCAAGGAGTCATGGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGCGGCCCCGGA
1382 ACGCGTTTTTAG-CAAAAA-TCATGATGGTTAGTACAAGATTTCGACTGAAAATTTGCAAAAATT
578 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACT-ATGATGGTTAGTACAAGATTTCGACTGAAAATTTGCAAAAATT
*
1445 GACCCGATAGAATTTTCGACAATTTTTCGCCACGATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACACC
642 GACCCGATAGAATTTTCGACAATTTTTCGCCACGATACTCATAAAAAAATATATAACTCAACACC
* * * *
1509 AAAAAGATTGAAAGACTGT-TCAATCTTCTAATTTCGGTTTTC-CTATTTTCCTAATTAATTTCT
707 AAAAAAATTGAAAGACT-TCTCAAGCTTCTAATATCGGTTTTCTCTATTTTCCGAATTAATTTCT
* *
1572 AATTCAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCCTAAAAACATATCCCAAAATCCAATGTGGCTGAGAT
771 AATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCCTAAAAACAAATCCCAAAATCCAATGTGGCTGAGAT
1637 TTTGTTAGATGGGTCTTGGCGCCAAATATCGTGCAAAACAGAGCCGGGACTGCGGAACACGTTTT
836 TTTGTTAGATGGGTCTTGGCGCCAAATATCGTGCAAAACAGAGCCGGGACTGCGGAACACGTTTT
1702 TTTGCCAAACACGGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTTTACTGAAA
901 TTTGCCAAACACGGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTTTACTGAAA
1767 GTTTCCC
966 GTTTCCC
* * ** * * *
1774 CCTCAATTTTTAGCCACAATTCTCATAAATTATATTTAAATTAAACGTCAAAAATATTGAAGGGA
1 CCTCAATTTTGAGCCACAATACTCATAAAAAATATAT-AATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGA
* * * *
1839 TTTTCACGCTTCTAATATC-GTGTTTGCTTTTTTTTTTGTCCGAATTACTTTCTAATTAAATCGA
65 TTTTCACGCTTCTAATATCAG-ATTT-C--CTATTTTT-TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
*
1903 AACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAAC-AAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTATAT
125 AACAA-ATTCAGATGCTCG-AAAAACTAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAAAT
* * * ** * *
1967 GAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGGCTCCAAAAATTATGCAAAACCGAGCCTGAGCCTCGGAA
188 GAATAAAGATATTTCAAAGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAACCGAGCCTGAGCCCCGGAA
* * **
2032 CGTATTTTTAGCCAAAAATCGTTATAGTTTGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAATTTTA
253 CGTATTTTTAGCCAAAAATCGTTATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAATTGAA
* * *
2097 CGCAAAAGAATTTTCCTCAATTTTGGGCCACGATACTTATAAAAAATATATAATTCCACGCCAAA
318 CGCAAAAGAATTTTCCACAATTTTGGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATCCCACGCCAAA
* * *
2162 AAGATTGAATGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
383 AAAATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* *** * * **
2227 TATATCGAAACCGGATTTTTATGCTCGTAAAACTAAATCCTTAAATCCAATGTGATGAGATTTGG
448 TAAATCGAAACCGGATTGAGATACTCGTAAAACGAAATCCTTAAATCCAATGTGATGAGATTTAA
** * * *
2292 TTAAATGTATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCCTAGGCC
513 TTAAATAAATAAAGATATGTCAAGGAGTCATGGAGCCAAAAATCATGCAAAAC--AG-C--GGCC
* * * * *
2357 CCGGAACGTGTTTTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAA
573 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACAAGATTTCGACTGAAAATTTGCAAA
* *
2422 AATTGACCCGATAGAATTTTCGACAATTTTTGGCCACGGTACTCATAAAAAAAATATATAACTCA
638 AATTGACCCGATAGAATTTTCGACAATTTTTCGCCACGATACTCAT-AAAAAAATATATAACTCA
* * * * * * *
2487 ACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCCGAATTAAT
702 ACACCAAAAAAATTGAAAGACTTCTCAAGCTTCTAATATCGGTTTTCTCTATTTTCCGAATTAAT
* * * ** *
2552 TTTTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTG
767 TTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCCTAAAAACAAATCCCAAAATCCAATGTGGCTG
2617 AGATTT
832 AGATTT
2623 CTTTTTATAA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 108, Indels: 40
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
968 32 0.04
969 43 0.06
970 1 0.00
972 56 0.08
973 162 0.23
974 176 0.25
975 7 0.01
979 2 0.00
980 16 0.02
981 86 0.12
982 2 0.00
983 53 0.07
984 77 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (972 bp):
CCTCAATTTTGAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGAT
TTTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAA
TTCAGATGCTCGAAAAACTAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAAATGAATAAAG
ATATTTCAAAGAGTCTTGGAGCCAAAAATCATGCAAAACCGAGCCTGAGCCCCGGAACGTATTTT
TAGCCAAAAATCGTTATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAATTGAACGCAAAAG
AATTTTCCACAATTTTGGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATCCCACGCCAAAAAAATTGA
AGGGCTTCTCACGCTTCTAATATCAGATTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACCGGATTGAGATACTCGTAAAACGAAATCCTTAAATCCAATGTGATGAGATTTAATTAAATAA
ATAAAGATATGTCAAGGAGTCATGGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGCGGCCCCGGAACGCGTTT
TTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACAAGATTTCGACTGAAAATTTGCAAAAATTGACCCGATA
GAATTTTCGACAATTTTTCGCCACGATACTCATAAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAAATT
GAAAGACTTCTCAAGCTTCTAATATCGGTTTTCTCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
AAACCGGATTGAGATGCTCCTAAAAACAAATCCCAAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
GGGTCTTGGCGCCAAATATCGTGCAAAACAGAGCCGGGACTGCGGAACACGTTTTTTTGCCAAAC
ACGGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTTTACTGAAAGTTTCCC
Found at i:4050 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 4034--4061 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
4024 ATATACAATG
4034 TTGCTTAATTTAT
1 TTGCTTAATTTAT
4047 TTGCTTAATTTAT
1 TTGCTTAATTTAT
4060 TT
1 TT
4062 TTGTTGCACT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.07, G:0.07, T:0.64
Consensus pattern (13 bp):
TTGCTTAATTTAT
Found at i:6189 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 6183--6207 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
6173 CTAATTATTA
6183 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
6208 TANATACATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:6232 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 6224--6311 Score: 167
Period size: 3 Copynumber: 29.0 Consensus size: 3
6214 CATATATATA
6224 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
6272 TAT TAT TAT TAT TAT TAGT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TA-T TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 0, Indels: 2
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
3 81 0.96
4 3 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.01, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Done.