genome.fa.s21101.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01021101.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21134, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  246710

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6215--6315	22	4.5	22	66	16	64	36	11	14	36	1.84
6335--6404	22	3.2	22	79	6	70	37	10	17	35	1.83
6473--6579	22	4.9	22	76	10	94	34	10	18	36	1.85
6841--6900	22	2.7	22	79	5	68	38	8	13	40	1.75
18255--18294	13	3.0	13	85	3	53	50	0	2	47	1.14
21268--21474	87	2.5	84	85	6	260	14	43	15	26	1.85
21317--21580	87	3.0	87	82	3	282	15	45	15	23	1.85
22539--22564	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
24356--24413	30	1.9	30	85	0	80	15	43	10	31	1.80
24834--24880	21	2.2	21	85	7	60	57	0	14	27	1.38
24842--24880	21	1.9	21	89	5	62	58	0	15	25	1.37
29271--29298	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
41793--41822	12	2.4	12	94	5	51	50	20	23	6	1.71
58888--58978	42	2.2	42	88	2	130	42	17	3	36	1.66
59297--59417	61	2.1	58	92	6	199	58	4	19	18	1.54
59782--59827	22	2.0	23	84	12	60	54	13	4	28	1.57
60266--60359	45	2.2	44	87	11	133	39	20	5	35	1.75
61919--61976	24	2.2	27	73	23	68	25	12	20	41	1.87
61926--61980	24	2.2	25	93	3	94	23	12	25	38	1.90
62562--62595	5	7.2	5	87	12	54	55	0	20	23	1.43
62558--62600	18	2.3	18	96	4	77	53	0	23	23	1.46
62567--62591	13	1.9	13	100	0	50	56	0	20	24	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64998--65091	46	2.0	47	95	2	172	46	24	6	22	1.75
71612--72801	376	3.1	376	93	2	1986	35	18	18	26	1.95
75864--75901	18	2.1	18	100	0	76	26	28	5	39	1.78
80581--80670	43	2.1	43	84	8	114	33	21	6	38	1.79
83147--83184	19	2.0	19	100	0	76	42	5	15	36	1.70
86838--86899	16	3.9	16	79	8	72	54	27	9	8	1.61
87106--87170	32	2.0	32	93	0	112	36	35	9	18	1.83
87123--87175	16	3.3	16	69	10	54	35	33	9	20	1.85
94207--94276	36	1.9	36	88	0	104	22	11	8	57	1.61
95064--95160	25	3.9	25	98	1	187	55	8	7	28	1.56
95151--95231	39	2.0	40	92	2	137	37	3	8	50	1.51
96800--96831	16	2.0	16	100	0	64	18	18	12	50	1.78
97453--97486	9	3.9	9	88	7	52	47	8	0	44	1.34
98906--98949	3	14.7	3	87	0	61	36	0	4	59	1.18
99260--99290	12	2.6	12	94	0	53	0	19	32	48	1.49
99755--99797	20	2.1	21	86	4	61	20	18	20	39	1.93
99785--99867	42	2.0	43	88	7	125	34	21	19	24	1.96
101007--101062	29	1.9	29	89	7	87	33	23	5	37	1.78
102357--102456	44	2.3	44	96	1	184	52	11	8	29	1.65
111741--111956	22	9.8	22	74	7	152	41	9	15	33	1.80
111765--111827	21	2.7	22	83	14	74	44	7	11	36	1.69
111788--111980	44	4.4	44	71	10	146	43	9	13	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112081--112641	22	25.7	22	71	11	282	38	10	14	36	1.80
112609--112656	22	2.2	22	81	7	53	50	8	14	27	1.71
117569--117616	5	10.4	5	82	17	68	22	20	0	56	1.43
118291--118341	20	2.5	20	87	6	66	68	13	1	15	1.30
119319--119364	1	46.0	1	82	0	56	91	8	0	0	0.43
119319--119364	6	7.8	6	95	2	67	91	8	0	0	0.43
120253--120377	44	2.8	44	82	0	142	40	14	12	32	1.84
120253--120490	22	10.9	22	69	11	105	38	11	19	31	1.87
120517--120566	23	2.2	22	82	3	55	28	10	22	40	1.86
120586--120724	22	6.4	22	78	2	129	33	12	17	36	1.87
120614--120741	44	2.9	42	80	5	139	32	12	19	35	1.89
120605--120727	66	1.9	64	83	3	156	32	13	17	36	1.88
120608--120743	22	6.2	21	80	8	103	31	13	18	36	1.89
122492--122615	44	2.8	43	81	2	131	38	12	13	34	1.83
122494--122672	22	8.0	22	67	15	89	40	11	13	34	1.81
122716--122813	42	2.3	42	96	0	178	33	10	20	35	1.86
122796--123147	22	15.6	22	70	11	86	33	11	17	37	1.85
123001--123147	44	3.3	44	82	3	163	29	12	17	40	1.85
123001--123146	66	2.2	66	81	6	161	30	11	17	41	1.85
124794--125046	130	1.9	130	95	0	452	45	13	13	27	1.81
129373--129410	20	1.9	20	100	0	76	36	13	23	26	1.91
130488--130541	28	1.9	28	81	7	65	46	27	7	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134135--134395	65	4.1	64	87	3	346	19	27	31	21	1.97
134401--134536	25	5.5	25	83	3	159	11	22	31	35	1.89
134410--134547	48	2.8	50	81	7	167	13	20	31	34	1.91
134792--134959	50	3.4	49	66	14	119	19	25	33	21	1.97
134743--135247	100	5.1	100	90	1	762	20	24	32	22	1.98
134743--135248	198	2.5	199	89	2	775	20	24	32	22	1.98
138024--138069	22	2.1	22	88	4	67	30	13	4	52	1.59
138035--138653	22	28.5	22	68	11	222	36	16	9	37	1.82
138676--138914	22	10.8	22	75	7	135	37	16	10	35	1.83
138585--138731	78	1.9	78	81	5	181	36	16	7	40	1.77
138671--138915	44	5.5	43	74	9	170	37	17	10	35	1.83
138753--138915	66	2.5	66	83	4	204	36	19	10	34	1.86
140934--140978	6	7.5	6	100	0	90	33	0	15	51	1.44
152967--153111	77	1.9	77	100	0	290	23	15	40	20	1.91
153967--156282	325	7.1	320	78	7	2120	36	16	14	32	1.90
156281--157546	332	3.8	330	78	7	1140	36	15	13	33	1.87
166695--167755	329	3.3	325	79	9	896	36	16	13	33	1.88
167176--167755	313	1.9	313	84	6	800	35	15	14	33	1.89
171758--171783	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
173346--173398	25	2.1	25	82	10	63	28	7	18	45	1.77
174987--175052	29	2.2	30	86	2	89	1	39	1	57	1.17
175935--175964	15	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176199--176240	7	6.1	7	86	13	61	42	0	14	42	1.45
176199--176235	19	1.9	19	100	0	74	43	0	13	43	1.44
176201--176228	12	2.3	12	100	0	56	42	0	14	42	1.45
182441--182507	21	3.2	21	64	16	57	50	14	5	28	1.66
182428--182508	42	1.9	42	97	0	153	46	16	7	29	1.73
184523--184560	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
190215--190253	15	2.6	15	100	0	78	17	20	12	48	1.80
196456--196485	6	5.0	6	91	0	51	80	3	0	16	0.85
197962--198002	16	2.6	16	100	0	82	29	36	0	34	1.58
206134--206310	88	2.0	88	100	0	354	40	12	4	42	1.63
207419--207515	22	4.4	22	74	8	90	39	12	15	32	1.85
207431--207583	66	2.3	64	82	4	171	36	11	16	35	1.85
207622--207783	22	7.4	21	75	10	103	37	8	17	37	1.79
207626--207743	44	2.7	42	79	10	119	35	9	20	34	1.85
207618--207769	66	2.3	66	76	8	166	35	8	18	37	1.81
207888--208039	44	3.4	43	74	13	130	42	9	12	35	1.76
207888--208041	22	7.0	22	72	10	100	41	9	12	35	1.77
208091--208242	64	2.4	65	86	5	202	38	7	17	36	1.79
208121--208284	65	2.5	64	89	3	247	38	9	15	35	1.81
208120--208368	22	11.5	22	68	13	90	40	9	16	34	1.80
208120--208779	44	15.2	44	67	13	231	38	9	16	35	1.81
208375--208779	22	18.3	22	72	7	158	38	10	15	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208293--208452	82	1.9	84	84	5	218	41	7	16	34	1.76
208395--208496	23	4.5	22	85	8	109	36	8	14	40	1.77
209154--209201	24	2.0	24	95	0	87	35	8	12	43	1.73
212014--212065	19	2.6	20	78	9	61	32	17	11	38	1.85
215681--215714	12	2.9	12	91	4	52	41	0	2	55	1.15
225583--225612	15	1.9	16	93	6	53	73	0	26	0	0.84
225583--225613	16	1.9	16	93	0	53	74	0	25	0	0.82
232438--232475	19	2.0	20	89	5	60	36	26	2	34	1.71
239635--239670	13	2.8	13	86	0	54	44	22	13	19	1.86
243922--244001	44	1.9	41	85	14	110	38	6	15	40	1.72

Tables:   1   2