genome.fa.s21109.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01021109.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21142, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85148

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--148	5	29.6	5	95	2	271	0	0	20	79	0.74
5317--5434	27	4.5	27	67	10	82	18	23	36	21	1.95
5322--5418	51	1.9	51	91	0	158	19	23	35	21	1.96
10387--10484	30	2.9	35	80	16	134	6	37	10	45	1.63
10389--10491	36	3.1	33	81	13	122	5	36	11	45	1.65
10396--10489	18	5.6	18	70	19	76	6	36	12	44	1.68
10425--10495	36	2.0	36	94	0	124	4	38	12	45	1.62
12390--12435	23	2.0	23	100	0	92	39	8	13	39	1.75
12910--12958	20	2.6	19	81	12	57	38	0	0	61	0.96
12918--12959	15	2.8	14	86	13	57	38	0	0	61	0.96
12894--12959	35	1.9	34	84	9	89	39	3	0	57	1.14
13475--14092	331	1.9	331	83	6	804	34	13	15	35	1.87
14126--14157	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
14384--15240	330	2.7	315	76	9	861	33	15	15	36	1.89
14603--15474	330	2.6	327	81	6	969	33	14	15	36	1.88
17912--18003	33	2.8	32	85	6	87	16	15	23	44	1.85
17931--18007	33	2.3	33	86	8	120	14	16	22	46	1.83
18112--18175	33	1.9	34	81	9	78	21	20	17	40	1.91
18088--18736	212	3.1	211	84	3	777	22	18	23	35	1.95
18504--18589	33	2.6	33	73	10	86	30	20	17	31	1.96
18570--18883	147	2.1	147	86	1	423	21	16	25	36	1.94
18357--19096	360	2.1	360	85	2	993	21	18	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19181--19220	15	2.7	15	84	0	62	27	25	25	22	2.00
18141--19309	573	2.0	572	84	3	1539	22	18	23	35	1.96
19296--19375	33	2.4	33	77	8	83	31	21	17	30	1.96
19410--19449	15	2.7	15	96	0	71	25	30	25	20	1.99
18723--19430	213	3.3	212	84	3	938	22	19	22	34	1.97
22009--22086	29	2.6	30	76	15	90	16	12	29	41	1.86
28346--28510	18	9.7	18	75	11	132	20	18	25	35	1.96
28338--28566	33	6.8	33	79	5	194	22	18	25	33	1.96
28359--28510	51	3.0	51	97	0	286	21	19	25	34	1.96
28335--28558	84	2.7	82	79	7	227	22	18	25	33	1.96
28577--28801	99	2.3	99	82	0	261	24	18	24	33	1.97
28643--28735	15	5.8	15	70	14	60	26	17	22	33	1.96
28599--28801	66	3.1	66	79	0	199	24	17	24	33	1.96
28581--28802	33	6.7	33	80	2	167	23	18	24	32	1.97
28448--28999	243	2.3	243	80	4	617	23	18	24	33	1.97
28833--29014	33	5.4	33	78	3	166	23	19	25	32	1.97
28860--28999	18	8.3	17	74	12	103	23	20	23	32	1.97
28860--29005	66	2.2	68	85	3	197	22	19	23	33	1.97
28874--29014	69	2.1	66	82	6	167	24	19	24	31	1.98
30636--30891	124	2.0	127	90	6	403	37	10	1	50	1.47
32478--32548	29	2.4	29	85	2	88	21	12	28	38	1.90
33615--33829	33	6.5	33	76	0	178	22	18	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33614--33829	66	3.3	66	85	0	270	22	18	26	32	1.97
33800--33841	18	2.4	17	88	7	66	21	21	23	33	1.97
33926--34066	33	4.3	34	79	5	146	22	19	26	31	1.97
33882--34065	66	2.8	65	82	7	212	22	19	26	31	1.98
33978--34060	15	5.1	15	72	16	67	19	21	27	31	1.97
33735--34063	180	1.8	179	84	4	435	23	20	25	30	1.98
34155--34255	18	5.9	18	71	15	72	23	22	24	28	1.99
33800--34333	213	2.4	215	88	6	752	22	21	24	30	1.99
34164--34279	33	3.5	33	85	0	160	22	22	24	31	1.99
39353--39422	36	1.9	36	91	0	113	21	10	8	60	1.55
39939--40348	204	2.0	201	97	1	766	44	8	10	36	1.70
40457--40537	39	2.0	40	88	2	119	35	4	9	49	1.58
40596--40803	103	2.0	103	96	0	380	44	8	6	40	1.59
44194--44877	22	30.7	22	71	14	266	32	17	12	37	1.87
44192--44491	44	6.8	44	78	8	299	30	18	14	36	1.91
44735--44916	44	4.1	44	76	5	136	36	12	10	40	1.78
47536--47574	19	2.0	21	90	10	64	74	2	2	20	1.06
48892--48993	27	3.8	27	72	5	107	23	19	28	28	1.98
51416--51468	2	25.5	2	92	7	88	47	3	0	49	1.19
52002--52077	30	2.6	29	84	10	100	44	6	13	35	1.69
53175--53208	14	2.4	14	95	5	59	91	0	8	0	0.43
53169--53205	11	3.2	11	92	7	56	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54153--54232	32	2.5	32	100	0	160	50	6	18	25	1.70
54889--55008	18	6.7	18	67	21	56	23	10	24	42	1.84
54878--54989	57	1.9	58	81	1	136	22	8	26	41	1.83
54947--55035	33	2.7	33	80	0	106	25	12	25	35	1.91
54925--55065	66	2.1	66	84	2	176	25	13	24	36	1.92
55090--55275	33	5.6	33	83	0	183	24	22	24	29	1.99
55154--55419	144	1.8	144	83	0	352	23	21	24	30	1.99
55289--55650	33	11.0	33	83	0	400	23	19	25	31	1.98
55123--55452	177	1.9	177	82	0	417	24	20	24	30	1.99
55147--55854	375	1.9	375	86	0	1013	23	20	25	31	1.98
55516--55794	144	1.9	144	83	1	362	22	19	24	34	1.96
55664--55920	33	7.7	33	78	4	219	21	22	24	31	1.98
59530--60029	33	15.2	33	75	7	274	23	20	25	30	1.98
59530--60029	66	7.6	65	76	9	392	23	20	25	30	1.98
59529--60029	99	5.1	98	74	9	417	23	19	25	30	1.98
59881--60005	18	7.4	18	71	15	97	24	22	24	28	1.99
59605--60094	261	1.9	261	90	0	782	23	21	25	29	1.99
59941--60142	111	1.8	111	81	2	253	22	19	27	31	1.98
59899--60167	144	1.8	146	81	3	337	22	20	26	30	1.98
60124--60185	18	3.4	18	77	0	61	19	24	25	30	1.98
74661--74686	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
74770--74842	33	2.2	33	90	0	110	16	27	31	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79581--79663	41	2.0	41	95	0	148	37	18	12	32	1.87
80484--80508	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
81217--81256	17	2.3	18	86	4	55	20	17	7	55	1.66
82187--82230	15	2.9	16	76	10	56	31	6	18	43	1.76
82149--82972	442	1.9	446	90	3	1322	38	11	14	36	1.81
83544--83599	29	1.9	29	96	0	103	21	3	30	44	1.69
84528--84563	18	1.9	19	88	5	56	38	0	25	36	1.56

Tables:   1

The End!