Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021115.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21148, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:8190 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 8173--8214 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
8163 TTTTATCTTA
8173 TATATGATAATTAT
1 TATATGATAATTAT
8187 TATATGATAAGTTA-
1 TATATGATAA-TTAT
8201 TATA-GAT-ATTAT
1 TATATGATAATTAT
8213 TA
1 TA
8215 AATGTATGCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 6
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.12
12 3 0.12
13 3 0.12
14 14 0.54
15 3 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (14 bp):
TATATGATAATTAT
Found at i:10029 original size:626 final size:613
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Indices: 9226--10467 Score: 2191
Period size: 624 Copynumber: 2.0 Consensus size: 613
9216 ATATATATAA
*
9226 TTCAACGTAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTAAATATCATTTTTCATATCTTTCTGAAT
1 TTCAACATAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTAAATATCATTTTTCATATCTTTCTGAAT
9291 TAATTTTTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGCACATAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTA
66 TAATTTTTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGCACATAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTA
*
9356 ACTGACATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTATCGGCGTCAAAAATCTTGCAAAAC
131 ACTGACATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTATCGGCGTCAAAAATCATGCAAAAC
* *
9421 AGAGCCGTGGCCCCTAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAAAATGTAGATGTAACGTACACGATTTC
196 AGAGCCATGGCCCCAAGAACGCGTTTTTAGT-AAAAAAAAATGT-GATGTAACGTACACGATTTC
*
9486 GGCTAAAATCTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTAAAAT
259 AGCTAAAATCTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACT-AAA-
* *
9551 ATATATATATATAATTCGACATCAAAAATATTAAAGGGCTTTTAACGCATCTAGTATTGTTTTT-
322 ATATATATATATAATTCGACATCAAAAAGATTAAAGGGCTTTTAACGCATCTAGTATTCTTTTTC
9615 C-TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATA
387 CTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATA
*
9679 CATAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCA
452 CATAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTCTTGGCACCA
*
9744 AAAATCATGTAAAACTGAGTCGGGCCCCGGAATGCGTTTTTACTCGAAAACCGTGATAACGCACA
517 AAAATCATGTAAAACTGAGTCAGGCCCCGGAATGCGTTTTTACTCGAAAA-C-------CG--CA
*
9809 CGATGTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
572 CGATGTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
9851 TTCAACATAAAAAAGATTGAAGGACCTTTTCACGCTTTAAATATCATTTTTCATATCTTTCTGAA
1 TTCAACATAAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTCACGCTTTAAATATCATTTTTCATATCTTTCTGAA
9916 TTAATTTTTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGCACATAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGT
65 TTAATTTTTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGCACATAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGT
* *
9981 AACTGACATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAGGGAGTCTCGGCGTCAAAAATCATGCAAAA
130 AACTGACATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTATCGGCGTCAAAAATCATGCAAAA
10046 CAGAGCCATGGCCCCAAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAAATGTGATGTAACGTACACGATTTCA
195 CAGAGCCATGGCCCCAAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAAATGTGATGTAACGTACACGATTTCA
10111 GCTAAAATCTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTAAAATA
260 GCTAAAATCTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTAAAATA
* *
10176 TATATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCATTTAGTATTCTTTTTCCTT
325 TATATATATAATTCGACATCAAAAAGATTAAAGGGCTTTTAACGCATCTAGTATTCTTTTTCCTT
*
10241 TTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCAT
390 TTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACAT
*
10306 AAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTCTTGGCACCAAAA
455 AAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTCTTGGCACCAAAA
10371 ATCATGTAAAACTGAGTCAGGCCCCGGAATGCGTTTTTACTCGAAAACCGCACGATGTCGGCTAA
520 ATCATGTAAAACTGAGTCAGGCCCCGGAATGCGTTTTTACTCGAAAACCGCACGATGTCGGCTAA
10436 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
585 AATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
10465 TTC
1 TTC
10468 CTCGATTTCT
Statistics
Matches: 598, Mismatches: 16, Indels: 17
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
614 46 0.08
616 2 0.00
622 60 0.10
623 5 0.01
624 253 0.42
625 35 0.06
626 197 0.33
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (613 bp):
TTCAACATAAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTAAATATCATTTTTCATATCTTTCTGAAT
TAATTTTTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGCACATAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTA
ACTGACATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTATCGGCGTCAAAAATCATGCAAAAC
AGAGCCATGGCCCCAAGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAAATGTGATGTAACGTACACGATTTCAG
CTAAAATCTTACAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTAAAATAT
ATATATATAATTCGACATCAAAAAGATTAAAGGGCTTTTAACGCATCTAGTATTCTTTTTCCTTT
TTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACATA
AATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTCTTGGCACCAAAAA
TCATGTAAAACTGAGTCAGGCCCCGGAATGCGTTTTTACTCGAAAACCGCACGATGTCGGCTAAA
ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTT
Found at i:10607 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10583--10642 Score: 120
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
10573 ATTTATGATT
10583 AAATCGAAACAAGATTTAG
1 AAATCGAAACAAGATTTAG
10602 AAATCGAAACAAGATTTAG
1 AAATCGAAACAAGATTTAG
10621 AAATCGAAACAAGATTTAG
1 AAATCGAAACAAGATTTAG
10640 AAA
1 AAA
10643 CTCATAAAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 41 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.10, G:0.15, T:0.20
Consensus pattern (19 bp):
AAATCGAAACAAGATTTAG
Found at i:12961 original size:323 final size:323
Alignment explanation
Indices: 10805--14043 Score: 2065
Period size: 323 Copynumber: 10.0 Consensus size: 323
10795 GATGGCATAT
* ** * * * ** *
10805 GATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAATAT-TTTTCTCAATTTTTAGCCACAATACT
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATAC-
* * * *
10869 CATTAAAATTATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAA-G------A-GCTTCTAATATCAG-TTT
65 CATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTACGCTTCTAATATC-GTTTT
* * * * ** ** *
10925 TCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTAAAATGCTTTTAAAAATAAA
129 TCATA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAGGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * * * ** *
10990 TCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAATTTTTCCAC
193 TCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGC
* * * * * * *
11055 AAAAAATCATGCAAAACTGA-CTTAAGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAAATCGTGATG
258 CAAAAAT-ATGCAAAACTGAGC-CAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAG-C--TAAAAA-CGTG-TG
* *
11119 -GT-ATAC
316 AATCACAC
** * * ** * * * * ** *
11125 GATTTCGATTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAGTATTTTTCATTAATTTTTAGCCACAATTA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCTAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGTTA-AAATA
* * * * ** ** * * *
11190 TCAT--AATATATATTATTCATGGAAAAAAAAGATTGGAGG-TCTTTTCACACTTTTAATATCGT
64 CCATAAAAAATATATAATTTAACG-CCAAAAAGATTGAAGGAT-TTTT-ACGCTTCTAATATCGT
* *
11252 TTTTCATATTTTTCTGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAAC
126 TTTTCATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AGGATGCTCGTAAAAAC
** * * * * * * **
11316 AAATAATTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGATAAGTTAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAG
190 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
* * * * * *
11381 CG-CAAAGAATCATGCAAAACTAAGTCAGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGCGATG
255 CGCCAAA-AAT-ATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAA-CGTG-T-
** **
11445 GTTTGTTCAC
315 GAAT-CACAC
* * ** * * * * **
11455 GATTTGGGCTATAATTTAACAATAAA-TGATCC-AGAAATTTTTTTCGTCAA-TTTTGGCTAATG
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAA-AAATTGA-CCTA-AAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
11517 TACTCATAATATATATATATATATAATTGAACGCGAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
62 TAC-CAT-A-A-A-A-A-ATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGA-TTTTTACGCTTCTA
* *
11582 ATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTTA-GATGCTCG
119 ATATCGTTTTTCATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TTAGGATGCTCG
* * * * * * * *
11646 TAAAAAAAAATTCTTAAATCCAATGTAGCTGAGATTCGATTAGATAAATATGGATATCTCAAAGA
183 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* * * * ** * * * *
11711 TTCTTTGCACCAAAAATCATGCGAAACTTTGCCCGGG-CTTCGGAACGCATTTTTAGC-CAAAAC
248 GTCTTGGCGCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCT-GGAACGCGTTTTTAGCTAAAAAC
*
11774 GTGTGATGATTATTACAC
311 --GTG-TGA--ATCACAC
* * * * * * * ** * *
11792 GATTTCAGCTACAATTTTGCAAAAATTGA-CTCAAAATTTATATCCTTAATATTTAGCCACAAGA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCT-AAAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATA
* * * * *
11856 CTCAT-AAAAATGATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCATGCTTCTAATATAGT
64 C-CATAAAAAAT-ATATAATTTAACGCCAAAAAGATTG-AAGGATTTTTACGCTTCTAATATCGT
* * * ** * **
11920 TTTTCCTATAATTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACATGATTTTGATGCTTGT--TTA
126 TTTT-C-ATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAGGATGCTCGTAAAAA
* *
11983 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTCG
189 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG
* * * * * *
12048 GCGCCAAAAATCATGCAATACTGAACC-GGGACCATGGAACACGTTTTTAGCCATAAACCATGAT
254 GCGCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGCCAGGG-CCCTGGAACGCGTTTTTAG-C-TAAA-AACG-T
* * *
12112 TTCAACTAAGTACAC
313 GTGAA-T---CACAC
* * *
12127 GATTTTGGCTAATATTTTGCAAAAATTGACC-AGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-GTCTAAAAT
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTA-AAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGT-TAAAAT
* * * * * * *
12190 ACTCACAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTAACGCTTTTAATATCGT
63 AC-CATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGA-TTTTTACGCTTCTAATATCGT
** *
12255 TTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAA-
126 TTTTCATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AGGATGCTCGTAAAAAC
* * * *
12318 AAATCCTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGA
190 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
* * *
12383 CGCCAAAAATCAT-CCAAACTGAGCC-GGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC----AA------AA
255 CGCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGCCAGG-GCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACGTGTGAA
12436 --AC-C
318 TCACAC
* * *
12439 G-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGA-CTAGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAAT
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCTA-AAAATA-TTTCCTCAATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * *
12502 ACTCATGAAATATATATAATTTAACACCAAAAAAATTGGAGGATTTTTCACGCCTT-TCATATTG
63 AC-CATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTT-ACG-CTTCTAATATCG
* * *
12566 TTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTTA-GATGTTCGTAAAA
125 TTTTTCATA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TTAGGATGCTCGTAAAA
* * * * * * *
12630 ACAAATCCTTCAATGCAACGTGGTTGAGATTTGATCAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTT
188 ACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * *
12695 AGCGCC-AAAA-ATGCAAAACTTACCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACTGTGTGA
253 GGCGCCAAAAATATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAAC-GTGTGA
12758 TTATCACAC
317 --ATCACAC
* * *
12767 GATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCTAAAAGACATTTCCTCAATATTTGGTTAAAATA-
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAA-ATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATAC
* * * *
12831 CAT-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGAAGGAATTTTTATGCTTCTAATATCG-TTT
65 CATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGG-ATTTTTACGCTTCTAATATCGTTTT
* * * *
12894 TCTTACTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTGGATACTCGTAAAAACAAAT
129 TCATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAGGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * *
12959 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATGTAGATATTTTAAGGAGTCTTGGCGCC
194 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCC
* * * * * ***
13024 AAAAATTATGCACAACTGATCCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCAAAAAAAAAACGTGAAGTC
259 AAAAA-TATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC--TAAAAACGTGTGAA-TC
13089 ACTA-
320 AC-AC
* * * ** ** ** **
13093 GATTTTGGCTAATATTTTCCAAAAATTGACC-CGAAATATTTTCCTCAATTTTCAGCCATGATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAATA-TTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATAC
* * * * *
13157 TCATAAAAAATATATAATTTAATGCCAAAAAGATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTGT
65 -CATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAA-GGATTTTTACGCTTCTAATATCGTTT
* * * * * *
13222 TTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAACAAAACATGATTCAGG-TGCTTGT-------A
128 TTCATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AGGATGCTCGTAAAAACAA
* * * * * *
13279 A-----AAA--CAA--TGGTTGGGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
192 ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCG
** * * * * *
13335 CCAAAAATCATTAAAAATTGAACCAGGCCCCT-AAACGTGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGATT
257 CCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAA-CGTG-TGA--
*
13399 ATAACAC
317 ATCACAC
* * * * * *
13406 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCTTCAATTTTTAGTCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCTAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATAC
* * * *
13471 TCATAAAAAATATATAATTAAACGTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCCACGCTTTTAATATCGTT
65 -CATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTT--ACGCTTCTAATATCGTT
* * *
13536 TTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATACAGG-TGCTCGTAAAAAC
127 TTTCATA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT-TAGGATGCTCGTAAAAAC
* * * * * * *
13600 AAATCCTTAAATGCAATGTAGCTAAGATTTTATTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTAGG
190 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
* * *
13665 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGG-CCTCGAAACGCGTTTTTAGCT--AAA------AA
255 CGCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCT-GGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACGTGTGAA
13721 T-ACAC
318 TCACAC
* * * *
13726 GATTTTGGCTAAAAATTTTGCAAAAAAAATGACCCT-AAAATTTTTCCTCAATTTTTGATTAAAA
1 GATTTCGGCT-AAAATTTTGC--AAAAATTGA-CCTAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
13790 TACTCATAAATATATATATATAATTTAATGCCAAAAAAGGTTGGTAA--ACTTTCAGGCTTTTAA
62 TAC-CATAAA-A-A-ATATATAATTTAACGCC-AAAAAGATT-G-AAGGATTTTTACGCTTCTAA
* * * *
13853 TATCGTTTTTCATATTTTTCTGAACTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCA-GATGCTTGT
120 TATCGTTTTTCATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AGGATGCTCGT
* * *
13917 AAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAG
184 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
** * *
13982 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGAGCCCCAGAACGCCTTTTTAGCCAAAAA
249 TCTTGGCGCCAAAAAT-ATGCAAAACTGAGCCAGG-GCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAA
14044 TCATTAAAAA
Statistics
Matches: 2322, Mismatches: 434, Indels: 321
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
310 5 0.00
311 25 0.01
312 136 0.06
313 157 0.07
314 119 0.05
315 28 0.01
316 43 0.02
317 3 0.00
319 2 0.00
320 50 0.02
321 29 0.01
322 58 0.02
323 265 0.11
324 42 0.02
325 77 0.03
326 95 0.04
327 12 0.01
328 95 0.04
329 208 0.09
330 63 0.03
331 153 0.07
332 73 0.03
333 132 0.06
334 85 0.04
335 104 0.04
336 28 0.01
337 213 0.09
338 21 0.01
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (323 bp):
GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATACC
ATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGAAGGATTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTC
ATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAGGATGCTCGTAAAAACAAATCC
TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAA
AAATATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACGTGTGAATCACAC
Found at i:13672 original size:968 final size:948
Alignment explanation
Indices: 10908--14044 Score: 2580
Period size: 968 Copynumber: 3.2 Consensus size: 948
10898 AGATTGAAGA
* * * * * *
10908 GCTTCTAATATCAG-TTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTAA
1 GCTTCTAATATC-GTTTTTCTTA-ATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTA
* * * * * *
10972 AATGCTTTTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATTAATATAGATAT
64 GATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
* * * ** * * ** * *
11037 TTCAAGGAATTTTTCCACAAAAAATCATGCAAAACTG-ACTTAAGGCCCCGAAACACGTTTTTAG
129 TTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC-AAACTGAAC--CGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
* * * * * ** * * * *
11101 CCAAAAA-AAATCGTGATGGTATACGATTTCGATTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAGTATT
191 CAAAAAATAAAAC-T-A-AGTACACGATTTTGGCTAATATTTTCCAAAAATTGACCAGAAATATT
* * * * * * ***** **
11165 TTTCATTAATTTTTAG-CCACAAT--T-ATCATAATATATATTATTCATGGAAAAAAAAGATTGG
253 TTTCCTCAA-TTTTAGTCCAAAATACTCA-CAAAAAATATATAATTCA-ACTCCAAAAAGATTAA
* * * * * * *
11226 AGGTCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAAA-TAATTTCTAATTAAATCGA
315 AGGACTTTTAACGCTTCTAATATCGTGTTTCATATTTTTCT-AAATTAATTTCTAATTAAAACAA
** * * * * *
11290 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATAATTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGATAAGTTA
379 AACAAGATTCAGATGCTCGT---AA-AAA-ACCT-AA-T-GA-GTA--TGAGATTTGATTAGATG
* * *
11355 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-A-GCGCAAAGAATCATGCAAAACT-AAGTCAGGGCCCCGA
433 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGC-CAAA-AATCAT-AAAAACTGAA-CCAGAGCCCCGA
* ** *
11417 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGCGATGGTTTGTTCACGATTTGGGCTATAATTTAAC-AATAAA
494 AACGCGTTTTTAG-CAAAAA-C-C----G--T-TT--C------GGCTAAAATTTTGCAAAAAAA
*** * **
11481 TGATCCAGAAATTTTTTTCGTCAA-TTTTGGCTAATGTACTCATAATATATATATATATATAATT
541 TGA-CCAGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-A-A-A-A-A-ATATATAATT
* *
11545 GAACGCGAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATT
599 AAACGC-AAAAAGATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATT
* * * *
11609 AATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAATTCTTAAATCCAATGTAG
663 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAG
* * * * * * *
11674 CTGAGATTCGATTAGATAAATATGGATATCTCAAAGATTCTTTGCACCAAAAATCATGCGAAACT
728 CTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTC-TAGCGCCAAAAA-CATGCAAAAC-
* * * * * *
11739 TTGCCCGGGCTTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAACGTGTGATGATTATTACACGATTTCAGCTAC
790 TTACCCGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAC-TGTG-TGATTA-TACACGATTTCGGCTAA
* * * * **
11804 AATTTTGCAAAAATTGA-CTCAAAATTTATATCCTTAATATTTAGCCACAAGACT-CATAAAAAT
852 AATTTTGCAAAAATTGACCT-AAAA-ATATTTCCTCAATATTTGGTTA-AA-A-TACATAAAAAT
*
11867 GATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGG-CTTTTCAT
912 -ATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTG-AAGGAATTTTCAT
* * * *
11906 GCTTCTAATATAGTTTTTCCTATAATTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACATGATTTT
1 GCTTCTAATATCGTTTTT-CT-TAATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTA
**
11971 GATGCTTGT--TTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
64 GATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT
* ** *
12034 TTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAATACTGAACCGGGACCATGGAACACGTTTTTAGC
129 TTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA-ACTGAACCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTAG-
** *
12099 CATAAACCATGATTTCAACTAAGTACACGATTTTGGCTAATATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAT
191 CA-AAA--A--A-TAAAACTAAGTACACGATTTTGGCTAATATTTTCCAAAAATTGACCAGAAAT
* * * **
12164 ATTTTTCCTCAATTTTTGTCTAAAATACTCACAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGG
250 ATTTTTCCTCAATTTTAGTCCAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTAA
* * * * *
12229 AGGACTTTTAACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAA
315 AGGACTTTTAACGCTTCTAATATCGTGTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAACAAA
12294 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATGCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAA
380 ACAAGATTCAGATGCTCGT--AAAAAA-CC-T-AATG--A-GT-A-TGAGATTTGATTAGATGAA
** * *
12359 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATCCAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCG
435 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATAAAAACTGAACCAGAGCCCCGAAACGCG
*
12424 TTTTTAGCAAAAACCGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACTAGAAAAAATTTTCCTCAAT
500 TTTTTAGCAAAAACCGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAAATTTTCCTCAAT
* * *
12489 TTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACAC-CAAAAAAATTGGAGGATTTTTCAC
565 TTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAA-TTAA-ACGCAAAAAGATTGGAGGATTTTTCAC
* * * * *
12553 GCCTTTCATATTGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTTAG
628 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAG
* * * * * *
12618 ATGTTCGTAAAAACAAATCCTTCAATGCAACGTGGTTGAGATTTGATCAGATGAATATGGATATC
693 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATC
12683 TCAAGGAGTCTTAGCGCC-AAAA-ATGCAAAACTTACCCGGGGCC-CTGGAACGCGTTTTTAGCT
758 TCAAGGAGTC-TAGCGCCAAAAACATGCAAAACTTACCC-GGGCCTC-GGAACGCGTTTTTAGCT
* *
12745 AAAAACTGTGTGATTATCACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCTAAAAGACATTT
820 -AAAACTGTGTGATTAT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAA-ATATTT
*
12810 CCTCAATATTTGGTTAAAATACATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGAAGGAATTTT
882 CCTCAATATTTGGTTAAAATACATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGAATTTT
*
12875 TAT
946 CAT
* *
12878 GCTTCTAATATCG-TTTTCTTACTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTGGA
1 GCTTCTAATATCGTTTTTCTTAATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGA
* * * *
12942 TACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATGTAGATATTT
66 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
* * *
13007 TAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTATGCACAACTGATCCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCAA
131 TAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA-AACTGAACC-GGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAA
*
13072 AAAA-AAAACGTGAAGT-CACTAGATTTTGGCTAATATTTTCCAAAAATTGACCCGAAATA-TTT
194 AAAATAAAAC-T-AAGTACAC--GATTTTGGCTAATATTTTCCAAAAATTGACCAGAAATATTTT
** * *
13134 TCCTCAATTTTCAG-CCATGATACTCATAAAAAATATATAATTTAA-TGCCAAAAAGATTAAAGG
255 TCCTCAATTTT-AGTCCAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACT-CCAAAAAGATTAAAGG
* * * *
13197 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTGTTTCCTATTTTT-TCGAATTAATTTCTAATTAAAACAAAAC
318 ACTTTTAACGCTTCTAATATCGTGTTTCATATTTTTCT-AAATTAATTTCTAATTAAAACAAAAC
* * * * * *
13261 ATGATTCAGGTGCTTGT-AAAAA-C-AATG-GT-TGGGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTC
382 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAAACCTAATGAGTATGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
** * * *
13321 AAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATTAAAAATTGAACCAG-GCCCCTAAACGTGTTTTTAGCTAA
447 AAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCA-TAAAAACTGAACCAGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAG----
* * *
13385 AAACCGTGATGATTATAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCG-AAAGATATT
507 ----C---A--A--A-AAC-CG-TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAAAT-TT
* * * * *
13448 TCTTCAATTTTTAG-TCATAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACGTCAAAAAGATTGAAGGG
557 TCCTCAATTTTTGGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACG-CAAAAAGATTGGAGGA
*
13512 TTTTTCCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC
620 TTTTT-CACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
** * * * *
13577 AAGATACAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTAAGATTTTATTTGATGAAT
684 AAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
* * * * * * * *
13642 ATAGATATTTCAAGGAGTGTAGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCTCGAAACGCG
749 ATGGATATCTCAAGGAGTCTA-GCGCCAAAAA-CATGCAAAACTTA-CCCGGGCCTCGGAACGCG
* *
13707 TTTTTAGCT-AAA-------A--ATACACGATTTTGGCTAAAAATTTTGCAAAAAAAATGACCCT
811 TTTTTAGCTAAAACTGTGTGATTATACACGATTTCGGCT-AAAATTTTGC--AAAAATTGA-CCT
* * * * *
13762 -AAAATTTTTCCTCAATTTTTGATTAAAATACTCATAAATATATATATATAATTTAATGCCAAAA
872 AAAAATATTTCCTCAATATTTGGTTAAAATA--CAT-AA-A-A-ATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
13826 AAGGTTG--GTAAACTTTCAG
931 AA--TTGAAG-GAATTTTCAT
* * * * * * *
13845 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAACTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAGA
1 GCTTCTAATATCGTTTTTCTTAATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGA
* * *
13910 TGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCT
66 TGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
* * * * *
13975 CAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCAGAACGCCTTTTTAGCCA
131 TAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC-AAACTGAACCGG-GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAA
14040 AAAAT
194 AAAAT
14045 CATTAAAAAT
Statistics
Matches: 1786, Mismatches: 256, Indels: 223
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
950 68 0.04
951 10 0.01
953 2 0.00
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958 1 0.00
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963 10 0.01
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970 4 0.00
971 141 0.08
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973 10 0.01
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1005 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (948 bp):
GCTTCTAATATCGTTTTTCTTAATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGA
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TAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAACTGAACCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAA
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ATTTTAGTCCAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTAAAGGACTTTTAA
CGCTTCTAATATCGTGTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAACAAAACAAGATTCAG
ATGCTCGTAAAAAACCTAATGAGTATGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
CGACGCCAAAAATCATAAAAACTGAACCAGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAACCGTTTCG
GCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAA
AAAATATATAATTAAACGCAAAAAGATTGGAGGATTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAT
TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
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ATGCAAAACTTACCCGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAACTGTGTGATTATACACGATTTC
GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAATATTTCCTCAATATTTGGTTAAAATACATAAAAA
TATATAATTCAACGCCAAAAAATTGAAGGAATTTTCAT
Found at i:14082 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 13989--14089 Score: 114
Period size: 47 Copynumber: 2.2 Consensus size: 47
13979 GAGTCTTGGC
* * *
13989 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCAGAACGCCTTTTTA
1 GCCAAAAATCATGAAAAACTGAACCAGAGCCCCAGAACGCCTTTTTA
* * * **
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1 GCCAAAAATCATGAAAAACTGAACCAGAGCCCCAGAACGCCTTTTTA
*
14082 GCAAAAAA
1 GCCAAAAA
14090 CCGTGATGAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 9, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 22 0.49
47 23 0.51
ACGTcount: A:0.40, C:0.25, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (47 bp):
GCCAAAAATCATGAAAAACTGAACCAGAGCCCCAGAACGCCTTTTTA
Done.