Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01021127.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21160, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1811
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36


Found at i:634 original size:332 final size:333

Alignment explanation


    Indices: 1--1159  Score: 1788
    Period size: 333  Copynumber: 3.5  Consensus size: 333

                                                            *                
          1 GGCATTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACTTTCGGGTC
          1 GGCA-TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAACTTTCGGGTC

                                  *                                          
         66 AGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGC
         65 AGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGC

                                                                             
        131 TATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCA
        130 TATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCA

                         *                                                   
        196 TCTAACCAAATCTTAGCCGCAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTC
        195 TCTAACCAAATCTCAGCCGCAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTC

                      *         *                                            
        261 GATTTAGTTAAAAATTAATTCGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
        260 GATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTT

                      
        326 CAATTATTTT
        324 CAATTATTTT

                  *         *     * *                  *          *          
        336 GGCATTAAATTATAT-TTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAATTTTCGGGTCA
          1 GGCATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAACTTTCGGGTCA

            *                  *                    *                        
        400 ATTTTTTCAAAAATTTTAGTCG-AATCGTGTACTAACCATAATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCT
         66 GTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCT

                 *                             *                             
        464 ATGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAT
        131 ATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAT

                                                       **                    
        529 CTAACCAAATCTCAGCCGCAAAT-GATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCATGTTTC
        196 CTAACCAAATCTCAGCCGC-AATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTC

                  *                 *                         *              
        593 GATTTAATTAGAAATTAATTTGGACAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAACCCCTT
        260 GATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTT

                       
        658 CAATCT-TTTT
        324 CAAT-TATTTT

               *            *     *             *    *           **   *      
        668 GGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAGTATTGTGGCCAAAAGTTGAGGAAAAATGTTTTGGGTCA
          1 GGCATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAACTTTCGGGTCA

                *         *    **      * *                     *          *  
        733 GTTTCTTCAAAAATCTTAGTTGAAATCCTTTACTAACCATCATGATTTTTGCCTAAAAATGCACT
         66 GTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCT

              *     *     *      *              *                            
        798 ATAGGGCCGCGGCTTAGTTTTTCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAT
        131 ATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAT

                              *                                             *
        863 CTAACCAAATCTCAGCCGTAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCA
        196 CTAACCAAATCTCAGCCGCAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCG

                                                *                            
        928 ATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAGACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCA
        261 ATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCA

                    
        993 ATTATTTT
        326 ATTATTTT

                                                           *                 
       1001 GGCATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGTAAAAAACTTTCGGGTCA
          1 GGCATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAACTTTCGGGTCA

                             *              *                                
       1066 GTTTTTTCAAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTATTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCT
         66 GTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCT

             *              *             
       1131 ACGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCAT-ATTT
        131 ATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT

       1160 AGAAGCGCGA


Statistics
Matches: 737,  Mismatches: 81, Indels: 15
        0.88            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
 332  246  0.33
 333  271  0.37
 334  216  0.29
 335    4  0.01

ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.18, T:0.37


Consensus pattern (333 bp):   
GGCATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAACTTTCGGGTCA
GTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCT
ATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCAT
CTAACCAAATCTCAGCCGCAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCG
ATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCA
ATTATTTT

Done.