Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021136.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21169, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 11--4596 Score: 4518
Period size: 982 Copynumber: 4.7 Consensus size: 985
1 CCATCTATCA
* * * *
11 TTTTGGCCATTGAATTATTTTATTTTTCAAAGTATTGTGACAAAAATTGAGAAAAAAATTTACGG
1 TTTTGGCCATTGAATAATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGACAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGG
* * * * * *
76 GTCAGTTTCTAGCCGAAAATAGTGTACTAACACCATGATTTTTTTGTCTTAAAACGCGTTTCGGG
66 GTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTACCACCAAGTTTTTTTTGGCTTAAAACGCGTTTCGGG
*
141 ACCCC-AGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATT-ATCTAG
131 ACCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
*
204 CCAAATCTCAGCCACTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
195 CCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * *
269 AATTAGAAATAAATTTTGAAAAAAAGAAGAAGTTAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTC
260 AATTAGAAATAAA-TTCGGAAAAAA-AAG--G-AAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTC
* * * *
334 AATTTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTATTTTGAGTATTGTGGTAAAAAAATGAGGAAAAACTT
320 AATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTT
* * * * ** *
399 TTCGTGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTAACCAAGACGGTTTTGGGC
385 TT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATAGTGTA-TTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
* * * * *
464 TAAAAACGTATTCCGATGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCTTTGAAAT
448 TAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCACTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAAC
* * *
529 ATCTATATTCACCGAAACAAAT-CTCAGCCACA-TTGAATTT-AGAGATTTGTTTTTACGAACAT
513 ATCTATATTCATCGAAACAAATCCT-AGCCACACTCG-ATTTAAG-GATTTGCTTTTACGAACAT
* * ** *
591 CAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATGCGGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTACAAG
575 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATGCGGG-AAAAAATGGAAAACCGATATTAGAAG
*
656 CATGAAAAATCCTTC-ATTTATTTTGGCATTAAATATTATATTTTTT-TGAGTATTGTGGCAGAA
639 CATGAAAAATCCTTCAATTT-TTTTGGCATTAAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAA
* *
719 GATTGAGGAAAAATTTTTTTGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TA-CATCAC
703 AATTGAGGAAAAATTTTTTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTACCATCAC
* * * * *
782 GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGATCCTGACTTAGTTTTGCATGATTATAGGTGAAAAGTC
768 GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCTGACTTAGTTTTGCATGATTATTGGCGTAAAGAC
* * * * * *
847 TCCTTCAAATATCTATATTCACTGAACCAAATCCCAACCACATTCAATTTAATGATTAGTTTTTT
833 TCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTG-TTTTT
* * * *
912 TTCAATATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGGAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAACAATATT
897 TTGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGGAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAAC-ATATT
977 GGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCT
961 GGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCT
*
1002 TTTTGGCCATTGAATTATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGACAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGG
1 TTTTGGCCATTGAATAATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGACAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGG
* * *
1067 GTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACACCACAATTTTTTTTTGGGCTTAAAACGAGTTTC
66 GTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTACCA-C-CAAGTTTTTTTT-GGCTTAAAACGCGTTTC
* * * *
1131 GGGGCCCCGACTCAATTTTGTATGATCTTTT-ACATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
128 GGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
*
1195 TAACCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTCGTTTCGA
192 TAACCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
* ** *
1260 TTT-ATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAA-G--TTAC---ATCAGAAGCGTGAAAAAGCCTTCAA
257 TTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
* * * * * * * *
1318 CTTGTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTCGGAGTATTGTGGAAAAAAATTTAGGAAAAATTTTT
322 TTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTT
* * * * *
1383 CGGGTCCGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAGT---CATCACAGTTTTTTGCTAA
387 -GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATAGTGTATTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
* * * *
1445 AAACGCGTTCC-ATGGCCCCGGCTCTCTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAACAT
451 AAACGCATTCCGA-GGCCCCGGCTCACTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAACAT
** * *
1509 CTATATTCAAT-GAGCCAAATCCTAGCCACACTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTAA
515 CTATATTC-ATCGAAACAAATCCTAGCCACACTCGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAACATCTGA
* * * **
1573 ATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATGCGGGAAAAGAATGGAAAACCAATATTAGACGTGTG
579 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATGCGGGAAAA-AATGGAAAACCGATATTAGAAGCATG
* *
1638 AAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGGGGCAGAAAATT
643 -AAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAAAATT
* *
1703 GAGGAAAAATATTTTGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATATTACCATCACGAT
707 GAGGAAAAATTTTTTGG-TCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTACCATCACGAT
* * *
1768 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCTGGCTTAGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAAGGCTCC
771 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCTGACTTAGTTTTGCATGATTATTGGCGTAAAGACTCC
* *
1833 TTGAAATATCTATATTCATTAAACCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGGTTTTTTGA
836 TTGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTTTGA
* * *
1898 GTATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTTGGAATTAATTTGGAAAAATGGAAAAACGATATTGGAA
901 GTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGGAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAAC-ATATTGGAA
1963 GCGTGAAAAATCCCTCAATCT
965 GCGTGAAAAATCCCTCAATCT
* * **
1984 TTTTGGCCATTGAATAATTTAATTTTTCAGAGTGTTGTGGCAAAATATTGAGATTAAAATTTTCG
1 TTTTGGCCATTGAATAATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGACAAAA-ATTGAGAAAAAAATTTTCG
* * *
2049 GGTCTGTTTTTAGTCG-AAATCGTGTACT-CCA-C-AGTTTTTTTTGGCTTAAAATGCGTTTCGG
65 GGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTACCACCAAGTTTTTTTTGGCTTAAAACGCGTTTCGG
* *
2110 GACCCTGACTCAG-TTTGCATGGTTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
130 GACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* * *
2174 CCAAATCTCAGCCACTTTGGAATTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTT
195 CCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* *
2239 AATTGAAAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACAATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATT
260 AATT-AGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATT
*
2304 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGTAAAACTTTTGG
324 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTGG
* *
2369 TGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATAGTGTATTAACTAACCAAT-ACGGTTTTAGGCTAA
389 -GTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATAGTGTATT-ACTAACC-ATCACGGTTTTTGGCTAA
* * * * * * *
2433 AAACACATTCTGAGGCCCCGACTCAGTTTGGCATGATTTTTTGCACAAAGACTCCTTGAAATATC
451 AAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCACTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAACATC
* * * *
2498 TATATTCATCGAAACAAAT-TTCAGCCAGA-TTGTATTTAGGGATTTGCTTTTACGAACATCTGA
516 TATATTCATCGAAACAAATCCT-AGCCACACTCG-ATTTAAGGATTTGCTTTTACGAACATCTGA
* * * *
2561 ATCTTGTGTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGG-TAAAATGGGAAAA-TGATATTAGAAGCATG
579 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATGCGGGAAAAAAT-GGAAAACCGATATTAGAAGCATG
* * *
2624 AAAAATTCTTCAATTTTTTT-GCATTAAATTATTTATTTTTT-TGAGTATTGTGGCAGAAAATTG
643 AAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAAAATTG
*
2687 A-GACAAAATTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACTATCACGA
708 AGGA-AAAATTTTTT-GGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATT-ACCATCACGA
* * *
2751 TTTTTTGGCTAAAAACGCTTTCTGGGACCATGACTTAGTTTTGCATGATTATTGGCGTAAAGACT
770 -TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCTGACTTAGTTTTGCATGATTATTGGCGTAAAGACT
* *
2816 TCTTGAAATATCTAATCTATATTCATTGAACCAAATCCCAGTCACATTCGATTTAACGATTTGTT
834 CCTTG-AA-A--T-ATCTATATTCATTGAACCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTT
* * * *
2881 TTTTTGAGTATCGGAATCTTATTTCGATCTAATTAGGAATTAATTCAGAAAAATGGAAAAA-AAA
894 TTTTTGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGGAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAACATA
* * *** **
2945 TTTG--G-GT---CAATTTTTGCAA-AA
959 TTGGAAGCGTGAAAAATCCCT-CAATCT
* * * * * * * *
2966 TTTTAG-C--TGAA-ATCTTTTATTAACCTTCACGA-T-TTTTGGCTATAAATGCGTTCCGGGAC
1 TTTTGGCCATTGAATA-ATTTAATT---TTTCA-GAGTATTGTGAC-A-AAA---ATT--GAGA-
***** * ** * * * * ** * * * *** *
3025 CTTGGAGTTTCGCATGA-TTATT-GGCGTAAAGACTCCT-TGA--AATATCTA-TATTCAATGAA
53 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAA-A-TCGTGT-ACTACCACCAAGTTTTTTTTG-G
* * *
3084 C-TAAATCTCAGCCAATTT-GGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCG
113 CTTAAA--AC-G-C-GTTTCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCT
*
3147 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTTTTTTTACGAG
173 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* *
3212 CATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGA
238 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATCAGA
* * * * * *
3277 ACCGTGAAAAAACCTTCAAATTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAA
303 AGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGC--A
** * * *
3342 AAAAATTGATTAAAAATTTTTGGGTCCGTTTTTCCAAAATTTTAGCCAAAATCA-TGTA-T--TA
366 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAAT-AGTGTATTACTA
* * * * * *
3403 GCCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCACTTTTGCATGAGTTTTAGC
430 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGAGGCCCCGGCTCACTTTTGCATGATTTTTTGC
** * ** * *
3467 TTAAAGACTCTTTGAAACATCTATATTCATCGAGCCAAATCCTAGTCAAACTCGATTTAAGGATT
495 GCAAAGACTCCTTGAAACATCTATATTCATCGAAACAAATCCTAGCCACACTCGATTTAAGGATT
* * * *
3532 TGCTTTTACGAACAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAGGTGGGAACTAAATGGAA
560 TGCTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATGCGGGAA-AAAATGGAA
** * *
3597 AACCGATATTAGAAGTGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATAATATATTTTTTCTTA
624 AACCGATATTAGAAGCATGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATAATATATTTTTTCTGA
3662 GTATTGTGGCAGAAAATTGAGGAAAAATTTTTT-G-C--------C------TT---C---A-C-
689 GTATTGTGGCAGAAAATTGAGGAAAAATTTTTTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * *
3703 -G-------AT-----TTTTTGG-TATAAACGCGTTCCGGGACCCTGGCTTAGTTTCGCATGATT
754 TGTATTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCTGACTTAGTTTTGCATGATT
* * ** * * * * *
3754 ATTGGCATAAAGACTCCTTGAAATA-TCTATATTCAATGAACTAAATTCCA--G--CCACATTCG
819 ATTGGC-----G------T-AAAGACTC-CT-TGAAAT-ATCTATATT-CATTGAACCAAATCCC
*** ***** ** * * * ** * *
3814 ATTTA-A--CGATTTCTTTTTTTGAGTATCTCA--ATCTTGTTTC-GATTT--AA----TTAGGA
868 AGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTTTGAGTATC-TGAATCTTATTTCGATTTAATTAGGA
* *
3867 ATTAATTCGGAAAAATAGAAAAAATATATTGGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCT
932 ATTAATTCGGAAAAAT-GGAAAAACATATTGGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCT
* * * * **
3922 TCTTGGCCATTGAATTATTTAATATTTCAGAGTATTGTGACAAAAAAATAGAGATTAAAATTTTC
1 TTTTGGCCATTGAATAATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGAC--AAAAATTGAGAAAAAAATTTTC
* * * * * *
3987 GGGTCTGTTTTTAGCTG-AAATCTTGTACTAACACCACGGTTTGTTTTTTGGATTAAAACGCGTT
64 GGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTACCACCA-AG-TT-TTTTTTGGCTTAAAACGCGTT
* * *
4051 TCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTCGGCATAAATACTCCTTGAAGTATCTATATTCAT
126 TCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * *
4116 CTAATCAAATCTTAGCCAATATGGAATTAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGG
191 CTAACCAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * * * *
4181 ATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAAAAAAGAAAAAGGATATAAGAAGCGTCAAAAACCCTT
256 ATTTAATTAGAAATAAATTCGG--AAAAAAAAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTT
* * * *
4246 CAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTT-TT-TCAG-A--GT--------ATTGTGGAACAACT
319 CAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACT
* * * *
4298 TTTCGGGTCTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA-CGTGTATTAGT---CATC-CGGTTTTTTTG
384 TTT-GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATAGTGTATTACTAACCATCACGG-TTTTTGG
* * * * * * *
4358 CTAAAAACGCGTTTC-AGGGCCCCGACTCTCTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAAACTCCTTGAA
447 CTAAAAACGCATTCCGA-GGCCCCGGCTCACTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAA
** * * *
4422 ACATCTATATTCAAT-GAGCCAAATCCGAGCCACACTCGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAACAT
511 ACATCTATATTC-ATCGAAACAAATCCTAGCCACACTCGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAACAT
* * *
4486 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATGCGGGAAAAAATGGAAAACCGATATTAGACGT
575 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATGCGGGAAAAAATGGAAAACCGATATTAGAAGC
* *
4551 GTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATAATATATATTTTT
640 ATGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTAAATAATATAT-TTTTT
4597 GGCTATAAAC
Statistics
Matches: 3029, Mismatches: 423, Indels: 338
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
937 3 0.00
938 103 0.03
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940 2 0.00
941 1 0.00
948 23 0.01
949 10 0.00
950 11 0.00
951 157 0.05
952 12 0.00
953 107 0.04
954 16 0.01
955 16 0.01
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958 3 0.00
959 18 0.01
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961 1 0.00
962 8 0.00
963 2 0.00
964 3 0.00
965 6 0.00
966 1 0.00
968 1 0.00
970 1 0.00
971 1 0.00
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975 4 0.00
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996 21 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (985 bp):
TTTTGGCCATTGAATAATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGACAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGG
GTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTACCACCAAGTTTTTTTTGGCTTAAAACGCGTTTCGGG
ACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
CAAATCTCAGCCAATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
ATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTT
TTTGGCGTTGAATTATATATTTATTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTGGGT
CAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATAGTGTATTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
CATTCCGAGGCCCCGGCTCACTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAACATCTATAT
TCATCGAAACAAATCCTAGCCACACTCGATTTAAGGATTTGCTTTTACGAACATCTGAATCTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATAAATGCGGGAAAAAATGGAAAACCGATATTAGAAGCATGAAAAATCC
TTCAATTTTTTTGGCATTAAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAAAATTGAGGAAAAA
TTTTTTGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTACCATCACGATTTTTGGCTAA
AAACGCGTTCCGGGACCCTGACTTAGTTTTGCATGATTATTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATC
TATATTCATTGAACCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTTTGAGTATCTGAAT
CTTATTTCGATTTAATTAGGAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAACATATTGGAAGCGTGAAAAAT
CCCTCAATCT
Found at i:3175 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 3030--3188 Score: 239
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
3020 GGGACCTTGG
* * *
3030 AGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGAACTAAATCTCAG
1 AGTTTCGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCTCAG
3095 CCAATTTGGGACCCCGACTC
66 CCAATTTGGGACCCCGACTC
* * * *
3115 AGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCGTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAATCTCA
1 AGTTTCGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCAAT-GAACCAAATCTCA
3179 GCCAATTTGG
65 GCCAATTTGG
3189 AATTAAGGAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.03
85 64 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (85 bp):
AGTTTCGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCTCAG
CCAATTTGGGACCCCGACTC
Found at i:6476 original size:335 final size:327
Alignment explanation
Indices: 4592--6808 Score: 1732
Period size: 335 Copynumber: 6.8 Consensus size: 327
4582 ATAATATATA
* * * * * * *
4592 TTTTTGGCTATAAACGTGTCCCGGGACCCTGGCTTAGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAAGACTC
1 TTTTTGGCTA-AAATGCGTTCCGGG-CCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* * * * *
4657 CTTGAAATATCTATATTCAATGAACTAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTCTTTTTTTG
64 CTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATG
* * * * * *
4722 AGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGGAATTAATTC---AGAAAAATGGAAAAATGATATT
129 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATT
* * * * * * *
4784 GGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCTTTTTGGCCATTAAATTAT-TTTATTTTTCAGAGTATTATG
194 AGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGG-CATTGAATTATATAT-TTTTTCTGAGTATTGTG
* * * * * *
4848 AT-AAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTC--ATT------TTTTAGCCGAAATAGTGTACTAA
257 GTAAAAAATTGAG--GAAAAATTTTCGGGTCTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA
*
4904 CACCATGG
320 CACCACGG
** ** * * * * *
4912 TTTTTTTGGCTTAAAACACGTTTTAGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATTAATA-
1 --TTTTTGGC-TAAAATGCG-TTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAC
** * * * * * **
4976 TTTTTGAAATATTTATATTC-ATCTAACCAAAT-CTCAGTCACTTTGGAATTAAGCTTTTCTTTT
62 TCCTTGAAATATCTATATTCAAT-GAACCAAATCCT-AGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTT
* * * * **
5039 TACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACAAATTCGGGAAATAAA-GTTAAAA-GA
125 TATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACG-
* * ** **
5102 ATATCAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTACTCTGAGTATT
189 ATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATT
* * * *
5167 GTGGCAAAAAATTGAGGTAAAACTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTA
254 GTGGTAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTCGGGTC--TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
5232 TTAACTAACCAATACGG
316 TTAAC--ACC---ACGG
* * * * *
5249 TTTTAGGCTAAAAATGCATTCCGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGAC--AAAGATT
1 TTTTTGGCT-AAAATGCGTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGA-TTTTTGG-CGTAAAGACT
* * * * * *
5312 CCTTGAAATATCTATATTCATTGAAACAAAT-TTCAGCCAGATTGGATTTAGGGATTTGTTTTTT
63 CCTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCT-AGCCACATTGGATTTAAGGATTT-CTTTTT
* * * * * *
5376 ATGAACATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGGGAAAAAATGGGAAAATGAT
126 ATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGAT
* * * *
5441 ATTAGAAGCATGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTGCATTAAATAATATATTTTTT-TGAGTATTGT
191 ATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT
* * *
5505 GGTAGAAAATTGAGGAAAAAAATTTTTGGGTCAGTTTTTGACAAAATTTTAGCCGAAATCCTGTA
256 GGTAAAAAATTGAGG--AAAAATTTTCGGGTC--TTTTTG-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
** *
5570 TTAACTTTCACGA
316 TTAAC-ACCACGG
* * * *
5583 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCTGACTTAGTTTTGCATGATTATTGGCGTAAAGAATC
1 TTTTTGGCT-AAAATGCGTTCCGGG-CCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* * * * * * ** * * *
5648 CTTGAAATATCTATACTCATTGAACCAAATCCCAGTCAGATTAGATTTAACAATTTGTTTTTTTA
64 CTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATG
* * * * * * * **
5713 AGTATCTGAATCTTATTTCGATTTATTTAGGAATTAATT----TAGAAAATGGAAAAACGGCATT
129 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATT
* * * * * * ** *
5774 GGAAGCGT-TAAAATCCCTCAATCTTTTTGGCCATTGAATTATTTAATTTTTCAAAGTATTGTGA
194 AGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGG-CATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* * * * * *
5838 CAAAAATTTGA-GATTAATATTTTCGGGTC----T----AATTTTTGCCGAAATCGTTTACTAAC
258 TAAAAAATTGAGGA--AAAATTTTCGGGTCTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC
5894 ACCACGG
321 ACCACGG
* * * * ** *
5901 TTTTTTGGCTTAAAATGCGTTTCGGGACCC-ACTAAGTTTTGCATGCTTTTTGGAATAAATACTC
1 -TTTTTGGC-TAAAATGCGTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* * * * *
5965 CTTCAAATATC--TA-TC-----A--AAATCTTAGCCA-ATTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTAC
64 CTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCTAGCCACA-TTGGATTTAAGGATTTCTTTTTAT
* * * **
6019 GAGTATCTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTTGGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATA
128 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGG-AAAAAAATGGAAAAACGATA
* * ** *
6084 TAAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGTGTTTAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
192 TTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTG
*
6149 GCATAAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGGTCCGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAT
257 G--TAAAAAATTGAGGAAAAATTTT-CGGGT-C-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT
* * *
6214 TAGTCATCATGG
317 TA-ACACCACGG
* * *
6226 TTTTTTGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCT-CTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
1 TTTTTGGCTAAAAT-GCGTTCC-GGGCCCCGACT-TAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACT
* * * *
6290 CCTTGAAATATCTATATACAATGAGCCAAATCCTAGCCACACTCGATTTAAGGATTTCTTTTTAT
63 CCTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTAT
* * * *
6355 GAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATGCGGGAAAAAAATGGAAAACCGATAT
128 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATAT
* * *
6420 TAGACGTGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
193 TAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG
* * * *
6485 CAGAAAATTGAGGAAAAATATTTTGGGTCATTTTTGGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATTAA
258 TAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCGGGTC-TTTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAA
* *
6550 CCATCACGA
320 -CACCACGG
* * * *
6559 TTTTTGGCCAAAATGCGTTCCGGGACCCTC-ACTTAGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAATACTC
1 TTTTTGGCTAAAATGCGTTCCGGG-CCC-CGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
* * * ** *
6623 CTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAAAT-CTCAGCCACTTTGGAATTAAGGATTTGGTTTTAC
64 CTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCT-AGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTAT
* ** ** * *
6687 GAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTGAAAAAAAAACAGAGAAATGATA
128 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGGAAAAAAATGGAAAAACGATA
* * ** **
6752 TCAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAAACTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTC-GAGT
192 TTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
6809 CCATTTCTGG
Statistics
Matches: 1486, Mismatches: 318, Indels: 173
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
306 1 0.00
307 61 0.04
309 1 0.00
312 47 0.03
313 25 0.02
314 16 0.01
315 5 0.00
317 37 0.02
318 6 0.00
319 43 0.03
320 5 0.00
321 81 0.05
322 77 0.05
323 59 0.04
324 39 0.03
325 12 0.01
326 38 0.03
328 3 0.00
329 19 0.01
330 51 0.03
331 27 0.02
332 188 0.13
333 91 0.06
334 99 0.07
335 208 0.14
336 144 0.10
337 75 0.05
338 28 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
TTTTTGGCTAAAATGCGTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCT
TGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCCTAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATGAG
CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
AAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGTAA
AAAATTGAGGAAAAATTTTCGGGTCTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACACCAC
GG
Found at i:7364 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 7219--7377 Score: 230
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
7209 GGGACCCTGG
* * *
7219 AGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGAACTAAATCTCAA
1 AGTTTCGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCTCAA
7284 CCAATTTGGGACCCCGACTC
66 CCAATTTGGGACCCCGACTC
* * * *
7304 AGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCGTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAATCTCA
1 AGTTTCGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCAAT-GAACCAAATCTCA
*
7368 GCCAATTTGG
65 ACCAATTTGG
7378 AATTAAGGAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 8, Indels: 2
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.03
85 63 0.97
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (85 bp):
AGTTTCGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCTCAA
CCAATTTGGGACCCCGACTC
Found at i:12598 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 11104--13827 Score: 2548
Period size: 329 Copynumber: 8.2 Consensus size: 327
11094 ACGATCAATT
* * * *
11104 TTTTGTTGGCGTTGAATTATATATTTATTT-TGAGTATTGTGCCAAAAAAATAAGGAAAAACTTT
1 TTTT-TTGGCATTGAATTATATATTT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA-TTT
* * *
11168 TTGTGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACTAAACCAAT-AAGTTTTTGGG
63 TTG-GTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-T---T-AACC-ATCACGTTTTTTGG
* * * * *
11232 CTAAAAACGCATTCCGAGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAA
121 CTAAAAACGCGTTCCG-GGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAA
* * *
11296 ATATCTATATTCATCGAAACAAAT-CTCAGCCACATTGGATTTAGGGATTTGTTTTTACGAACAT
185 ATATCTATATTCATCGAACCAAATCCT-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACAT
** * * * *
11360 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGATGCGGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTACAAG
249 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GG-AAAAAAT-GGAAAACGATATTAGAAG
*
11425 CATGAAAAATCCTTCAA
311 CGTGAAAAATCCTTCAA
* * * *
11442 TTTTTTTGGCATTAAATAATATATTTTTT-TGAGTATTGTGGTAGAAAATTGAGGAAAAATATTT
1 -TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTT
* * *
11506 TGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-T--CCATCACGATTTTTGGCTATAAA
64 T-GGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAA
* * * * * * *
11568 CGCGTTCCGGAACACTGGCTTAGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAAAACTCCTTGAAATATCTAT
128 CGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * * * **
11633 ATTCGTTGAACCAAATCCCAGCCACATTCAATTTAACGATTTATTTTTTTGAGA-ATCTGAATCT
193 ATTCATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-ACATCTGAATCT
* * * *
11697 TGTTTCGATTTAATTAGGAATTAATTCCG-AAAAATGGAAGAACGATATTGGAAGCGTGAAAAAT
257 TGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATGGAA-AACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT
*
11761 CCCTCAA
321 CCTTCAA
* * * * *
11768 TCTTTTTGGCCATTGAATTATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGAC-AAAAATTGAGAAAAAATTTT
1 T-TTTTTGG-CATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
* ** * * * * *
11832 CGG---G----TG--AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAA-CACCAAGGTTTTTTTTAGCTTAA
64 TGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATC-ACG--TTTTTTGGCTAAA
* ** * * * * *
11887 AACGCATTTTGGGACCCCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGACATAAATACACCTTGAAATATCT
126 AACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCT
* * * * * * *
11952 ATATTCCTCTAACCAAAT-CTCAGCCACTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
191 ATATTCATCGAACCAAATCCT-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAAT
* * *
12016 CTTGTTTCGATTT-ATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAAAAGTTAAAACGATATCAGAAGCGTG
255 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG----AAAAAATG-GAAAACGATATTAGAAGCGTG
*
12080 AAAAACCCTTCAA
315 AAAAATCCTTCAA
* * *
12093 TTTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGTAAAAAAATTGATGAAAAATTTT
1 TTT-TTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAA-TTT
* * * * * **
12158 TTGGGTCTGTTTTTGCCAAAA-TTTAGCCAAAATCATGTATTAGCCATCACGGTTTTTAACTAAA
63 TT-GGTCAGTTTTTG-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTGGCTAAA
* ** * *
12222 AACGCGTTCC-GAAGCGTCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATA
126 AACGCGTTCCGGGA-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATC
* *
12286 TATATTCATCGAGCCAAATCCTAACCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACA-CTTGAA
190 TATATTCATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATC-TGAA
* * * * *
12350 TCTTATTTCGATTTAATTAGAAACAAATGCGG-GAAAATGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAA
254 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
12414 ATCCTTCAA
319 ATCCTTCAA
* * *
12423 -TTTTTGGCATTGAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAAAATTGAGGAAATATTTTTG
1 TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTG
*
12487 GATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACG
66 G-TCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACG
* * * * *
12552 CATTCCGGGACCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
130 CGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * ** **
12617 TCATTGAACCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAAAGATTTGTTTTTTTGAGTATCTGAATCTTGT
195 TCATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGT
* * *
12682 TTCGATTTAATTAGGAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATTC
260 TTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG--AAAAAATGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATC
*
12747 CCTCAA
322 CTTCAA
* * * * * * * * ****
12753 TATTTTTGGCCACTAAACTATTTAATTTTTCAGAGTATTGTCGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAAA
1 T-TTTTTGG-CATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTT
* ** ** * *
12818 T--TCCG--GGT-C-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACAGTTTTTTGGCTTAA
64 TGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-TTA-ACCATCAC-GTTTTTTGGCTAAA
* ** * *
12877 AACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTATAAATACACCTTGAAATATCT
126 AACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCT
* * * * * * *
12942 ATATTCATCTAACCAAAT-CTCAGTCACTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAAT
191 ATATTCATCGAACCAAATCCT-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAAT
* * *
13006 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCTGGAAAAAAAAAGAAGTAAAAACGATATCAGAAACG
255 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GG--AAAAAATG--G--AAAACGATATTAGAAGCG
13071 TG-AAAATCCCTTCAA
313 TGAAAAAT-CCTTCAA
* * *
13086 GTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGACTATTGTGGCAAAAAAATTTGAGTAAAAATTT
1 -TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAA-TTGAGGAAAAATTT
* ** * ** *
13151 TTCAGGTCTGTTTTTGTTAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAGTCATCACTGTTTTTTTGCTAA
63 TT--GGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCAC-GTTTTTTGGCTAA
* * * * *
13216 AAACACGTT-TGAGGGCCCCGACTCGGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATAT
125 AAACGCGTTCCG-GGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATAT
* * * ** * *
13280 CTATATTCATCGAGCTAAATCATAGTTACATTCGATTTAAGGATTTGTCTTTACGAACATCTAAA
189 CTATATTCATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAA
* * * *
13345 TCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTAAGAAAAAAAAGATGGAAAAAC-AGTATTAGAAGCG
254 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-CG--GAAAAA-ATGG-AAAACGA-TATTAGAAGCG
13409 TGAAAAATCCTTCAA
313 TGAAAAATCCTTCAA
* * * *
13424 TTTTTTGCCGTTGAATTATATATATTTTCTGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTT
1 TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTT
* *
13489 GGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATC--GT-TT-ACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
65 GGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAAC-CATCACGTTTTTTGGCTAAAAAC
* * * * *
13550 GTC-TTCCGGGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATTTAT
129 G-CGTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* *
13614 ATTCATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
193 ATTCATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTT
* * * *
13679 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAATT
258 GTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAA-TGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATC
13744 CTTCAA
322 CTTCAA
* * * ** * * * * *
13750 TACTTCTGGCGTTGAATCGTTTGATTTTTT-AGAATATTTTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTT
1 T-TTTTTGGCATTGAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GAAAAATTT
*
13814 TCGGGTCAGTTTTT
63 T-TGGTCAGTTTTT
13828 AGTCGAAATC
Statistics
Matches: 1946, Mismatches: 346, Indels: 197
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
316 20 0.01
317 1 0.00
318 5 0.00
319 2 0.00
320 15 0.01
321 120 0.06
322 1 0.00
324 30 0.02
325 52 0.03
326 291 0.15
327 106 0.05
328 79 0.04
329 296 0.15
330 223 0.11
331 16 0.01
332 40 0.02
333 79 0.04
334 41 0.02
335 129 0.07
336 33 0.02
337 125 0.06
338 50 0.03
339 11 0.01
340 157 0.08
341 5 0.00
342 19 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (327 bp):
TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTG
GTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGC
GTTCCGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
CATCGAACCAAATCCTAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAATGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTC
AA
Found at i:13044 original size:329 final size:321
Alignment explanation
Indices: 8234--13907 Score: 4368
Period size: 326 Copynumber: 17.3 Consensus size: 321
8224 TTTTGCAAAA
* * * * * * * * *
8234 TTTTAGGCAAAATCATGTATTAGCCATCACGGGTTTTT-GCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCGG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGG
* ** * * * *
8298 CTCACTTTTGCATGATTTTTACCGTAAAGACTCTTTGAAACATCCATATTCATCGAGCCAAATC-
65 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * * * *
8362 CTAGTCAAACTCAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
130 C-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* ** * * * ** *
8427 AACAAAGGCGGGAAAAATATGGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAATCTTTCAATTTTTTTAG
194 AATAAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAA-TTTTTTGG
** * * * *
8492 CATTGAA-TAT-TTTTTTTTCTTTGAGTATTGTGGCAGAAAATTGAGGAAAAATTTTTTGGGTCA
257 CATTGAATTATATAATTTTTC--TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTC-
8555 ATTTTTGTAAAT
319 A-----G----T
* * * * * * * *
8567 TTTTAGCTGAAATCATGTATTAACCTTCACGATTTTTGGCTATAAACGCGTTCCGGGACCCTGGC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGC
* ** * * *
8632 TTAGTTACGCATGATTATTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCCC
66 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* * * ** *
8697 AGTCACATTCGATTAAACGATTTGTTTTTTTGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGGAA
131 AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA-GAA
* * *
8762 TTAAA-TCGGGTAAAAAATGGAAAAAACGATTTTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCTTTTTGG
195 ATAAATTC-GGAAAAAAATGG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAAT-TTTTTGG
* * * * * **
8826 CCATTGAATTATTTAATTTTTCAT-AATATTGTGAC-AAAAATTAAGAAAAAAAAGTTTTTGACT
257 -CATTGAATTATATAATTTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAA-TTTTCGGGT
8889 CAGT
318 CAGT
* * **** * * * *
8893 TTTTAACCGAAATAGTGTACTAACACCATGGTTTTTTTTTGCTTAAAACGCGATTCGGAACCCCG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAA-ACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCG
* * *
8958 GCTCAGTTTTGCATGATTCTTGGCGTAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
64 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATC
* ** * * *
9023 TCAACCAGTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
129 TCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * *
9088 AATAAATTCAGAAAAAAAAAGGAAAAACGATATCAGAACCAG-GAAAAA-CCCTTCAATTTTTTT
194 AATAAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC-GTGAAAAATCCC-TCAA-TTTTTT
* * *
9151 GGCATTGAATTTAAATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAATTGAG-GAAAAATTTCTCAG
255 GGCATTGAA-TTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAAATTGAGAAAAAAATTT-TC-G
* **
9215 GTCCTTTTTGCACAA
315 G------GT-CA-GT
* * * * * *
9230 TTTTAGCCAAAATCGTGTATTAGCCATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGG
** **
9295 CTCTCTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGGCAAATC-
65 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
** *
9359 CTAGCCACACACGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
130 C-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * *
9424 AATAAATGCGGGAAAAAAATGGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTGGC
194 AATAAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATTTTTTGGC
* * * * * * *
9489 ATTGAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAAAATTGAGGAAATATTTTTTGGGTCAGT
258 ATTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGT
* * * * * * *
9553 TTTT-G-C-AAAACTGTCGCT-GAAATCATGTTACGATTTTTGACT-AAAACGCGTTCCGGGACC
1 TTTTAGCCGAAATC-GT-G-TATAAACCA--TCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACC
* * * * * * * *
9613 CTGGCTTAATTTCGCATGATTATTGGTGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAT
61 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAA
* * * * *** *
9678 TTCCCAGCCACATTTGATTTAACGATTTGTTTTTTTAAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
126 ATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
* *
9743 AGGAATTAATTCGGAACAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCTTT
191 AGAAATAAATTCGG-A-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAAT-TTT
* * * * *
9808 TTGGCTATTGAATCATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGAC-AAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGG
253 TTGGC-ATTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAATTTTCGG
9872 GTCAGT
316 GTCAGT
* * * * * *
9878 TTTTAGCCGAAAATAGTGCACTAACACCAT--GGTTTTTTGGCTTAAAACGCGTTTCAGGACTCC
1 TTTTAGCCG-AAATCGTGTA-TAA-ACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCC
* ** * * *
9941 GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
63 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAAT
* * * *
10006 CTCAGCCACTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
128 CTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
** * *
10071 AAATAAATTCGGAAAGAAAA-GTTAAAACGATATCAAAAGCGTGAAAAA-CCCTTCAATTTTTTG
193 AAATAAATTCGGAAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCC-TCAA--TTTT-
* * * * * *
10134 TTGGCGTTGAATTATAT-ATTTATTCTGAGTATTGTGCCAAAAAATTAAGGAAAAAACTTTTTGT
253 TTGGCATTGAATTATATAATTT-TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAAATTTTCGG
10198 GTCAGTTTTT
316 GTCAG----T
* * * * *
10208 GCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACTTAACCAAT-ACGGTTTTGGGCTAAAAACGCATTC
1 ------TTTTAGCCGAAATCGTGTA-T-A---AACC-ATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
* * * *
10272 CGAGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
54 CG-GGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * * * *
10336 CGAAACAAATCTCAACCACATTGGATATAGGGATTCGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCA
118 CGAACCAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * * * * *
10401 ATTTAATTAGAAATTAATGCGGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTACAAGCATGAAAAATCCTTC
183 ATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTC
* * * * * * * ** * *
10466 AATTTTTTTTGTATTAAATAATAT-ATTTTTTTGAGTATTATGGCAGAAAATTGAGGGACAATTT
247 AA-TTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATT
*
10530 TTTGGGTCAGTTTTT
311 TTCGGGTCAG----T
* ** * *
10545 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAATTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGAC
1 ------TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGAC
* * * * * * * *
10610 CCTGACTTATTTTTGCATGATTCTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATTGAACTA
60 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCA
* * *
10675 AATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTTTTTTA-GAGTATCTGAATCTTGTTTCGAT
125 AATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTG-----TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
* * * * *
10739 TTAATTCGTAATTAATTCGG--AATAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCCTCAAT
185 TTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAA-
* * * * *
10802 CTTTTTTGCCATTGAATTATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGAC-AAAAATTGAGAAAAAAAATTT
249 -TTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTT
10866 CGGGTCAGT
313 CGGGTCAGT
* * * *
10875 TTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACACCAT--GGTTTTTTGGCTTAAAACGCGTATTCGGGACCCT
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAA-ACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGT-TTCGGGACCCC
* * * *
10938 GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
63 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAAT
* * * * * *
11003 CTCAGCCACTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTTAATCTTGTTTTGATTTAATTAG
128 CTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * **
11068 AAATAAATTCGG----AAA--G-AATA-GCTA--A-AA-C--GATCAAT---T---TTTTGTTGG
193 AAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATTTT-TTGG
* * * * * * * * *
11113 CGTTGAATTATATATTTATTT-TGAGTATTGTGCCAAAAAAATAAGGAAAAACTTTTTGTGTCAG
257 CATTGAATTATATAATT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAG
11177 TTTTT
321 ----T
* * * * *
11182 GCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACTAAACCAAT-AAGTTTTTGGGCTAAAAACGCATTC
1 ------TTTTAGCCGAAATCGTG---T-A-TAAACC-ATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
* * * *
11246 CGAGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
54 CG-GGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * *
11310 CGAAACAAATCTCAGCCACATTGGATTTAGGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCG
118 CGAACCAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
** * * * * * *
11375 ATTTAATTAGAAATTGATGCGGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTACAAGCATGAAAAATCCTTC
183 ATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTC
* * * * * *
11440 AATTTTTTTGGCATTAAATAATAT-ATTTTTTTGAGTATTGTGGTAGAAAATTGAGGAAAAATAT
247 AA-TTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAAAT
11504 TTT-GGGTCAGCTTTT
310 TTTCGGGTCAG----T
* * * *
11519 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT---CCATCACGATTTTTGGCTATAAACGCGTTCCGGAAC
1 ------TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGAC
* * * * * * * *
11581 ACTGGCTTAGTTTCGCATGATTATTGGCGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCGTTGAACCA
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* * * * ** *
11646 AATCCCAGCCACATTCAATTTAACGATTTATTTTTTTGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
125 AATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * *
11711 TAGGAATTAATTCCG--AAAAATGGAAGAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATCTTTT
190 TAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAAT-TTTT
* * *
11774 TGGCCATTGAATTATTTAATTTTTCAGAGTATTGTGAC-AAAAATTGAG-AAAAAATTTTCGGGT
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*
11837 GAGT
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* * * * *
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1 TTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAA-ACCATCACG--TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCC
* * * * * * *
11904 CGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGACATAAATACACCTTGAAATATCTATATTCCTCTAACCAAA
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* * * *
11969 TCTCAGCCACTTTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTT-ATTA
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* ** *
12033 GAAATAAATTCGGAAAAAAAAAAAGTTAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAA-CCCTTCAATTTG
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* * * * *
12097 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGTAAAAAAATTGATG-AAAAATTTTTTG
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*
12161 GGTCTGTTTT
315 GGTCAG---T
* * * * * ** * *
12171 TGCCAAAATTTAGCCAAAATCATGTATTAGCCATCACGGTTTTTAACTAAAAACGCG-TTCCGAA
1 T-------TTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGA
** * * *
12235 GCGTCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCGAGC
59 -CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAC
* * *
12300 CAAATC-CTAACCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACA-CTTGAATCTTATTTCGATT
123 CAAATCTC-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-TGAATCTTGTTTCGATT
* * * * *
12363 TAATTAGAAACAAATGCGG--GAAAATGG-AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTTCAA-T
186 TAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATT
* * * * * *
12424 TTTTGGCATTGAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAGAAAATTGAG-GAAATATTTTTGG
251 TTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGG
*
12488 ATCAGTTTTT
316 GTCAG----T
* * * *
12498 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGAC
1 ------TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGAC
* * * * *
12563 CCTGGCTTAGTTTTGCATGATTATTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCA
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* * ** *
12628 AATCCCAGCCACATTCGATTTAAAGATTTGTTTTTTTGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
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* * *
12693 TAGGAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATTCCCTCAATATTT
190 TAGAAATAAATTCGG-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAAT-TTT
* * * * * * * *
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*
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1 TTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAA-ACCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCC
** * * *
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63 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAAT
* * * * *
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128 CTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * *
13025 AAATAAATTCTGGAAAAAAAAAGAAGTAAAAACGATATCAGAAACGTG-AAAATCCCTTCAAGTT
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* * * * *
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**
13154 AGGTCTGTTTTTGTT
314 -GG---G--TCAG-T
* * ** * * *
13169 AAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAGTCATCACTGTTTTTTTGCTAAAAACACGTTT-GAGGGCC
1 ---TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAACCATCAC-GTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGACC
* * * *
13233 CCGACTCGGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCTAA
61 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAA
** * * * * *
13298 ATCAT-AGTTACATTCGATTTAAGGATTTGTCTTTACGAACATCTAAATCTTATTTCAATTTAAT
126 ATC-TCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * *
13362 TAGAAATAAATTAAGAAAAAAAAGATGGAAAAAC-AGTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATT
190 TAGAAATAAATT-CG-GAAAAAA-ATGGAAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAATT
* * * * *
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251 TTTTGGCATTGAATTATATAAT-TTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCG
13489 GGTCAGTTTTT
315 GGTCAG----T
* * *
13500 GCAAAATTTTAGTCGAAATCGT-T-T--ACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTC-TTCCGGG
1 ------TTTTAGCCGAAATCGTGTATAAAC-CATCACGTTTTTTGGCTAAAAACG-CGTTTCGGG
* * * * *
13560 GCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGGCTCCTTGAAATATTTATATTCATCGAAC
58 ACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAC
*
13625 CAAATC-CTAGCCACATTCGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
123 CAAATCTC-AGCCACATTCGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * * *
13689 AATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAATTCTTCAATAC
187 AATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCCTCAAT-T
* * ** * * * *
13753 TTCTGGCGTTGAATCGTTTGATTTTT-TAGAATATTTTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCG
251 TTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTCT-GAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCG
13817 GGTCAGT
315 GGTCAGT
* ** * * * * * *
13824 TTTTAGTCGAAATCGTGTACT-AATTATCACGGTTTTTGGCT-AAAATGCCTTTCGGGGCCTCGA
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTA-TAAACCATCACGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGG
* *
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65 CTCAGTTTTGCATGATTTTTG
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GAATTATATAATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGT
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*
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* *
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1 AACGGTAATGGTGGCAACAACGGCAATGG
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* *
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*
15674 CAATGGCAATGG
1 CAACGGCAATGG
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Done.