Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021216.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21249, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.19, T:0.37
Found at i:1429 original size:109 final size:108
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Indices: 1208--1606 Score: 283
Period size: 109 Copynumber: 3.7 Consensus size: 108
1198 GATGCTTCAG
* * * * ** * *
1208 TTTATTTCAATCGACCCAGGGCGGTTTTTCTTCAATTCATTTCAGTTTGATCCAGGGTGATCTTT
1 TTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGATCGTTCTTCAATTTATTTCAGTTTGACCCAGGGTGATCTTT
* * * * * *
1273 TCTTCATTTTACCTCAGTTGATCCATGGCGATCCTTTCTTCAG
66 TCTTCAGTTTACCTCAGTTGATCCAGGGCGATCATCTCCTCAA
* ** * *
1316 TTTATTTTAGTTGATCCAGGGCGATCCGTTCTTCAGTTTATTTCAAG-TTGACCCAGGGTGGTCT
1 TTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGAT-CGTTCTTCAATTTATTTC-AGTTTGACCCAGGGTGATCT
** *
1380 TTTCATTCAGTTTATGTCAGTTGATCCAGGGTGAT-ATCTCCTCAA
64 TTTC-TTCAGTTTACCTCAGTTGATCCAGGGCGATCATCTCCTCAA
* * * * * * *
1425 TTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGATCTTTCCTTCAATTTATTTTAG-CTGACCCAGAGCGGTC-A
1 TTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGATCGTT-CTTCAATTTATTTCAGTTTGACCCAGGGTGATCTT
** * * * * *
1488 TTCTTCAAG-TTATTTCAGTTGACCCAGGGCGGTC-TTTCTTTAA
65 TTCTTC-AGTTTACCTCAGTTGATCCAGGGCGATCATCTCCTCAA
* * ** * * * * *
1531 TTCATTTCAATTGATCCAAGGCGATC-TTACTTCAAGTTATTTTAG-TTGATCCAGGGCGATCTT
1 TTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGATCGTT-CTTCAATTTATTTCAGTTTGACCCAGGGTGATCTT
1594 TTCTTCAGTTTAC
65 TTCTTCAGTTTAC
1607 TTGATCCAGG
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 50, Indels: 18
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 31 0.13
106 59 0.25
107 5 0.02
108 38 0.16
109 73 0.31
110 27 0.12
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (108 bp):
TTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGATCGTTCTTCAATTTATTTCAGTTTGACCCAGGGTGATCTTT
TCTTCAGTTTACCTCAGTTGATCCAGGGCGATCATCTCCTCAA
Found at i:1465 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 1202--1548 Score: 388
Period size: 145 Copynumber: 2.4 Consensus size: 145
1192 ATTTCAGATG
* *
1202 CTTCAGTTTATTTCAA-TCGACCCAGGGCGGT-TTTTCTTCAATTCATTTCAGTTTGATCCAGGG
1 CTTCAGTTTATTTCAAGTTGACCCAGGGCGGTCTTTTCTTCAATTCATGTCAGTTTGATCCAGGG
* * * * ** * * *
1265 TGATCTTTTCTTCATTTTACCTCAGTTGATCCATGGCGATCCTTTCTTCAGTTTATTTTAGTTGA
66 TGATCATCTCCTCAATTTACCTCAGTCAATCCAGGGCGATCCTTTCTTCAATTTATTTTAGCTGA
* * *
1330 TCCAGGGCGATCCGTT
131 CCCAGAGCGAT-CATT
* * *
1346 CTTCAGTTTATTTCAAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTTCATTCAGTTTATGTCAG-TTGATCCAGG
1 CTTCAGTTTATTTCAAGTTGACCCAGGGCGGTCTTTTC-TTCAATTCATGTCAGTTTGATCCAGG
**
1410 GTGAT-ATCTCCTCAATTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGAT-CTTTCCTTCAATTTATTTTAGCT
65 GTGATCATCTCCTCAATTTACCTCAGTCAATCCAGGGCGATCCTTT-CTTCAATTTATTTTAGCT
*
1473 GACCCAGAGCGGTCATT
129 GACCCAGAGCGATCATT
* * *
1490 CTTCAAG-TTATTTC-AGTTGACCCAGGGCGGTC-TTTCTTTAATTCATTTCA-ATTGATCCA
1 CTTC-AGTTTATTTCAAGTTGACCCAGGGCGGTCTTTTCTTCAATTCATGTCAGTTTGATCCA
1549 AGGCGATCTT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 25, Indels: 15
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
141 18 0.10
142 4 0.02
143 17 0.10
144 34 0.20
145 67 0.39
146 20 0.12
147 12 0.07
ACGTcount: A:0.20, C:0.22, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
CTTCAGTTTATTTCAAGTTGACCCAGGGCGGTCTTTTCTTCAATTCATGTCAGTTTGATCCAGGG
TGATCATCTCCTCAATTTACCTCAGTCAATCCAGGGCGATCCTTTCTTCAATTTATTTTAGCTGA
CCCAGAGCGATCATT
Found at i:1502 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 1286--1605 Score: 200
Period size: 71 Copynumber: 4.5 Consensus size: 70
1276 TCATTTTACC
* * * ** * *
1286 TCAGTTGATCCATGGCGATCCTTTCTTCAGTTTATTTTAGTTGATCCAGGGCGATCCGTT-CTTC
1 TCAGTTGATCCAGGGCGAT-CTTTCTTCAATTTATTTCAACTGACCCAAGGCGAT-C-TTACTTC
1350 -AGTTTATT
63 AAG-TTATT
* * * * * ** * * * * *
1358 TCAAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTTCATTCAGTTTATGTCAGTTGATCCAGGGTGATATCT-CCT
1 TC-AGTTGATCCAGGGCGATC-TTTC-TTCAATTTATTTCAACTGACCCAAGGCGATCT-TACTT
*
1422 CAATTTATT
62 CAAGTTATT
** * * *
1431 TCAGTCAATCCAGGGCGATCTTTCCTTCAATTTATTTTAGCTGACCC-AGAGCGGTCATT-CTTC
1 TCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT-CTTCAATTTATTTCAACTGACCCAAG-GCGATC-TTACTTC
1494 AAGTTATT
63 AAGTTATT
* * * * * *
1502 TCAGTTGACCCAGGGCGGTCTTTCTTTAATTCATTTCAATTGATCCAAGGCGATCTTACTTCAAG
1 TCAGTTGATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATTTATTTCAACTGACCCAAGGCGATCTTACTTCAAG
1567 TTATT
66 TTATT
* *
1572 TTAGTTGATCCAGGGCGATCTTTTCTTCAGTTTA
1 TCAGTTGATCCAGGGCGATC-TTTCTTCAATTTA
1606 CTTGATCCAG
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 43, Indels: 23
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
69 2 0.01
70 52 0.27
71 65 0.34
72 19 0.10
73 28 0.14
74 28 0.14
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (70 bp):
TCAGTTGATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATTTATTTCAACTGACCCAAGGCGATCTTACTTCAAG
TTATT
Found at i:1538 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1202--1636 Score: 340
Period size: 35 Copynumber: 12.3 Consensus size: 35
1192 ATTTCAGATG
* * * * * *
1202 CTTCAGTTTATTTCAATCGACCCAGGGCGGTTTTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
* *
1237 CTTCAATTCATTTCAGTTTGATCCAGGGTGATCTTTT
1 CTTCAATTTATTTCAG-TTGATCCAGGGCGATC-TTT
* ** *
1274 CTTCATTTTACCTCAGTTGATCCATGGCGATCCTTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGAT-CTTT
* * *
1310 CTTCAGTTTATTTTAGTTGATCCAGGGCGATCCGTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGAT-CTTT
* * * *
1346 CTTCAGTTTATTTCAAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTT
1 CTTCAATTTATTTC-AGTTGATCCAGGGCGATC-TTT
* * * * *
1383 CATTCAGTTTATGTCAGTTGATCCAGGGTGATATCT
1 C-TTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
* **
1419 CCTCAATTTATTTCAGTCAATCCAGGGCGATCTTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
* * * * * *
1454 CCTTCAATTTATTTTAGCTGACCCAGAGCGGTCATT
1 -CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
* * *
1490 CTTCAAGTTATTTCAGTTGACCCAGGGCGGTCTTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
* * * * *
1525 CTTTAATTCATTTCAATTGATCCAAGGCGATCTTA
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
* *
1560 CTTCAAGTTATTTTAGTTGATCCAGGGCGATCTTTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATC-TTT
*
1596 CTTCAGTTTA---C--TTGATCCAGGGCGATCTTTT
1 CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATC-TTT
*
1627 CTTCAGTTTA
1 CTTCAATTTA
1637 CTTGACCCAG
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 70, Indels: 20
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 30 0.09
35 122 0.38
36 110 0.34
37 48 0.15
38 12 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.21, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (35 bp):
CTTCAATTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGATCTTT
Found at i:1614 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1571--1647 Score: 136
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
1561 TTCAAGTTAT
*
1571 TTTAGTTGATCCAGGGCGATCTTTTCTTCAG
1 TTTACTTGATCCAGGGCGATCTTTTCTTCAG
1602 TTTACTTGATCCAGGGCGATCTTTTCTTCAG
1 TTTACTTGATCCAGGGCGATCTTTTCTTCAG
*
1633 TTTACTTGACCCAGG
1 TTTACTTGATCCAGG
1648 TTTATTTCAG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 44 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.22, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (31 bp):
TTTACTTGATCCAGGGCGATCTTTTCTTCAG
Found at i:1943 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1907--2794 Score: 1008
Period size: 30 Copynumber: 29.2 Consensus size: 30
1897 TGCTTTATCA
1907 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
*
1937 GCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTAT-TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * *
1968 ACTTCATTTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTT
1 GCTTTA-TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * *
1999 ACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGAT-ATCT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCAT-T
* * ** *
2029 GCTCTATGTTAATCCTGTTCAAGGATCTTT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
2059 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2089 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
2119 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2149 GCTTTATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATA
1 GCTTTAT-TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2180 GCGTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
*
2210 GCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTAT-TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * *
2241 ACTTCATTTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTT
1 GCTTTA-TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * *
2272 ACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGAT-ATCT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCAT-T
* * ** *
2302 GCTCTATGTTAATCCTGTTCAAGGATCTTT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
2332 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2362 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
2392 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2422 GCTTTATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATA
1 GCTTTAT-TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2453 GCGTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
2483 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
*
2513 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * *
2543 GCTTTATTTTAATCATGTGTGAGAATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
**
2573 GCTGAGGATCGTTGCTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
1 GCT-----TTATT--TTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * *
2610 GCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAAT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
*
2640 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATC
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * * * **
2670 ACATCATTTTAAT-CTCGGTTAAGGATTGTT
1 GCTTTATTTTAATCCT-GTTTGAGGATCATT
* * *
2700 GCTTTATTTTAATCATGGTTGAAGATCATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * *
2730 GCTTTACTTTAATCTTGGTTGAGGATCATC
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * * * *
2760 ACTATATTTTTATCCTGATTCAGGATTATT
1 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
*
2790 ACTTT
1 GCTTT
2795 GGTTTATTTG
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 115, Indels: 38
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.01
30 530 0.73
31 159 0.22
32 6 0.01
35 3 0.00
37 22 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (30 bp):
GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
Found at i:2399 original size:273 final size:273
Alignment explanation
Indices: 1912--2758 Score: 1274
Period size: 273 Copynumber: 3.1 Consensus size: 273
1902 TATCAGCTTT
1912 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTT
1 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTT
1977 TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGATATCTGCTCTATGTTAAT
66 TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGATATCTGCTCTATGTTAAT
2042 CCTGTTCAAGGATCTTTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGG
131 CCTGTTCAAGGATCTTTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGG
2107 TTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAATCCTGGTTGA
196 TTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAATCCTGGTTGA
2172 GGATCATAGCGTC
261 GGATCATAGCGTC
2185 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTT
1 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTT
2250 TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGATATCTGCTCTATGTTAAT
66 TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGATATCTGCTCTATGTTAAT
2315 CCTGTTCAAGGATCTTTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGG
131 CCTGTTCAAGGATCTTTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGG
2380 TTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAATCCTGGTTGA
196 TTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAATCCTGGTTGA
2445 GGATCATAGCGTC
261 GGATCATAGCGTC
* * *
2458 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTAT-TTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTA-TT
1 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTT
* * * * *
2521 TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCAT-GTGTGAGAATCATTGCTGAGGATCGT
66 TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGT-TGAGGAT-A-T-CT---GCTC-T
** * * * *
2585 -TGCTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAATGCTTTATTT
123 ATG-TTAATCCTGTTCAAGGATCTTTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTT
* * ** * * * * **
2649 TAATCCTGTTTGAGGATCATCACATCATTTTAAT-CTCGGTTAAGGATTGTTGCTTTAT-TTTAA
187 TAATCCTGGTTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCT-GTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAA
* * * * *
2712 TCATGGTTGAAGATCATTGCTTT
251 TCCTGGTTGAGGATCATAGCGTC
* * *
2735 ACTTTAATCTTGGTTGAGGATCAT
1 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCAT
2759 CACTATATTT
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 32, Indels: 16
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
270 2 0.00
271 43 0.08
272 27 0.05
273 306 0.58
274 2 0.00
277 51 0.10
278 101 0.19
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (273 bp):
ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTT
TTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGATATCTGCTCTATGTTAAT
CCTGTTCAAGGATCTTTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGG
TTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAATCCTGGTTGA
GGATCATAGCGTC
Found at i:2619 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 2491--2668 Score: 293
Period size: 97 Copynumber: 1.8 Consensus size: 97
2481 TTGCTTTATT
* * **
2491 TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTTGCTTTATTTTAAT
1 TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAATGCTTTATTTTAAT
2556 CATGTGTGAGAATCATTGCTGAGGATCGTTGC
66 CATGTGTGAGAATCATTGCTGAGGATCGTTGC
2588 TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAATGCTTTATTTTAAT
1 TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAATGCTTTATTTTAAT
* * *
2653 CCTGTTTGAGGATCAT
66 CATGTGTGAGAATCAT
2669 CACATCATTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 7, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
97 74 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.20, T:0.44
Consensus pattern (97 bp):
TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAATGCTTTATTTTAAT
CATGTGTGAGAATCATTGCTGAGGATCGTTGC
Found at i:2680 original size:157 final size:150
Alignment explanation
Indices: 1907--2758 Score: 788
Period size: 151 Copynumber: 5.6 Consensus size: 150
1897 TGCTTTATCA
* * * * * * * * *
1907 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTT
1 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCGTTGCTTTAT-TTTAATCATGTGTGAGAATCATTGCTG
* * * * * * * *
1972 CATTTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACTTTATTTTTATCCTGGTTGAGGAT-ATCTGCTCTAT
65 GATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGC-TCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAT-TGCTTTAT
* ** *
2036 GTTAATCCTGTTCAAGGATCTTT
128 TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * * * * *
2059 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTG-GTTAAGGATCATTGCTT
1 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCATGTG-TGAGAATCATTGCTG
* * * * * *
2123 TAT-TTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATAGCGTCAT
65 GATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGC-TCAT-TTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTTTAT
2187 TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
128 TTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * * * * * * * * *
2210 GCTTTATGATTAATCCTGTTTGAGGATCATTACTTCATTTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTTACT
1 GCTTTAT-TTTAATCCTGGTTAAGGATCGTTGCTTTA-TTTTAATCATGTGTGAGAATCATTGCT
** * * * *
2275 TTAT-TTTTATCCTGGTTGAGGAT-ATCTGCTCTATGTTAATCCT-GTTCAAGGATCTTTGCTTT
64 GGATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCAT-TGCTC-ATTTTAATCCTGGTT-GAGGATCATTGCTTT
2337 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
126 ATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * * **
2362 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTT
1 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCATGTGTGAGAATCATTGCTGG
* *
2427 ATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATAGCGTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTT
66 ATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGC-TCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTTTATTT
2492 TAATCCTGTTTGAGGATCATT
130 TAATCCTGTTTGAGGATCATT
* *
2513 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCATGTGTGAGAATCATTGCTGA
1 GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCATGTGTGAGAATCATTGCT--
* *
2578 GGATCGTTGCTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCAATGCT
64 GGAT-G-T--TTAATCCTGGTTGAGGATCATTGC-TCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCT
*
2643 TTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATC
124 TTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
* * * *
2670 ACATCATTTTAAT-CTCGGTTAAGGATTGTTGCTTTATTTTAATCATG-GTTGA-AGATCATTGC
1 GCTTTATTTTAATCCT-GGTTAAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCATGTG-TGAGA-ATCATTGC
** * *
2732 TTTA-CTTTAATCTTGGTTGAGGATCAT
63 TGGATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCAT
2759 CACTATATTT
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 70, Indels: 46
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
150 76 0.12
151 224 0.37
152 125 0.21
153 50 0.08
154 1 0.00
155 2 0.00
156 4 0.01
157 126 0.21
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (150 bp):
GCTTTATTTTAATCCTGGTTAAGGATCGTTGCTTTATTTTAATCATGTGTGAGAATCATTGCTGG
ATGTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTCATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTTTATTTT
AATCCTGTTTGAGGATCATT
Done.