Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021244.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21277, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23372
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.19, T:0.30
Found at i:485 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 458--487 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
448 CTTTGCTTTG
458 TTTTCTAGTTTAATTA
1 TTTTCTAGTTTAATTA
474 TTTTCT-GTTTAATT
1 TTTTCTAGTTTAATT
488 GCTTTCTGTC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.57
16 6 0.43
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.07, T:0.67
Consensus pattern (16 bp):
TTTTCTAGTTTAATTA
Found at i:1954 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1929--1981 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
1919 AAATCAAACT
**
1929 AACAATTAAGACTATCT-AAGAA
1 AACAATTAAGAAAAT-TAAAGAA
*
1951 AACAATCAAGAAAATTAAAGAA
1 AACAATTAAGAAAATTAAAGAA
1973 AACAATTAA
1 AACAATTAA
1982 TCAGAAAGCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.04
22 25 0.96
ACGTcount: A:0.62, C:0.11, G:0.08, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
AACAATTAAGAAAATTAAAGAA
Found at i:10063 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 9999--11872 Score: 2492
Period size: 56 Copynumber: 34.2 Consensus size: 56
9989 TCGTATAATC
* * *
9999 AGTAATTAAGCTAAAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTTGTCTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* ** *
10055 ATTAATTAAAAT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
10109 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATCA-TTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10164 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10218 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAATGTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10274 AGTAATTAAACT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATTAGTTTAATTCT-
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10327 AGGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGCAATTAGTTTAATTTTG
1 A-GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
10384 AGTAATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
10438 AGTGATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTACTTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10492 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTTTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
10548 AGTAATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTTAACA--AATTATTTTAATTTTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10600 GGTAATTAAGCTTTAAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGC-TAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10656 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * *
10712 AGTAATTAAGCT----TGAGTGAAAGAAAGAATAAACAGTAATTAGATTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * * * *
10764 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAATAACGAGTAAACAATAATTGGTTTAATTTTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
** * * *
10820 AACAATTAAGCTAAAAAAAAGTTAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTA
1 AGTAATTAAGCT-AAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10877 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAGCAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10931 -GATAATTAAGCTAAAAGAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTT
1 AG-TAATTAAGCTAAAA-AGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10988 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
11044 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
11098 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTCTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * ***
11154 AGTAACTAA-CT-AAAA-ATTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAAG-CTAA-AAAG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATT-AGTTTAATTCTG
** *
11206 AGTAAACAGTAG-TTAAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTA--AGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
11262 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
11318 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11374 AGTAATTAAGCT-AAAA-AGTAAATGAAAGAGTAAAAAGTAATTATTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11428 GGTAATTAAGCTTTAGAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGC--TAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
11485 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTGAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGATTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
11541 -GTTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTGGTTTAATTCTG
1 AG-TAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
** *
11597 AACAATTAAGCTAAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTA
1 AGTAATTAAGCT-AAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11654 AGTAATTATGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAACAGTAATTAATTTAATTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
11708 -GTAATTAAGC---------T-AAA-AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11752 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAATGGAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTACTTCTG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * *
11806 -GTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAGCAGTAATTAGTTTAACTCAG
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
11859 AATAATTAGGCTAA
1 AGTAATTAAGCTAA
11873 GAAGTAAAGG
Statistics
Matches: 1616, Mismatches: 145, Indels: 114
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 27 0.02
45 13 0.01
46 1 0.00
52 80 0.05
53 119 0.07
54 480 0.30
55 103 0.06
56 596 0.37
57 196 0.12
58 1 0.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (56 bp):
AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
Found at i:10135 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 9999--11872 Score: 2504
Period size: 110 Copynumber: 17.1 Consensus size: 110
9989 TCGTATAATC
* * * *
9999 AGTAATTAAGCTAAAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTTGTCTAATTCTGATTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
** *
10064 AATAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
10109 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATCA-TTTAATTCTGAGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* *
10173 GCTAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10218 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAATGTAATTCTGAGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* *
10283 ACTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATTAGTTTAATTCT-
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10327 AGGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGCAATTAGTTTAATTTTGAGTAATTA
1 A-GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTA
10392 AGCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
65 AGCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * *
10438 AGTGATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTACTTCTGGGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
*
10501 GCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTTTG
66 GCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * *
10548 AGTAATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTTAACA--AATTATTTTAATTTTGGGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
10609 GCTTTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
66 GC--TAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10656 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
** * * *
10721 GCT--TGAGTGAAAGAAAGAATAAACAGTAATTAGATTAATTCTG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * * * * **
10764 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAATAACGAGTAAACAATAATTGGTTTAATTTTGAACAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* *
10829 GCTAAAAAAAAGTTAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTA
66 GCT---AAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
10877 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAGCAGTAATTAGTTTAATTCTG-GATAATTA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAG-TAATTA
*
10939 AGCTAAAAGAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTT
65 AGCT-AAA-A-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10988 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
*
11053 GCTAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
11098 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTCTAATTCTGAGTAACTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* * ***
11163 -CTAAAAATTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAAG-CTAA-AAAG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATT-AGTTTAATTCTG
** * *
11206 AGTAAACAGTAG-TTAAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGGGTAATT
1 AGTAATTA--AGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATT
11269 AAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
64 AAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
11318 GGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* * *
11383 GCTAAAAAGTAAATGAAAGAGTAAAAAGTAATTATTTTAATTCTG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11428 GGTAATTAAGCTTTAGAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTGAGTAATT
1 AGTAATTAAGC--TAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATT
* *
11492 AAGCTAAAAAGAGTGAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGATTAATTCTG
64 AAGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* **
11541 -GTTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTGGTTTAATTCTGAACAATTA
1 AG-TAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTA
*
11605 AGCTAAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTA
65 AGCT--AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11654 AGTAATTATGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAACAGTAATTAATTTAATTCTG-GTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
*
11716 GC-------T-AAA-AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTA
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * *
11752 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAATGGAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTACTTCTG-GTAATTAA
1 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* * * * *
11814 GCTAAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAGCAGTAATTAGTTTAACTCAG
66 GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
11859 AATAATTAGGCTAA
1 AGTAATTAAGCTAA
11873 GAAGTAAAGG
Statistics
Matches: 1576, Mismatches: 137, Indels: 103
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
98 90 0.06
99 3 0.00
100 1 0.00
105 1 0.00
106 3 0.00
107 35 0.02
108 264 0.17
109 162 0.10
110 468 0.30
111 223 0.14
112 138 0.09
113 186 0.12
114 2 0.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (110 bp):
AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
GCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
Found at i:10425 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 10000--11880 Score: 2520
Period size: 164 Copynumber: 11.5 Consensus size: 165
9990 CGTATAATCA
* * * * *
10000 GTAATTAAGCTAAAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTTGTCTAATTCTGATTAATTAAA
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
* * *
10065 ATAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
* *
10130 AAAAGAAAGAGTAAATAGTAATCA-TTTAATTCTG
131 AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
*
10164 AGTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
1 -GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAA
* * *
10227 GCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAATGTAATTCTGAGTAATTAAACT-AAAA-
65 GCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAG
*
10290 AGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATTAGTTTAATTCTAG
128 AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCT-G
* *
10329 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGCAATTAGTTTAATTTTGAGTAATTAAG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
*
10394 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTGATTAAGCT-AAAA-AGT
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
* *
10457 AAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTACTTCTGG
131 AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCT-G
*
10493 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTTTGAGTAATTAAG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
* * * * *
10558 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTTAACA--AATTATTTTAATTTTGGGTAATTAAGCTTTAAAA-AG
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGC-TAAAAAGAG
10620 TAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGG
130 TAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCT-G
10657 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
** * * * *
10722 CT--TGAGTGAAAGAAAGAATAAACAGTAATTAGATTAATTCTGGGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
* * * * *
10785 AAAATAACGAGTAAACAATAATTGGTTTAATTTTG
131 AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
** * * *
10820 AACAATTAAGCTAAAAAAAAGTTAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTA
1 -GTAATTAAGCT-AAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTA
* * *
10885 AGCTAAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAGCAGTAATTAGTTTAATTCTG-GATAATTAAGCTAAAAGA
64 AGCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAG-TAATTAAGCTAAAA-A
*
10949 GAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTTA
127 GAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTC-TG
*
10989 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAATAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
*
11054 CTAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
*
11119 AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTCTAATTCTG
131 AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * *** **
11154 AGTAACTAA-CT-AAAA-ATTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAAG-CTAA-AAAGAGTAAACA
1 -GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATT-AGTTTAATTCTGAGTAATTA
* *
11214 GTAGTTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAGCTAAAAA
64 --AGCTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAA
11279 GAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGG
127 GAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCT-G
11319 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
* * * * *
11384 CTAAAAAGTAAATGAAAGAGTAAAAAGTAATTATTTTAATTCTGGGTAATTAAGCTTTAGAAA-A
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGC--TAAAAAGA
*
11448 GTAAAAGAAAGAGTAAACAATAATTAGTTTAATTCTG
129 GTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* *
11485 AGTAATTAAGCTAAAAAGAGTGAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGATTAATTCTG-GTTAATTA
1 -GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAG-TAATTA
* **
11549 AGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTGGTTTAATTCTGAACAATTAAGCTAAAAA
64 AGCT-AAAA-AGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCT-AAAA
*
11614 AGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAA
126 AGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCT-G
* * *
11655 GTAATTATGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAACAGTAATTAATTTAATTCTG-GTAATTAAG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
*
11717 C-------T-AAA-AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAGCT--AAAGAGT
66 CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
* * *
11771 AAATGGAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTACTTCTG
131 AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
* * * * * *
11806 GTAATTAAGCT--AAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAGCAGTAATTAGTTTAACTCAGAATAATTAGG
1 GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
*
11869 CTAAGAAGTAAA
66 CTAAAAAGTAAA
11881 GGGTAGTAAT
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 133, Indels: 99
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
151 48 0.03
152 46 0.03
155 38 0.02
156 3 0.00
157 1 0.00
159 1 0.00
160 2 0.00
162 47 0.03
163 107 0.07
164 484 0.32
165 120 0.08
166 166 0.11
167 321 0.21
168 63 0.04
169 89 0.06
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (165 bp):
GTAATTAAGCTAAAAAGAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAG
CTAAAAAGTAAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGAGTAATTAAGCTAAAAAGAGT
AAAAGAAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTG
Found at i:11727 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11672--11819 Score: 172
Period size: 44 Copynumber: 3.1 Consensus size: 45
11662 TGCTAAAGAG
*
11672 TAAAAGGAAGAGTAAACAGTAATTAATTTAATTCTGGTAATTAAGC
1 TAAAA-GAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGGTAATTAAGC
*
11718 TAAAA-AAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAGC
1 TAAAAGAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCT-GGTAATTAAGC
*
11763 TAAAGAGTAAATGGAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTACTTCTGGTAATTAAGC
1 T----A--AAA--GAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGGTAATTAAGC
11816 TAAA
1 TAAA
11820 GAGTAAAAGG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 4, Indels: 19
0.79 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
44 27 0.31
45 11 0.12
46 5 0.06
47 2 0.02
49 2 0.02
51 3 0.03
53 11 0.12
54 27 0.31
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
TAAAAGAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTGGTAATTAAGC
Found at i:11732 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 11624--11819 Score: 356
Period size: 98 Copynumber: 2.0 Consensus size: 98
11614 AGAGTAAAAG
*
11624 AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTATGCTAAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAAC
1 AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAGCTAAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAAC
11689 AGTAATTAATTTAATTCTGGTAATTAAGCTAAA
66 AGTAATTAATTTAATTCTGGTAATTAAGCTAAA
*
11722 AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAGCTAAAGAGTAAATGGAAGAGTAAAC
1 AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAGCTAAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAAC
* *
11787 AGTAATTAGTTTACTTCTGGTAATTAAGCTAAA
66 AGTAATTAATTTAATTCTGGTAATTAAGCTAAA
11820 GAGTAAAAGG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
98 94 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (98 bp):
AAAGAGTAAACAGTAATTAGTTTAATTCTAAGTAATTAAGCTAAAGAGTAAAAGGAAGAGTAAAC
AGTAATTAATTTAATTCTGGTAATTAAGCTAAA
Found at i:12791 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12740--12833 Score: 138
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 43
12730 AGTGCATTAC
* *
12740 CTAA-ATTCTA-CTCCATCTCTAGGTAATTCATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATTAATCAAAATAAAG
12781 CTAATATTCTACTCCTCCATCTCTAGATAATTAATCAAAATAAAG
1 CTAATATTCTA--CCTCCATCTCTAGATAATTAATCAAAATAAAG
12826 CTAATATT
1 CTAATATT
12834 AATTGTTGCT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 4
0.89 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.09
42 6 0.13
45 37 0.79
ACGTcount: A:0.39, C:0.21, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
CTAATATTCTACCTCCATCTCTAGATAATTAATCAAAATAAAG
Found at i:18390 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18355--18426 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 30
18345 AGCGATTGGT
* *
18355 CTCAATTGACACT-ATTTCGAGAGTAGAGGGA
1 CTCAATTGACACTAATTACGA-A-TAGAAGGA
* *
18386 CTCAATTGACATTAATTACTAATAGAAGGA
1 CTCAATTGACACTAATTACGAATAGAAGGA
18416 CTCAATTGACA
1 CTCAATTGACA
18427 GTCTTTTTAC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 18 0.50
31 13 0.36
32 5 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
CTCAATTGACACTAATTACGAATAGAAGGA
Found at i:18593 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18539--18589 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 16
18529 ATCACCCCCC
*
18539 AGATCACTAGTGATCTA
1 AGATCACCAGTGATC-A
18556 AGATCACCAGTGATGCA
1 AGATCACCAGTGAT-CA
*
18573 AGATCACCGGTGATCA
1 AGATCACCAGTGATCA
18589 A
1 A
18590 AGATTACATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.10
17 27 0.87
18 1 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.22, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (16 bp):
AGATCACCAGTGATCA
Found at i:20201 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 20151--20250 Score: 105
Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 32
20141 CAGACAGTTT
* * *
20151 TCTCGGGTCATTCGAGTTTCGGGTCATTTGGG
1 TCTCGAGTCATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGG
*
20183 T-TCGAGTTATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGG
1 TCTCGAGTCATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGG
* * * *
20214 TCTTGAGTCATAT-GGTTTTCGGGTCATCCAGG
1 TCTCGAGTCAT-TCGGGTTTCGGGTCATTCGGG
20246 TCTCG
1 TCTCG
20251 GGTTGGACGA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 10, Indels: 4
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 27 0.48
32 28 0.50
33 1 0.02
ACGTcount: A:0.11, C:0.19, G:0.32, T:0.38
Consensus pattern (32 bp):
TCTCGAGTCATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGG
Found at i:20213 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 20153--20240 Score: 83
Period size: 16 Copynumber: 5.6 Consensus size: 16
20143 GACAGTTTTC
*
20153 TCGGGTCATTCGAGTT
1 TCGGGTCATTCGGGTT
*
20169 TCGGGTCATTTGGG-T
1 TCGGGTCATTCGGGTT
* *
20184 TCGAGTTATTCGGGTT
1 TCGGGTCATTCGGGTT
20200 TCGGGTCATTCGGGTCT
1 TCGGGTCATTCGGGT-T
* *
20217 T-GAGTCATAT-GGTTT
1 TCGGGTCAT-TCGGGTT
20232 TCGGGTCAT
1 TCGGGTCAT
20241 CCAGGTCTCG
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 10, Indels: 8
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.24
16 41 0.71
17 3 0.05
ACGTcount: A:0.11, C:0.16, G:0.33, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
TCGGGTCATTCGGGTT
Found at i:20239 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 20157--20240 Score: 98
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 31
20147 GTTTTCTCGG
* *
20157 GTCATTCGAGTTTCGGGTCATTTGGGTTCGA
1 GTCATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGGTTCGA
* *
20188 GTTATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGGTCTTGA
1 GTCATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGGT-TCGA
*
20220 GTCATAT-GGTTTTCGGGTCAT
1 GTCAT-TCGGGTTTCGGGTCAT
20241 CCAGGTCTCG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 6, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 24 0.53
32 20 0.44
33 1 0.02
ACGTcount: A:0.12, C:0.15, G:0.32, T:0.40
Consensus pattern (31 bp):
GTCATTCGGGTTTCGGGTCATTCGGGTTCGA
Found at i:22442 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 22414--22486 Score: 119
Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22
22404 GTAGAGATTC
22414 TTTCTACTTTGCAGAGCATTAT
1 TTTCTACTTTGCAGAGCATTAT
22436 TTTCTACTTTGCAGAGCATTAT
1 TTTCTACTTTGCAGAGCATTAT
*
22458 TTTCCACTTTGCAGAGTGCATTAT
1 TTTCTACTTTGCAGA--GCATTAT
22482 TTTCT
1 TTTCT
22487 TCAACTTCAG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 2
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 36 0.77
24 11 0.23
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
TTTCTACTTTGCAGAGCATTAT
Done.