Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021518.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21551, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23220
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.33
Found at i:11 original size:2 final size:2
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Indices: 5--64 Score: 106
Period size: 2 Copynumber: 31.0 Consensus size: 2
1 CTCA
5 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT C- CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
46 C- CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
65 GATTTTTGAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 0, Indels: 4
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.04
2 54 0.96
ACGTcount: A:0.00, C:0.52, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:1809 original size:53 final size:52
Alignment explanation
Indices: 1350--2735 Score: 1159
Period size: 53 Copynumber: 25.9 Consensus size: 52
1340 ATAAGTAAAG
* * * *
1350 TCAGTAATTAGTTTAATTCAGGGTAATTAAGCTAA-AAGATTAAAAAAAAGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAG---CAAAAAATGGTAA
* * * * * * * * *
1404 TCAATCA-TTGGCTTAATTCAGAATAATTAGGTTAAAAAGAATAAAGAAATGGTAG
1 TCAGT-AGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAG--CAAA-AAATGGTAA
* * * ** * * *
1459 TCAGTACTTGGCTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAGAAATAGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGCAAA-AAATGGTAA
* * * ** *
1514 TCAGTAGTTAGCTTAATTCTGAGTAATTAAGTTAAAGAAGGGTGAACAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA--GCAAAAAATGGTAA
* * * *
1569 TCAGTAATTGGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAAGGTAAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA-GCAAAAAATGGTAA
* * * * *
1623 TCATTAATTGGTTTAATTCACAGTAATTAAGCTAAAAAGAAGTAAAGAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT---AAGAAGCAAA-AAATGGTAA
* * *
1679 TCAGTAGCTAGTTTAATTCAAAGT-ACTAGAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
* * *
1731 TCAGTAGTTAGTTTGATTCAAAGTAATTAAGCTAAGATGCAAAAAGATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAA-ATGGTAA
* * * * **
1784 TCAGCAGTGAGCTTAATTCATAGTAATCGAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
* * * *
1836 TCCGTAGTTAGTTTGATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAGATGTTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAA-ATGGTAA
* * * * *
1889 TCAGCAGTTAATATAATTCAGAGTAATTAAGCTAA-AAGGAGAAAAAATTGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA-G-CAAAAAATGGTAA
* * * ** *
1942 TCATTAATT-GCTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAAAGGTAGAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAG-TTTAATTCAGAGTAATTAAGCT--AAGAAGCAAAAAATGGTAA
* * * *
1996 TCAGTAATTGGTTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAAGAAGCAAAAAGATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAA-ATGGTAA
** * * * * *
2049 TCAACATTTAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAAAAAGCAAAGAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
* * *
2101 TCAGTAGTTAGTTTGATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGCAACAAGATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAA-AAAATGGTAA
** * * *
2154 TCAACAGATAGTATAATTCAGAGTAATTAAGCTAA-AAGGAGTAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCA--AAAAATGGTAA
* * * *
2207 TCAGTAATTGGTTTAATTGATCAGAGTAATTAAGCTAAACAAAAGGTAAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAA-T--TCAGAGTAATTAAGCT--A-AGAA-GCAAAAAATGGTAA
* * * * *
2266 TCAATAATTGGTTTAATTCAGAGTAGTTAAGCTAAAAAG-AGTAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCA--AAAAATGGTAA
* * ** *
2319 TGAGCAGTTAGAATAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
**
2371 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAATTAAAGAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAA-AAATGGTAA
* *
2424 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTGAGCTAAGAAGCAAAAACTGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
* * * *
2476 TTAGTAGTTAGTTTGATTCAGAGTAATTATGCTAAGAAGCAAAAAGATGGCAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAA-ATGGTAA
* * * * * *
2529 TTAGCAGTTAGTATAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAAGGAGAAAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT--AAGAAGCAAAAAATGGTAA
* * **
2583 TCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAAATATAAAAATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGCA-AAAAATGGTAA
* * * *
2637 TCAGTAATTGGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAG-AGTAAAGATGGTAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCA--AAAAATGGTAA
* * * * * * *
2690 TCAGCAGTTAATATAATTTAGAATAATTAACCTAAGAAGTAAAAAA
1 TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAA
2736 AATAGTCATA
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 178, Indels: 90
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.00
52 249 0.22
53 402 0.36
54 200 0.18
55 145 0.13
56 78 0.07
57 2 0.00
58 2 0.00
59 27 0.02
60 2 0.00
61 2 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (52 bp):
TCAGTAGTTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAA
Found at i:1826 original size:105 final size:104
Alignment explanation
Indices: 1357--2735 Score: 1118
Period size: 105 Copynumber: 12.9 Consensus size: 104
1347 AAGTCAGTAA
* * * * * *
1357 TTAGTTTAATTCAGGGTAATTAAGCTAA-AAGATTAAAAAAAAGGTAATCAATCA-TTGGCTTAA
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAG---CAAAAAATGGTAATCAGT-AGTTAGTTTAA
* * * * * * *
1420 TTCAGAATAATTAGGTTAAAAAGAATAAAGAAATGGTAGTCAGTAC
62 TTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAG--CAAA-AAATGGTAATCAGCAG
* * ** * * * *
1466 TTGGCTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAGAAATAGTAATCAGTAGTTAGCTTAAT
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGCAAA-AAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAAT
* * ** * * *
1531 TCTGAGTAATTAAGTTAAAGAAGGGTGAACAATGGTAATCAGTAA
63 TCAGAGTAATTAAGCTAAA-AA--GCAAAAAATGGTAATCAGCAG
* * * * * *
1576 TTGGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAAGGTAAAAAATGGTAATCATTAATTGGTTTAATT
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA-GCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATT
* * *
1641 CACAGTAATTAAGCTAAAAAGAAGTAAAGAAATGGTAATCAGTAG
64 CAGAGTAATTAAGCT--AAA-AAGCAAA-AAATGGTAATCAGCAG
* * * *
1686 CTAGTTTAATTCAAAGT-ACTAGAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTGATTC
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTC
* * *
1750 AAAGTAATTAAGCTAAGATGCAAAAAGATGGTAATCAGCAG
65 AGAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAAAA-ATGGTAATCAGCAG
* * * ** * *
1791 TGAGCTTAATTCATAGTAATCGAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCCGTAGTTAGTTTGATTCA
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTCA
* * *
1856 AAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAGATGTTAATCAGCAG
66 GAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAAAA-ATGGTAATCAGCAG
* * * * * *
1896 TTAATATAATTCAGAGTAATTAAGCTAA-AAGGAGAAAAAATTGTAATCATTAATT-GCTTTAAT
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA-G-CAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAG-TTTAAT
** * * *
1959 TCAGAGTAATTAAGCTAAAAAAAGGTAGAAATGGTAATCAGTAA
63 TCAGAGTAATTAAGCT--AAAAAGCAAAAAATGGTAATCAGCAG
* * * ** * *
2003 TTGGTTTGATTCAGAGTAATTAAGTTAAGAAGCAAAAAGATGGTAATCAACATTTAGTTTAATTT
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAA-ATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTC
* * *
2068 AGAGTAATTAAGTTAAAAAGCAAAGAATGGTAATCAGTAG
65 AGAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAAAAATGGTAATCAGCAG
* * * ** * *
2108 TTAGTTTGATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGCAACAAGATGGTAATCAACAGATAGTATAATTC
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAA-AAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTC
* * *
2173 AGAGTAATTAAGCTAAAAGGAG-TAAAAATGGTAATCAGTAA
65 AGAGTAATTAAGCTAAAA--AGCAAAAAATGGTAATCAGCAG
* * * * * *
2214 TTGGTTTAATTGATCAGAGTAATTAAGCTAAACAAAAGGTAAAAAATGGTAATCAATAATTGGTT
1 TTAGTTTAA-T--TCAGAGTAATTAAGCT--A-AGAA-GCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTT
* *
2279 TAATTCAGAGTAGTTAAGCTAAAAAG-AGTAAAAATGGTAATGAGCAG
59 TAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGCA--AAAAATGGTAATCAGCAG
** *
2326 TTAGAATAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTCA
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTCA
* ** *
2391 GAGTAATTAAGCTAAGAATTAAAGAAATGGTAATCAGTAG
66 GAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAA-AAATGGTAATCAGCAG
* * * *
2431 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTGAGCTAAGAAGCAAAAACTGGTAATTAGTAGTTAGTTTGATTCA
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTCA
* * * *
2496 GAGTAATTATGCTAAGAAGCAAAAAGATGGCAATTAGCAG
66 GAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAAAA-ATGGTAATCAGCAG
* * * * *
2536 TTAGTATAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAAGGAGAAAAAAATGGTAATCAGTAATTAGTTTAATT
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT--AAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATT
** * *
2601 CAGAGTAATTAAGCTAAAAAAATATAAAAATGGTAATCAGTAA
64 CAGAGTAATTAAGCT-AAAAAGCA-AAAAATGGTAATCAGCAG
* * * * * *
2644 TTGGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAG-AGTAAAGATGGTAATCAGCAGTTAATATAATT
1 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCA--AAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATT
* * * * *
2708 TAGAATAATTAACCTAAGAAGTAAAAAA
64 CAGAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAAAAA
2736 AATAGTCATA
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 179, Indels: 92
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
104 8 0.01
105 405 0.39
106 84 0.08
107 152 0.15
108 90 0.09
109 106 0.10
110 118 0.11
111 14 0.01
112 66 0.06
113 4 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (104 bp):
TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGCAAAAAATGGTAATCAGTAGTTAGTTTAATTCA
GAGTAATTAAGCTAAAAAGCAAAAAATGGTAATCAGCAG
Found at i:2620 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 2571--2674 Score: 120
Period size: 54 Copynumber: 2.1 Consensus size: 46
2561 TAAAAGGAGA
2571 AAAAAATGGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAAAT
1 AAAAAATGGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGC-------AT
*
2624 ATAAAAATGGTAATCAGTAATTGGTTTAATTCAGAGTAATTAAGC-T
1 A-AAAAATGGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCAT
2670 AAAAA
1 AAAAA
2675 GAGTAAAGAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 10
0.82 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
45 4 0.08
46 2 0.04
53 1 0.02
54 42 0.86
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (46 bp):
AAAAAATGGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCAT
Found at i:9079 original size:95 final size:94
Alignment explanation
Indices: 8911--9097 Score: 311
Period size: 95 Copynumber: 2.0 Consensus size: 94
8901 AACGACGCAG
*
8911 TTTTAAGGTTTTCCCCATAAACCTCATAATCTAATGATAGAAAACCCTAAGAGTCCGTTTGAAAG
1 TTTTAAGGTTTTCCCCATAAACCTCATAATCTAATGATAGAAAACCCTAAGAGGCCGTTTGAAAG
*
8976 TTTCTATAGAAAGTAAAAAAGTAGAAAGCA
66 TTTCTATAG-AAGTAAAAAAATAGAAAGCA
* * * *
9006 TTTTCAGGTTTTCCCTATAAACCTCATAATTTAATGATAGAAAACCCTAAGAGGCCGTTTGGAAG
1 TTTTAAGGTTTTCCCCATAAACCTCATAATCTAATGATAGAAAACCCTAAGAGGCCGTTTGAAAG
9071 TTTCTATAGAAGTAAAAAAATAGAAAG
66 TTTCTATAGAAGTAAAAAAATAGAAAG
9098 TCTTTCTACA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 6, Indels: 1
0.92 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
94 17 0.20
95 69 0.80
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (94 bp):
TTTTAAGGTTTTCCCCATAAACCTCATAATCTAATGATAGAAAACCCTAAGAGGCCGTTTGAAAG
TTTCTATAGAAGTAAAAAAATAGAAAGCA
Found at i:10708 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10686--10734 Score: 80
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
10676 TCCCAAACAA
10686 CCAAAACCCATATAC
1 CCAAAACCCATATAC
* *
10701 CCAGAACCCATACAC
1 CCAAAACCCATATAC
10716 CCAAAACCCATATAC
1 CCAAAACCCATATAC
10731 CCAA
1 CCAA
10735 CATAATCAGC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 30 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.43, G:0.02, T:0.10
Consensus pattern (15 bp):
CCAAAACCCATATAC
Found at i:10720 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10677--10733 Score: 96
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
10667 TAAACACTTT
10677 CCCAAACAACCAAAACCCATATACCCAGAA
1 CCCAAACAACCAAAACCCATATACCCAGAA
* *
10707 CCCATACACCCAAAACCCATATACCCA
1 CCCAAACAACCAAAACCCATATACCCA
10734 ACATAATCAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 25 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.44, G:0.02, T:0.09
Consensus pattern (30 bp):
CCCAAACAACCAAAACCCATATACCCAGAA
Found at i:20464 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 20408--20488 Score: 128
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
20398 TTTAATTTCT
20408 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
* * *
20448 ATGTAATA-CTATAATAACTGAAATACTTATATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
20487 AT
1 AT
20489 TCTTAGGTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 30 0.79
40 8 0.21
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.04, T:0.38
Consensus pattern (40 bp):
ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
Found at i:20478 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20418--20478 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
20408 ATGTAATATA
*
20418 TATAATAACTAAAATACT
1 TATAATAACTGAAATACT
* *
20436 TACATTAATTAAATGTAATAC-
1 T--A-TAA-TAACTGAAATACT
20457 TATAATAACTGAAATACT
1 TATAATAACTGAAATACT
20475 TATA
1 TATA
20479 TTAATTAAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 10
0.69 0.10 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.30
18 8 0.24
19 1 0.03
20 1 0.03
21 4 0.12
22 9 0.27
ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
TATAATAACTGAAATACT
Found at i:20515 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 20479--20525 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
20469 AATACTTATA
*
20479 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
1 TTAATTAAATTCTTAAGTATTTTT
20503 TTAATTCAAATTCTTAAGTATTT
1 TTAATT-AAATTCTTAAGTATTT
20526 GTGCAAACGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.29
25 15 0.71
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.06, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TTAATTAAATTCTTAAGTATTTTT
Found at i:21574 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 21527--21596 Score: 106
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
21517 GAGATTTTGG
*
21527 AGAAATATGATAATCAAAA-CTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATC-ACAAAAAATGTAATA
*
21563 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAA
21597 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 30 0.97
37 1 0.03
ACGTcount: A:0.60, C:0.10, G:0.10, T:0.20
Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
Found at i:22972 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 22871--22983 Score: 167
Period size: 58 Copynumber: 1.9 Consensus size: 58
22861 AGCATCATGC
*
22871 CTCGGTCCTAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATAAGT
1 CTCGGTCCGAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATAAGT
* *
22929 CTCGGTCCGAAAACGTCTTTTCTTATG-CATCTAAT-AAAGAACATGTCACTTGATA
1 CTCGGTCCGAAAACGTCTTTT-TTA-GACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATA
22984 TTTGATTAAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 4
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
58 38 0.76
59 11 0.22
60 1 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (58 bp):
CTCGGTCCGAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAATAAAAAAACATGTCACTCGATAAGT
Done.