Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021559.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21592, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5707
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Found at i:1657 original size:753 final size:754
Alignment explanation
Indices: 419--1799 Score: 2629
Period size: 753 Copynumber: 1.8 Consensus size: 754
409 TCAACCAGGG
419 TATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTAA
1 TATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTAA
*
484 TTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAATACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCTC
66 TTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCTC
*
549 AATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAAAGGTCATTTA
131 AATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAAAGGTAATTTA
614 AGAGTCTAAAATTCAGAAAAAGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGAT
196 AGAGTCTAAAATTCAGAAAAAGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGAT
*
679 TCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTGGTTGATACCGTATAACCTCCATAAAT
261 TCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTGATACCGTATAACCTCCATAAAT
744 TAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATTA
326 TAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATTA
809 ATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTCC
391 ATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTCC
*
874 CAACATTATTAATTTATTGAGGTTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTCT
456 CAACATTATTAATTTATAGAGGTTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTCT
939 CTAGTTTATATATACAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACAAATTTCATGAGA
521 CTAGTTTATATATACAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACAAATTTCATGAGA
1004 GTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCATCTATTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTG
586 GTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCATCTATTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTG
1069 AGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGATATATATATATAATGTATATGTTATACAACTG
651 AGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGATATATATATATAATGTATATGTTATACAACTG
1134 TTCATATATATCCAACAGTGGTCATTAACATGTTATTTT
716 TTCATATATATCCAACAGTGGTCATTAACATGTTATTTT
*
1173 TATAAAGTTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCT-GGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTAA
1 TATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTAA
*
1237 TTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTGGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCTC
66 TTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCTC
*
1302 AATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAGAGGTAATTTA
131 AATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAAAGGTAATTTA
* * *
1367 AGGGTCTAAAATTCAGAAAAGGTCAAATATGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGAT
196 AGAGTCTAAAATTCAGAAAAAGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGAT
*
1432 TCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTTATACCGTATAACCTCCATAAAT
261 TCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTGATACCGTATAACCTCCATAAAT
1497 TAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATTA
326 TAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATTA
1562 ATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTCC
391 ATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTCC
1627 CAACATTATTAATTTATAGAGGTTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTCT
456 CAACATTATTAATTTATAGAGGTTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTCT
* **
1692 CTAGTTTATATATATAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAACTTGTGTACAAATTTCATGAGA
521 CTAGTTTATATATACAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACAAATTTCATGAGA
1757 GTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCATCTATTT
586 GTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCATCTATTT
1800 GACCTTTTCT
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 14, Indels: 1
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
753 583 0.95
754 30 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (754 bp):
TATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTAA
TTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCTC
AATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAAAGGTAATTTA
AGAGTCTAAAATTCAGAAAAAGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGAT
TCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTGATACCGTATAACCTCCATAAAT
TAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATTA
ATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTCC
CAACATTATTAATTTATAGAGGTTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTCT
CTAGTTTATATATACAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACAAATTTCATGAGA
GTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCATCTATTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTG
AGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGATATATATATATAATGTATATGTTATACAACTG
TTCATATATATCCAACAGTGGTCATTAACATGTTATTTT
Found at i:1931 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1924--1948 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
1914 TGATTTTAGA
1924 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1949 ATGTATATGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1994 original size:835 final size:824
Alignment explanation
Indices: 1044--2762 Score: 3174
Period size: 836 Copynumber: 2.1 Consensus size: 824
1034 TAAGCATCTA
1044 TTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAG--ATATAT
1 TTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGAAATATAT
* *
1107 ATATATAATGTATATGTTATACAACTGTTCATATATATCCAACAGTGGTCATTAACATGTTATTT
66 ATATATAATGTATATGTTATACAACTGTTCATATATATACAACAGTGGTCATTAACATATTATTT
*
1172 TTATAAAGTTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCT-GGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTA
131 TTATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTA
*
1236 ATTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTGGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCT
196 ATTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCT
1301 CAATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAGAGGTAATTT
261 CAATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAGAGGTAATTT
*
1366 AAGGGTCTAAAATTCAGAAAAGGTCAAATATGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGA
326 AAGGGTCTAAAATTCAGAAAAGGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGA
1431 TTCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTTATACCGTATAACCTCCATAAA
391 TTCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTTATACCGTATAACCTCCATAAA
1496 TTAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATT
456 TTAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATT
1561 AATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTC
521 AATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTC
*
1626 CCAACATTATTAATTTATAGAGGTTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTC
586 CCAACATTATTAATTTATAGAGATTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTC
**
1691 TCTAGTTTATATATATAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAACTTGTGTACAAATTTCATGAG
651 TCTAGTTTATATATATAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACAAATTTCATGAG
*
1756 AGTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCATCTATTTGACCTTTTCTGAAGTTTAGAC
716 AGTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCACCTATTTGACCTTTTCTGAAGTTTAGAC
1821 CCTTAAATGACCTTTTCCCTAAAAGGTCAAGCCCCTATTTGAACT
781 CCTTAAATGACCTTTTCCCT-AAAGGTCAAGCCCCTATTTGAACT
1866 TTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGAATATATA
1 TTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAG--------
1931 TATATATATATATATATAATGTATATGTTATACAACTGTTCATATATATACAACAGTGGTCATTA
58 -A-A-ATATATATATATAATGTATATGTTATACAACTGTTCATATATATACAACAGTGGTCATTA
1996 ACATATTATTTTTATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCA
120 ACATATTATTTTTATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCA
2061 ATTGTGCCTTAATTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAG
185 ATTGTGCCTTAATTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAG
*
2126 ACTTAGCATCTCAATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTTAAATAGGGTCTGACTTTAGGGA
250 ACTTAGCATCTCAATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGA
**
2191 AGAGGTAATTTAAGGGTCTAAAATTCAGAAAAGGTCAAATAGGTGTTCAAACTTTTCGATTTGGG
315 AGAGGTAATTTAAGGGTCTAAAATTCAGAAAAGGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGG
2256 TCAAATAAGGATTCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTTATACCGTATA
380 TCAAATAAGGATTCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTTATACCGTATA
2321 ACCTCCATAAATTAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTC
445 ACCTCCATAAATTAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTC
2386 CCAACATTATTAATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAAT
510 CCAACATTATTAATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAAT
2451 TTTTCATGGTCCCAACATTATTAATTTATAGAGATTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAA
575 TTTTCATGGTCCCAACATTATTAATTTATAGAGATTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAA
2516 ATGTGCTTCTCTCTAGTTTATATATATAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACA
640 ATGTGCTTCTCTCTAGTTTATATATATAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACA
*
2581 AATTTCATGAGAGTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAGGATTAAGCACCTATTTGACCTTTTCT
705 AATTTCATGAGAGTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCACCTATTTGACCTTTTCT
*
2646 GAAGTTTAGACCCTTAAATGACCTTTTCCCTAAAGGTCAGGCCCCTATTTGAACT
770 GAAGTTTAGACCCTTAAATGACCTTTTCCCTAAAGGTCAAGCCCCTATTTGAACT
*
2701 TTTAGTCCTGTTGCATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGAAATA
1 TTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGAAATA
2763 CTAGTATTTA
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 15, Indels: 26
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
822 57 0.07
824 3 0.00
825 1 0.00
826 1 0.00
835 179 0.21
836 627 0.72
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (824 bp):
TTTAGTCCTGTTGTATTATTTGGTGAGATCTAGATTATTTTCTTTGATTGATTTTAGAAATATAT
ATATATAATGTATATGTTATACAACTGTTCATATATATACAACAGTGGTCATTAACATATTATTT
TTATAAAGCTGGGTTTAAGGGTTGGGGTGGCTGGGGGGATGACAGAGATCGTCAATTGTGCCTTA
ATTTTGCTCAAATGTACCACTCATTTAACACTTCTTTAGCTGTGATGAGTTGAGACTTAGCATCT
CAATTTTTCCACTGTTGTAAGGCTAAAAGTTCAAATAGGGTCTGACTTTAGGGAAGAGGTAATTT
AAGGGTCTAAAATTCAGAAAAGGTCAAATAGGTGCCCAAACTTTTCGATTTGGGTCAAATAAGGA
TTCCATGAAATTTGTGGACAATGGAATTTCCTTCTCTCTAGTTTATACCGTATAACCTCCATAAA
TTAATACTTGATAAAATAATATCCTCTCTAAATTAATAATAATTTTTCATGGTCCCAACATTATT
AATTTCCATATAAATTAGCACTCGATAAATTAATAACCTCTCTAATTTAATAATTTTTCATGGTC
CCAACATTATTAATTTATAGAGATTTTCCTTATATATGCACAAATTTCATGGAAATGTGCTTCTC
TCTAGTTTATATATATAAACATCCAATTATCCTGATTTGTTGAAAATGTGTACAAATTTCATGAG
AGTGTCCTTATTTGACCAAAATCGAAAAGATTAAGCACCTATTTGACCTTTTCTGAAGTTTAGAC
CCTTAAATGACCTTTTCCCTAAAGGTCAAGCCCCTATTTGAACT
Found at i:2985 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2960--3001 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
2950 AGCAAATCCG
* *
2960 TAACCTAAATGACCCGAGAAGT
1 TAACCCAAATGACCCAAGAAGT
*
2982 TAACCCGAATGACCCAAGAA
1 TAACCCAAATGACCCAAGAA
3002 TATTATAAAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 17 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.26, G:0.17, T:0.14
Consensus pattern (22 bp):
TAACCCAAATGACCCAAGAAGT
Found at i:5449 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 5407--5451 Score: 56
Period size: 12 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13
5397 TCATGCACCC
*
5407 AAAACAATTTATTT
1 AAAACAATTTA-AT
*
5421 AAAACCATTT-AT
1 AAAACAATTTAAT
5433 AAAACAATTTAAT
1 AAAACAATTTAAT
5446 AAAACA
1 AAAACA
5452 GTAATAAAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.37
13 8 0.30
14 9 0.33
ACGTcount: A:0.58, C:0.11, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
AAAACAATTTAAT
Done.