Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021669.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21702, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 380--492 Score: 158
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370 CTTAGGCATT
*
380 TCCAATGAGCTTGAAACCTTC
1 TCCAATGAGCTTGGAACCTTC
*
401 TCCAATGATCTTGGAACCTTC
1 TCCAATGAGCTTGGAACCTTC
* *
422 TCCAATGAACTTGGAACCTGC
1 TCCAATGAGCTTGGAACCTTC
443 TCCAATGAGCTTGGAA-CTTGC
1 TCCAATGAGCTTGGAACCTT-C
464 TCCAATGAGCTTGGAA-CTTGC
1 TCCAATGAGCTTGGAACCTT-C
485 TCCAATGA
1 TCCAATGA
493 ACTTCTAGCA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 6, Indels: 2
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
20 2 0.02
21 83 0.98
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TCCAATGAGCTTGGAACCTTC
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Indices: 3449--5339 Score: 2858
Period size: 154 Copynumber: 12.4 Consensus size: 154
3439 TCTCGGTTTC
*
3449 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATGTTGGGCCTATCGGGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * *
3514 CCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
3579 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
3603 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * *
3668 CCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
3733 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* *
3757 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTCGGGCCTATCGAGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * *
3822 CCCATTAG-TCTTGTGTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTA
66 CCCATTAGTTC-TGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
3886 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
130 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* *
3911 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATTGGGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * * * *
3976 CTCGTTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTT-ACAACCCTCAATGCTTTTATTTCCATTGTT
66 CCCATTAGT-TCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
4039 TATAG-CCTAACTATAATAATTTTGG
130 TAT-GCCCTAACTATAATCATTTTGG
* *
4064 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTGGGCCTATCAGT
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT-AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
*
4128 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
65 GCCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
4193 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
130 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* * * *
4218 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTTAACTCATTTGGAACACTTTTTA-TTTGGGCCTATCAGT
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT-TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGG
* *
4282 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACTCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
65 GCCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* * *
4347 TATGGCCTAACAATAATCATTTTAG
130 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
*
4372 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * *
4437 CCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
4502 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
*
4526 TGAGATTAGTCCACTGTG-AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * *
4590 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
4655 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* * *
4679 TGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATATGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * **
4744 ACCATTAATGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
4809 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* * * *
4833 TGAGATGAGTCCACTGTGAGGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * * * *
4898 CCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
4963 ATGGCCTAACTATAATC-------
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* *
4980 ---------TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATATGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * ** * *
5036 ACCATTAATGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT-T
* *
5101 AAAG-CCTAACTATAATCATTTTGG
130 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
* * * *
5125 TGAGATGAGTTCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * * *
5190 CCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
5255 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
*
5279 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGCTATTTTGGGCCTATC
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
Statistics
Matches: 1589, Mismatches: 119, Indels: 58
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
138 120 0.08
139 3 0.00
152 1 0.00
153 288 0.18
154 1173 0.74
155 3 0.00
156 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
CCCATTAGTTCTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
ATGCCCTAACTATAATCATTTTGG
Found at i:4312 original size:461 final size:461
Alignment explanation
Indices: 3449--5339 Score: 2866
Period size: 461 Copynumber: 4.1 Consensus size: 461
3439 TCTCGGTTTC
*
3449 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATGTTGGGCCTATCGGGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
*
3514 CCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCAATTAGTTTCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
3579 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
* * ** * *
3644 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCC
196 CTTGTTATTTTGGGCCTATC-AGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
3709 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
260 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* *
3774 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTCGGGCCTATCGAGGCCCATTAG-TCTTGTGT
325 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTC-TGTTT
*
3838 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGCCCTAACTATAAT
389 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAAT
3903 CATTTTGG
454 CATTTTGG
* *
3911 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCCTATTGGGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* ** * * *
3976 CTC-GTTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTT-ACAACCCTCAATGCTTTTATTTCCATTGTT
66 C-CAATTAGTTTCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
4039 TATAG-CCTAACTATAATAATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAAGCTCATTTGGA
130 TAT-GCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT-AGCTCATTTGGA
4103 ACACTTGTTA-TTTGGGCCTATCAGTGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
193 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAG-GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
*
4167 CCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
257 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
* * *
4232 TGTGAAGTTCTTTAACTCATTTGGAACACTTTTTA-TTTGGGCCTATC-AGTGCCCATTAGTTCC
322 TGTGAAGTT-TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAG-GCCCATTAGTTCT
* * *
4295 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACTCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACAA
385 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTA
*
4360 TAATCATTTTAG
450 TAATCATTTTGG
*
4372 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
*
4437 CCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCAATTAGTTTCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
4502 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
*
4566 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACC
196 CTTGTTATTTTGGGCCTATC-AGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
4631 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGT
260 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * * **
4696 GAAGTTTTTAGCTCATATGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GAGACCATTAATGATGTTT
325 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAG-GCCCATTAGTTCTGTTT
*
4760 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAAT
389 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAAT
4825 CATTTTGG
454 CATTTTGG
* * * *
4833 TGAGATGAGTCCACTGTGAGGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
* * * *
4898 CCCATTAG-TTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
66 CCAATTAGTTTC-GTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
* *
4962 TATGGCCTAACTATAATC----------------TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATATGGAAC
130 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
* * * ***
5011 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGACCATTAATGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
195 ACTTGTTATTTTGGGCCTATCAG-GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAC
* * * * *
5076 TTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTAAAG-CCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGAGTTCACT
259 CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT-TTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
* *
5140 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTT
323 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCTGTT
* * *
5205 TTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAA-ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATA
388 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACA-CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATA
5269 ATCATTTTGG
452 ATCATTTTGG
*
5279 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGCTATTTTGGGCCTATC
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
Statistics
Matches: 1315, Mismatches: 94, Indels: 56
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
445 10 0.01
446 312 0.24
447 4 0.00
460 50 0.04
461 732 0.56
462 206 0.16
463 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (461 bp):
TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGG
CCAATTAGTTTCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
CTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCT
CAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG
AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCTGTTTTG
AATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCA
TTTTGG
Found at i:4635 original size:615 final size:613
Alignment explanation
Indices: 3449--5339 Score: 2944
Period size: 615 Copynumber: 3.1 Consensus size: 613
3439 TCTCGGTTTC
* *
3449 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATGTTGGGCCTATCGGGG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
* * *
3514 CCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
3579 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
* * ** *
3644 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTTTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCC
196 CTTGTTATTTTGGGCCTATC-AGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACTC
* *
3709 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
260 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-ATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGT
* *
3774 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTCGGGCCTATC-GAGGCCCATTAGTCTTGTGT
324 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGA-G-CCATTAGTCTTGTTT
* *
3838 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACACTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGCCCTAACTATAAT
387 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAAT
*
3903 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATTTTGGGCC
452 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC
* * * * ** * * * *
3968 TATTGGGGCTCGTTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTT-ACAACCCTCAATGCTTTTATTTC
517 TATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTC
* *
4032 CATTGTTTATAGCCTAACTATAATAATTTTGG
582 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
* *
4064 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAAGCTCATTTGGAACACTTGTTA-TTTGGGCCTATCAGT
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT-AGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGA
**
4128 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
65 GCCCATTAGTTATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTT
*
4193 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTCTTTAACTCATTTGGAA
130 TATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT-TTTAGCTCATTTGGAA
* * *
4258 CACTTTTTA-TTTGGGCCTATCAGTGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAC
194 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCAG-GCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAC
4322 TCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACAATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACT
258 TCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-ATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACT
*
4387 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGCCAATTAGTTTTGTT
322 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGCC-ATTAGTCTTGTT
*
4452 TTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAA
386 TTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAA
4517 TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC
451 TCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC
4581 CTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
516 CTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
4646 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
581 CCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
* *
4679 TGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATATGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
* * *
4744 ACCATTAATGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
66 CCCATTAGTTATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* *
4809 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATGAGTCCACTGTGAGGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
131 ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
* *
4874 CTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACT
196 CTTGTTATTTTGGGCCTATC-AGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGC-AACT
*
4939 -TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG-C---C-TAA-C----TA-T-A-A-T-CTCCACTGT
259 CTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGT
* * **
4988 GAAGTTTTTAGCTCATATGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGACCATTAATGATGTTTT
324 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG-CCATTAGTCTTGTTTT
* * * *
5053 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTAAAG-CCTAACTATAAT
388 GAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT-TTATGCCCTAACTATAAT
* * *
5117 CATTTTGGTGAGATGAGTTCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCC
452 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC
* *
5182 TATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTC
517 TATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTC
5247 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
582 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
*
5279 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGCTATTTTGGGCCTATC
1 TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 72, Indels: 41
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
599 145 0.12
600 196 0.16
601 1 0.00
602 1 0.00
603 1 0.00
604 2 0.00
608 1 0.00
609 3 0.00
611 1 0.00
614 119 0.10
615 668 0.56
616 53 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (613 bp):
TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAG
CCCATTAGTTATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
ATGCCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
CTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAACTCT
CAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGCCATTAGTCTTGTTTTGAA
TCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGCCCTAACTATAATCATT
TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
GAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG
Found at i:5090 original size:138 final size:139
Alignment explanation
Indices: 4841--5271 Score: 571
Period size: 138 Copynumber: 3.0 Consensus size: 139
4831 GGTGAGATGA
*
4841 GTCCACTGTGAGGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGGCCCATTAG
1 GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGGCCCATTAG
4906 TTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
66 TTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
4971 ACTATAATC
131 ACTATAATC
* * *
4980 -TCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATATGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GAGACCATTA
1 GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAG-GCCCATTA
* * * * * **
5043 -ATGATGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTGTAAAGCC
65 GTTCA-GTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC
5107 TAACTATAATC
129 TAACTATAATC
*
5118 ATTTTGGTGAGATGAGTTCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCT
1 ---------------GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCT
*
5183 ATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCC
51 ATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCC
5248 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
116 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
5272 ATTTTGGTGA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 23, Indels: 25
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
137 3 0.01
138 122 0.49
154 121 0.49
155 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (139 bp):
GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGGCCCATTAG
TTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACTTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
ACTATAATC
Done.