Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021797.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21830, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5766
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Found at i:669 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 637--691 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
627 AATCCTTTTT
637 TTTTTTTGC-CATATCCAATACAGC
1 TTTTTTTGCACAT-TCCAATACAGC
661 TTTTTTTGCTACATTCCAATACAGC
1 TTTTTTTGC-ACATTCCAATACAGC
686 TTTTTT
1 TTTTTT
692 ACGTACCTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 3
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.31
25 17 0.59
26 3 0.10
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (24 bp):
TTTTTTTGCACATTCCAATACAGC
Found at i:2952 original size:805 final size:807
Alignment explanation
Indices: 1350--4186 Score: 4940
Period size: 805 Copynumber: 3.5 Consensus size: 807
1340 AATTCCATGG
* * * * *
1350 CATTATTGATTGTCATAATTGAATGGTAGATATTAACTTTATATTTCCCTTAGGGCCAAATAGGG
1 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAATAAGG
*
1415 ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAATAAAACAAACAAAACAACAAC
66 ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAAAAAAACAAACAAAACAACAAC
* * *
1480 TTTATAAATCTCGTACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTGTCATAATTCCATGGTGGACATC
131 TTTATAAATCTCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATCATAATTCCATGGTGGACATT
*
1545 AACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATACTATACCTATTTC
196 AACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATATTATACCTATTTC
*
1610 TGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATGAA
261 TGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATGGA
*
1675 TGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAATTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGGGG
326 TGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGGGG
1740 T--GAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAATTA
391 TGAGAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAATTA
*
1803 TTAATTTGTGCCGAAGGCTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATACA
456 TTAATTTGTGCCGAAGACTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATACA
1868 TCTTAAGCAATTATTGAAGAAATGTAGAATATTGATGATTATATATGTGGTCTACAACAGATTTG
521 TCTTAAGCAATTATTGAAGAAA-GTAG---A-T-ATG---ATATATGTGGTCTACAACAGATTTG
* * * *
1933 CTTCAGATAGTCTAACCACTCAAATAATTTTATAATATTTCTATTAATAAAAGTGGATCAAATAG
577 CTTCAGATAGTCTAACCACTCAAACAATTTTATAATATTTCTATTAACAAAAGTGGATGAATTAG
*
1998 ATAGAAGATCAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCATT
642 ATAGAAGATCAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCCTT
* *
2063 TTATTTATATGGAAAAAACAAACAAAACAACAACTTTATAAATTTCATGGCTAGATTGATAAAAG
707 TTATTTATATGGAAAAAACAAACAAAGCAACAACTTTATAAATTCCATGGCTAGATTGATAAAAG
* *
2128 AAGAAAGAGAGTAAAATCAACAATTGTTTTATAACT
772 AAGAAAGAGAGTTAAATCAACAATCGTTTTATAACT
*
2164 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCTTTGGGGCCGAATAAGG
1 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAATAAGG
* *
2229 ATCATCTATTAGTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAAAAAAACAAACAAAACAACAAC
66 ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAAAAAAACAAACAAAACAACAAC
2294 TTTATAAATCTCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATCATATAATTCCATGGTGGACA
131 TTTATAAATCTCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATC--ATAATTCCATGGTGGACA
2359 TTAACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATATTATACCTATT
194 TTAACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATATTATACCTATT
2424 TCTGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATG
259 TCTGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATG
* *
2489 GATGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACAGATGTTAGCGAACAGG
324 GATGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGG
2554 GGTGAGAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAAT
389 GGTGAGAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAAT
2619 TATTAATTTGTGCCGAAGACTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATA
454 TATTAATTTGTGCCGAAGACTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATA
*
2684 CATCTTAAGCAATTATTGAAGAAA-T-G-TA-GA-ATATGTGGTCTACAACAAGATTTACTTCAG
519 CATCTTAAGCAATTATTGAAGAAAGTAGATATGATATATGTGGTCTACAAC-AGATTTGCTTCAG
2744 ATAGTCTAACCACTCAAACAATTTTATAATATTTCTATTAACAAAAGTGGATGAATTAGATAGAA
583 ATAGTCTAACCACTCAAACAATTTTATAATATTTCTATTAACAAAAGTGGATGAATTAGATAGAA
2809 GATCAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCCTTTTATTT
648 GATCAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCCTTTTATTT
2874 ATATGGAAAAAACAAACAAAGCAACAACTTTATAAATTCCATGGCTAGATTGATAAAAGAAGAAA
713 ATATGGAAAAAACAAACAAAGCAACAACTTTATAAATTCCATGGCTAGATTGATAAAAGAAGAAA
2939 GAGAGTTAAATCAACAATCGTTTTATAACT
778 GAGAGTTAAATCAACAATCGTTTTATAACT
2969 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAATAAGG
1 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAATAAGG
3034 ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAAAAAAACAAACAAAACAACAAC
66 ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAAAAAAACAAACAAAACAACAAC
*
3099 TTTATAAATCCCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATCATATAATTCCATGGTGGACA
131 TTTATAAATCTCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATC--ATAATTCCATGGTGGACA
* *
3164 TTAACTTTATATTTCCATAGGAGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAGTATTATACCTATT
194 TTAACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATATTATACCTATT
3229 TCTGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATG
259 TCTGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATG
* * *
3294 GATGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAATGAATGTTAGCAAACATG
324 GATGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGG
3359 GGTGAGAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAAT
389 GGTGAGAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAAT
3424 TATTAATTTGTGCCGAAGACTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATA
454 TATTAATTTGTGCCGAAGACTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATA
*
3489 CTTCTTAAGCAATTATTGAAGAAATGTAGAATATTGATGATCATGTGGTCTACAACAGATTTGCT
519 CATCTTAAGCAATTATTGAAGAAA-GTAG-ATA-TGAT-AT-ATGTGGTCTACAACAGATTTGCT
*
3554 TCAGATATTCTAACCACTCAAACAATTTTATAATATTTCTATTAACAAAAGTGGATGAATTAGAT
579 TCAGATAGTCTAACCACTCAAACAATTTTATAATATTTCTATTAACAAAAGTGGATGAATTAGAT
3619 AGAAGATCAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCCTTTT
644 AGAAGATCAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCCTTTT
*
3684 ATTTATATGGAAAAAACAAACAAAGCAACAACTTTATAAATTCAATGGCTAGATTGATAAAAGAA
709 ATTTATATGGAAAAAACAAACAAAGCAACAACTTTATAAATTCCATGGCTAGATTGATAAAAGAA
3749 GAAAGAGAGTTAAATCAACAATCGTTTTATAACT
774 GAAAGAGAGTTAAATCAACAATCGTTTTATAACT
3783 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAAT-AGG
1 CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAATAAGG
* **
3847 A-C--CTATTACTTTTGTGTAAGGTTTCAGTTTCTTTATATGAAAAAAAACAAACAAAACAACAA
66 ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATG-AAAAAAACAAACAAAACAACAA
* * * *
3909 CTTTATAAATCTCATACGTGATTGACGAAAGAAATTATTGTTTGTCATAATTTCATGGTGGACAT
130 CTTTATAAATCTCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATCATAATTCCATGGTGGACAT
* * * * *
3974 TAACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAAGAGTCACGTAATATTTTTGTATATTTTACCTATTC
195 TAACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATATTATACCTATTT
*
4039 CTGCACTTGTGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATGG
260 CTGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATGG
*
4104 ATGATTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGGG
325 ATGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGGG
* *
4169 GTGAGAGAGACAAAGTAA
390 GTGAGAGAGGCAGAGTAA
4187 TTTACTTTTG
Statistics
Matches: 1942, Mismatches: 65, Indels: 37
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
804 16 0.01
805 761 0.39
807 1 0.00
808 2 0.00
809 218 0.11
810 37 0.02
811 64 0.03
812 3 0.00
813 4 0.00
814 462 0.24
815 15 0.01
816 211 0.11
818 148 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (807 bp):
CATTATTGATTGTCATAATTGCATGGTAGACATTAACTTTATATTTCCCTTGGGGCCGAATAAGG
ATCAGCTATTATTTTTGTGTAAGGTTTCCTTTTCTTTATATGAAAAAAACAAACAAAACAACAAC
TTTATAAATCTCATACGTGATTGATGAAAGAAATTATTGCTTATCATAATTCCATGGTGGACATT
AACTTTATATTTCCATAGGGGCCAAATAGGAGTCACGTATTATTTTTGAATATTATACCTATTTC
TGCACTTGCGAAACTTATTTAATGAGGTCCTTATTTTTTGGTGGATTGAAATGATTGGAAATGGA
TGTTTGTTGGCTTTTGAAATCACACAAAGATCAAAGTTAGATCAACGGATGTTAGCAAACAGGGG
TGAGAGAGGCAGAGTAAACTTGTAAACCATTTTTTTCCTTATTCCTGCAATTGAGGTCTTAATTA
TTAATTTGTGCCGAAGACTATTCAAGTAATTTGAATGAAGCAATGTAAATAACAATCACAATACA
TCTTAAGCAATTATTGAAGAAAGTAGATATGATATATGTGGTCTACAACAGATTTGCTTCAGATA
GTCTAACCACTCAAACAATTTTATAATATTTCTATTAACAAAAGTGGATGAATTAGATAGAAGAT
CAAGCTCTTGAAAAGAAATTCAATCACATTTAATGCACATCTTCTAACACTTCCTTTTATTTATA
TGGAAAAAACAAACAAAGCAACAACTTTATAAATTCCATGGCTAGATTGATAAAAGAAGAAAGAG
AGTTAAATCAACAATCGTTTTATAACT
Found at i:5098 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 5029--5103 Score: 89
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
5019 AATAAAACTT
*
5029 GAATGGACCAGTTATGCTGCGACAAGACTGGA
1 GAAT-GACCAGTTATGCAGCGACAAGACTGGA
* *
5061 -ACATGACCAGTTATTCAGCGATAAGACTGGA
1 GA-ATGACCAGTTATGCAGCGACAAGACTGGA
*
5092 GAATGACTAGTT
1 GAATGACCAGTT
5104 CTGTCATCGT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 5
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 34 0.92
32 3 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (31 bp):
GAATGACCAGTTATGCAGCGACAAGACTGGA
Done.