Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01021849.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig21882, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16471
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Found at i:41 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5--470 Score: 567
Period size: 30 Copynumber: 15.6 Consensus size: 29
1 CTGG
* *
5 TTGAGGATCATTGCTCATTTTTAATCCCGT
1 TTGAGGATCATTGCT-TTTTTTAATCCTGT
*
35 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCATGT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTGT
*
65 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTGT
*
95 TTGAGGATAATTGCTTTATTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTGT
125 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTGT
* *
155 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCTTGT
1 TTGAGGATCATTGCTT-TTTTTAATCCTGT
*
185 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTT-TTTTTAATCCTGT
*
215 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTT-TTTTTAATCCTGT
*
245 TTGAGGATCATTGCTTTACTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTGT
* *
275 TTGAGGATCATTGCTTCATTTCAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTT-TTTTTAATCCTGT
* *
305 TTGAGGATCATTGTTTTGTTTTAATCCTGG
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTGT
* * * *
335 TTGAGGATCATTACCTTATTTTAATCTTGG
1 TTGAGGATCATT-GCTTTTTTTAATCCTGT
* *
365 TTGAGGATCATTGCTTATTCTTAATCCTGG
1 TTGAGGATCATTGCTT-TTTTTAATCCTGT
*
395 TTGAGGATCATTGCTTTATTCTAATCCTGGT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCT-GT
*
426 TT-AGGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGAT
1 TTGAGGATCATTGCTTT-TTTTAATCCTG-T
456 TT-AGGATCATTGCTT
1 TTGAGGATCATTGCTT
471 ATCAGTTAAT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 32, Indels: 20
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.02
30 383 0.97
31 5 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.17, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
TTGAGGATCATTGCTTTTTTTAATCCTGT
Found at i:98 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 5--470 Score: 670
Period size: 60 Copynumber: 7.8 Consensus size: 60
1 CTGG
* * *
5 TTGAGGATCATTGC-TCATTTTTAATCCCGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCATGT
1 TTGAGGATCATTGCTTTA-TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
* *
65 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGTTTGAGGATAATTGCTTTATTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
* *
125 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCTTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
* *
185 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
* * *
245 TTGAGGATCATTGCTTTACTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTCAATCCTGT
1 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
* * * * * * *
305 TTGAGGATCATTGTTTTGTTTTAATCCTGGTTGAGGATCATTACCTTATTTTAATCTTGG
1 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
* *
365 TTGAGGATCATTGC-TTATTCTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTTTATTCTAATCCTGGT
1 TTGAGGATCATTGCTTTATT-TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCT-GT
*
426 TT-AGGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGATTT-AGGATCATTGCTT
1 TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTG-TTTGAGGATCATTGCTT
471 ATCAGTTAAT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 33, Indels: 10
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
59 4 0.01
60 352 0.96
61 12 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.17, T:0.48
Consensus pattern (60 bp):
TTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGT
Found at i:158 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 5--470 Score: 715
Period size: 90 Copynumber: 5.2 Consensus size: 90
1 CTGG
* *
5 TTGAGGATCATTGC-TCATTTTTAATCCCGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCATGTTTGA
1 TTGAGGATCATTGCTTCA-TTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGA
69 GGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
65 GGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
* *
95 TTGAGGATAATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAG
1 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAG
*
160 GATCATTGCTTCATTTTAATCTTGT
66 GATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
*
185 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAG
1 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAG
* *
250 GATCATTGCTTTACTTTAATCCTGT
66 GATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
* * * *
275 TTGAGGATCATTGCTTCATTTCAATCCTGTTTGAGGATCATTGTTTTGTTTTAATCCTGGTTGAG
1 TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAG
* * *
340 GATCATTACCTTATTTTAATCTTGG
66 GATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
* *
365 TTGAGGATCATTGCTT-ATTCTTAATCCTGGTTGAGGATCATTGCTTTATTCTAATCCTGGTTT-
1 TTGAGGATCATTGCTTCATT-TTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCT-GTTTG
428 AGGATCATTGCTTTATTTTAATCTTGAT
64 AGGATCATTGCTTTATTTTAATCTTG-T
456 TT-AGGATCATTGCTT
1 TTGAGGATCATTGCTT
471 ATCAGTTAAT
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 30, Indels: 8
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
89 3 0.01
90 332 0.97
91 7 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.17, T:0.48
Consensus pattern (90 bp):
TTGAGGATCATTGCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATTGCTTTATTTTAATCCTGTTTGAG
GATCATTGCTTTATTTTAATCTTGT
Found at i:10562 original size:19 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10538--10574 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
10528 TTTGAAGACT
10538 ATTTGAAGATAATTTGAAG
1 ATTTGAAGAT--TTTGAAG
10557 ATTTGAAGATTTTGAAG
1 ATTTGAAGATTTTGAAG
10574 A
1 A
10575 ATTATTTCAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.44
19 10 0.56
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
ATTTGAAGATTTTGAAG
Done.