Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01021973.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22006, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 664

Length: 1107
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.25, T:0.35


Found at i:438 original size:43 final size:43

Alignment explanation


    Indices: 391--720  Score: 367
    Period size: 43  Copynumber: 7.8  Consensus size: 43

        381 ATAAGGAGAA

                 *                                     
        391 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAG
          1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAG

                               *      *                 
        434 ATGCCCCTGTGTTATATATCTGTTTGGGGACTTTG-ATATA-A-
          1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTA-ATAGAG

               * *                                     
        475 ATGGCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGA-
          1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAG

                                       *             *   
        517 ATTGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGGGGAC-TTG-AATATATG
          1 A-TGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGA-G

               * **                                 *  
        560 -TGTCTTTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAAAG
          1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAG

            **                        *        *        
        602 CGGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGGGGAC-TTGGATATAG-G
          1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTA-ATAGAG

                 *                              *       
        644 -TGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTTGGAATAGA-
          1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGAC-TTTGTAATAGAG

                                       *       
        686 ATTGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGGGGACTTT
          1 A-TGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTT

        721 TTGGTTATTG


Statistics
Matches: 244,  Mismatches: 28, Indels: 30
        0.81            0.09        0.10

Matches are distributed among these distances:
  41   92  0.38
  42   21  0.09
  43  103  0.42
  44   28  0.11

ACGTcount: A:0.21, C:0.11, G:0.26, T:0.42


Consensus pattern (43 bp):   
ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAG

Found at i:503 original size:84 final size:84

Alignment explanation


    Indices: 389--720  Score: 499
    Period size: 84  Copynumber: 3.9  Consensus size: 84

        379 CCATAAGGAG

                                                                             
        389 AAATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAGA-TGCCCCTGTGTTATATAT
          1 AAATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGA-ATTGCCCCTGTGTTATATAT

            *                   
        453 CTGTTTGGGGACTTTGATAT
         65 GTGTTTGGGGACTTTGATAT

                 *                                                           
        473 AAATGGCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAATTGCCCCTGTGTTATATATG
          1 AAATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAATTGCCCCTGTGTTATATATG

                                
        538 TGTTTGGGGAC-TTGAATAT
         66 TGTTTGGGGACTTTG-ATAT

             **  *  *                                     **                 
        557 ATGTGTCTTTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATA-AAGCGGCCCCTGTGTTATATAT
          1 AAATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAA-TTGCCCCTGTGTTATATAT

                          *     
        621 GTGTTTGGGGACTTGGATAT
         65 GTGTTTGGGGACTTTGATAT

             **                                   *                          
        641 AGGTGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTTGGAATAGAATTGCCCCTGTGTTATATAT
          1 AAATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGAC-TTTGTAATAGAATTGCCCCTGTGTTATATAT

                           
        706 GTGTTTGGGGACTTT
         65 GTGTTTGGGGACTTT

        721 TTGGTTATTG


Statistics
Matches: 226,  Mismatches: 16, Indels: 11
        0.89            0.06        0.04

Matches are distributed among these distances:
  83    6  0.03
  84  177  0.78
  85   41  0.18
  86    2  0.01

ACGTcount: A:0.21, C:0.11, G:0.26, T:0.42


Consensus pattern (84 bp):   
AAATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAATTGCCCCTGTGTTATATATG
TGTTTGGGGACTTTGATAT
Done.