Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022081.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22114, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 34897
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.21, T:0.29
Found at i:54 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30--498 Score: 194
Period size: 19 Copynumber: 22.8 Consensus size: 19
20 TTGATAACTA
30 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
49 AAAAAGAATTTTGGTAATTAAATGGT
1 AAAAAGAA-TTTGG----TAAA--GT
*
75 AAATGTAA-AA-TTGGT-AACT
1 AAA---AAGAATTTGGTAAAGT
94 AAAAACGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAA-GAATTTGGTAAAGT
*
114 AAAAAGAATTTGGAAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* * *
133 -AAAAGTAAAATTGAT-AACT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
152 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
172 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGG----TAAAGT
* * *
195 GTAAAAGTAAAATTGGTAATTA-A
1 -AAAAAG--AATTTGGTAA--AGT
218 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
237 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAG-
1 AAAAAGAATTTGG----TAAAGT
* * *
259 AGTAAAAGTAAAATTGAT-AACT
1 A--AAAAG--AATTTGGTAAAGT
281 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
301 AAAAAGAATTTTGGTAATTAAATGGT
1 AAAAAGAA-TTTGG----TAAA--GT
*
327 AAATGTAA-AA-TTGGT-AACT
1 AAA---AAGAATTTGGTAAAGT
*
346 AAAAACAAATTTGGTAAAGT
1 AAAAA-GAATTTGGTAAAGT
*
366 AAAAAGAATTTGGAAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* * *
385 -AAAAGTAAAATTGAT-AACT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
404 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
*
424 AAAAAGAATTTGGAAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* * *
443 -AAAAGTAAAATTGAT-AACT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
462 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
482 AAAAAAGAATTTGGTAA
1 -AAAAAGAATTTGGTAA
499 TTAGAGAGCA
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 41, Indels: 127
0.67 0.08 0.25
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.01
18 20 0.06
19 136 0.39
20 79 0.23
21 26 0.08
22 12 0.03
23 12 0.03
24 19 0.06
26 29 0.08
28 4 0.01
29 4 0.01
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAGAATTTGGTAAAGT
Found at i:105 original size:65 final size:63
Alignment explanation
Indices: 1--542 Score: 767
Period size: 65 Copynumber: 8.7 Consensus size: 63
1 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
1 TTAAAG-GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAA-TTTGGTAA
* * *
66 TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGG--A
1 TTAAA-GGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
128 --AAA-GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
1 TTAAAGGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
* *
188 TTAAAGTGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
1 TTAAAG-GTAAAAGTAAAATTGATAACT-AAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
253 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
1 TTAAAG-GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAA-TTTGGTAA
* *
318 TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACA-AATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGG--A
1 TTAAA-GGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAA-AGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
380 --AAA-GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGG--A
1 TTAAAGGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
438 --AAA-GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTAA
1 TTAAAGGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT-AAAAAGAATTTGGTAA
* * * *
499 TTAGAGAGCAAAAGTAAAATTGGTAA-TTAAAAAGAATTTGGTAA
1 TTAAAG-GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAA
543 TTAAAGAGTA
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 19, Indels: 39
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
57 1 0.00
58 146 0.33
59 13 0.03
60 7 0.02
61 1 0.00
62 5 0.01
63 2 0.00
64 74 0.17
65 187 0.43
66 3 0.01
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (63 bp):
TTAAAGGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
Found at i:517 original size:252 final size:249
Alignment explanation
Indices: 1--542 Score: 950
Period size: 252 Copynumber: 2.2 Consensus size: 249
1 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
1 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
*
66 TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAAAA
66 TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACAAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAAAA
131 GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGTG
131 GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGG-AA-TAAAG-G
* *
196 TAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
193 TAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
253 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
1 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
318 TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACAAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAAAA
66 TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACAAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAAAA
383 GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGG-A-AAA-GTAA
131 GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAATAAAGGTAA
445 AAGTAAAATTGATAACT-AAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTAA
196 AAGTAAAATTGATAACTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGT-AAAAAGAATTTGGTAA
* * * *
499 TTAGAGAGCAAAAGTAAAATTGGTAA-TTAAAAAGAATTTGGTAA
1 TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAA
543 TTAAAGAGTA
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 7, Indels: 9
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
245 37 0.13
246 58 0.21
248 3 0.01
250 1 0.00
252 183 0.65
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (249 bp):
TTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAA
TTAAATGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAACAAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAAAA
GTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGAATAAAGGTAA
AAGTAAAATTGATAACTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTAA
Found at i:576 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 483--590 Score: 173
Period size: 43 Copynumber: 2.5 Consensus size: 44
473 TGGTAAAGTA
* *
483 AAAAAGAATTTGGTAATTAGAGAGCAAAAGTAAAATTGGTAATT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGCAAAAGTAAAATTGGGAATT
* *
527 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAGGT-AAATTGGGAATT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGCAAAAGTAAAATTGGGAATT
570 AAAAAGAATTTGGTAATTAAA
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAA
591 AAGGAATTTG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 32 0.53
44 28 0.47
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (44 bp):
AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGCAAAAGTAAAATTGGGAATT
Found at i:597 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 85--697 Score: 94
Period size: 19 Copynumber: 30.6 Consensus size: 19
75 AAATGTAAAA
* *
85 TTGGTAACTAAAAACGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
104 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* * * *
123 TTGGAAAAGT-AAAAGTAAAA
1 TTGG-TAATTAAAAAG-GAAT
* * *
143 TTGATAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
162 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* *
181 TTGGTAATTAAAGTGTAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT--A----AAAAG-GAAT
*
207 TTGGTAATTAAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATT-AAAAAGGAAT
*
227 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* *
246 TTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT----A--AAAAG-GAAT
* * *
272 TTGATAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
291 TTGGTAAAGTAAAAA-GAATT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAA-T
* *
311 TTGGTAATTAAATGGTAAATGTAAAA
1 TTGGTAATT-AA----AAA-G-GAAT
* **
337 TTGGTAACTAAAAACAAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
356 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* * * *
375 TTGGAAAAGT-AAAAGTAAAA
1 TTGG-TAATTAAAAAG-GAAT
* * *
395 TTGATAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
414 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* * * *
433 TTGGAAAAGT-AAAAGTAAAA
1 TTGG-TAATTAAAAAG-GAAT
* * *
453 TTGATAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
* *
472 TTGGTAAAGTAAAAAAGAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* *
492 TTGGTAATTAGAGAGCAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT----A--AAAAG-GAAT
518 TTGGTAATTAAAAA-GAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
536 TTGGTAATTAAAGAGTAAAGGTAAA
1 TTGGTAATT--A-A--AAAGG-AAT
*
561 TTGGGAATTAAAAA-GAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
579 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
* * *
598 TTGGTGATTAAAGAGTAA-
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
** * **
616 -AAGTAAATT---GATTAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
*
632 TTGGCAATT-AAAAGGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
**
650 TTAATAATTAAAAA-GAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
668 TTGGTAATTAAAAA-GAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
* *
686 TCGGTAAATAAA
1 TTGGTAATTAAA
698 GAGTAAAAGG
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 89, Indels: 131
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.01
16 4 0.01
17 3 0.01
18 87 0.20
19 132 0.30
20 118 0.27
21 11 0.03
22 4 0.01
23 5 0.01
24 12 0.03
25 18 0.04
26 39 0.09
27 2 0.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
TTGGTAATTAAAAAGGAAT
Found at i:712 original size:88 final size:89
Alignment explanation
Indices: 566--739 Score: 269
Period size: 88 Copynumber: 2.0 Consensus size: 89
556 GTAAATTGGG
* * * *
566 AATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTTGGTGATTAAAGAGTAAAAGTAAATTGATTAA
1 AATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTCGGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTGATTAA
* *
631 TTTGGCAATTAAAAGGAATTTAAT
66 TGTGGCAATTAAAAAGAATTTAAT
*
655 AATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAA-GAATTCGGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAA
1 AATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTCGGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTGATTAA
*
719 TGTGGTAATTAAAAAGAATTT
66 TGTGGCAATTAAAAAGAATTT
740 GGTAATTGAA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 8, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
88 50 0.65
89 27 0.35
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (89 bp):
AATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTCGGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTGATTAA
TGTGGCAATTAAAAAGAATTTAAT
Found at i:731 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 701--834 Score: 73
Period size: 27 Copynumber: 5.1 Consensus size: 26
691 AAATAAAGAG
701 TAAAAGGAAATTGGTTAATGTGGTAAT
1 TAAAAGGAAATTGGTTAAT-TGGTAAT
* * * *
728 TAAAAAGAATTTGG-TAATT-GAAGAG
1 TAAAAGGAAATTGGTTAATTGGTA-AT
* *
753 TAAAAGTAAATTGGTTAATTTGGTCAT
1 TAAAAGGAAATTGGTTAA-TTGGTAAT
** *
780 TAAGAA--AATATTGG-TAATT-AAAGAG
1 TAA-AAGGAA-ATTGGTTAATTGGTA-AT
*
805 TAAAAGGAAATCGGTTAATTTGGTAAT
1 TAAAAGGAAATTGGTTAA-TTGGTAAT
832 TAA
1 TAA
835 GGAAGTGAAA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 18, Indels: 24
0.65 0.15 0.20
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.05
25 23 0.30
26 17 0.22
27 29 0.38
28 4 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (26 bp):
TAAAAGGAAATTGGTTAATTGGTAAT
Found at i:752 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 665--834 Score: 252
Period size: 52 Copynumber: 3.3 Consensus size: 52
655 AATTAAAAAG
* *
665 AATTTGGTAATTAAAAAGAATTCGGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTT
1 AATTTGGTAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTT
* * *
717 AATGTGGTAATTAAAAAGAATTTGGTAATTGAAGAGTAAAAGTAAATTGGTT
1 AATTTGGTAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTT
* * *
769 AATTTGGTCATTAAGAA-AATATTGGTAATTAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTT
1 AATTTGGTAATTAAAAAGAAT-TTGGTAATTAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTT
821 AATTTGGTAATTAA
1 AATTTGGTAATTAA
835 GGAAGTGAAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 12, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
51 3 0.03
52 102 0.97
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (52 bp):
AATTTGGTAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTT
Found at i:884 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 824--959 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 5.2 Consensus size: 26
814 ATCGGTTAAT
* *
824 TTGG-TAATTAAGGAAGTGAAATGAAA
1 TTGGATAATTAAAG-AGTAAAATGAAA
850 TTGGGATAATTAAAGAGTAAAATG-AA
1 TT-GGATAATTAAAGAGTAAAATGAAA
* *
876 TTGGATAATTAAAGGGT-AATTGGTAAAA
1 TTGGATAATTAAAGAGTAAAAT-G--AAA
*
904 TTTGG-TAATT-AAGAAGTAAAATGAAC
1 -TTGGATAATTAAAG-AGTAAAATGAAA
* * *
930 TTGG-CAATCAAAGAGTTAAAAGGAAA
1 TTGGATAATTAAAGAG-TAAAATGAAA
956 TTGG
1 TTGG
960 TCAACTTGGT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 11, Indels: 22
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
24 3 0.03
25 24 0.27
26 23 0.26
27 13 0.15
28 18 0.20
29 7 0.08
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
TTGGATAATTAAAGAGTAAAATGAAA
Found at i:913 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 847--1018 Score: 141
Period size: 53 Copynumber: 3.1 Consensus size: 53
837 AAGTGAAATG
*
847 AAATTGGGATAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAAGGGTAATTGGTA
1 AAATTTGG-TAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAAGGGTAATTGGTA
* *
901 AAATTTGGTAATT-AAGAAGTAAAATGAACTTGGCAATCAAAGAGTTAAAAGGAAATTGGT-
1 AAATTTGGTAATTAAAG-AGTAAAATGAA-TTGG--AT---A-A-TTAAAGGGTAATTGGTA
* * * * * * *
961 CAACTTGGTAATGAAAAAGTAAAATGAAATTGGGTAATTAAAGAGTAATTGCTA
1 AAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAATG-AATTGGATAATTAAAGGGTAATTGGTA
1015 AAAT
1 AAAT
1019 AGGATAATTA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 14, Indels: 24
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
52 3 0.03
53 28 0.30
54 14 0.15
55 1 0.01
56 2 0.02
58 1 0.01
59 1 0.01
60 24 0.26
61 18 0.20
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (53 bp):
AAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAAGGGTAATTGGTA
Found at i:990 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 927--993 Score: 91
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
917 AAGTAAAATG
*
927 AACTTGGCAATCAAAGAGTTAAAAGGAAATTGGTC
1 AACTTGGCAATCAAAAAGTTAAAAGGAAATTGGTC
* * *
962 AACTTGGTAATGAAAAAG-TAAAATGAAATTGG
1 AACTTGGCAATCAAAAAGTTAAAAGGAAATTGG
994 GTAATTAAAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 13 0.46
35 15 0.54
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (35 bp):
AACTTGGCAATCAAAAAGTTAAAAGGAAATTGGTC
Found at i:1065 original size:140 final size:139
Alignment explanation
Indices: 790--1055 Score: 319
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 139
780 TAAGAAAATA
* * * * * * *
790 TTGGTAATTAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTTAATTTGGTAATTAAGGAAGTGAAATGAAATTGGG
1 TTGGCAATCAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTCAACTTGGTAATGAAGAAAGTAAAATGAAATTGGG
* *
855 ATAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAAGGGTAATTGGTAAAATTTGGTAATTAAGAAG
66 ATAATTAAAGAGTAAAATGAATAGGATAATTAAAGAGTAA-TGGTAAAATTTGGTAATTAAGAAG
920 TAAAATGAAC
130 TAAAATGAAC
*
930 TTGGCAATCAAAGAGTTAAAAGGAAATTGGTCAACTTGGTAATGAA-AAAGTAAAATGAAATTGG
1 TTGGCAATCAAAGAG-TAAAAGGAAATCGGTCAACTTGGTAATGAAGAAAGTAAAATGAAATTGG
*
994 G-TAATTAAAGAGT-AATTGCTAAAATAGGATAATT-AAGAAGTAA-GAG-AAAATTTGGTAATT
65 GATAATTAAAGAGTAAAATG----AATAGGATAATTAAAG-AGTAATG-GTAAAATTTGGTAATT
1054 AA
124 AA
1056 AGGGTAAAAT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 11, Indels: 14
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
138 4 0.04
139 12 0.11
140 47 0.44
141 30 0.28
142 15 0.14
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (139 bp):
TTGGCAATCAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTCAACTTGGTAATGAAGAAAGTAAAATGAAATTGGG
ATAATTAAAGAGTAAAATGAATAGGATAATTAAAGAGTAATGGTAAAATTTGGTAATTAAGAAGT
AAAATGAAC
Found at i:15376 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 15322--15377 Score: 69
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 29
15312 GTTACCAAGG
* *
15322 CAAAAACCATAAACCTTTTTTATTTTCCT
1 CAAAAACCATAAACCTCTTCTATTTTCCT
*
15351 CAAAAACACATAAACC-CTTCTGTTTTC
1 CAAAAAC-CATAAACCTCTTCTATTTTC
15378 TTTTCAATAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.65
30 8 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.27, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
CAAAAACCATAAACCTCTTCTATTTTCCT
Found at i:16809 original size:67 final size:61
Alignment explanation
Indices: 16661--16865 Score: 266
Period size: 67 Copynumber: 3.2 Consensus size: 61
16651 CCTAATTTGA
* * * * * *
16661 TTATGGTTTTCCTTTTACATGTGGGTTTAAACTTGTTATATATTTGTTTCGTTGTTGGGCC
1 TTATGGTTTTCTTTTTAAATTTGGGCTTAAATTTGTTATATATTTGTTTTGTTGTTGGGCC
16722 TTATGGTTTTCTTTTTAAATTTGGGCTTAAATTTGTTAAATACTCCTATTTGTTTTGTTGTTGGG
1 TTATGGTTTTCTTTTTAAATTTGGGCTTAAATTTGTT--ATA----TATTTGTTTTGTTGTTGGG
16787 CC
60 CC
*
16789 TTATGGTTTTCTTTTTAAATTTGGGCTTAAATTTGTTATATATTTGTTGTGTTGATTGGGCC
1 TTATGGTTTTCTTTTTAAATTTGGGCTTAAATTTGTTATATATTTGTTTTGTTG-TTGGGCC
**
16851 TTATGGGCTTCTTTT
1 TTATGGTTTTCTTTT
16866 GAATTTAGGC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 9, Indels: 13
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
61 45 0.35
62 20 0.16
63 3 0.02
65 3 0.02
67 57 0.45
ACGTcount: A:0.16, C:0.10, G:0.20, T:0.54
Consensus pattern (61 bp):
TTATGGTTTTCTTTTTAAATTTGGGCTTAAATTTGTTATATATTTGTTTTGTTGTTGGGCC
Found at i:17370 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17346--17904 Score: 141
Period size: 19 Copynumber: 26.8 Consensus size: 19
17336 TTGATAACTA
17346 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
17365 AAAAAGAATTTTGGTAATTAAACGGT
1 AAAAAGAA-TTTGG----TAAA--GT
* *
17391 -AAAAGTAAAATTGGT-AACT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
17410 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
*
17430 AAAAGGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* *
17449 -AAAAGTAAAATT-G-AAACT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
*
17467 AAAAAAGAATTTGGTAAAGA
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
17487 AAAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGT
1 AAAAAGAA-TTTGG----TAAA--GT
* *
17513 -AAAAGTAAAATTGGT-AATT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
17532 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* *
17552 AAAAGGAATTTGGTAAAAT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* * *
17571 -AAAAGTAAAATTGAT-AATT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
17590 AAAAAAGAATTTGGTAATTAAAG-
1 -AAAAAGAATTTGG----TAAAGT
* *
17613 AGTAAAAGTAAAATTGGT-AATT
1 A--AAAAG--AATTTGGTAAAGT
17635 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
17655 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAG-
1 AAAAAGAATTTGG----TAAAGT
* *
17677 AGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA-A
1 A--AAAAG--AATTTGGTAA--AGT
17701 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGT
17720 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAG-
1 AAAAAGAATTTGG----TAAAGT
* * *
17742 AGTAAAAGTAAAATTGAT-AACT
1 A--AAAAG--AATTTGGTAAAGT
17764 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
17784 AAAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGT
1 AAAAAGAA-TTTGG----TAAA--GT
*
17810 AAATGTAA-AA-TTGGT-AACT
1 AAA---AAGAATTTGGTAAAGT
17829 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
* * *
17849 -AAAAGTAAAATTGAT-AACT
1 AAAAAG--AATTTGGTAAAGT
17868 AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 -AAAAAGAATTTGGTAAAGT
17888 AAAAAAGAATTTGGTAA
1 -AAAAAGAATTTGGTAA
17905 TTAGAGAGCA
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 46, Indels: 175
0.65 0.07 0.28
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.00
18 24 0.06
19 139 0.34
20 86 0.21
21 40 0.10
22 16 0.04
23 13 0.03
24 31 0.08
25 10 0.02
26 37 0.09
27 4 0.01
28 2 0.00
29 2 0.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAGAATTTGGTAAAGT
Found at i:17409 original size:65 final size:60
Alignment explanation
Indices: 17332--17606 Score: 353
Period size: 65 Copynumber: 4.5 Consensus size: 60
17322 TTGGTAGCCA
*
17332 AAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAATTAAACGGTAAAAGT
1 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAA-TTTGGT-A-TAAA--GTAAAAGT
*
17397 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGG--TAAAGTAAAAGT
1 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTATAAAGTAAAAGT
* *
17455 AAAATT-GAAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGAAAAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGTAAAAGT
1 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAA-TTTGGT-A-TAAA--GTAAAAGT
* *
17519 AAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTA-AAA-TAAAAGT
1 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTATAAAGTAAAAGT
* *
17577 AAAATTGATAATTAAAAAAGAATTTGGTAA
1 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAA
17607 TTAAAGAGTA
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 10, Indels: 23
0.85 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
57 31 0.16
58 55 0.29
60 4 0.02
61 3 0.02
62 4 0.02
63 1 0.01
64 25 0.13
65 69 0.36
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTGGTATAAAGTAAAAGT
Found at i:17514 original size:122 final size:123
Alignment explanation
Indices: 17332--17606 Score: 498
Period size: 122 Copynumber: 2.2 Consensus size: 123
17322 TTGGTAGCCA
*
17332 AAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAGAATTTTGGTAATTAAACGGTAAAAGT
1 AAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGAAAAAAGAATTTTGGTAATTAAACGGTAAAAGT
*
17397 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTAAAGTAAAAGT
66 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTAAAATAAAAGT
*
17455 AAAATTGA-AACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGAAAAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGTAAAAGT
1 AAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGAAAAAAGAATTTTGGTAATTAAACGGTAAAAGT
*
17519 AAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTAAAATAAAAGT
66 AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTAAAATAAAAGT
*
17577 AAAATTGATAATTAAAAAAGAATTTGGTAA
1 AAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAA
17607 TTAAAGAGTA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 5, Indels: 2
0.95 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
122 118 0.81
123 28 0.19
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (123 bp):
AAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGAAAAAAGAATTTTGGTAATTAAACGGTAAAAGT
AAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTAAAATAAAAGT
Found at i:17527 original size:103 final size:102
Alignment explanation
Indices: 17430--17658 Score: 320
Period size: 103 Copynumber: 2.2 Consensus size: 102
17420 TTGGTAAAGT
* * *
17430 AAAAGGAATTTGGTAAAGTAAAAGTAAAATT-G-AAACTAAAA-AAGAATTTGGTAAAGAAAAAA
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAG-AAAATTGGTAAAATAAAAGAA-AA-TTGATAAAGAAAAAA
*
17492 GAATTTTGGTAATTAAAGGGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA
63 GAA-TTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA
* * **
17533 AAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGGAATTTGGTAAAATAAAAGTAAAATTGATAATTAAAAAAGA
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGAAAATTGGTAAAATAAAAG-AAAATTGATAAAGAAAAAAGA
17598 ATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA
65 ATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA
17636 AAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAA
1 AAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAA
17659 AGAATTTGGT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 8, Indels: 8
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
102 4 0.04
103 83 0.73
104 23 0.20
105 2 0.02
106 2 0.02
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (102 bp):
AAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAGAAAATTGGTAAAATAAAAGAAAATTGATAAAGAAAAAAGAA
TTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA
Found at i:17664 original size:103 final size:107
Alignment explanation
Indices: 17486--17716 Score: 371
Period size: 103 Copynumber: 2.2 Consensus size: 107
17476 TTTGGTAAAG
*
17486 AAAAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAG
1 AAAAAAGAA-TTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAG
*
17551 TAAAAGGAATTTGG-TAAA-A-TAAAAGTAAAATTGATAATT-
65 TAAAAAGAATTTGGATAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAATTA
17590 AAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
*
17655 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTA
66 AAAAAGAATTTGG--A-TAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAATTA
17700 AAAAAAGAATTTGGTAA
1 AAAAAAGAATTTGGTAA
17717 AGTAAAAAGA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 3, Indels: 8
0.91 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
103 67 0.57
104 9 0.08
107 4 0.03
108 1 0.01
109 19 0.16
110 17 0.15
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (107 bp):
AAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
AAAAAGAATTTGGATAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAATTA
Found at i:17733 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 17591--17852 Score: 463
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
17581 TTGATAATTA
* *
17591 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTA
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTA
*
17656 AAAAGAA-TTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
66 AAAAGAATTTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACT-AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
17720 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTA
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTA
* *
17785 AAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
66 AAAAGAATTTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
17849 AAAA
1 AAAA
17853 GTAAAATTGA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 5, Indels: 2
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
129 94 0.74
130 33 0.26
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (129 bp):
AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTA
AAAAGAATTTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
Found at i:17853 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 17591--17852 Score: 461
Period size: 65 Copynumber: 4.1 Consensus size: 64
17581 TTGATAATTA
*
17591 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
*
17655 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACT-AAAAAAGAATTTGGTAAAGT
*
17720 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
* *
17784 AAAAAGAATTTTGGTAATTAAAGGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
1 AAAAAGAA-TTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
17849 AAAA
1 AAAA
17853 GTAAAATTGA
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 5, Indels: 3
0.96 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
64 72 0.38
65 119 0.62
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.18, T:0.27
Consensus pattern (64 bp):
AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT
Found at i:17867 original size:104 final size:103
Alignment explanation
Indices: 17742--18028 Score: 359
Period size: 104 Copynumber: 2.7 Consensus size: 103
17732 GTAATTAAAG
17742 AGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGT-AAAAAGAATTTTGGTAATTAAA
1 AGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAA-TTTGGTAATTAAA
* * *
17806 GGGTAAATGTAAAATTGGTAACTAAAAAAGAATTTGGTAA
65 GAGCAAAAGTAAAATTGGTAA-TAAAAAAGAATTTGGTAA
*
17846 AGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTAATTAGAG
1 AGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTAATTAAAG
*
17911 AGCAAAAGTAAAATTGGTAATTAAAAAGAATTTGGT-A
66 AGCAAAAGTAAAATTGGTAATAAAAAAGAATTTGGTAA
* * * * *
17948 ATTAAAGAGTAAAGGTAAATTGGA-AA-TTAAAAAGAATTTGGT-AATTAAAAAGGAATTTGGTG
1 AGTAAA-AGT--A---AAATT-GATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTA
*
18010 ATTAAAGAGTAAAAGTAAA
59 ATTAAAGAGCAAAAGTAAA
18029 TTGATTAATT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 12, Indels: 14
0.86 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
102 6 0.04
103 18 0.11
104 72 0.44
105 9 0.06
106 34 0.21
107 15 0.09
108 7 0.04
109 2 0.01
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (103 bp):
AGTAAAAGTAAAATTGATAACTAAAAAAGAATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTAATTAAAG
AGCAAAAGTAAAATTGGTAATAAAAAAGAATTTGGTAA
Found at i:17918 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 17870--17996 Score: 170
Period size: 44 Copynumber: 2.9 Consensus size: 44
17860 TGATAACTAA
* * *
17870 AAAAG-AATTTGGTAAAGTAAAAAAGAATTTGGTAATTAGAGAGC
1 AAAAGTAAATTGGTAAA-TTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGC
*
17914 AAAAGTAAAATTGGT-AATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGT
1 AAAAGT-AAATTGGTAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGC
*
17958 AAAGGTAAATTGG-AAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAA
1 AAAAGTAAATTGGTAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAA
17997 AAGGAATTTG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 5, Indels: 7
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
43 32 0.43
44 34 0.45
45 2 0.03
46 7 0.09
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (44 bp):
AAAAGTAAATTGGTAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGC
Found at i:17982 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 17889--17996 Score: 173
Period size: 43 Copynumber: 2.5 Consensus size: 44
17879 TGGTAAAGTA
* *
17889 AAAAAGAATTTGGTAATTAGAGAGCAAAAGTAAAATTGGTAATT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGCAAAAGTAAAATTGGAAATT
* *
17933 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAGGT-AAATTGGAAATT
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGCAAAAGTAAAATTGGAAATT
17976 AAAAAGAATTTGGTAATTAAA
1 AAAAAGAATTTGGTAATTAAA
17997 AAGGAATTTG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 32 0.53
44 28 0.47
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (44 bp):
AAAAAGAATTTGGTAATTAAAGAGCAAAAGTAAAATTGGAAATT
Found at i:18003 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17523--18015 Score: 120
Period size: 19 Copynumber: 23.6 Consensus size: 19
17513 AAAAGTAAAA
*
17523 TTGGTAATTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
17542 TTGGTAAAGT-AAAAGGAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* * *
17561 TTGGTAA-AATAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATTA-AAAAG-GAAT
* *
17581 TTGATAATTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
* *
17600 TTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT----A--AAAAG-GAAT
*
17626 TTGGTAATTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
17645 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* *
17664 TTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT----A--AAAAG-GAAT
*
17690 TTGGTAATTAAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATT-AAAAAGGAAT
*
17710 TTGGTAAAGTAAAAA-GAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* *
17729 TTGGTAATTAAAGAGTAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT----A--AAAAG-GAAT
* * *
17755 TTGATAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
17774 TTGGTAAAGTAAAAA-GAATT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAA-T
* *
17794 TTGGTAATTAAAGGGTAAATGTAAAA
1 TTGGTAATT-AA----AAA-G-GAAT
* *
17820 TTGGTAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
* * *
17839 TTGGTAAAGT-AAAAGTAAAA
1 TTGGT-AATTAAAAAG-GAAT
* * *
17859 TTGATAACTAAAAAAGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
* *
17878 TTGGTAAAGTAAAAAAGAAT
1 TTGGT-AATTAAAAAGGAAT
* *
17898 TTGGTAATTAGAGAGCAAAAGTAAAA
1 TTGGTAATT----A--AAAAG-GAAT
17924 TTGGTAATTAAAAA-GAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
17942 TTGGTAATTAAAGAGTAAAGGTAAA
1 TTGGTAATT--A-A--AAAGG-AAT
*
17967 TTGGAAATTAAAAA-GAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
17985 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
1 TTGGTAATTAAAAAGGAAT
*
18004 TTGGTGATTAAA
1 TTGGTAATTAAA
18016 GAGTAAAAGT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 65, Indels: 118
0.66 0.12 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 34 0.10
19 109 0.31
20 98 0.28
21 12 0.03
22 6 0.02
23 7 0.02
24 12 0.03
25 20 0.06
26 50 0.14
27 2 0.01
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.19, T:0.28
Consensus pattern (19 bp):
TTGGTAATTAAAAAGGAAT
Found at i:18080 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18043--18085 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
18033 TTAATTTGGC
**
18043 AATTAAAAAGAATTTGGT
1 AATTAAAAAGAATTCAGT
18061 AATTAAAAAGAATTCAGT
1 AATTAAAAAGAATTCAGT
*
18079 AAATAAA
1 AATTAAA
18086 GAGTAAAAGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (18 bp):
AATTAAAAAGAATTCAGT
Found at i:18107 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 17967--18134 Score: 248
Period size: 70 Copynumber: 2.4 Consensus size: 71
17957 TAAAGGTAAA
** * * *
17967 TTGGAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTTGGTGATTAAAGAGTAAAAGTAAATTG
1 TTGGAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTG
18032 ATTAAT
66 ATTAAT
*
18038 TTGGCAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAA-GAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTG
1 TTGGAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTG
*
18102 GTTAAT
66 ATTAAT
* *
18108 GTGGTAATTAAAAAGAATTTGGTAATT
1 TTGGAAATTAAAAAGAATTTGGTAATT
18135 GAAGAGTAAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 9, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
70 57 0.65
71 31 0.35
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (71 bp):
TTGGAAATTAAAAAGAATTTGGTAATTAAAAAGGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTG
ATTAAT
Found at i:18113 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 18057--18170 Score: 165
Period size: 52 Copynumber: 2.2 Consensus size: 52
18047 AAAAAGAATT
*
18057 TGGTAATTAAAAAGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAATG
1 TGGTAATTAAAAAGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTTAATG
** * * *
18109 TGGTAATTAAAAAGAATTTGGTAATTGAAGAGTAAAAGGAAATCGGTTAATT
1 TGGTAATTAAAAAGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTTAATG
*
18161 TGATAATTAA
1 TGGTAATTAA
18171 GGAAGTGAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 55 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (52 bp):
TGGTAATTAAAAAGAATTCAGTAAATAAAGAGTAAAAGGAAATCGGTTAATG
Found at i:18119 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18089--18170 Score: 69
Period size: 27 Copynumber: 3.1 Consensus size: 26
18079 AAATAAAGAG
18089 TAAAAGGAAATTGGTTAATGTGGTAAT
1 TAAAAGGAAATTGGTTAAT-TGGTAAT
* * * *
18116 TAAAAAGAATTTGG-TAATT-GAAGAG
1 TAAAAGGAAATTGGTTAATTGGTA-AT
* *
18141 TAAAAGGAAATCGGTTAATTTGATAAT
1 TAAAAGGAAATTGGTTAA-TTGGTAAT
18168 TAA
1 TAA
18171 GGAAGTGAAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 10, Indels: 8
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 2 0.05
25 13 0.32
26 7 0.17
27 18 0.44
28 1 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (26 bp):
TAAAAGGAAATTGGTTAATTGGTAAT
Found at i:18160 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18084--18160 Score: 79
Period size: 25 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
18074 TCAGTAAATA
18084 AAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAATGTGG
1 AAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAAT-TGG
* * * *
18112 TA-ATTAAAAAGAATTTGG-TAATT-G
1 AAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAATTGG
*
18136 AAGAGTAAAAGGAAATCGGTTAATT
1 AAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAATT
18161 TGATAATTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 9, Indels: 6
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
24 2 0.05
25 13 0.34
26 9 0.24
27 13 0.34
28 1 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
AAGAGTAAAAGGAAATTGGTTAATTGG
Found at i:18222 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 18157--18230 Score: 87
Period size: 25 Copynumber: 2.8 Consensus size: 26
18147 GAAATCGGTT
* * *
18157 AATTTGATAATTAAGGAAGTGAAATGA
1 AATTGGATAATTAAAG-AGTAAAATGA
18184 AATTGGGATAATTAAAGAGTAAAATG-
1 AATT-GGATAATTAAAGAGTAAAATGA
*
18210 AATTGGATAATTAAAGGGTAA
1 AATTGGATAATTAAAGAGTAA
18231 TTGGTAAAAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 4
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 16 0.38
26 4 0.10
27 12 0.29
28 10 0.24
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
AATTGGATAATTAAAGAGTAAAATGA
Found at i:18249 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 18183--18354 Score: 123
Period size: 53 Copynumber: 3.1 Consensus size: 53
18173 AAGTGAAATG
* *
18183 AAATTGGGATAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAAGGGTAATTGGTA
1 AAATTTGG-TAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAACGGTAATTGGTA
* * *
18237 AAATTTGGTAATT-AAGAAGTTAAATGAACTTGTGAATCAAAGAGTAAAACGGAAATTGGT-
1 AAATTTGGTAATTAAAG-AGTAAAATGAA-TTG-G-AT---A-A-TTAAACGGTAATTGGTA
* * * * * **
18297 CAACTTGGTAATTAAAAAGTAAAATGAAATTGGGTAGTTAAATAGTAATTGGTA
1 AAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAATG-AATTGGATAATTAAACGGTAATTGGTA
18351 AAAT
1 AAAT
18355 AGGATAATGA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 17, Indels: 24
0.68 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
52 3 0.03
53 27 0.30
54 12 0.13
55 2 0.02
56 2 0.02
58 1 0.01
59 2 0.02
60 23 0.26
61 17 0.19
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (53 bp):
AAATTTGGTAATTAAAGAGTAAAATGAATTGGATAATTAAACGGTAATTGGTA
Found at i:34209 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 34147--34242 Score: 138
Period size: 31 Copynumber: 3.1 Consensus size: 31
34137 AAGGGACTGA
*
34147 TTTGTCCCAAAAGGAAAACATAAGAGACTTT
1 TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGAGACTTT
* * *
34178 TTTGTCCCAAAAGAAAAACTTAAGGGATTTT
1 TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGAGACTTT
* *
34209 TTTGTCCCAAAAGAAAAATATAAGAGAATTT
1 TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGAGACTTT
34240 TTT
1 TTT
34243 TAGTATTTAG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 57 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (31 bp):
TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGAGACTTT
Done.