Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01002218.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig02218, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4425
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:1489 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 152--2165 Score: 1778
Period size: 331 Copynumber: 6.1 Consensus size: 328
142 TCAACATATG
* * * *
152 AATAGG-AAAACGATACTAGAAGCATGTAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAAT
1 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA-CTTTTTTGCGTTGAATTATAT-AT
* * **
216 TTTTATGAGTATTGCGGCTAAAACTTGAGGAAATAA-A--TTCAAGTCAATTTTTGCAAAATTCT
64 TTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAA-AATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT-T
* * *
278 T-GCCGAAATTGTGTAATAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCT-A
127 TAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCA
* * * * * *
341 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAAACTCTTTG-AGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCA
188 A-TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* * * *
405 GCTACATTGGACTTAA-AATTTTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAA
252 GCCACATTGGATTTAAGGA--TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
469 ATT-ATTTCAGAAA
315 ATTAATTTGAAAAA
* * * * * *
482 AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-TCCTTTTGACGTTAAATTATATAT
1 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACT-TTTTTG-CGTTGAATTATATAT
** ** * * *
546 ATTTTATGAGTATT-TATACCGAAAATTGACGGAAAAATTTTTTTCGGGTCATTTTTTACAAAAT
64 -TTTTATGAGTATTGT-GGCTAAAAATTGA-GGAAAAA-TATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * * * * *
610 TTTAGCCCAAATCGTGTACCAACAAGCATAACAGTTTTTGGTTAAAAATGTGTTTCGGGACCCCG
125 TTTAGCCGAAATCGTGT----AC---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
* * * *
675 GCTTAAATTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA-ATATCTATATTCATCTAATCAAAT
183 GCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAATATATCTATATTCATCTAACCAAAT
* * * *
739 ATCAACAACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
248 CTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* *
804 AAATTTAA-TTCAGAAA
313 AAA-TTAATTTGAAAAA
* * * * *
820 AATATGAAAAACGATATTA-TAGCGT-AAAGAGTCCTTCAATCTTTTTTGCTTTTAATTATATAT
1 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCCTTCAA-CTTTTTTGCGTTGAATTATATAT
** * * *
883 ATTCAATGAGTATTGGGGCTAAAAATAGA-GAAAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
64 -TTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATAT-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* * * * * *
947 TAGCCGAAATCATGTACCATAACAGTTTTTTTTTGGCGAAAAATGCGTTTTGGGGCCCCGTG-TC
127 TAGCCGAAATCGTGTACCATCAC-G---GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG-GCTC
* * * * * * * *
1011 AGTTTTGCATGATTTTTAGTGGCAACATTCCTTGAA-ATATCTATATTCATATAACCAAATCTTA
187 AATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* * * * *
1075 GGCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCAATTCT-ATTAGAAA
252 GCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT-TAATTAGAAA
1139 TTAATTTGAAAACA
316 TTAATTTGAAAA-A
* * *
1153 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAGAAGCCCTTCAACTTTTTTGCGTTAAATTATATATTT
1 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACTTTTTTGCGTTGAATTATATATTT
* * *
1218 TTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGA-GAAAAATATTTT-GCGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGT
66 TTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * **
1281 CGAAATTGTGTACCATCATGGTTTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCTAGGC-CAATTT
131 CGAAATCGTGTACCATCACGG--TTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC-CCCGGCTCAATTT
* * *
1345 TGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTAATATATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
192 TGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGA-ATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* * * ** * * *
1410 CATTGTATTTAAGGA-TTGTTTGTATGAGTTTCTAAATCCTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAAT
256 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-
1474 TTTGAAATAA
320 TTTGAAA-AA
* * * * * *
1484 AATAGGAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAAAG-GCTTCTACTTTTTTGGGTGTTGAATTATTTA
1 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCCTTCAACTTTTTT--GCGTTGAATTATATA
* *
1548 TTTTTTATGAGTATT-TACGCTAGAAAA-TGATGAAAAAT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-
63 -TTTTTATGAGTATTGT-GGCTA-AAAATTGAGGAAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * **
1609 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCGTCACGGTTTTCGGCTAAAAATGCGTTTC-GGATCCCGGCT
125 TTTAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCT
* * * * * * *
1673 CAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCATTGAA-ATATTTATACTCATCTGACCAAATCTC
186 CAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* * *
1737 AGTCACATTAGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
251 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* *
1802 TTAATTCGGAAAA
316 TTAATTTGAAAAA
* * * *
1815 AA-AGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAATCCCTTCAA-TCTTTTTG-ATATCGAATTATATA
1 AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACT-TTTTTGCGT-T-GAATTATATA
* * *
1877 TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG--AAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
63 -TTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATAT-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
* * * * * * ** *
1940 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCATGATTTTTGGCCAAAAACGCGTTACAGGGCCACAACTT
126 TTAGCCGAAATCGTGTAC---C-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTC
** * * * * * *
2005 TGTTTTGTATGATTTTTGGTGCCGAGACTCCTTG-ATATATCTTTATTTATCTATCCAAATCTCA
187 AATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* * * *
2069 GCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTATGTGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
252 GCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
*
2134 TAATTCAGAAAAA
317 TAATT-TGAAAAA
*
2147 AATATGAAAAACGATATTA
1 AATAGGAAAAACGATATTA
2166 AAATCGGGAA
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 234, Indels: 153
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
326 2 0.00
327 6 0.00
328 18 0.01
329 109 0.08
330 157 0.11
331 281 0.20
332 233 0.17
333 115 0.08
334 87 0.06
335 117 0.09
336 7 0.01
337 92 0.07
338 142 0.10
339 6 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACTTTTTTGCGTTGAATTATATATTT
TTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGC
CGAAATCGTGTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCA
TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAA
AAA
Found at i:1711 original size:663 final size:656
Alignment explanation
Indices: 179--2168 Score: 1968
Period size: 663 Copynumber: 3.0 Consensus size: 656
169 AGAAGCATGT
* * * ** * *
179 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTATGAGTATTG-CGGCTAAAACTT
1 AAAGTCCTTCAATCTTTTTTGCTTTGAATTATATATA-TTCAATGAGTATTGAC-GCTAAAAATA
* ** * * * * *
242 GAGGAAATAA-A-TTCAAGTCAATTTTTGCAAAATTCTTGCCGAAATTGTGTAATAATCATCACG
64 GA-GAAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT-TAGCCGAAATCGTGTACTAACCGTCACG
* * * * * *
305 GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAAACT
127 GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAAACT
* * * * * *
370 CTTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCTCA-GCTACATTGGACTTAAAATTTTTGTTTTT
191 CATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGC-ACATTGGATTTAAGA--TTTGTTTTT
* * *
434 ACGAGCATCTGAAT-ATTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-ATTTCAGAAAAATATGAAAAACGAT
253 ACGAGCATCTGAATCA-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAACGAT
* * * *
497 ATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCCTTTTGACGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTA
317 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTG-CGTTAAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTA
* * * * * *
562 TACCGAAAATTGACGGAAAAATTTTTTTCGGGTCATTTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTGT
380 -GCCAAAAATTGA--GAAAAA-TATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * * * * * * * *
627 ACCAACAAGCATAACAGTTTTTGGTTAAAAATGTGTTTCGGGACCCCGGCTTAAATTTGCATGAT
441 ACCATCATG-GT---A-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGG-GCCAGGCTTAATTTTGCATGAT
* * * *
692 TTTTGGCGCCGAGACTCCTTGA-A-ATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAACAACATTGAAT
500 TTTTGGCGCCGAGACTCCTTGATATATAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAAT
* * * *
755 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTAA--TTCAGA
564 TTAAGGATTTGTTTTTATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TTAATTTTGAAA
* *
818 AAAATATGAAAAACGATATTATAGCGTAA
628 AAAATATGAAAAACGATATTAAAACGTAA
* * **
847 AGAGTCCTTCAATCTTTTTTGCTTTTAATTATATATATTCAATGAGTATTGGGGCTAAAAATAGA
1 AAAGTCCTTCAATCTTTTTTGCTTTGAATTATATATATTCAATGAGTATTGACGCTAAAAATAGA
* * **
912 GAAAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATAACAGT--TT
66 G-AAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAGCCGAAATCGTGTA-C-TAACCGTCACG
* * * * * *
975 TTTTTTGGCGAAAAATGCGTTTTGGGGCCCCGTG-TCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGGCAACAT
127 GTTTTTGGCTAAAAATGCG-TTTCGGGCCCCG-GCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAAAC
* * * *
1039 TCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTA
190 TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTA
* *
1104 CGAGCATTTGAATCATGTTTCAATTCT-ATTAGAAATTAATTTGAAAACAAATAGGAAAAACGAT
254 CGAGCATCTGAATCATGTTTCGATT-TAATTAGAAATTAATTTGAAAA-AAATAGGAAAAACGAT
* * *
1168 ATTAGAAGCATGAGAAGCCCTTCAA-CTTTTTTGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTGTG
317 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTTGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATT-TA
* * * * *
1232 GCTAAAAATTGAGAAAAATATTTT-GCGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATTGTGTACCA
380 GCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCA
* * *
1296 TCATGGTTTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCTAGGC-CAATTTTGCATGATTTTTGGC
445 TCATGGTATTTTT-GGCTAAAAACGCGTTACGGGGC-C-AGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
1360 ACCAAGACTCCTTAATATATATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGTATTTAAGGA
507 GCCGAGACTCCTTGATATATAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGA
* * * * * *
1425 -TTGTTTGTATGAGTTTCTAAATCCTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTTTGAAATAAAATAG
571 TTTGTTTTTATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAA-AAAATAT
*
1489 GAAAAATGATATTAGAAACGTGAA
635 GAAAAACGATATTA-AAACGT-AA
* * * * * ** *
1513 AAAG-GCTTCTA-CTTTTTTGGGTGTTGAATTATTTATTTTTTATGAGTATTTACGCTAGAAAAT
1 AAAGTCCTTCAATCTTTTTT-GCT-TTGAATTATATATATTCAATGAGTATTGACGCTA-AAAAT
*
1576 -GATG-AAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCGTCACG
63 AGA-GAAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCGTCACG
* ** *
1639 GTTTTCGGCTAAAAATGCGTTTCGGATCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTC
127 GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAAACTC
* * * * *
1704 ATTGAAATATTTATACTCATCTGACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAAGATTTGTTTTTACG
192 ATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTT-AAGATTTGTTTTTACG
* * * *
1769 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA-AGGAAAAACAATATTA
256 AGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTA
* * * *
1833 GAAGCGTTAAAATCCCTTCAATCTTTTTG-ATATCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGC
321 GAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCGT-T-AAATTATATA-TTTTTATGAGTA-TTTAGC
*
1897 CAAAAATTGAG-GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
382 CAAAAATTGAGAAAAATAT-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC---
* * ** ** *
1961 CAATCAT-G-ATTTTTGGCCAAAAACGCGTTACAGGGCCACAACTTTGTTTTGTATGATTTTTGG
443 C-ATCATGGTATTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCA-GGCTTAATTTTGCATGATTTTTGG
* * * * *
2024 TGCCGAGACTCCTTGATATATCTT-TATTTATCTATCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA
506 CGCCGAGACTCCTTGATATATATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGA
* * **
2088 TTTATTTTTATGTGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATATG
571 TTTGTTTTTATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAAATATG
2153 AAAAACGATATTAAAA
636 AAAAACGATATTAAAA
2169 TCGGGAAAAG
Statistics
Matches: 1089, Mismatches: 182, Indels: 108
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
660 7 0.01
661 91 0.08
662 71 0.07
663 260 0.24
664 148 0.14
665 128 0.12
666 43 0.04
667 15 0.01
668 62 0.06
669 64 0.06
670 148 0.14
671 48 0.04
672 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (656 bp):
AAAGTCCTTCAATCTTTTTTGCTTTGAATTATATATATTCAATGAGTATTGACGCTAAAAATAGA
GAAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCGTCACGGTTT
TTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAAACTCATTG
AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGATTTGTTTTTACGAGCAT
CTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGC
GTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTTAGCCAAAAATTG
AGAAAAATATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCATGGTATTT
TTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCAGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTG
ATATATATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGT
ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAAATATGAAAAACGATATTAAA
ACGTAA
Done.