Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01022259.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig22292, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8211
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.14, T:0.33
Found at i:812 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 739--884 Score: 123
Period size: 33 Copynumber: 4.5 Consensus size: 31
729 GCTATGATCA
** *
739 ACCAAAACAGATTTGTTTTCATCACAATTAGC
1 ACCAAAACAGATTTG-TTTCATCACAAACAAC
771 ATCCAAAACAGAATTTGTTTCATCACAAACAAC
1 A-CCAAAACAG-ATTTGTTTCATCACAAACAAC
*
804 ACCTAAAACAGATTTAGTGTCATCACAAACAAC
1 ACC-AAAACAGATTT-GTTTCATCACAAACAAC
** * *
837 ACTCAAATTAGGTTTAGTATT-ATCGCAAACAAC
1 AC-CAAAACAGATTT-GT-TTCATCACAAACAAC
*
870 ATCTAAAACAGATTT
1 A-CCAAAACAGATTT
885 AGAATTACTC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 13, Indels: 13
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.07
33 79 0.84
34 8 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.21, G:0.09, T:0.27
Consensus pattern (31 bp):
ACCAAAACAGATTTGTTTCATCACAAACAAC
Found at i:4715 original size:7 final size:6
Alignment explanation
Indices: 4681--4723 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 7.2 Consensus size: 6
4671 CAATGCAACA
4681 AAAAC- AAAACG AAAACG AAAAC- AAAACAG AAAACAG AAAACG A
1 AAAACG AAAACG AAAACG AAAACG AAAAC-G AAAAC-G AAAACG A
4724 TACAAACGAC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 5
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 10 0.29
6 13 0.37
7 12 0.34
ACGTcount: A:0.72, C:0.16, G:0.12, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
AAAACG
Found at i:5274 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5205--5267 Score: 81
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
5195 TCATTCTGAC
* * *
5205 AAAATAAATTTGCCTATGATCCTCTTTAAA
1 AAAAGAAATTTGCCTATAAACCTCTTTAAA
* *
5235 AAAAGAAATTTGCTTATAAACCTCTTTGAA
1 AAAAGAAATTTGCCTATAAACCTCTTTAAA
5265 AAA
1 AAA
5268 CAAAATTGAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 28 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.14, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
AAAAGAAATTTGCCTATAAACCTCTTTAAA
Found at i:6557 original size:438 final size:438
Alignment explanation
Indices: 5631--7335 Score: 2552
Period size: 437 Copynumber: 3.9 Consensus size: 438
5621 ACTTTAGGTA
* * * * * ***
5631 TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGGTTCAGGTGTCCATTTAAAGGTAATTTCATGATTTATG
1 TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAA-GTAATTTCATGATCTCCA
* * *
5696 ACTTTCATGAAAGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTGTCAATTCAAAAAGAAAA-TGCTT-TCAAA
65 ACTTTCATGAAGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATTCAAAAA-AAAATTGCTTCCCAAA
** * *
5759 CTTTGG-TGATTTTGATTGCCGGTCTATTTAATATCATAAAATTTTCGATCCACATATCCGATTA
129 -TTTGGTTGATTCCGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCCGATTA
* *
5823 ATGTTATTCAAGAGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTACAACTTTCATGAAGGAGCCGAAAG
193 ATGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTACAACTTTCATGAAGGACCCGAAAG
* * * *
5888 TTAAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAAATAATTTTTATGTTTCAATATCTCCAT
258 CTAAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCAT
5953 CAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTTCTACTTTATACTAC
323 CAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTTCTACTTTATACTAC
* * *
6018 TTAATCCTTTACTAATGCTATCTTAATCGATTTAACGCTTAAGCATTACTTT
388 TTAATCCTTTACTAATTCTATCTTAATCAATTTAACGCTTAAGCTTTA-TTT
* *
6070 TTTTTTTCTATTTATCCAATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGATCTCCAA
1 TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGATCTCCAA
* *
6135 CTTTCATGAAGGACTCAAAATCCAATTTTTATGTTTCAATT-AAAAAAAAATTCCTTCCCAAATT
66 CTTTCATGAAGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATTCAAAAAAAAATTGCTTCCCAAATT
6199 TGGTTG-TTCCGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCCGATTAATG
131 TGGTTGATTCCGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCCGATTAATG
* * * *
6263 TTATTCAACTGTCGGTAAAAAGGTTATTGCATGATCTACGAA-TTTGATGAAGGACCCGAAAGTT
196 TTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTAC-AACTTTCATGAAGGACCCGAAAGCT
*
6327 AAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATATTTCAAGATCTCCATCA
260 AAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATCA
* *
6392 ACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACTCTCATGATTTTTCTAATTTATACTACT
325 ACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCAT-ATTTTTCTACTTTATACTACT
*
6457 TAATCCTTTACTAATTCTATCTTAATCTATTTAACGCTTAAGCTTTATTT
389 TAATCCTTTACTAATTCTATCTTAATCAATTTAACGCTTAAGCTTTATTT
6507 ATTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGATCTCCA
1 -TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGATCTCCA
* * *
6572 ACTTTCATGATGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATTGGTAAAAAAAATTTGCTTCCCAA
65 ACTTTCATGAAGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATT--CAAAAAAAAATTGCTTCCCAA
* * *
6637 ATTT-GATGATTCCGATTGCCGGTTTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCTGA-TA
128 ATTTGGTTGATTCCGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCCGATTA
* * *
6700 TATGTTATTTAAGTGTCAGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTACAACTTTGATGAAGGACCCGAAA
193 -ATGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTACAACTTTCATGAAGGACCCGAAA
* *
6765 GCTAAATTTGGTCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATGTTTCAATATCTCCA
257 GCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCA
* * *
6830 TCAACAAATATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACTCTCTTATTTTTCTACTTTATACTA
322 TCAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTTCTACTTTATACTA
*
6895 CTTTAATCCTTTACTAATTCTATCTTAATCAATTTAACGCTTAAACTTTA--T
387 C-TTAATCCTTTACTAATTCTATCTTAATCAATTTAACGCTTAAGCTTTATTT
* *
6946 TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGCGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGAT-TGCTA
1 TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGATCT-CCA
*
7010 ACTTTCATGAAGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATTCAAAAAAAAAAATGCTTCCCAAA
65 ACTTTCATGAAGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATTC-AAAAAAAAATTGCTTCCCAAA
* * * * * *
7075 TTTAG-TGGTTCCAATTGCCGGTCTATTTAATACCATATAATTTTGGATCCACATGTCTGATTAA
129 TTTGGTTGATTCCGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCCGATTAA
* * * * *
7139 AGTTATTTAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATTATCTACGACTTTCATGAAGGATCCGAAAGC
194 TGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTACAACTTTCATGAAGGACCCGAAAGC
* * * * * *
7204 TAAATTTGATCTACAAGTTTCATGAAGGGTTCAAAAGGGAATATTTATTTTTCAAGATCTCTATC
259 TAAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATC
* *
7269 AACAAACATTTTCTTAATTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATACTTTTCTACTTTATACTACT
324 AACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTTCTACTTTATACTACT
7334 TA
389 TA
7336 GTTATTTACA
Statistics
Matches: 1164, Mismatches: 85, Indels: 37
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
436 7 0.01
437 479 0.41
438 331 0.28
439 41 0.04
440 26 0.02
441 280 0.24
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (438 bp):
TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTCAGTTGTCTATTGAAAGTAATTTCATGATCTCCAA
CTTTCATGAAGGACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTCAATTCAAAAAAAAATTGCTTCCCAAATT
TGGTTGATTCCGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATGTCCGATTAATG
TTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATCTACAACTTTCATGAAGGACCCGAAAGCTA
AATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGAGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATCAA
CAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTTCTACTTTATACTACTTA
ATCCTTTACTAATTCTATCTTAATCAATTTAACGCTTAAGCTTTATTT
Done.